What stabilizes close arginine pairing in proteins?

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 15, Issue 16, 2013, Pages 5844-5853

  Lee, Dongseon ^a   Lee, Juyong ^a,b   Seok, Chaok ^a  

^a Seoul National University   (South Korea)

^b NATIONAL HEART LUNG AND BLOOD INSTITUTE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARGININE; PROTEIN; SOLVENT;

ARTICLE; CHEMISTRY; KINETICS; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN DATABASE; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

ARGININE; DATABASES, PROTEIN; KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEINS; SOLVENTS; STATIC ELECTRICITY; THERMODYNAMICS;

EID: 84876557365     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3cp00160a     Document Type: Article

References (48)

1. L. X. Dang B. M. Pettitt J. Phys. Chem. 1990 94 4303 4308
2. R. Zangi J. Chem. Phys. 2012 136 184501 184511
3. P. Auffinger L. Bielecki E. Westhof Structure 2004 12 379 388
4. J. Singh and J. M. Thornton, Atlas of Protein Side-Chain Interactions, IRL press, Oxford, UK, 1992
5. A. Magalhaes B. Maigret J. Hoflack J. N. F. Gomes H. A. Scheraga J. Protein Chem. 1994 13 195 215
6. J.-C. Soetens C. Millot C. Chipot G. Jansen J. G. Ángyán B. Maigret J. Phys. Chem. B 1997 101 10910 10917
7. M. A. C. Neves M. Yeager R. Abagyan J. Phys. Chem. B 2012 116 7006 7013
8. S. Boudon G. Wipff B. Maigret J. Phys. Chem. 1990 94 6056 6061
9. M. Vazdar J. Vymětal J. Heyda J. VondráŠek P. Jungwirth J. Phys. Chem. A 2011 115 11193 11201
10. A. Masunov T. Lazaridis J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1722 1730
11. P. E. Mason J. W. Brady G. W. Neilson C. E. Dempsey Biophys. J. 2007 93 L04 L06
12. J. VondráŠek P. E. Mason J. Heyda K. D. Collins P. Jungwirth J. Phys. Chem. B 2009 113 9041 9045
13. M. Vazdar F. Uhlig P. Jungwirth J. Phys. Chem. Lett. 2012 3 2021 2024
14. D. Pednekar A. Tendulkar S. Durani Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 74 155 163
15. S. Marsili R. Chelli V. Schettino P. Procacci Phys. Chem. Chem. Phys. 2008 10 2673 2685
16. C. L. Nandi J. Singh J. M. Thornton Protein Eng. 1993 6 247 259
17. G. Wang R. L. Dunbrack Jr. Nucleic Acids Res. 2005 33 W94 W98
18. L. Brocchieri S. Karlin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 9297 9301
19. B. Lee F. M. Richards J. Mol. Biol. 1971 55 379 400
20. S. J. Hubbard and J. M. Thornton, NACCESS, Computer Program, Department of Biochemistry and Molecular Biology, University College London, 1993
21. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
22. G. D. Hawkins C. J. Cramer D. G. Truhlar J. Phys. Chem. 1996 100 19824 19839
23. G. D. Hawkins C. J. Cramer D. G. Truhlar Chem. Phys. Lett. 1995 246 122 129
24. V. Tsui D. A. Case Biopolymers 2000 56 275 291
25. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
26. A. Weis K. Katebzadeh P. Söderhjelm I. Nilsson U. Ryde J. Med. Chem. 2006 49 6596 6606
27. R. J. Loncharich B. R. Brooks R. W. Pastor Biopolymers 1992 32 523 535
28. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 2000 98 10089 10092
29. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Chem. 1977 23 327 341
30. J. Lee D. Lee H. Park E. A. Coutsias C. Seok Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010 78 3428 3436
31. J. Ko D. Lee H. Park E. A. Coutsias J. Lee C. Seok Nucleic Acids Res. 2011 39 W210 W214
32. B. Kuhn P. A. Kollman M. Stahl J. Comput. Chem. 2004 25 1865 1872
33. B. Raton, in CRC Handbook of Chemistry and Physics: A Ready Reference Book of Chemical and Physical Data, ed., D. R. Lide, CRC Press, Florida, 81th edn, 2000
34. R. Luo L. David M. K. Gilson J. Comput. Chem. 2002 23 1244 1253
35. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schäffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
36. B. E. Suzek H. Huang P. McGarvey R. Mazumder C. H. Wu Bioinformatics 2007 23 1282 1288
37. K. Katoh K. Misawa K. Kuma T. Miyata Nucleic Acids Res. 2002 30 3059 3066
38. M. J. Harms J. L. Schlessman G. R. Sue B.E. García-Moreno Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 18954 18959
39. J. Yoo Q. Cui Biophys. J. 2008 94 L61 L63
40. A. Pintar O. Carugo S. Pongor Bioinformatics 2003 19 313 314
41. Y. Xu A. R. Dewanti B. Mitra Biochemistry 2002 41 12313 12319
42. J. Xu G. A. Voth Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2008 1777 196 201
43. J. Qian D. A. Mills L. Geren K. Wang C. W. Hoganson B. Schmidt C. Hiser G. T. Babcock B. Durham F. Millett S. Ferguson-Miller Biochemistry 2004 43 5748 5756
44. B. D. Persson S. Müller D. M. Reiter B. B. T. Schmitt M. Marttila C. V. Sumowski S. Schweizer U. Scheu C. Ochsenfeld N. Arnberg T. Stehle J. Virol. 2008 83 673 686
45. R. A. Laskowski Bioinformatics 2007 23 1824 1827
46. V. Kulik M. Weyand R. Seidel D. Niks D. Arac M. F. Dunn I. Schlichting J. Mol. Biol. 2002 324 677 690
47. L. Gakhar Z. A. Malik C. C. Allen D. A. Lipscomb M. J. Larkin S. Ramaswamy J. Bacteriol. 2005 187 7222 7231
48. A. Teplyakov F. Obmolova P. P. Khil A. J. Howard R. D. Camerini-Otero G. L. Gilliland Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2003 51 315 318