Network analysis of genomic alteration profiles reveals co-altered functional modules and driver genes for glioblastoma

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 467-477

  Gu, Yunyan ^a   Wang, Hongwei ^a   Qin, Yao ^a   Zhang, Yujing ^a   Zhao, Wenyuan ^a   Qi, Lishuang ^a   Zhang, Yuannv ^a   Wang, Chenguang ^a   Guo, Zheng ^a,b  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b FUJIAN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

TRANSCRIPTOME;

ALGORITHM; ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; BRAIN TUMOR; GENE REGULATORY NETWORK; GENETIC ASSOCIATION; GENETICS; GLIOBLASTOMA; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; SIGNAL TRANSDUCTION; TUMOR GENE;

ALGORITHMS; BRAIN NEOPLASMS; GENE REGULATORY NETWORKS; GENES, NEOPLASM; GENOME-WIDE ASSOCIATION STUDY; GLIOBLASTOMA; HUMANS; METABOLIC NETWORKS AND PATHWAYS; MODELS, GENETIC; PROTEIN INTERACTION MAPS; SIGNAL TRANSDUCTION; TRANSCRIPTOME;

MLCS; MLOWN;

EID: 84875854024     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25528f     Document Type: Article

References (54)

1. S. Nik-Zainal L. B. Alexandrov D. C. Wedge P. Van Loo C. D. Greenman K. Raine D. Jones J. Hinton J. Marshall L. A. Stebbings A. Menzies S. Martin K. Leung L. Chen C. Leroy M. Ramakrishna R. Rance K. W. Lau L. J. Mudie I. Varela D. J. McBride G. R. Bignell S. L. Cooke A. Shlien J. Gamble I. Whitmore M. Maddison P. S. Tarpey H. R. Davies E. Papaemmanuil P. J. Stephens S. McLaren A. P. Butler J. W. Teague G. Jonsson J. E. Garber D. Silver P. Miron A. Fatima S. Boyault A. Langerod A. Tutt J. W. Martens S. A. Aparicio A. Borg A. V. Salomon G. Thomas A. L. Borresen-Dale A. L. Richardson M. S. Neuberger P. A. Futreal P. J. Campbell M. R. Stratton Cell 2012 149 979 993
2. P. Liu C. Morrison L. Wang D. Xiong P. Vedell P. Cui X. Hua F. Ding Y. Lu M. James J. Ebben H. Xu A. A. Adjei K. Head J. W. Andrae M. R. Tschannen H. Jacob J. Pan Q. Zhang F. Van den Bergh H. Xiao K. C. Lo J. Patel T. Richmond M. A. Watt T. Albert R. Selzer M. Anderson J. Wang Y. Wang S. Starnes P. Yang M. You Carcinogenesis 2012 33 1270 1276
3. C. Guichard G. Amaddeo S. Imbeaud Y. Ladeiro L. Pelletier I. B. Maad J. Calderaro P. Bioulac-Sage M. Letexier F. Degos B. Clement C. Balabaud E. Chevet A. Laurent G. Couchy E. Letouze F. Calvo J. Zucman-Rossi Nat. Genet. 2012 44 694 698
4. TCGA-Consortium Nature 2011 474 609 615
5. TCGA-Consortium Nature 2008 455 1061 1068
6. P. K. Kreeger D. A. Lauffenburger Carcinogenesis 2010 31 2 8
7. A. Baudot F. X. Real J. M. Izarzugaza A. Valencia EMBO Rep. 2009 10 359 366
8. A. Torkamani N. J. Schork Genome Res. 2009 19 1570 1578
9. Z. Kan B. S. Jaiswal J. Stinson V. Janakiraman D. Bhatt H. M. Stern P. Yue P. M. Haverty R. Bourgon J. Zheng M. Moorhead S. Chaudhuri L. P. Tomsho B. A. Peters K. Pujara S. Cordes D. P. Davis V. E. Carlton W. Yuan L. Li W. Wang C. Eigenbrot J. S. Kaminker D. A. Eberhard P. Waring S. C. Schuster Z. Modrusan Z. Zhang D. Stokoe F. J. de Sauvage M. Faham S. Seshagiri Nature 2010 466 869 873
10. R. Chari K. L. Thu I. M. Wilson W. W. Lockwood K. M. Lonergan B. P. Coe C. A. Malloff A. F. Gazdar S. Lam C. Garnis C. E. MacAulay C. E. Alvarez W. L. Lam Cancer Metastasis Rev. 2010 29 73 93
11. H. Carter S. Chen L. Isik S. Tyekucheva V. E. Velculescu K. W. Kinzler B. Vogelstein R. Karchin Cancer Res. 2009 69 6660 6667
12. F. Vandin E. Upfal B. J. Raphael Genome Res. 2012 22 375 385
13. G. Ciriello E. G. Cerami C. Sander N. Schultz Genome Res. 2011 22 398 406
14. C. A. Miller S. H. Settle E. P. Sulman K. D. Aldape A. Milosavljevic BMC Med. Genomics 2011 4 34
15. Y. Gu D. Yang J. Zou W. Ma R. Wu W. Zhao Y. Zhang H. Xiao X. Gong M. Zhang J. Zhu Z. Guo Mol. Cancer Ther. 2010 9 2186 2195
16. Y. Gu W. Zhao J. Xia Y. Zhang R. Wu C. Wang Z. Guo Hum. Mutat. 2011 32 1028 1035
17. L. J. Lu A. Sboner Y. J. Huang H. X. Lu T. A. Gianoulis K. Y. Yip P. M. Kim G. T. Montelione M. B. Gerstein Trends Biochem. Sci. 2007 32 320 331
18. E. Cerami E. Demir N. Schultz B. S. Taylor C. Sander PLoS One 2010 5 e8918
19. M. Bredel D. M. Scholtens G. R. Harsh C. Bredel J. P. Chandler J. J. Renfrow A. K. Yadav H. Vogel A. C. Scheck R. Tibshirani B. I. Sikic JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2009 302 261 275
20. J. Wang Y. Zhang X. Shen J. Zhu L. Zhang J. Zou Z. Guo Mol. Biosyst. 2011 7 1158 1166
21. W. Ma D. Yang Y. Gu X. Guo W. Zhao Z. Guo Genomics 2009 94 94 100
22. C. Li W. H. Wong Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 31 36
23. P. Hupe N. Stransky J. P. Thiery F. Radvanyi E. Barillot Bioinformatics 2004 20 3413 3422
24. R. Beroukhim G. Getz L. Nghiemphu J. Barretina T. Hsueh D. Linhart I. Vivanco J. C. Lee J. H. Huang S. Alexander J. Du T. Kau R. K. Thomas K. Shah H. Soto S. Perner J. Prensner R. M. Debiasi F. Demichelis C. Hatton M. A. Rubin L. A. Garraway S. F. Nelson L. Liau P. S. Mischel T. F. Cloughesy M. Meyerson T. A. Golub E. S. Lander I. K. Mellinghoff W. R. Sellers Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 20007 20012
25. E. G. Cerami B. E. Gross E. Demir I. Rodchenkov O. Babur N. Anwar N. Schultz G. D. Bader C. Sander Nucleic Acids Res. 2010 39 D685 D690
26. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B 1995 289 300
27. K. G. Becker D. A. Hosack G. Dennis, Jr. R. A. Lempicki T. J. Bright C. Cheadle J. Engel BMC Bioinf. 2003 4 61
28. X. Gong R. Wu Y. Zhang W. Zhao L. Cheng Y. Gu L. Zhang J. Wang J. Zhu Z. Guo BMC Bioinf. 2010 11 76
29. Y. K. Cheng R. Beroukhim R. L. Levine I. K. Mellinghoff E. C. Holland F. Michor PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002337
30. L. Jadeski J. M. Mataraza H. W. Jeong Z. Li D. B. Sacks J. Biol. Chem. 2008 283 1008 1017
31. L. Calzone A. Gelay A. Zinovyev F. Radvanyi E. Barillot Mol. Syst. Biol. 2008 4 173
32. P. J. Mulholland H. Fiegler C. Mazzanti P. Gorman P. Sasieni J. Adams T. A. Jones J. W. Babbage R. Vatcheva K. Ichimura P. East C. Poullikas V. P. Collins N. P. Carter I. P. Tomlinson D. Sheer Cell Cycle 2006 5 783 791
33. D. A. Tennant R. V. Duran H. Boulahbel E. Gottlieb Carcinogenesis 2009 30 1269 1280
34. X. Cai X. Liu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16958 16963
35. K. Holand F. Salm A. Arcaro Curr. Cancer Drug Targets 2011 11 894 918
36. A. A. Friedman G. Tucker R. Singh D. Yan A. Vinayagam Y. Hu R. Binari P. Hong X. Sun M. Porto S. Pacifico T. Murali R. L. Finley, Jr. J. M. Asara B. Berger N. Perrimon Sci. Signaling 2011 4 rs10
37. V. R. Dasari K. Kaur K. K. Velpula M. Gujrati D. Fassett J. D. Klopfenstein D. H. Dinh J. S. Rao PLoS One 2010 5 e10350
38. D. C. Link L. G. Schuettpelz D. Shen J. Wang M. J. Walter S. Kulkarni J. E. Payton J. Ivanovich P. J. Goodfellow M. Le Beau D. C. Koboldt D. J. Dooling R. S. Fulton R. H. Bender L. L. Fulton K. D. Delehaunty C. C. Fronick E. L. Appelbaum H. Schmidt R. Abbott M. O'Laughlin K. Chen M. D. McLellan N. Varghese R. Nagarajan S. Heath T. A. Graubert L. Ding T. J. Ley G. P. Zambetti R. K. Wilson E. R. Mardis JAMA, J. Am. Med. Assoc. 2011 305 1568 1576
39. F. Ye Y. Che E. McMillen J. Gorski D. Brodman D. Saw B. Jiang D. Y. Zhang Nutr. Cancer 2009 61 530 537
40. D. Vigil J. Cherfils K. L. Rossman C. J. Der Nat. Rev. Cancer 2010 10 842 857
41. Y. Ruano M. Mollejo T. Ribalta C. Fiano F. I. Camacho E. Gomez A. R. de Lope J. L. Hernandez-Moneo P. Martinez B. Melendez Mol. Cancer 2006 5 39
42. A. El Andaloussi M. S. Lesniak J. Neuro-Oncol. 2006 8 234 243
43. J. F. Curtin N. Liu M. Candolfi W. Xiong H. Assi K. Yagiz M. R. Edwards K. S. Michelsen K. M. Kroeger C. Liu A. K. Muhammad M. C. Clark M. Arditi B. Comin-Anduix A. Ribas P. R. Lowenstein M. G. Castro PLoS Med. 2009 6 e10
44. R. Kelley T. Ideker Nat. Biotechnol. 2005 23 561 566
45. B. Lehner Trends Genet. 2011 27 323 331
46. J. Bellay G. Atluri T. L. Sing K. Toufighi M. Costanzo P. S. Ribeiro G. Pandey J. Baller B. VanderSluis M. Michaut S. Han P. Kim G. W. Brown B. J. Andrews C. Boone V. Kumar C. L. Myers Genome Res. 2011 21 1375 1387
47. P. Beltrao G. Cagney N. J. Krogan Cell 2010 141 739 745
48. Y. Li P. Agarwal D. Rajagopalan Bioinformatics 2008 24 1442 1447
49. S. Bandyopadhyay R. Kelley N. J. Krogan T. Ideker PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000065
50. J. Luo S. J. Elledge Nature 2008 453 995 996
51. L. M. Chow R. Endersby X. Zhu S. Rankin C. Qu J. Zhang A. Broniscer D. W. Ellison S. J. Baker Cancer Cell 2011 19 305 316
52. M. Weller R. Stupp M. Hegi W. Wick Cancer J. 2012 18 40 44
53. L. F. Zerbini R. E. Tamura R. G. Correa A. Czibere J. Cordeiro M. Bhasin F. M. Simabuco Y. Wang X. Gu L. Li D. Sarkar J. R. Zhou P. B. Fisher T. A. Libermann PLoS One 2011 6 e24285
54. D. Rambaldi F. M. Giorgi F. Capuani A. Ciliberto F. D. Ciccarelli Trends Genet. 2008 24 427 430