Vibrational signatures of Watson-Crick base pairing in adenine-thymine mimics

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 27, 2013, Pages 11520-11530

  Nosenko, Yevgeniy ^a,c   Kunitski, Maksim ^a   Stark, Tina ^a   Göbel, Michael ^a   Tarakeshwar, Pilarisetty ^b   Brutschy, Bernhard ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

^b ARIZONA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c Rheinland Pfälzische Technische Universität Kaiserslautern Landau   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

1 METHYLTHYMINE; 1-METHYLTHYMINE; 4 AMINOPYRIMIDINE; 4-AMINOPYRIMIDINE; DRUG DERIVATIVE; PYRIMIDINE DERIVATIVE; PYRIMIDINONE DERIVATIVE; THYMINE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMISTRY; VIBRATION;

BASE PAIRING; PYRIMIDINES; PYRIMIDINONES; THYMINE; VIBRATION;

EID: 84881095235     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp50337b     Document Type: Article

References (66)

1. J. D. Watson F. H. C. Crick Nature 1953 171 737 738
2. C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends J. Am. Chem. Soc. 2000 122 4117 4128
3. E. T. Kool Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001 30 1 22
4. J. R. Roscioli D. W. Pratt Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13752 13754
5. M. Sundaralingam P. K. Ponnuswamy Biochemistry 2004 43 16467 16476
6. N. Kurita V. I. Danilov V. M. Anisimov Chem. Phys. Lett. 2005 404 164 170
7. A. Abo-Riziq L. Grace E. Nir M. Kabeláč P. Hobza M. S. de Vries Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 20 23
8. M. Yang L. Szyc T. Elsaesser J. Phys. Chem. B 2011 115 13093 13100
9. A. J. Parker J. Stewart K. J. Donald C. A. Parish J. Am. Chem. Soc. 2012 134 5165 5172
10. C. Plützer I. Hunig K. Kleinermanns E. Nir M. S. de Vries Chemphyschem 2003 4 838 842
11. S. Woutersen G. Cristalli J. Chem. Phys. 2004 121 5381 5386
12. B. Brauer R. B. Gerber M. Kabeláč P. Hobza J. M. Bakker A. G. Abo Riziq M. S. de Vries J. Phys. Chem. A 2005 109 6974 6984
13. A. T. Krummel M. T. Zanni J. Phys. Chem. B 2006 110 13991 14000
14. G. N. Ten V. V. Nechaev S. V. Krasnoshchekov Opt. Spectrosc. 2010 108 37 44
15. C. S. Peng K. C. Jones A. Tokmakoff J. Am. Chem. Soc. 2011 133 15650 15660
16. M. Yang L. Szyc T. Elsaesser J. Phys. Chem. B 2011 115 1262 1267
17. Y. Nosenko M. Kunitski T. Stark M. Göbel P. Tarakeshwar B. Brutschy J. Phys. Chem. A 2011 115 11403 11411
18. M. Kratochvil J. Sponer P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3495 3499
19. B. Brutschy Chem. Rev. 2000 100 3891 3920
20. E. Samoylova H. Lippert S. Ullrich I. V. Hertel W. Radloff T. Schultz J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1782 1786
21. E. Samoylova T. Schultz I. V. Hertel W. Radloff Chem. Phys. 2008 347 376 382
22. A. Müller F. Talbot S. Leutwyler J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14486 14494
23. A. Müller J. A. Frey S. Leutwyler J. Phys. Chem. A 2005 109 5055 5063
24. J. A. Frey R. Leist A. Müller S. Leutwyler Chemphyschem 2006 7 1494 1499
25. J. A. Frey A. Müller H. M. Frey S. Leutwyler J. Chem. Phys. 2004 121 8237 8245
26. M. Barbatti H. Lischka J. Phys. Chem. A 2007 111 2852 2858
27. T. Kitamura M. Okita Y. Sasaki H. Ishikawa A. Fujimoto Spectrochim. Acta, Part A 2008 69 350 360
28. Y. Nosenko M. Kunitski B. Brutschy J. Phys. Chem. A 2011 115 9429 9439
29. Y. Nosenko M. Kunitski R. P. Thummel A. Kyrychenko J. Herbich J. Waluk C. Riehn B. Brutschy J. Am. Chem. Soc. 2006 128 10000 10001
30. Y. Nosenko M. Kunitski C. Riehn P. H. P. Harbach A. Dreuw B. Brutschy Phys. Chem. Chem. Phys. 2010 12 863 870
31. H. Kang K. T. Lee B. Jung Y. J. Ko S. K. Kim J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12958 12959
32. N. Gador E. Samoylova V. R. Smith A. Stolow D. M. Rayner W. Radloff I. V. Hertel T. Schultz J. Phys. Chem. A 2007 111 11743 11749
33. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. J. A. Montgomery, T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, Gaussian 03, Revision C.02, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
34. J. Hütter, A. Alavi, D. Deutsch, M. Bernasconi, P. Focher, E. Fois, S. Goedecker, D. Marx, M. Tuckerman and M. e. a. Parinello, CPMD, version 3.9.2 edn., IBM Research Division, MPI Festkörperforschung, Stuttgart, Germany, 1990-2005
35. S. J. Ray and K. Richardson, US5278175 A1, 1994
36. T. Kato M. Noda Chem. Pharm. Bull. 1976 24 303 309
37. S. Djafari G. Lembach H. D. Barth B. Brutschy Z. Phys. Chem. 1996 195 253 272
38. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
39. V. Barone J. Chem. Phys. 2005 122 014108
40. J. Wang R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. B 2005 110 3798 3807
41. R. F. W. Bader, Atoms in Molecules: A Quantum Theory, Oxford University Press, New York, 1990
42. R. F. W. Bader Chem. Rev. 1991 91 893
43. E. Espinosa E. Molins C. Lecomte Chem. Phys. Lett. 1998 285 170 173
44. G. J. Martyna M. E. Tuckerman J. Chem. Phys. 1999 110 2810 2821
45. N. Troullier J. L. Martins Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1991 43 1993 2006
46. M. Sprik J. Hutter M. Parrinello J. Chem. Phys. 1996 105 1142 1152
47. N. J. Singh M. Park S. K. Min S. B. Suh K. S. Kim Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 3795 3800
48. S. Karthikeyan J. N. Singh M. Park R. Kumar K. S. Kim J. Chem. Phys. 2008 128 244304
49. M. Park I. Shin N. J. Singh K. S. Kim J. Phys. Chem. A 2007 111 10692 10702
50. S. Karthikeyan M. Park I. Shin K. S. Kim J. Phys. Chem. A 2008 112 10120 10124
51. S. Nose J. Chem. Phys. 1984 81 511 519
52. S. Nose Mol. Phys. 1984 52 255 268
53. W. G. Hoover Phys. Rev. A 1985 31 1695 1697
54. U. W. Schmitt G. A. Voth J. Chem. Phys. 1999 111 9361 9381
55. R. Wu B. Brutschy J. Phys. Chem. A 2004 108 9715 9720
56. C. Plützer K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 4877 4882
57. R. Sanchez B. M. Giuliano S. Melandri L. B. Favero W. Caminati J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6287 6290
58. A. Perez M. E. Tuckerman H. P. Hjalmarson O. A. von Lilienfeld J. Am. Chem. Soc. 2010 132 11510 11515
59. R. J. Hayward B. R. Henry J. Mol. Spectrosc. 1974 50 58 67
60. P. Ottiger J. A. Frey H. M. Frey S. Leutwyler J. Phys. Chem. A 2009 113 5280 5288
61. G. M. Krishnan O. Kühn Chem. Phys. Lett. 2007 435 132 135
62. G. Wiosna-Sałyga Y. Nosenko M. Kijak R. P. Thummel B. Brutschy J. Waluk J. Phys. Chem. A 2010 114 3270 3279
63. J. R. Dwyer L. Szyc E. T. J. Nibbering T. Elsaesser J. Phys. Chem. B 2008 112 11194 11197
64. K. Heyne G. M. Krishnan O. Kühn J. Phys. Chem. B 2008 112 7909 7915
65. V. Kozich L. Szyc E. T. J. Nibbering W. Werncke T. Elsaesser Chem. Phys. Lett. 2009 473 171 175
66. N. J. Kim Y. S. Kim G. Jeong T. K. Ahn S. K. Kim Int. J. Mass Spectrom. 2002 219 11 21