Predicting the effect of lipid structure on mesophase formation during in meso crystallization

Crystal Growth and Design

Volumn 13, Issue 7, 2013, Pages 3126-3137

  Le, Tu C ^a   Conn, Charlotte E ^a   Burden, Frank R ^a   Winkler, David A ^a,b  

^a CSIRO   (Australia)

^b MONASH UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HIGH-THROUGHPUT; LIPID STRUCTURES; MEMBRANE PROTEINS; MESOPHASE FORMATION; MODELING APPROACH; MULTIPLE COMPONENTS; REGULARIZED NEURAL NETWORKS; SMALL ANGLE X-RAY SCATTERING;

BIOLOGICAL MEMBRANES; PROTEINS;

LIPIDS;

EID: 84879855828     PISSN: 15287483     EISSN: 15287505     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cg400513y     Document Type: Article

References (50)

1. Conn, C. E.; Drummond, C. J. Soft Matter 2013, 9 (13) 3449-3464
2. Seddon, J. M.; Templer, R. H. Phil. Trans. R. Soc. London A 1993, 344 (1672) 377-401
3. Le, T. C.; Mulet, X.; Burden, F. R.; Winkler, D. A. Mol. Pharmaceutics 2013, 10 (4) 1368-77
4. Shimamura, T.; Shiroishi, M.; Weyand, S.; Tsujimoto, H.; Winter, G.; Katritch, V.; Abagyan, R.; Cherezov, V.; Liu, W.; Han, G. W.; Kobayashi, T.; Stevens, R. C.; Iwata, S. Nature 2011, 475 (7354) 65-U82
5. Rasmussen, S. G.; Choi, H. J.; Rosenbaum, D. M.; Kobilka, T. S.; Thian, F. S.; Edwards, P. C.; Burghammer, M.; Ratnala, V. R.; Sanishvili, R.; Fischetti, R. F.; Schertler, G. F.; Weis, W. I.; Kobilka, B. K. Nature 2007, 450 (7168) 383-7
6. Caffrey, M. Ann. Rev. Biophys. 2009, 38, 29-51
7. Caffrey, M.; Cherezov, V. Nat. Protoc. 2009, 4 (5) 706-31
8. Conn, C. E.; Darmanin, C.; Mulet, X.; Hawley, A.; Drummond, C. J. Soft Matter 2012, 8 (26) 6884-6896
9. Conn, C. E.; Darmanin, C.; Mulet, X.; Le Cann, S.; Kirby, N.; Drummond, C. J. Soft Matter 2012, 8 (7) 2310-2321
10. Liu, W.; Chun, E.; Thompson, A. A.; Chubukov, P.; Xu, F.; Katritch, V.; Han, G. W.; Roth, C. B.; Heitman, L. H.; IJzerman, A. P.; Cherezov, V.; Stevens, R. C. Science 2012, 337 (6091) 232-236
11. Rasmussen, S. G. F.; DeVree, B. T.; Zou, Y. Z.; Kruse, A. C.; Chung, K. Y.; Kobilka, T. S.; Thian, F. S.; Chae, P. S.; Pardon, E.; Calinski, D.; Mathiesen, J. M.; Shah, S. T. A.; Lyons, J. A.; Caffrey, M.; Gellman, S. H.; Steyaert, J.; Skiniotis, G.; Weis, W. I.; Sunahara, R. K.; Kobilka, B. K. Nature 2011, 477 (7366) 549-U311
12. Hanson, M. A.; Cherezov, V.; Griffith, M. T.; Roth, C. B.; Jaakola, V. P.; Chien, E. Y. T.; Velasquez, J.; Kuhn, P.; Stevens, R. C. Structure 2008, 16 (6) 897-905
13. Wacker, D.; Fenalti, G.; Brown, M. A.; Katritch, V.; Abagyan, R.; Cherezov, V.; Stevens, R. C. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (33) 11443-11445
14. Chien, E. Y.; Liu, W.; Zhao, Q.; Katritch, V.; Han, G. W.; Hanson, M. A.; Shi, L.; Newman, A. H.; Javitch, J. A.; Cherezov, V.; Stevens, R. C. Science 2010, 330 (6007) 1091-5
15. Shimamura, T.; Shiroishi, M.; Weyand, S.; Tsujimoto, H.; Winter, G.; Katritch, V.; Abagyan, R.; Cherezov, V.; Liu, W.; Han, G. W.; Kobayashi, T.; Stevens, R. C.; Iwata, S. Nature 2011, 475 (7354) 65-U82
16. Haga, K.; Kruse, A. C.; Asada, H.; Yurugi-Kobayashi, T.; Shiroishi, M.; Zhang, C.; Weis, W. I.; Okada, T.; Kobilka, B. K.; Haga, T.; Kobayashi, T. Nature 2012, 482 (7386) 547-U147
17. Tiefenbrunn, T.; Liu, W.; Chen, Y.; Katritch, V.; Stout, C. D.; Fee, J. A.; Cherezov, V. PLoS One 2011, 6, 7
18. Lyons, J. A.; Aragao, D.; Slattery, O.; Pisliakov, A. V.; Soulimane, T.; Caffrey, M. Nature 2012, 487 (7408) 514-U137
19. Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 291 (4) 899-911
20. Gordeliy, V. I.; Labahn, J.; Moukhametzianov, R.; Efremov, R.; Granzin, J.; Schlesinger, R.; Buldt, G.; Savopol, T.; Scheidig, A. J.; Klare, J. P.; Engelhard, M. Nature 2002, 419 (6906) 484-487
21. Efremov, R. G.; Sazanov, L. A. J. Struct. Biol. 2012, 178 (3) 311-318
22. Hofer, N.; Aragao, D.; Lyons, J. A.; Caffrey, M. Cryst. Growth Des. 2011, 11 (4) 1182-1192
23. Katona, G.; Andreasson, U.; Landau, E. M.; Andreasson, L. E.; Neutze, R. J. Mol. Biol. 2003, 331 (3) 681-692
24. Liao, J.; Li, H.; Zeng, W. Z.; Sauer, D. B.; Belmares, R.; Jiang, Y. X. Science 2012, 335 (6069) 686-690
25. Darmanin, C.; Conn, C. E.; Newman, J.; Mulet, X.; Seabrook, S.; Liang, Y.-L.; Hawley, A.; Varghese, J. N.; Drummond, C. J. ACS Comb. Sci. 2012, 14 (4) 247-252
26. Barauskas, J.; Landh, T. Langmuir 2003, 19 (23) 9562-9565
27. Sagnella, S. M.; Conn, C. E.; Krodkiewska, I.; Drummond, C. J. Soft Matter 2009, 5 (23) 4823-4834
28. Le, T. C.; Conn, C. E.; Burden, F. R.; Winkler, D. A. Cryst. Growth Des. 2013, 13 (3) 1267-1276
29. Burden, F. R.; Winkler, D. A. QSAR Comb. Science 2009, 28 (6-7) 645-653
30. Burden, F. R.; Winkler, D. A. QSAR Comb. Sci. 2009, 28 (10) 1092-1097
31. Hutt, O. E.; Mulet, X.; Savage, G. P. ACS Comb. Sci. 2012, 14 (10) 565-569
32. Perrakis, A.; Newman, J.; Egan, D.; Walter, T. S.; Meged, R.; Berry, I.; Ben Jelloul, M.; Sussman, J. L.; Stuart, D. I. Acta Crystallogr. D 2005, 61, 1426-1431
33. Burden, F. R. Quant. Struct.-Act. Relat. 1996, 15 (1) 7-11
34. Winkler, D. A.; Burden, F. R. Mol. Simul. 2000, 24 (4-6) 243-258
35. Burden, F. R.; Polley, M. J.; Winkler, D. A. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49 (3) 710-715
36. TALETE srl Dragon for Windows (Software for Molecular Descriptor Calculations), 2.2; 2007.
37. Todeschini, R.; Consonni, V. Handbook of Molecular Descriptors; Wiley-VCH: Weinheim, 2000.
38. Viswanadhan, V. N.; Ghose, A. K.; Revankar, G. R.; Robins, R. K. J. Chem. Inf. Comp. Sci. 1989, 29 (3) 163-172
39. Ertl, P.; Rohde, B.; Selzer, P. J. Med. Chem. 2000, 43 (20) 3714-3717
40. Moriguchi, I.; Hirono, S.; Liu, Q.; Nakagome, I.; Matsushita, Y. Chem. Pharm. Bull. 1992, 40 (1) 127-130
41. Polley, M. J.; Winkler, D. A.; Burden, F. R. J. Med. Chem. 2004, 47 (25) 6230-6238
42. Tarasova, A.; Burden, F.; Gasteiger, J.; Winkler, D. A. J. Mol. Graph. Model. 2010, 28 (7) 593-597
43. Burden, F. R.; Winkler, D. A. J. Med. Chem. 1999, 42 (16) 3183-3187
44. Cherezov, V.; Fersi, H.; Caffrey, M. Biophys. J. 2001, 81 (1) 225-42
45. Vargas, R.; Mateu, L.; Romero, A. Chem. Phys. Lipids 2004, 127 (1) 103-111
46. Fong, C.; Le, T.; Drummond, C. J. Chem. Soc. Rev. 2012, 41 (3) 1297-322
47. Gong, X. J.; Moghaddam, M. J.; Sagnella, S. M.; Conn, C. E.; Mulet, X.; Danon, S. J.; Waddington, L. J.; Drummond, C. J. Soft Matter 2011, 7 (12) 5764-5776
48. Liu, G. Z.; Conn, C. E.; Drummond, C. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113 (49) 15949-15959
49. Sagnella, S. M.; Conn, C. E.; Krodkiewska, I.; Drummond, C. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13 (29) 13370-13381
50. Briggs, J.; Chung, H.; Caffrey, M. J. Phys. (Paris) 1996, 6 (5) 723-751