Thermodynamics of stacking interactions in proteins

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 19, 2008, Pages 2673-2685

  Marsili, Simone ^a,b   Chelli, Riccardo ^a,b   Schettino, Vincenzo ^a,b   Procacci, Piero ^a,b  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ARTICLE; CHEMISTRY; PROTEIN DATABASE; THERMODYNAMICS;

DATABASES, PROTEIN; PROTEINS; THERMODYNAMICS;

EID: 43449136754     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b718519g     Document Type: Article

References (41)

1. J. C. Ma D. A. Dougherty Chem. Rev. 1997 97 1303
2. E. A. Meyer R. K. Castellano F. Diederich Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 1210
3. P. de Hoog P. Gamez H. Mutikainen U. Turpeinen J. Reedijk Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 5815
4. Y. Seol G. M. Skinner K. Visscher A. Buhot A. Halperin Phys. Rev. Lett. 2007 98 158103
5. G. B. McGaughey M. Gagné A. K. Rappé J. Biol. Chem. 1998 273 15458
6. R. Chelli F. L. Gervasio P. Procacci V. Schettino Proteins 2004 55 139
7. M. R. Jackson R. Beahm S. Duvvuru C. Narasimhan J. Wu H. N. Wang V. M. Philip R. J. Hinde E. E. Howell J. Phys. Chem. B 2007 111 8242
8. E. C. Lee D. Kim P. Jurecka P. Tarakeshwar P. Hobza K. S. Kim J. Phys. Chem. A 2007 111 3446
9. F. L. Gervasio R. Chelli P. Procacci V. Schettino Proteins: Struct., Funct., Genet. 2002 48 117
10. R. Chelli F. L. Gervasio P. Procacci V. Schettino J. Am. Chem. Soc. 2002 124 6133
11. F. L. Gervasio P. Procacci G. Cardini A. Guarna A. Giolitti V. Schettino J. Phys. Chem. B 2000 104 1108
12. F. L. Gervasio R. Chelli M. Marchi P. Procacci V. Schettino J. Phys. Chem. B 2001 105 7835
13. M. Kabelac F. Ryjacek P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 4906
14. S. Boudon G. Wipff B. Maigret J. Phys. Chem. 1990 94 6056
15. A. Masunov T. Lazaridis J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1722
16. F. Bemporad N. Taddei M. Stefani F. Chiti Protein Sci. 2006 15 862
17. O. S. Makin E. Atkins P. Sikorski J. Johansson L. C. Serpell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 315
18. E. Gazit FASEB J. 2002 16 77
19. K. Tenidis M. Waldner J. Bernhagen W. Fischle M. Bergmann M. Weber M.-L. Merkle W. Voelter H. Brunner A. Kapurniotu J. Mol. Biol. 2000 295 1055
20. Y. Porat Y. Mazor S. Efrat E. Gazit Biochemistry 2004 43 14454
21. S. E. Thompson D. B. Smithrud J. Am. Chem. Soc. 2002 124 442
22. N. V. Buchete R. Tycko G. Hummer J. Mol. Biol. 2005 353 804
23. P. E. Mason G. W. Neilson C. E. Dempsey A. C. Barnes J. M. Cruickshank Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 4557
24. Y. J. Zhang P. S. Cremer Curr. Opin. Chem. Biol. 2006 10 658
25. F. Hofmeister Arch. Exp. Pathol. Pharmakol. 1888 24 247
26. K. D. Collins M. W. Washabaugh Q. Rev. Biophys. 1985 18 323
27. S. K. Burley G. A. Petsko Science 1985 229 23
28. M. Levitt M. F. Perutz J. Mol. Biol. 1988 201 751
29. J. B. O. Mitchell C. L. Nandi I. K. McDonald J. M. Thornton S. L. Price J. Mol. Biol. 1994 239 315
30. H. M. Berman J. Westbrook Z. Feng G. Gilliland T. N. Bhat H. Weissig I. N. Shindyalov P. E. Bourne Nucleic Acids Res. 2000 28 235
31. P. Chakrabarti R. Bhattacharyya Prog. Biophys. Mol. Biol. 2007 95 83
32. A. G. Murzin S. E. Brenner T. Hubbard C. Chothia J. Mol. Biol. 1995 247 536
33. L. Holm C. Ouzounis C. Sander G. Tuparev G. Vriend Protein Sci. 1992 1 1691
34. A. G. Murzin S. E. Brenner T. Hubbard C. Chothia J. Mol. Biol. 1995 247 536
35. S. Miyazawa R. L. Jernigan Macromolecules 1985 18 534
36. C. Zhang S. H. Kim Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 2550
37. S. Hayryan C.-K. Hu J. Skrivanek E. Hayryan I. Pokorny J. Comput. Chem. 2005 26 334
38. A. Shrake J. A. Rupley J. Mol. Biol. 1973 79 351
39. D. Kim P. Tarakeshwar K. S. Kim J. Phys. Chem. A 2004 108 1250
40. D. Kim E. C. Lee K. S. Kim P. Tarakeshwar J. Phys. Chem. A 2007 111 7980
41. F. L. Gervasio R. Chelli P. Procacci V. Schettino J. Phys. Chem. A 2002 106 2945