Calculating the sensitivity and robustness of binding free energy calculations to force field parameters

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 7, 2013, Pages 3072-3083

  Rocklin, Gabriel J ^a   Mobley, David L ^b,c   Dill, Ken A ^d  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF NEW ORLEANS   (United States)

^d STONY BROOK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84880011173     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct400315q     Document Type: Article

References (48)

1. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371, 1118-1134
2. Boyce, S. E.; Mobley, D. L.; Rocklin, G. J.; Graves, A. P.; Dill, K. A.; Shoichet, B. K. J. Mol. Biol. 2009, 394, 747-763
3. Lau, A. Y.; Roux, B. Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 283-287
4. Lin, Y.-L.; Meng, Y.; Jiang, W.; Roux, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2013, 110, 1664-1669
5. Gilson, M. K.; Given, J. A.; Bush, B. L.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1997, 72, 1047-1069
6. Leach, A. R.; Shoichet, B. K.; Peishoff, C. E. J. Med. Chem. 2006, 49, 5851-5855
7. Mobley, D. L.; Dill, K. A. Structure 2009, 17, 489-498
8. Chodera, J. D.; Mobley, D. L.; Shirts, M. R.; Dixon, R. W.; Branson, K.; Pande, V. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 150-160
9. Muddana, H. S.; Gilson, M. K. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012, 26, 517-525
10. Wong, C. F. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 3208-3209
11. Wong, C. F.; Rabitz, H. J. Phys. Chem. 1991, 95, 9628-9630
12. Schutz, C. N.; Warshel, A. Proteins 2001, 44, 400-417
13. Faver, J. C.; Benson, M. L.; He, X.; Roberts, B. P.; Wang, B.; Marshall, M. S.; Kennedy, M. R.; Sherrill, C. D.; Merz, K. M., Jr. J. Chem. Theory. Comput. 2011, 7, 790-797
14. Rosenfeld, R.; Hays, A.; Musah, R.; Goodin, D. Protein Sci. 2002, 11, 1251-1259
15. Rocklin, G. J.; Boyce, S. E.; Fischer, M.; Fish, I.; Mobley, D. L.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2013, not supplied.
16. Charifson, P. S.; Grillot, A.-L.; Grossman, T. H.; Parsons, J. D.; Badia, M.; Bellon, S.; Deininger, D. D.; Drumm, J. E.; Gross, C. H.; LeTiran, A.; Liao, Y.; Mani, N.; Nicolau, D. P.; Perola, E.; Ronkin, S.; Shannon, D.; Swenson, L. L.; Tang, Q.; Tessier, P. R.; Tian, S.-K.; Trudeau, M.; Wang, T.; Wei, Y.; Zhang, H.; Stamos, D. J. Med. Chem. 2008, 51, 5243-5263
17. Dill, K. A. J. Biol. Chem. 1997, 272, 701-704
18. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
19. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics. Modell. 2006, 25, 247-260
20. Jakalian, A.; Bush, B. L.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2000, 21, 132-146
21. Jakalian, A.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1623-1641
22. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
23. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
24. MacKerell; Bashford, D.; Bellott; Dunbrack; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
25. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
26. Flick, J. C.; Kosenkov, D.; Hohenstein, E. G.; Sherrill, C. D.; Slipchenko, L. V. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2835-2843
27. Simonson, T. Int. J. Quantum Chem. 1999, 73, 45-57
28. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144-1149
29. Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 7684-7692
30. Baker, N. A. In Methods in Enzymology; Brand, L.; Johnson, M. L., Eds.; Academic Press: Waltham, MA, 2004; Vol. 383, pp 94-118.
31. Höchtl, P.; Boresch, S.; Bitomsky, W.; Steinhauser, O. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4927-4937
32. Simonson, T.; Perahia, D. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 7987-8000
33. Patargias, G. N.; Harris, S. A.; Harding, J. H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 235103
34. Guest, W. C.; Cashman, N. R.; Plotkin, S. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 6286-6295
35. Merz, K. M. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1769-1776
36. Mackerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584-1604
37. Paton, R. S.; Goodman, J. M. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 944-955
38. Marshall, G. R. J Comput Aided Mol. Des. 2013, 27, 107-114
39. Cohen, B. E.; McAnaney, T. B.; Park, E. S.; Jan, Y. N.; Boxer, S. G.; Jan, L. Y. Science 2002, 296, 1700-1703
40. Pronk, S.; Páll, S.; Schulz, R.; Larsson, P.; Bjelkmar, P.; Apostolov, R.; Shirts, M. R.; Smith, J. C.; Kasson, P. M.; van der Spoel, D.; Hess, B.; Lindahl, E. Bioinformatics 2013, 29 (7) 845-854
41. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
42. Banci, L.; Carloni, P.; Savellini, G. G. Biochemistry 1994, 33, 12356-12366
43. Rocklin, G. J.; Mobley, D. L.; Dill, K. A. JCP: BioChemical Physics 2013, 7, 02B614-02B614
44. Alexov, E. G.; Gunner, M. R. Biophys. J. 1997, 72, 2075-2093
45. Georgescu, R. E.; Alexov, E. G.; Gunner, M. R. Biophys. J. 2002, 83, 1731-1748
46. Mobley, D. L.; Dumont, é.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2242-2254
47. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 2006, 125
48. Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10037-10041