Finding co-mutated genes and candidate cancer genes in cancer genomes by stratified false discovery rate control

Molecular BioSystems

Volumn 7, Issue 4, 2011, Pages 1158-1166

  Wang, Jing ^a   Zhang, Yang ^a   Shen, Xiaopei ^a   Zhu, Jing ^a   Zhang, Lin ^a   Zou, Jinfeng ^a   Guo, Zheng ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ELECTRONIC SCIENCE AND TECHNOLOGY OF CHINA   (China)

^b HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN KINASE;

ADENOCARCINOMA; ALGORITHM; ARTICLE; BIOLOGICAL MODEL; BIOLOGY; GENETIC DATABASE; GENETICS; GENOME; HUMAN; LUNG TUMOR; METHODOLOGY; MUTATION; NEOPLASM; SIGNAL TRANSDUCTION;

ADENOCARCINOMA; ALGORITHMS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; DATABASES, GENETIC; GENOME; HUMANS; LUNG NEOPLASMS; MODELS, GENETIC; MUTATION; NEOPLASMS; PROTEIN KINASES; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 79952646862     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0mb00211a     Document Type: Article

References (34)

1. B. Vogelstein and K. W. Kinzler, Nat. Med., 2004, 10, 789-799.
2. D. Hanahan and R. A. Weinberg, Cell, 2000, 100, 57-70.
3. P. A. Futreal, L. Coin, M. Marshall, T. Down, T. Hubbard, R. Wooster, N. Rahman and M. R. Stratton, Nat. Rev. Cancer, 2004, 4, 177-183.
4. C. Greenman, P. Stephens, R. Smith, G. L. Dalgliesh, C. Hunter, G. Bignell, H. Davies, J. Teague, A. Butler, C. Stevens, S. Edkins, S. O'Meara, I. Vastrik, E. E. Schmidt, T. Avis, S. Barthorpe, G. Bhamra, G. Buck, B. Choudhury, J. Clements, J. Cole, E. Dicks, S. Forbes, K. Gray, K. Halliday, R. Harrison, K. Hills, J. Hinton, A. Jenkinson, D. Jones, A. Menzies, T. Mironenko, J. Perry, K. Raine, D. Richardson, R. Shepherd, A. Small, C. Tofts, J. Varian, T. Webb, S. West, S. Widaa, A. Yates, D. P. Cahill, D. N. Louis, P. Goldstraw, A. G. Nicholson, F. Brasseur, L. Looijenga, B. L. Weber, Y. E. Chiew, A. DeFazio, M. F. Greaves, A. R. Green, P. Campbell, E. Birney, D. F. Easton, G. Chenevix-Trench, M. H. Tan, S. K. Khoo, B. T. Teh, S. T. Yuen, S. Y. Leung, R. Wooster, P. A. Futreal and M. R. Stratton, Nature, 2007, 446, 153-158.
5. S. Jones, X. Zhang, D. W. Parsons, J. C. Lin, R. J. Leary, P. Angenendt, P. Mankoo, H. Carter, H. Kamiyama, A. Jimeno, S. M. Hong, B. Fu, M. T. Lin, E. S. Calhoun, M. Kamiyama, K. Walter, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, J. Hartigan, D. R. Smith, M. Hidalgo, S. D. Leach, A. P. Klein, E. M. Jaffee, M. Goggins, A. Maitra, C. Iacobuzio-Donahue, J. R. Eshleman, S. E. Kern, R. H. Hruban, R. Karchin, N. Papadopoulos, G. Parmigiani, B. Vogelstein, V. E. Velculescu and K. W. Kinzler, Science, 2008, 321, 1801-1806.
6. D. W. Parsons, S. Jones, X. Zhang, J. C. Lin, R. J. Leary, P. Angenendt, P. Mankoo, H. Carter, I. M. Siu, G. L. Gallia, A. Olivi, R. McLendon, B. A. Rasheed, S. Keir, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, D. A. Busam, H. Tekleab, L. A. Diaz, Jr., J. Hartigan, D. R. Smith, R. L. Strausberg, S. K. Marie, S. M. Shinjo, H. Yan, G. J. Riggins, D. D. Bigner, R. Karchin, N. Papadopoulos, G. Parmigiani, B. Vogelstein, V. E. Velculescu and K. W. Kinzler, Science, 2008, 321, 1807-1812.
7. T. Sjoblom, S. Jones, L. D. Wood, D. W. Parsons, J. Lin, T. D. Barber, D. Mandelker, R. J. Leary, J. Ptak, N. Silliman, S. Szabo, P. Buckhaults, C. Farrell, P. Meeh, S. D. Markowitz, J. Willis, D. Dawson, J. K. Willson, A. F. Gazdar, J. Hartigan, L. Wu, C. Liu, G. Parmigiani, B. H. Park, K. E. Bachman, N. Papadopoulos, B. Vogelstein, K. W. Kinzler and V. E. Velculescu, Science, 2006, 314, 268-274.
8. L. Ding, G. Getz, D. A. Wheeler, E. R. Mardis, M. D. McLellan, K. Cibulskis, C. Sougnez, H. Greulich, D. M. Muzny, M. B. Morgan, L. Fulton, R. S. Fulton, Q. Zhang, M. C. Wendl, M. S. Lawrence, D. E. Larson, K. Chen, D. J. Dooling, A. Sabo, A. C. Hawes, H. Shen, S. N. Jhangiani, L. R. Lewis, O. Hall, Y. Zhu, T. Mathew, Y. Ren, J. Yao, S. E. Scherer, K. Clerc, G. A. Metcalf, B. Ng, A. Milosavljevic, M. L. Gonzalez-Garay, J. R. Osborne, R. Meyer, X. Shi, Y. Tang, D. C. Koboldt, L. Lin, R. Abbott, T. L. Miner, C. Pohl, G. Fewell, C. Haipek, H. Schmidt, B. H. Dunford-Shore, A. Kraja, S. D. Crosby, C. S. Sawyer, T. Vickery, S. Sander, J. Robinson, W. Winckler, J. Baldwin, L. R. Chirieac, A. Dutt, T. Fennell, M. Hanna, B. E. Johnson, R. C. Onofrio, R. K. Thomas, G. Tonon, B. A. Weir, X. Zhao, L. Ziaugra, M. C. Zody, T. Giordano, M. B. Orringer, J. A. Roth, M. R. Spitz, Wistuba, II, B. Ozenberger, P. J. Good, A. C. Chang, D. G. Beer, M. A. Watson, M. Ladanyi, S. Broderick, A. Yoshizawa, W. D. Travis, W. Pao, M. A. Province, G. M. Weinstock, H. E. Varmus, S. B. Gabriel, E. S. Lander, R. A. Gibbs, M. Meyerson and R. K. Wilson, Nature, 2008, 455, 1069-1075.
9. L. D. Wood, D. W. Parsons, S. Jones, J. Lin, T. Sjoblom, R. J. Leary, D. Shen, S. M. Boca, T. Barber, J. Ptak, N. Silliman, S. Szabo, Z. Dezso, V. Ustyanksky, T. Nikolskaya, Y. Nikolsky, R. Karchin, P. A. Wilson, J. S. Kaminker, Z. Zhang, R. Croshaw, J. Willis, D. Dawson, M. Shipitsin, J. K. Willson, S. Sukumar, K. Polyak, B. H. Park, C. L. Pethiyagoda, P. V. Pant, D. G. Ballinger, A. B. Sparks, J. Hartigan, D. R. Smith, E. Suh, N. Papadopoulos, P. Buckhaults, S. D. Markowitz, G. Parmigiani, K. W. Kinzler, V. E. Velculescu and B. Vogelstein, Science, 2007, 318, 1108-1113.
10. G. Getz, H. Hofling, J. P. Mesirov, T. R. Golub, M. Meyerson, R. Tibshirani and E. S. Lander, Science, 2007, 317, 1500.
11. A. Torkamani and N. J. Schork, Genome Res., 2009.
12. A. G. Uren, J. Kool, K. Matentzoglu, J. de Ridder, J. Mattison, M. van Uitert, W. Lagcher, D. Sie, E. Tanger, T. Cox, M. Reinders, T. J. Hubbard, J. Rogers, J. Jonkers, L. Wessels, D. J. Adams, M. van Lohuizen and A. Berns, Cell, 2008, 133, 727-741.
13. R. K. Thomas, A. C. Baker, R. M. Debiasi, W. Winckler, T. Laframboise, W. M. Lin, M. Wang, W. Feng, T. Zander, L. MacConaill, J. C. Lee, R. Nicoletti, C. Hatton, M. Goyette, L. Girard, K. Majmudar, L. Ziaugra, K. K. Wong, S. Gabriel, R. Beroukhim, M. Peyton, J. Barretina, A. Dutt, C. Emery, H. Greulich, K. Shah, H. Sasaki, A. Gazdar, J. Minna, S. A. Armstrong, I. K. Mellinghoff, F. S. Hodi, G. Dranoff, P. S. Mischel, T. F. Cloughesy, S. F. Nelson, L. M. Liau, K. Mertz, M. A. Rubin, H. Moch, M. Loda, W. Catalona, J. Fletcher, S. Signoretti, F. Kaye, K. C. Anderson, G. D. Demetri, R. Dummer, S. Wagner, M. Herlyn, W. R. Sellers, M. Meyerson and L. A. Garraway, Nat. Genet., 2007, 39, 347-351.
14. Q. Cui, Y. Ma, M. Jaramillo, H. Bari, A. Awan, S. Yang, S. Zhang, L. Liu, M. Lu, M. O'Connor-McCourt, E. O. Purisima and E. Wang, Mol. Syst. Biol., 2007, 3, 152.
15. Y. Gu, D. Yang, J. Zou, W. Ma, R. Wu, W. Zhao, Y. Zhang, H. Xiao, X. Gong, M. Zhang, J. Zhu and Z. Guo, Mol. Cancer Ther., 2010, 9, 2186-2195.
16. C. H. Yeang, F. McCormick and A. Levine, FASEB J., 2008, 22, 2605-2622.
17. W. Ma, D. Yang, Y. Gu, X. Guo, W. Zhao and Z. Guo, Genomics, 2009, 94, 94-100.
18. L. Sun, R. V. Craiu, A. D. Paterson and S. B. Bull, Genetic Epidemiology, 2006, 30, 519-530.
19. B. Huang, J. Rangrej, A. D. Paterson and L. Sun, BMC Proceedings, 2007, 1(Suppl 1), S142.
20. M. Kanehisa, S. Goto, M. Hattori, K. F. Aoki-Kinoshita, M. Itoh, S. Kawashima, T. Katayama, M. Araki and M. Hirakawa, Nucleic Acids Res., 2006, 34, D354-357.
21. L. J. Lu, A. Sboner, Y. J. Huang, H. X. Lu, T. A. Gianoulis, K. Y. Yip, P. M. Kim, G. T. Montelione and M. B. Gerstein, Trends Biochem. Sci., 2007, 32, 320-331.
22. Y. Huang and S. Li, BMC Bioinformatics, 11(Suppl 1), S32.
23. X. Gong, R. Wu, Y. Zhang, W. Zhao, L. Cheng, Y. Gu, L. Zhang, J. Wang, J. Zhu and Z. Guo, BMC Bioinformatics, 2010, 11, 76.
24. K. E. Schuebel, W. Chen, L. Cope, S. C. Glockner, H. Suzuki, J. M. Yi, T. A. Chan, L. Van Neste, W. Van Criekinge, S. van den Bosch, M. van Engeland, A. H. Ting, K. Jair, W. Yu, M. Toyota, K. Imai, N. Ahuja, J. G. Herman and S. B. Baylin, PLoS Genet., 2007, 3, 1709-1723.
25. T. A. Chan, S. Glockner, J. M. Yi, W. Chen, L. Van Neste, L. Cope, J. G. Herman, V. Velculescu, K. E. Schuebel, N. Ahuja and S. B. Baylin, PLoS Med., 2008, 5, e114.
26. Y. Benjamini and Y. Hochberg, Journal of the Royal Statistical Society. Series B. Methodological, 1995, 57, 289-300.
27. M. Zhang, C. Yao, Z. Guo, J. Zou, L. Zhang, H. Xiao, D. Wang, D. Yang, X. Gong, J. Zhu, Y. Li and X. Li, Bioinformatics, 2008, 24, 2057-2063.
28. J. Massey and J. Frank, J. Am. Stat. Assoc., 1951, 46, 68-78.
29. B. Efron, Annals of Applied Statistics, 2008, 2, 197-223.
30. M. Zhang, L. Zhang, J. Zou, C. Yao, H. Xiao, Q. Liu, J. Wang, D. Wang, C. Wang and Z. Guo, Bioinformatics, 2009, 25, 1662-1668.
31. T. Korcsmaros, I. J. Farkas, M. S. Szalay, P. Rovo, D. Fazekas, Z. Spiro, C. Bode, K. Lenti, T. Vellai and P. Csermely, Bioinformatics, 2010, 26, 2042-2050.
32. S. L. Hembruff and N. Cheng, Cancer Ther., 2009, 7, 254-267.
33. M. Willhauck, C. Scheibenbogen, M. Pawlita, T. Mohler, E. Thiel and U. Keilholz, Cancer Res., 2003, 63, 3483-3485.
34. Y. Xu, N. Benlimame, J. Su, Q. He and M. A. Alaoui-Jamali, Br. J. Cancer, 2009, 100, 633-643.