Switching metal ion coordination and DNA recognition in a tandem CCHHC-type zinc finger peptide

Inorganic Chemistry

Volumn 52, Issue 8, 2013, Pages 4721-4728

  Besold, Angelique N ^a   Oluyadi, Abdulafeez A ^a   Michel, Sarah L J ^a  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND SCHOOL OF PHARMACY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COBALT; DNA; DNA BINDING PROTEIN; HISTIDINE; METAL; MYT1 PROTEIN, RAT; NERVE PROTEIN; NZF 1 PROTEIN, RAT; NZF-1 PROTEIN, RAT; PEPTIDE; TRANSACTIVATOR PROTEIN; TRANSCRIPTION FACTOR; ZINC; ZINC FINGER PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; ARTICLE; BINDING SITE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; GENETICS; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; MUTATION; PROTEIN BINDING; RAT; SEQUENCE ALIGNMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BINDING SITES; COBALT; DNA; DNA-BINDING PROTEINS; HISTIDINE; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; NERVE TISSUE PROTEINS; PEPTIDES; PROTEIN BINDING; RATS; SEQUENCE ALIGNMENT; TRANS-ACTIVATORS; TRANSCRIPTION FACTORS; ZINC; ZINC FINGERS;

EID: 84876170128     PISSN: 00201669     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ic4003516     Document Type: Article

References (69)

1. Michalek, J. L.; Besold, A. N.; Michel, S. L. Dalton Trans. 2011, 40, 12619-12632
2. Matthews, J. M.; Sunde, M. IUBMB Life 2002, 54, 351-355
3. Desjarlais, J. R.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 7345-7349
4. Laity, J. H.; Lee, B. M.; Wright, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 39-46
5. Klug, A. Q. Rev. Biophys. 2010, 43, 1-21
6. Berg, J. M.; Godwin, H. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 357-371
7. Berg, J. M. J. Biol. Chem. 1990, 265, 6513-6516
8. Maret, W.; Li, Y. Chem. Rev. 2009, 109, 4682-4707
9. Berg, J. M.; Shi, Y. Science 1996, 271, 1081-1085
10. Jantz, D.; Amann, B. T.; Gatto, G. J., Jr.; Berg, J. M. Chem. Rev. 2004, 104, 789-799
11. Quintal, S. M.; dePaula, Q. A.; Farrell, N. P. Metallomics 2011, 3, 121-139
12. Andreini, C.; Bertini, I.; Cavallaro, G. PLoS One 2011, 6, e26325
13. Andreini, C.; Banci, L.; Bertini, I.; Rosato, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 196-201
14. Berg, J. M.; Merkle, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 3759-3761
15. Darlix, J. L.; Godet, J.; Ivanyi-Nagy, R.; Fosse, P.; Mauffret, O.; Mely, Y. J. Mol. Biol. 2011, 410, 565-581
16. Lin, Z. S.; Chu, H. C.; Yen, Y. C.; Lewis, B. C.; Chen, Y. W. PLoS One 2012, 7, e43593
17. Virden, R. A.; Thiele, C. J.; Liu, Z. Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 1518-1528
18. Berkovits, H. J.; Berg, J. M. Biochemistry 1999, 38, 16826-16830
19. Berkovits-Cymet, H. J.; Amann, B. T.; Berg, J. M. Biochemistry 2004, 43, 898-903
20. Yang, J.; Siqueira, M. F.; Behl, Y.; Alikhani, M.; Graves, D. T. FASEB J. 2008, 22, 3956-3967
21. Kim, J. G.; Armstrong, R. C.; v Agoston, D.; Robinsky, A.; Wiese, C.; Nagle, J.; Hudson, L. D. J. Neurosci. Res. 1997, 50, 272-290
22. Vana, A. C.; Lucchinetti, C. F.; Le, T. Q.; Armstrong, R. C. Glia 2007, 55, 687-697
23. Romm, E.; Nielsen, J. A.; Kim, J. G.; Hudson, L. D. J. Neurochem. 2005, 93, 1444-1453
24. Bellefroid, E. J.; Bourguignon, C.; Hollemann, T.; Ma, Q.; Anderson, D. J.; Kintner, C.; Pieler, T. Cell 1996, 87, 1191-1202
25. Blasie, C. A.; Berg, J. M. Inorg. Chem. 2000, 39, 348-351
26. Nielsen, J. A.; Berndt, J. A.; Hudson, L. D.; Armstrong, R. C. Mol. Cell. Neurosci. 2004, 25, 111-123
27. Gamsjaeger, R.; Swanton, M. K.; Kobus, F. J.; Lehtomaki, E.; Lowry, J. A.; Kwan, A. H.; Matthews, J. M.; Mackay, J. P. J. Biol. Chem. 2008, 283, 5158-5167
28. Besold, A. N.; Lee, S. J.; Michel, S. L.; Sue, N. L.; Cymet, H. J. J. Biol. Inorg. Chem. 2010, 15, 583-590
29. Kim, J. G.; Hudson, L. D. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 5632-5639
30. Jiang, Y.; Yu, V. C.; Buchholz, F.; O'Connell, S.; Rhodes, S. J.; Candeloro, C.; Xia, Y. R.; Lusis, A. J.; Rosenfeld, M. G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 10723-10730
31. Yee, K. S.; Yu, V. C. J. Biol. Chem. 1998, 273, 5366-5374
32. Weiner, J. A.; Chun, J. J. Comp. Neurol. 1997, 381, 130-142
33. Mukasa, A.; Ueki, K.; Ge, X.; Ishikawa, S.; Ide, T.; Fujimaki, T.; Nishikawa, R.; Asai, A.; Kirino, T.; Aburatani, H. Brain. Pathol. 2004, 14, 34-42
34. Riley, B.; Thiselton, D.; Maher, B. S.; Bigdeli, T.; Wormley, B.; McMichael, G. O.; Fanous, A. H.; Vladimirov, V.; O'Neill, F. A.; Walsh, D.; Kendler, K. S. Mol. Psychiatry 2010, 15, 29-37
35. Stevens, S. J.; van Ravenswaaij-Arts, C. M.; Janssen, J. W.; Klein Wassink-Ruiter, J. S.; van Essen, A. J.; Dijkhuizen, T.; van Rheenen, J.; Heuts-Vijgen, R.; Stegmann, A. P.; Smeets, E. E.; Engelen, J. J. Am. J. Med. Genet. A 2011, 155A, 2739-2745
36. Matsushita, F.; Kameyama, T.; Marunouchi, T. Mech. Dev. 2002, 118, 209-213
37. Gogate, N.; Verma, L.; Zhou, J. M.; Milward, E.; Rusten, R.; O'Connor, M.; Kufta, C.; Kim, J.; Hudson, L.; Dubois-Dalcq, M. J. Neurosci. 1994, 14, 4571-4587
38. Hirayama, A.; Oka, A.; Ito, M.; Tanaka, F.; Okoshi, Y.; Takashima, S. Dev. Brain Res. 2003, 140, 85-92
39. Kroepfl, T.; Petek, E.; Schwarzbraun, T.; Kroisel, P. M.; Plecko, B. Clin. Genet. 2008, 73, 492-495
40. Law, A. J.; Lipska, B. K.; Weickert, C. S.; Hyde, T. M.; Straub, R. E.; Hashimoto, R.; Harrison, P. J.; Kleinman, J. E.; Weinberger, D. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 6747-6752
41. Nielsen, J. A.; Hudson, L. D.; Armstrong, R. C. J. Cell. Sci. 2002, 115, 4071-4079
42. Aruga, J.; Yoshikawa, F.; Nozaki, Y.; Sakaki, Y.; Toyoda, A.; Furuichi, T. J. Neurochem. 2007, 102, 1533-1547
43. Cotton, F. A.; Wilkinson, G. A. Advanced Inorganic Chemistry; Wiley: New York, 1988.
44. Sigrist, C. J.; Cerutti, L.; de Castro, E.; Langendijk-Genevaux, P. S.; Bulliard, V.; Bairoch, A.; Hulo, N. Nucleic Acids Res. 2010, 38, D161-D166
45. Schneider, T. D.; Stephens, R. M. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 6097-6100
46. Crooks, G. E.; Hon, G.; Chandonia, J. M.; Brenner, S. E. Genome Res. 2004, 14, 1188-1190
47. Consortium, T. U. Nucleic Acids Res. 2012, 40, D71-D75
48. Ghering, A. B.; Shokes, J. E.; Scott, R. A.; Omichinski, J. G.; Godwin, H. A. Biochemistry 2004, 43, 8346-8355
49. Payne, J. C.; Rous, B. W.; Tenderholt, A. L.; Godwin, H. A. Biochemistry 2003, 42, 14214-14224
50. Guerrerio, A. L.; Berg, J. M. Biochemistry 2004, 43, 5437-5444
51. Worthington, M. T.; Amann, B. T.; Nathans, D.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996, 93, 13754-13759
52. Lee, S. J.; Michalek, J. L.; Besold, A. N.; Rokita, S. E.; Michel, S. L. Inorg.Chem. 2011, 50, 5442-5450
53. Rich, A. M.; Bombarda, E.; Schenk, A. D.; Lee, P. E.; Cox, E. H.; Spuches, A. M.; Hudson, L. D.; Kieffer, B.; Wilcox, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 10405-10418
54. Bertini, I.; Luchinat, C. Adv. Inorg. Biochem. 1984, 6, 71-111
55. Krizek, B. A.; Amann, B. T.; Kilfoil, V. J.; Merkle, D. L.; Berg, J. M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4518-4523
56. Frankel, A. D.; Berg, J. M.; Pabo, C. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987, 84, 4841-4845
57. Corwin, D. T.; Gruff, E. S.; Koch, S. A. Inorg. Chim. Acta 1988, 151, 5-6
58. Lever, A. B. P. Inorganic Electronic Spectroscopy, 2 nd ed.; Elsevier: Amsterdam, The Netherlands, 1984.
59. Magyar, J. S.; Godwin, H. A. Anal. Biochem. 2003, 320, 39-54
60. de Paula, Q. A.; Mangrum, J. B.; Farrell, N. P. J. Inorg. Biochem. 2009, 103, 1347-1354
61. Ranjbar, B.; Gill, P. Chem. Biol. Drug Des. 2009, 74, 101-120
62. Burke, C. J.; Sanyal, G.; Bruner, M. W.; Ryan, J. A.; LaFemina, R. L.; Robbins, H. L.; Zeft, A. S.; Middaugh, C. R.; Cordingley, M. G. J. Biol. Chem. 1992, 267, 9639-9644
63. Lakowicz, J., Principles of Fluorescence Spectroscopy; Springer: New York, 1999.
64. Michalek, J. L.; Lee, S. J.; Michel, S. L. J. Inorg. Biochem. 2012, 112, 32-38
65. Michel, S. L.; Guerrerio, A. L.; Berg, J. M. Biochemistry 2003, 42, 4626-4630
66. Luscombe, N. M.; Laskowski, R. A.; Thornton, J. M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2860-2874
67. Choo, Y.; Klug, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994, 91, 11163-11167
68. Rohs, R.; Jin, X.; West, S. M.; Joshi, R.; Honig, B.; Mann, R. S. Annu. Rev. Biochem. 2010, 79, 233-269
69. Michael, S. F.; Kilfoil, V. J.; Schmidt, M. H.; Amann, B. T.; Berg, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89, 4796-4800