A theory for the anisotropic and inhomogeneous dielectric properties of proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 13, 2011, Pages 6286-6295

  Guest, Will C ^a   Cashman, Neil R ^a   Plotkin, Steven S ^a  

^a UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ANISOTROPY; ARTICLE; CHEMISTRY; STATIC ELECTRICITY;

ANISOTROPY; PROTEINS; STATIC ELECTRICITY;

EID: 79952731796     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0cp02061c     Document Type: Article

References (52)

1. H. Lorentz, The theory of electrons and its applications to the phenomena of light and radiant heat, B.G. Teubner, Leipzig, 1916
2. J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1939 7 911 919
3. G. Oster J. G. Kirkwood J. Chem. Phys. 1943 11 175 178
4. N. F. Mott M. J. Littleton Trans. Faraday Soc. 1938 34 485 489
5. P. Debye Phys. Z. 1935 36 103
6. L. Onsager J. Am. Chem. Soc. 1936 58 1486 1493
7. H. Nakamura T. Sakamoto A. Wada Protein Eng., Des. Sel. 1988 2 177
8. J. W. Pitera M. Falta W. F. van Gunsteren Biophys. J. 2001 80 2546
9. T. Simonson D. Perahia A. T. Brunger Biophys. J. 1991 59 670 690
10. T. Simonson D. Perahia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 1082 1086
11. T. Simonson Curr. Opin. Struct. Biol. 2001 11 243 252
12. A. Masunov T. Lazaridis J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1722 1730
13. T. Simonson J. Carlsson D. A. Case J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4167 4180
14. D. Voges A. Karshikoff J. Chem. Phys. 2000 108 2219 2227
15. N. A. Baker D. Sept S. Joseph M. J. Holst J. A. McCammon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 10037 10041
16. W. Rocchia S. Sridharan A. Nicholls E. Alexov A. Chiabrera B. Honig J. Comput. Chem. 2002 23 128 137
17. N. Okimoto N. Futatsugi H. Fuji A. Suenaga G. Morimoto R. Yanai Y. Ohno T. Narumi M. Taiji PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000528
18. N. A. Baker Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 137 143
19. A. R. Fersht M. J. Sternberg Protein Eng., Des. Sel. 1989 2 527 530
20. W. C. Guest N. R. Cashman S. S. Plotkin Biochem. Cell Biol. 2010 88 371 381
21. M. Kardar, Statistical Physics of Fields, Cambridge, New York, 2007
22. H. Lilliefors J. Am. Stat. Assoc. 1967 62 399 402
23. J. C. Phillips R. Braun W. Wang J. Gumbart E. Tajkorshid E. Villa C. Chipot R. D. Skeel L. Kale K. Schulten J. Comput. Chem. 2005 26 1781 1802
24. B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187 217
25. A. D. MacKerel Jr, B. Brooks, C. Brooks III, L. Nilsson, B. Roux, Y. Won and M. Karplus, in CHARMM: The Energy Function and Its Parameterization with an Overview of the Program, ed., P. v. R. Schleyer et al., John Wiley & Sons, Chichester, 1998, vol. 1, pp. 271-277
26. M. Mezard, G. Parisi and M. A. Virasaro, Spin Glass Theory and Beyond, World Scientific Press, Singapore, 1986
27. X. Song J. Chem. Phys. 2002 116 9359 9363
28. U. Kaatze R. Behrends R. Pottel J. Non-Cryst. Solids 2002 305 19 28
29. S. Bandyopadhyay S. Chakraborty B. Bagchi J. Am. Chem. Soc. 2005 127 16660 16667
30. A. Das C. Mukhopadhyay J. Phys. Chem. B 2009 113 12816 12824
31. R. C. Jones Phys. Rev. 1945 68 93 96
32. E. Mele Am. J. Phys. 2001 69 557 562
33. L. Serrano A. Horovitz B. Avron M. Bycroft A. R. Fersht Biochemistry 1990 29 9343 9352
34. A. Horovitz A. R. Fersht J. Mol. Biol. 1990 214 613 617
35. H. A. Stern S. E. Feller J. Chem. Phys. 2003 118 3401 3412
36. H. Nymeyer H.-X. Zhou Biophys. J. 2008 94 1185 1193
37. Z. S. Hendsch C. V. Sindelar B. Tidor J. Phys. Chem. B 1998 102 4404 4410
38. M. K. Gilson B. H. Honig Biopolymers 1986 25 2097 2119
39. G. N. Patargias S. A. Harris J. H. Harding J. Chem. Phys. 2010 132 235103
40. J. Antosiewicz J. A. McCammon M. K. Gilson J. Mol. Biol. 1994 238 415 436
41. H. Frohlich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1975 72 4211 4215
42. A. Warshel, Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions, John Wiley & Sons, New York, 1991
43. R. F. Grote J. T. Hynes J. Chem. Phys. 1980 73 2715 2732
44. W. H. Miller J. Chem. Phys. 1974 61 1823 1834
45. E. Pollak S. Tucker B. J. Berne Phys. Rev. Lett. 1990 65 1399 1402
46. S. S. Plotkin P. G. Wolynes Phys. Rev. Lett. 1998 80 5015 5018
47. S. S. Plotkin J. N. Onuchic Q. Rev. Biophys. 2002 35 205 286
48. B. Tarus J. E. Straub D. Thirumalai J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16159 16168
49. G. Reddy J. E. Straub D. Thirumalai J. Phys. Chem. B 2009 113 1162 1172
50. J. A. Lemkul D. R. Bevan J. Phys. Chem. B 2010 114 1652 1660
51. J. Luo J. D. Marechal S. Warmlander A. Graslund A. Peralvarez-Marin PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000663
52. D. G. Isom C. A. Castaneda B. R. Cannon P. D. Velu B. Garcia-Moreno E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 16096 16100