Unusual arginine formations in protein function and assembly: Rings, strings, and stacks

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 23, 2012, Pages 7006-7013

  Neves, Marco A C ^a,b   Yeager, Mark ^c,d,e   Abagyan, Ruben ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^b UNIVERSITY OF COIMBRA   (Portugal)

^c UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

^d SCRIPPS RESEARCH INSTITUTE   (United States)

^e UNIVERSITY OF VIRGINIA HEALTH SYSTEM   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONTACTS (FLUID MECHANICS); HYDROGEN BONDS; LIPIDS; MOLECULES; NUCLEIC ACIDS; OLIGOMERIZATION; OLIGOMERS; PROTEINS;

BRIDGING EFFECTS; ELECTROSTATIC REPULSION; NEGATIVELY CHARGED; OLIGOMERIC PROTEINS; POSITIVELY CHARGED; PROTEIN FUNCTIONS; PROTEIN STRUCTURES; PROTEIN-PROTEIN INTERFACE;

ARGININE;

EID: 84862288756     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3009699     Document Type: Article

References (54)

1. Calnan, B. J.; Tidor, B.; Biancalana, S.; Hudson, D.; Frankel, A. D. Science 1991, 252, 1167-1171
2. Matsuo, M.; Huang, C.-H.; Huang, L. C. Biochem. J. 1978, 173, 441-447
3. Williams, M. L.; Gready, J. E. J. Comput. Chem. 1989, 10, 35-54
4. Tsai, C.-J.; Lin, S. L.; Wolfson, H. J.; Nussinov, R. Protein Sci. 1997, 6, 53-64
5. Barlow, D. J.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1983, 168, 867-885
6. Burley, S. K.; Petsko, G. A. FEBS Lett. 1986, 203, 139-143
7. Flocco, M. M.; Mowbray, S. L. J. Mol. Biol. 1994, 235, 709-717
8. Guillén Schlippe, Y. V.; Hedstrom, L. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 266-278
9. Bogan, A. A.; Thorn, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1-9
10. Ben-Shimon, A.; Eisenstein, M. J. Mol. Biol. 2010, 402, 259-277
11. Bordner, A. J.; Abagyan, R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 60, 353-366
12. Kufareva, I.; Budagyan, L.; Raush, E.; Totrov, M.; Abagyan, R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 67, 400-417
13. Magalhaes, A.; Maigret, B.; Hoflack, J.; Gomes, J. N. F.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1994, 13, 195-215
14. Ganser-Pornillos, B. K.; Yeager, M.; Sundquist, W. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 203-217
15. Pornillos, O.; Ganser-Pornillos, B. K.; Yeager, M. Nature 2011, 469, 424-427
16. Pornillos, O.; Ganser-Pornillos, B. K.; Kelly, B. N.; Hua, Y.; Whitby, F. G.; Stout, C. D.; Sundquist, W. I.; Hill, C. P.; Yeager, M. Cell 2009, 137, 1282-1292
17. Abagyan, R.; Totrov, M.; Kuznetsov, D. J. Comput. Chem. 1994, 15, 488-506
18. Neves, M. A. C.; Totrov, M.; Abagyan, R. Submitted for publication, 2011.
19. Rose, P. W.; Beran, B.; Bi, C.; Bluhm, W. F.; Dimitropoulos, D.; Goodsell, D. S.; Prlić, A.; Quesada, M.; Quinn, G. B.; Westbrook, J. D.; Young, J.; Yukich, B.; Zardecki, C.; Berman, H. M.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2011, 39, D392-D401
20. Kleywegt, G. J.; Harris, M. R.; Zou, J.-Y.; Taylor, T. C.; Wählby, A.; Jones, T. A. Acta Crystallogr., Sect. D 2004, D60, 2240-2249
21. Bottegoni, G.; Kufareva, I.; Totrov, M.; Abagyan, R. J. Med. Chem. 2009, 52, 397-406
22. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 490-519
23. Argos, P. Protein Eng. 1988, 2, 101-113
24. Janin, J.; Miller, S.; Chothia, C. J. Mol. Biol. 1988, 204, 155-164
25. Wang, W.-C.; Chiu, W.-C.; Hsu, S.-K.; Wu, C.-L.; Chen, C.-Y.; Liu, J.-S.; Hsu, W.-H. J. Mol. Biol. 2004, 342, 155-169
26. Chiu, W.-C.; You, J.-Y.; Liu, J.-S.; Hsu, S.-K.; Hsu, W.-H.; Shih, C.-H.; Hwang, J.-K.; Wang, W.-C. J. Mol. Biol. 2006, 359, 741-753
27. Maita, N.; Hatakeyama, K.; Okada, K.; Hakoshima, T. J. Biol. Chem. 2004, 279, 51534-51540
28. Munch-Petersen, B.; Tyrsted, G.; Cloos, L. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15621-15625
29. Nishimasu, H.; Fushinobu, S.; Shoun, H.; Wakagi, T. J. Bacteriol. 2006, 188, 2014-2019
30. Nishimasu, H.; Fushinobu, S.; Shoun, H.; Wakagi, T. J. Biol. Chem. 2007, 282, 9923-9931
31. Welin, M.; Kosinska, U.; Mikkelsen, N.-E.; Carnrot, C.; Zhu, C.; Wang, L.; Eriksson, S.; Munch-Petersen, B.; Eklund, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17970-17975
32. Baumeister, W.; Walz, J.; Zühl, F.; Seemüller, E. Cell 1998, 92, 367-380
33. Saibil, H. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 251-258
34. Pereira, J. H.; Ralston, C. Y.; Douglas, N. R.; Meyer, D.; Knee, K. M.; Goulet, D. R.; King, J. A.; Frydman, J.; Adams, P. D. J. Biol. Chem. 2010, 285, 27958-27966
35. Groll, M.; Brandstetter, H.; Bartunik, H.; Bourenkow, G.; Huber, R. J. Mol. Biol. 2003, 327, 75-83
36. Ganser-Pornillos, B. K.; von Schwedler, U. K.; Stray, K. M.; Aiken, C.; Sundquist, W. I. J. Virol. 2004, 78, 2545-2552
37. Kerfeld, C. A.; Sawaya, M. R.; Tanaka, S.; Nguyen, C. V.; Phillips, M.; Beeby, M.; Yeates, T. O. Science 2005, 309, 936-938
38. Tanaka, S.; Kerfeld, C. A.; Sawaya, M. R.; Cai, F.; Heinhorst, S.; Cannon, G. C.; Yeates, T. O. Science 2008, 319, 1083-1086
39. Ritsert, K.; Huber, R.; Turk, D.; Ladenstein, R.; Schmidt-Bäse, K.; Bacher, A. J. Mol. Biol. 1995, 253, 151-167
40. Macedo, S.; Romão, C. V.; Mitchell, E.; Matias, P. M.; Liu, M. Y.; Xavier, A. V.; LeGall, J.; Teixeira, M.; Lindley, P.; Carrondo, M. A. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 285-290
41. Mura, C.; Cascio, D.; Sawaya, M. R.; Eisenberg, D. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 5532-5537
42. Moraes, T. F.; Bains, M.; Hancock, R. E. W.; Strynadka, N. C. J. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 85-87
43. Moynié, L.; Giraud, M.-F.; Georgescauld, F.; Lascu, I.; Dautant, A. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 67, 755-765
44. Zhang, X.; Meining, W.; Fischer, M.; Bacher, A.; Ladenstein, R. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1099-1114
45. Xiao, B.; Singh, S. P.; Nanduri, B.; Awasthi, Y. C.; Zimniak, P.; Ji, X. Biochemistry 1999, 38, 11887-11894
46. Meissner, B.; Schleicher, E.; Weber, S.; Essen, L.-O. J. Biol. Chem. 2007, 282, 33142-33154
47. Pitcher, R. S.; Brissett, N. C.; Picher, A. J.; Andrade, P.; Juarez, R.; Thompson, D.; Fox, G. C.; Blanco, L.; Doherty, A. J. J. Mol. Biol. 2007, 366, 391-405
48. Dall'Aglio, P.; Arthur, C. J.; Williams, C.; Vasilakis, K.; Maple, H. J.; Crosby, J.; Crump, M. P.; Hadfield, A. T. Biochemistry 2011, 50, 5704-5717
49. Erlanson, D. A.; Lam, J. W.; Wiesmann, C.; Luong, T. N.; Simmons, R. L.; DeLano, W. L.; Choong, I. C.; Burdett, M. T.; Flanagan, W. M.; Lee, D.; Gordon, E. M.; O'Brien, T. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 308-314
50. Riise, E. K.; Lorentzen, M. S.; Helland, R.; Smalås, A. O.; Leiros, H.-K. S.; Willassen, N. P. Acta Crystallogr., Sect. D 2007, 63, 135-148
51. Kambach, C.; Walke, S.; Young, R.; Avis, J. M.; de la Fortelle, E.; Raker, V. A.; Lührmann, R.; Li, J.; Nagai, K. Cell 1999, 96, 375-387
52. Tanaka, Y.; Nakagawa, N.; Kuramitsu, S.; Yokoyama, S.; Masui, R. J. Biochem. 2005, 138, 263-275
53. Mura, C.; Kozhukhovsky, A.; Gingery, M.; Phillips, M.; Eisenberg, D. Protein Sci. 2003, 12, 832-847
54. Klinke, S.; Zylberman, V.; Bonomi, H. R.; Haase, I.; Guimarães, B. G.; Braden, B. C.; Bacher, A.; Fischer, M.; Goldbaum, F. A. J. Mol. Biol. 2007, 373, 664-680