Revealing anharmonic couplings and energy relaxation in DNA oligomers by ultrafast infrared spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 26, 2008, Pages 7909-7915

  Heyne, K ^a,b   Krishnan, G M ^a   Kuhn O ^a,c  

^a FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

^b MAX BORN INSTITUT   (Germany)

^c UNIVERSITY OF ROSTOCK   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEIC ACIDS; OLIGOMERS; ORGANIC ACIDS; POLYMERS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

ANHARMONIC COUPLINGS; DNA OLIGOMERS; ENERGY RELAXATIONS; ULTRAFAST INFRARED SPECTROSCOPY;

INFRARED SPECTROSCOPY;

DNA;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; TIME;

DNA; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; TIME FACTORS;

EID: 47749097485     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp711262y     Document Type: Article

References (57)

1. Letellier, R.; Ghomi, M.; Taillandier, E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1987, 4, 663.
2. Ouali, M.; Gousset, H.; Geinguenaud, F.; Liquier, J.; GabarroArpa, J.; LeBret, M.; Taillandier, E. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4816.
3. Tsuboi, M. Applied Spectroscopy Reviews 1969, 3, 45;
4. Clark, R. J. H.; Hester, R. E. Advances in Infrared and Raman Spectroscopy, Wiley Heyden Ltd.: New York, 1985; Vol. 12.
5. Florián, J.; Hrouda, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1457.
6. Florián, J.; Leszczynski, J.; Johnson, B. G. J. Mol. Struct. 1995, 349, 421.
7. Shishkin, O. V.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. 1999, 477, 15.
8. Woutersen, S.; Cristalli, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5381.
9. Krummel, A. T.; Mukherjee, P.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 9165.
10. Howard, F. B.; Miles, H. T. J. BioL Chem. 1965, 240, 801.
11. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 740.
12. Brandi, M.; Lindauer, K.; Meyer, M.; Suhnel, J. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 103.
13. Spirko, V.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 1997, 106, 1472.
14. Sponer, J.; Gabb, H. A.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biophys. J. 1997, 73, 76.
15. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2001, 573, 43.
16. Lee, C.; Park, K. H.; Kim, J. A.; Hahn, S.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114510.
17. Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114509.
18. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
19. Parvathy, V. R.; Bhaumik, S. R.; Chary, K. V. R.; Govil, G.; Liu, K. L.; Howard, F. B.; Miles, H. T. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 1500.
20. Pattabiraman, N. Biopolymers 1986, 25, 1603.
21. Pichler, A.; Rudisser, S.; Winger, R. H.; Liedl, K. R.; Hallbrucker, A.; Mayer, E. Chem. Phys. 2000, 258, 391.
22. Lee, C.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 145102.
23. Fritzsche, H. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 787.
24. Taillandier, E.; Ridoux, J. P.; Liquier, J.; Leupin, W.; Denny, W. A.; Wang, Y.; Thomas, G. A.; Peticolas, W. L. Biochemistry 1987, 26, 3361.
25. Falk, M.; Hartman, K. A.; Lord, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1963, 85, 387.
26. Vargason, J. M.; Henderson, K.; Ho, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 7265.
27. Adam, S.; Liquier, J.; Taboury, J. A.; Taillandier, E. Biochemistry 1986, 25, 3220.
28. Miles, H. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1964, 51, 1104.
29. Liquier, J.; Akhebat, A.; Taillandier, E.; Ceolin, F.; Dinh, T. H.; Igolen, J. Spectrochim. Acta A: Mol. Biomol. Spectrosc. 1991, 47, 177.
30. Sutherland, G. B. B. M.; Tsuboi, M. Proc. R. Soc. London A: Math. Phys. Sci. 1957, 239, 446.
31. Ghomi, M.; Letellier, R.; Liquier, J.; Taillandier, E. Int. J. Biochem. 1990, 22, 691.
32. Lee, C.; Park, K. H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114508.
33. Benevides, J. M.; Thomas, G. J. Nucleic Acids Res. 1983, 11, 5747.
34. Heyne, K.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Petković, M.; Kühn, O. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6083.
35. Cowan, M. L.; Bruner, B. D.; Huse, N.; Dwyer, J. R.; Chugh, B.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Miller, R. J. D. Nature 2005, 434, 199.
36. Heyne, K.; Huse, N.; Dreyer, J.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T.; Mukamel, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 902.
37. Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T. Chem. Rev 2004, 104, 1887.
38. Giese, K.; Petković, M.; Naundorf, H.; Kühn, O. Phys. Rep. 2006, 450, 211.
39. Jurecka, P.; Sponer, J.; Cerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
40. Fonseca Guerra, C.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. C.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117.
41. Villani, G. Chem. Phys. 2005, 316, 1.
42. Gorb, L.; Podolyan, Y.; Dziekonski, P.; Sokalski, W. A.; Leszczynski, J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10119.
43. Krishnan, G. M.; Kühn, O. Chem. Phys. Lett. 2007, 435, 132.
44. Brauer, B.; Gerber, R. B.; Kabelac, M.; Hobza, P.; Bakker, J. M.; Riziq, A. G. A.; de Vries, M. S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6974.
45. Krummel, A. T.; Zanni, M. T. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13991.
46. Obrien, F. E. M. J. Sci. Instrum. Phys. Ind. 1948, 25, 73.
47. Kaindl, R. A.; Wurm, M.; Reimann, K.; Hamm, P.; Weiner, A. M.; Woerner, M. J. Opt. Soc. Am. B 2000, 17, 2086.
48. Frisch, M. J.; Tracks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. C.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; CuiA, Q.; Baboul, G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision B.04; Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 2003.
49. Schneider, W.; Thiel, W. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 367.
50. Krishnan, G. M.; Kühn, O. Chem. Phys. Lett. 2007, 435, 132.
51. May, V.; Kühn, O. Charge and Energy Transfer Dynamics in Molecular Systems, 2nd ed.; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2004.
52. Meyer, H. D.; Worth, G. A. Theor. Chem. Acc. 2003, 109, 251.
53. Worth, G. A.; Beck, M. H.; Jackie, A.; Meyer, H.-D. The MCTDH Package, version 8.3; University of Heidelberg: Heidelberg, Germany, 2005.
54. Taillandier, E.; Liquier, J. Handbook of Vibrational Spectroscopy; John Wiley & Sons: Chichester, U.K., 2002; Vol. 5.
55. Nienhuys, H. K.; Woutersen, S.; van Santen, R. A.; Bakker, H. J. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1494.
56. Huse, N.; Ashihara, S.; Nibbering, E. T. J.; Elsaesser, T. Chem. Phys. Lett. 2005, 404, 389.
57. Wang, Z. H.; Pakoulev. A.; Pang, Y.; Dlott, D. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9054.