Specific photodynamics in thymine clusters: The role of hydrogen bonding

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 34, 2011, Pages 9429-9439

  Nosenko, Yevgeniy ^a,b   Kunitski, Maksim ^a   Brutschy, Bernhard ^a  

^a GOETHE UNIVERSITY   (Germany)

^b University of Koblenz Landau   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CARBONYL GROUPS; CYCLIC CLUSTERS; DARK STATE; H-BONDED; H-BONDS; HOMODIMERS; PROTONATED; SUGAR BINDING; SUPERSONIC JET CONDITIONS; TIME-SCALES; ULTRAFAST RELAXATION; UV IONIZATION;

DIMERS; HYDRATES; HYDRATION; HYDROGEN; IONIZATION; SUGARS; SUPERSONIC AERODYNAMICS;

HYDROGEN BONDS;

1 METHYLTHYMINE; 1-METHYLTHYMINE; ADENINE; DRUG DERIVATIVE; THYMINE; WATER;

ARTICLE; BASE PAIRING; BINDING SITE; CHEMISTRY; CONFORMATION; ELECTRON; HYDROGEN BOND; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; METABOLISM; PHOTOCHEMISTRY; RADIATION EXPOSURE; THERMODYNAMICS; TIME; ULTRAVIOLET RADIATION; VIBRATION;

ADENINE; BASE PAIRING; BINDING SITES; ELECTRONS; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR CONFORMATION; PHOTOCHEMICAL PROCESSES; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED; THERMODYNAMICS; THYMINE; TIME FACTORS; ULTRAVIOLET RAYS; VIBRATION; WATER;

EID: 80052230603     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111373t     Document Type: Article

References (49)

1. Cadet, J.; Sage, E.; Douki, T. Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2005, 571, 3
2. Kang, H.; Lee, K. T.; Jung, B.; Ko, Y. J.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12958
3. Crespo-Hernandez, C. E.; Cohen, B.; Hare, P. M.; Kohler, B. Chem. Rev. 2004, 104, 1977
4. Brady, B. B.; Peteanu, L. A.; Levy, D. H. Chem. Phys. Lett. 1988, 147, 538
5. He, Y. G.; Wu, C. Y.; Kong, W. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 943
6. Ullrich, S.; Schultz, T.; Zgierski, M. Z.; Stolow, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2796
7. Canuel, C.; Mons, M.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Elhanine, M. J. Chem. Phys. 2005, 122
8. Gador, N.; Samoylova, E.; Smith, V. R.; Stolow, A.; Rayner, D. M.; Radloff, W. G.; Hertel, I. V.; Schultz, T. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11743
9. Busker, M.; Nispel, M.; Haber, T.; Kleinermanns, K.; Etinski, M.; Fleig, T. ChemPhysChem 2008, 9, 1570
10. Samoylova, E.; Schultz, T.; Hertel, I. V.; Radloff, W. Chem. Phys. 2008, 347, 376
11. Gonzalez-Vazquez, J.; Gonzalez, L.; Samoylova, E.; Schultz, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 3927
12. Hudock, H. R.; Levine, B. G.; Thompson, A. L.; Satzger, H.; Townsend, D.; Gador, N.; Ullrich, S.; Stolow, A.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 8500
13. Serrano-Pérez, J. J.; González-Luque, R.; Merchán, M.; Serrano-Andrés, L. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11880
14. Etinski, M.; Fleig, T.; Marian, C. A. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11809
15. Kunitski, M.; Nosenko, Y.; Brutschy, B. ChemPhysChem 2011, DOI: 10.1002/cphc.201000985.
16. Page, R. H.; Shen, Y. R.; Lee, Y. T. J. Chem. Phys. 1988, 88, 4621
17. Riehn, C.; Lahmann, C.; Wassermann, B.; Brutschy, B. Chem. Phys. Lett. 1992, 197, 443
18. Nosenko, Y.; Kunitski, M.; Thummel, R. P.; Kyrychenko, A.; Herbich, J.; Waluk, J.; Riehn, C.; Brutschy, B. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 10000
19. Casaes, R. N.; Paul, J. B.; McLaughlin, R. P.; Saykally, R. J.; van Mourik, T. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10989
20. Choi, M. Y.; Miller, R. E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3565
21. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010
22. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281
23. Rejnek, J.; Hanus, M.; Labelac, M.; Ryjacek, F.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2006
24. Kabelac, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5804
25. Nosenko, Y.; Kunitski, M.; Riehn, C.; Harbach, P. H. P.; Dreuw, A.; Brutschy, B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 863
26. Chin, W.; Mons, M.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Gorb, L.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8237
27. Crews, B.; Abo-Riziq, A.; Grace, L.; Callahan, M.; Kabelac, M.; Hobza, P.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 3015
28. Even, U.; Jortner, J.; Noy, D.; Lavie, N.; Cossart-Magos, C. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8068
29. Nosenko, Y.; Kunitski, M.; Riehn, C.; Thummel, R. P.; Kyrychenko, A.; Herbich, J.; Waluk, J.; Brutschy, B. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1150
30. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785
31. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098
32. Wiosna-Salyga, G.; Nosenko, Y.; Kijak, M.; Thummel, R. P.; Brutschy, B.; Waluk, J. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 3270
33. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244
34. Frey, J. A.; Muller, A.; Frey, H. M.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8237
35. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553
36. Colarusso, P.; Zhang, K. Q.; Guo, B. J.; Bernath, P. F. Chem. Phys. Lett. 1997, 269, 39
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
38. Matsuda, Y.; Ebata, T.; Mikami, N. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8397
39. Florio, G. M.; Gruenloh, C. J.; Quimpo, R. C.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 11143
40. Morzyk-Ociepa, B.; Nowak, M. J.; Michalska, D. Spectrochim. Acta, Part A 2004, 60, 2113
41. Plutzer, C.; Hunig, I.; Kleinermanns, K.; Nir, E.; de Vries, M. S. ChemPhysChem 2003, 4, 838
42. Choi, M. Y.; Miller, R. E. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 2475
43. McKean, D. C. Spectrochim. Acta, Part A 1973, A 29, 1559
44. Biemann, L.; Haber, T.; Kleinermanns, K. J. Chem. Phys. 2009, 130, 5
45. Hoogsteen, K. Acta Crystallogr. 1963, 16, 28
46. Lewis, T. P.; Miles, H. T.; Becker, E. D. J. Phys. Chem. 1984, 88, 3253
47. Brutschy, B. Chem. Rev. 2000, 100, 3891
48. Etinski, M.; Marian, C. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 4915
49. Perun, S.; Sobolewski, A. L.; Domcke, W. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 9031