Network representations and methods for the analysis of chemical and biochemical pathways

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 9, 2013, Pages 2189-2200

  Sandefur, Conner I ^a   Mincheva, Maya ^b   Schnell, Santiago ^c  

^a UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b NORTHERN ILLINOIS UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF MICHIGAN MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; HUMAN; PROCEDURES; SYSTEMS BIOLOGY; METHODOLOGY; REVIEW;

ANIMALS; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 84881111727     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3mb70052f     Document Type: Review

References (77)

1. J. J. Tyson B. Novák Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 219 240
2. M. Feinberg Chem. Eng. Sci. 1987 42 2229 2268
3. G. Craciun Y. Tang M. Feinberg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8697 8702
4. B. D. Aguda B. L. Clarke J. Chem. Phys. 1987 87 3461 3470
5. L. H. Hartwell J. J. Hopfield S. Leibler A. W. Murray Nature 1999 402 C47 C52
6. U. Alon Nat. Rev. Genet. 2007 8 450 461
7. M. Feinberg, The Chemical Reaction Network Toolbox, http://www.chbmeng. ohio-state.edu/~feinberg/crntwin/
8. N. Soranzo C. Altafini Bioinformatics 2009 25 2853 2854
9. N. Kashtan, S. Itzkovitz, R. Milo and U. Alon, mfinder, http://www.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/groupNetworkMotifSW.html
10. S. Wernicke F. Rasche Bioinformatics 2006 22 1152 1153
11. H. Schwöbbermeyer R. Wünschiers Methods Mol. Biol. 2012 804 263 280
12. N. Kashtan S. Itzkovitz R. Milo U. Alon Bioinformatics 2004 20 1746 1758
13. F. Picard J. J. Daudin M. Koskas S. Schbath S. Robin J. Comput. Biol. 2008 15 1 20
14. M. E. Beber C. Fretter S. Jain N. Sonnenschein M. Muller-Hannemann M. T. Hutt J. R. Soc. Interface 2012 9 3426 3435
15. S. Ghosh Y. Matsuoka Y. Asai K. Y. Hsin H. Kitano Nat. Rev. Genet. 2011 12 821 832
16. C. E. Wheelock A. M. Wheelock S. Kawashima D. Diez M. Kanehisa M. van Erk R. Kleemann J. Z. Haeggström S. Goto Mol. BioSyst. 2009 5 588 602
17. E. R. Shellman C. F. Burant S. Schnell Mol. Biosyst. 2013 9 352 360
18. S. Schnell M. J. Chappell N. D. Evans M. R. Roussel C. R. Biol. 2006 329 51 61
19. L. A. Segel, Modeling dynamic phenomena in molecular and cellular biology, Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1984
20. G. Craciun M. Feinberg SIAM J. Appl. Math. 2006 66 1321 1338
21. M. Kaufman C. Soulé R. Thomas J. Theor. Biol. 2007 248 675 685
22. J. C. Butcher, Numerical methods for ordinary differential equations, John Wiley & Sons, Chichester, England, 1988
23. A. J. Sommese and C. W. Wampler, The numerical solution of systems of polynomials, World Scientific Press, Singapore, 2005
24. A. Goldbeter, Biochemical oscillations and cellular rhythms, Cambridge University Press, Cambridge, UK, 1997
25. B. N. Kholodenko Eur. J. Biochem. 2000 267 1583 1588
26. J. J. Tyson K. C. Chen B. Novák Curr. Opin. Cell Biol. 2003 15 221 231
27. U. Alon, An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits, Chapman and Hall, Boca Raton, Florida, 2006
28. B. L. Clarke Adv. Chem. Phys. 1980 43 1 213
29. F. Horn R. Jackson Arch. Ration. Mech. Anal. 1972 47 81 116
30. B. L. Clarke J. Chem. Phys. 1981 75 4970 4979
31. A. Ivanova Kinet. Katal. 1979 20 1019 1023
32. A. Volpert and A. Ivanova, Mathematical Modeling, Nauka, Moscow, 1987
33. M. Mincheva M. R. Roussel J. Math. Biol. 2007 55 61 86
34. S. Schnell T. E. Turner Prog. Biophys. Mol. Biol. 2004 85 235 260
35. A. M. Turing Philos. Trans. R. Soc., B 1952 237 37 72
36. M. Mincheva M. R. Roussel J. Chem. Phys. 2006 125 204102
37. N. A. Monk Curr. Biol. 2003 13 1409 1413
38. J. Srividhya M. S. Gopinathan S. Schnell Biophys. Chem. 2007 125 286 297
39. N. MacDonald Biotechnol. Bioeng. 1976 18 805 812
40. M. Mincheva M. R. Roussel J. Math. Biol. 2007 55 87 104
41. T. Eissing H. Conzelmann E. D. Gilles F. Allgöwer E. Bullinger P. Scheurich J. Biol. Chem. 2004 279 36892 36897
42. E. M. Ozbudak M. Thattai H. N. Lim B. I. Shraiman A. Van Oudenaarden Nature 2004 427 737 740
43. A. Goldbeter Nature 2002 420 238 245
44. T. Meyer L. Stryer Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 5051 5055
45. B. Hess A. Boiteux Annu. Rev. Biochem. 1971 40 237 258
46. J. L. Martiel A. Goldbeter Biophys. J. 1987 52 807 828
47. A. Goldbeter Proc. R. Soc. London, Ser. B 1995 261 319 324
48. A. Hoffmann A. Levchenko M. L. Scott D. Baltimore Science 2002 298 1241 1245
49. J. J. Tyson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 7328 7332
50. J. E. Ferrell Jr T. Y. Tsai Q. Yang Cell 2011 144 874 885
51. T. Y. Tsai Y. S. Choi W. Ma J. R. Pomerening C. Tang J. E. Ferrell Jr Science 2008 321 126 129
52. J. Stelling U. Sauer Z. Szallasi F. J. Doyle III J. Doyle Cell 2004 118 675 685
53. T. Saithong K. J. Painter A. J. Millar PLoS One 2010 5 e13867
54. J. K. Kim D. B. Forger Mol. Syst. Biol. 2012 8 630
55. W. A. Lim C. M. Lee C. Tang Mol. Cell. 2013 49 202 212
56. N. Ramakrishnan U. S. Bhalla PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000122
57. R. Milo S. Itzkovitz N. Kashtan R. Levitt S. Shen-Orr I. Ayzenshtat M. Sheffer U. Alon Science 2004 303 1538 1542
58. E. S. Roberts A. C. C. Coolen Phys. Rev. E 2012 85 046103
59. S. Schbath V. Lacroix M. F. Sagot EURASIP J. Bioinf. Syst. Biol. 2009 616234
60. D. Siegal-Gaskins M. K. Mejia-Guerra G. D. Smith E. Grotewold PLoS Comput. Biol. 2011 7 e1002039
61. B. Goemann E. Wingender A. P. Potapov BMC Syst. Biol. 2009 3 53
62. A. A. Apte J. W. Cain D. G. Bonchev S. S. Fong J. Biol. Eng. 2008 2 2
63. A. Mazurie S. Bottani M. Vergassola Genome Biol. 2005 6 R35
64. A. Vázquez R. Dobrin D. Sergi J. P. Eckmann Z. N. Oltvai A. L. Barabási Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 17940 17945
65. O. Meshi T. Shlomi E. Ruppin BMC Syst. Biol. 2007 1 1
66. P. J. Ingram M. P. Stumpf J. Stark BMC Genomics 2006 7 108
67. A. C. Deckard, F. T. Bergmann, H. M. Sauro, 2009, arXiv:0901.3067 [q-bio.MN]
68. A. Wagner Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 11775 11780
69. W. Ma L. Lai Q. Ouyang C. Tang Mol. Syst. Biol. 2006 2 70
70. W. Ma A. Trusina H. El-Samad W. A. Lim C. Tang Cell 2009 138 760 773
71. G. Hornung N. Barkai PLoS Comput. Biol. 2008 4 e8
72. S. N. Laboratories, Latin Hypercube Sampling and the Propagation of Uncertainty in Analyses of Complex Systems, Office of Scientific and Technical Information, U. S. Dept. of Energy, Washington, DC, 2002
73. H. Jeong B. Tombor R. Albert Z. N. Oltvai A. L. Barabási Nature 2000 407 651 654
74. H. Jeong S. P. Mason A. L. Barabási Z. N. Oltvai Nature 2001 411 41 42
75. E. Ravasz A. L. Somera D. A. Mongru Z. N. Oltvai A. L. Barabási Science 2002 297 1551 1555
76. I. Farkas H. Jeong T. Vicsek A. L. Barabási Z. N. Oltvai Physica A 2003 318 601 612
77. C. J. Bashor A. A. Horwitz S. G. Peisajovich W. A. Lim Annu. Rev. Biophys. 2010 39 515 537