Potentials of mean force between ionizable amino acid side chains in water

Journal of the American Chemical Society

Volumn 125, Issue 7, 2003, Pages 1722-1730

  Masunov, Artëm ^a   Lazaridis, Themis ^a  

^a CITY COLLEGE OF NEW YORK   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTONATION;

IONS; MOLECULAR DYNAMICS; WATER;

AMINO ACIDS;

AMINO ACID; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL INTERACTION; DIELECTRIC CONSTANT; HISTOGRAM; IONIZATION; MOLECULAR DYNAMICS; PROTON TRANSPORT; SIMULATION; SOLVATION;

AMINO ACIDS; CATIONS, MONOVALENT; CHLORIDES; ELECTROCHEMISTRY; HYDROGEN BONDING; POTASSIUM; WATER;

EID: 0037442915     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja025521w     Document Type: Article

References (66)

1. Perutz, M. F. Science 1978, 201, 1187.
2. Lyu, P. C.; Gans, P. J.; Kallenbach, N. R. J. Mol. Biol. 1992, 223, 343.
3. Smith, J. S.; Scholtz, J. M. Biochemistry 1998, 37, 33.
4. Anderson, D. E.; Becktel, W. J.; Dahlquist, F. W. Biochemistry 1990, 29, 2403.
5. de Prat Gay, G.; Johnson, C. M.; Fersht, A. R. Protein Engin. 1994, 7, 103.
6. Marqusee, S.; Sauer, R. T. Protein Sci. 1994, 3, 2217.
7. Tissot, A. C.; Vuilleumeier, S.; Fersht, A. R. Biochemistry 1996, 35, 6786.
8. Spek, E. J.; Bui, A. H.; Lu, M.; Kallenbach, N. R. Protein Sci. 1998, 7, 2431.
9. Schneider, J. P.; Lear, J. D.; DeGrado, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 5742.
10. Waldburger, C. D.; Schildbach, J. F.; Sauer, R. T. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 122.
11. Sindelar, C. V.; Hendsch, Z. S.; Tidor. B. Protein Sci. 1998, 7, 1898.
12. Spector, S.; Wang, M.; Carp, S. A.; Robblee, J.; Hendsch, Z. S.; Fairman, R.; Tidor, B.; Raleigh, D. P. Biochemistry 2000, 39, 872.
13. Elcock, A. H. J. Mol. Biol. 1998, 284, 489.
14. Waldburger, C. D.; Jonsson, T.; Sauer, R. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 2629.
15. Friedman, R. A.; Mezei, M. J. Chem. Phys. 1995, 102, 419.
16. Rozanska, X.; Chipot, C. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9691.
17. Bader, J. S.; Chandler, D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6423.
18. Resat, H.; Mezei, M.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1426.
19. Martorana, V.; Fata, L. L.; Bulone, D.; San Biagio, P. L. Chem. Phys. Lett. 2000, 329, 221.
20. Pettitt, B. M.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1986, 84, 5836.
21. Dang, L. X.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5531.
22. Dang, L. X.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4303.
23. Friedman, G. L. Faraday Discuss. Chem. Soc. 1988, 85, 1.
24. Hummer, G.; Soumpasis, D. M.; Neumann, M. Mol. Phys. 1992, 77, 769.
25. Hummer, G.; Soumpasis, D. M.; Neumann, M. Mol. Phys. 1994, 81, 1155.
26. Yu, H.-A.; Roux, B.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5020.
27. Dang, L. X.; Pettitt, B. M.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 4046.
28. Guardia, E.; Rey, R.; Padro, J. A. J. Chem. Phys. 1991, 95, 2823.
29. Zhong, E. C.; Friedman, H. L. J. Phys. Chem. 1988, 92, 1685.
30. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 2000, 112, 10 391.
31. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 2000, 112, 10 403.
32. Buckner, J. K.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 2507.
33. Boudon, S.; Wipff, G.; Maigret, B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 6056.
34. Soetens, J.-C.; Millot, C.; Chipot, C.; Jansen, G.; Angyan, J. G.; Maigret, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10 910.
35. Honig, B.; Sharp, K.; Yang, A.-S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1101.
36. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Prot. Sci. 1994, 3, 211.
37. Rashin, A. A. Proteins 1992, 13, 120.
38. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127.
39. Luo, R.; David, L.; Hung, H.; Devaney, J.; Gilson, M. K. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 727.
40. Fukunishi, Y.; Suzuki, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 5634.
41. Fukunishi, Y.; Suzuki, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1656.
42. Shimizu, S.; Chan, H.-S. Proteins 2002, 48, 15.
43. Rashin, A. A. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4664.
44. Pratt, L. R.; Hummer, G.; Garcia, A. E. Biophys. Chem. 1994, 51, 147.
45. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
46. Elcock, A. H.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1997, 101, 9624.
47. No, K. T.; Nam, K.-Y.; Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 12 917.
48. Cho, K.-H.; No, K. T.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6505.
49. Lazaridis, T.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 139.
50. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
51. Dominy, B. N.; Brooks, C. L., III J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3765.
52. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins 1999, 35, 133.
53. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
54. Neria, E.; Fischer, S,; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902.
55. Kusalik, P. G.; Svishchev, I. M. Science 1994, 265, 1219.
56. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187.
57. Kottalam, J.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7690.
58. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
59. Stote, R. H.; States, D. J.; Karplus, M. J. Chim. Phys. 1991, 88, 2419.
60. Smith, D. E.; Dang, L. X. J. Chem. Phys. 1994, 100, 3757.
61. Lyubartsev, A. P.; Laaksonen, A. Phys. Rev. A 1997, 55, 5689.
62. Degreve, L.; da Silva, F. L. B. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3070.
63. Gervasio, F. L.; Chelli, R.; Marchi, M.; Procacci, P.; Schettino, V. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7835.
64. Magalhaes, A.; Maigret, B.; Hoflack, J.; Gomes, J. N. F.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1994, 13, 195.
65. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Villegas, M. E.; Vorobjev, Y. N.; Scheraga, H. A. Biophys. J. 1998, 75, 2637.
66. Villarreal, M.; Montich, G. Protein Sci. 2002, 11, 2001.