The effects of cryosolvents on DOPC-β-sitosterol bilayers determined from molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 12, 2013, Pages 3362-3375

  Hughes, Zak E ^a,b   Malajczuk, Chris J ^a   Mancera, Ricardo L ^a  

^a CURTIN UNIVERSITY   (Australia)

^b DEAKIN UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CELL MEMBRANES; CYTOLOGY; ETHYLENE GLYCOL; GLYCEROL; HYDROGEN BONDS; HYDROXYLATION; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; PHOSPHOLIPIDS;

CROSS-LINKERS; DELETERIOUS EFFECTS; HEAD GROUPS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHOCHOLINE; PHOSPHOLIPID MOLECULES; POLYHYDROXYLATED; PROPYLENE GLYCOLS;

POLYOLS;

EID: 84875698577     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp400975y     Document Type: Article

References (68)

1. Meryman, H. T.; Williams, R. J.; Douglas, M. S. J. Cryobiology 1977, 14, 287-302
2. Wusteman, M.; Robinson, M.; Pegg, D. Cryobiology 2004, 48, 179-189
3. Engelmann, F. In Vitro Cell. Dev. Biol. 2004, 40, 427-433
4. Day, J. G.; Harding, K. C.; Nadarajan, J.; Benson, E. E. Mol. Biomethods Handb. 2008, 917-947
5. Kaczmarczyk, A.; Rokka, V.-M.; Keller, E. R. J. Potato Res. 2011, 54, 45-79
6. Kaczmarczyk, A.; Turner, S. R.; Bunn, E.; Mancera, R. L.; Dixon, K. W. In Vitro Cell. Dev. Biol. 2011, 47, 17-25
7. Kaczmarczyk, A.; Funnekotter, B.; Menon, A.; Phang, P. Y.; Al-Hanbali, A.; Bunn, E.; Mancera, R. L. In Current Frontiers in Cryobiology; Katkov, I. I., Ed.; InTech Open Access Publisher: 2012; pp 417-438, 10.5772/1962.
8. Lovelock, J. E.; Bishop, M. W. H. Nature 1959, 183, 1394-1395
9. Wolfe, J.; Bryant, G. Int. J. Refrig. 2001, 24, 438-450
10. Kim, H. H.; Cho, E. G.; Baek, H. J.; Kim, C. Y.; Keller, E. R. J.; Engelmann, F. CryoLetters 2004, 25, 59-70
11. Kreck, C. A.; Mandumpal, J. B.; Mancera, R. L. Chem. Phys. Lett. 2011, 501, 273-277
12. Mandumpal, J. B.; Kreck, C. A.; Mancera, R. L. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 3839-3842
13. Sum, A. K.; de Pablo, J. J. Biophys. J. 2003, 85, 3636-3645
14. Notman, R.; Noro, M.; O'Malley, B.; Anwar, J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 13982-13983
15. Leekumjorn, S.; Sum, A. K. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2006, 1758, 1751-1758
16. Gurtovenko, A. A.; Anwar, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10453-10460
17. Gurtovenko, A. A.; Anwar, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13379-13382
18. Kyrychenko, A.; Dyubko, T. S. Biophys. Chem. 2008, 136, 23-31
19. Pereira, C. S.; Huenenberger, P. H. Mol. Simul. 2008, 34, 403-420
20. Hughes, Z. E.; Mark, A. E.; Mancera, R. L. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 11911-11923
21. de Menorval, M.-A.; Mir, L. M.; Fernandez, M. L.; Reigada, R. PLoS One 2012, 7, e41733
22. Malajczuk, C. J.; Hughes, Z. E.; Mancera, R. L. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2013, in press.
23. Hughes, Z. E.; Mancera, R. L. Soft Matter 2013, 9, 2920-2935
24. Notman, R.; den Otter, W. K.; Noro, M. G.; Briels, W. J.; Anwar, J. Biophys. J. 2007, 93, 2056-2068
25. Gurtovenko, A. A.; Onike, O. I.; Anwar, J. Langmuir 2008, 24, 9656-9660
26. McKersie, B. D.; Thompson, J. E. Plant Physiol. 1979, 63, 802-805
27. Schuler, I.; Duportail, G.; Glasser, N.; Benveniste, P.; Hartmann, M. A. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1028, 82-88
28. Krajewski-Bertrand, M. A.; Milon, A.; Hartmann, M. A. Chem. Phys. Lipids 1992, 63, 235-241
29. Hartmann, M. A. Trends Plant Sci. 1998, 3, 170-175
30. Funnekotter, B.; Kaczmarczyk, A.; Turner, S. R.; Bunn, E.; Zhou, W.; Smith, S.; Flematti, G.; Mancera, R. L. Plant Cell, Tissue Organ Cult. 2013, 10.1007/s11240-013-0308-0
31. Schuler, I.; Milon, A.; Nakatani, Y.; Ourisson, G.; Albrecht, A. M.; Benveniste, P.; Hartmann, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 6926-6930
32. Nielsen, M.; Thewalt, J.; Miao, L.; Ipsen, J. H.; Bloom, M.; Zuckermann, M. J.; Mouritsen, O. G. Europhys. Lett. 2000, 52, 368-374
33. Mouritsen, O. G.; Zuckermann, M. J. Lipids 2004, 39, 1101-1113
34. Simons, K.; Vaz, W. L. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 269-295
35. Dufourc, E. J. J. Chem. Biol. 2008, 1, 63-77
36. Kamal, M. A.; Raghunathan, V. A. Soft Matter 2012, 8, 8952-8958
37. Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2001, 80, 1104-1114
38. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2001, 80, 1649-1658
39. Chiu, S. W.; Jakobsson, E.; Mashl, R. J.; Scott, H. L. Biophys. J. 2002, 83, 1842-1853
40. Hofsass, C.; Lindahl, E.; Edholm, O. Biophys. J. 2003, 84, 2192-2206
41. Pandit, S. A.; Bostick, D.; Berkowitz, M. L. Biophys. J. 2004, 86, 1345-1356
42. Cournia, Z.; Ullmann, G. M.; Smith, J. C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1786-1801
43. Cheng, M. H.; Liu, L. T.; Saladino, A. C.; Xu, Y.; Tang, P. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 14186-14192
44. Rog, T.; Stimson, L. M.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1946-1952
45. Martinez-Seara, H.; Rog, T.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M.; Reigada, R. Biophys. J. 2008, 95, 3295-3305
46. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10-11
47. Bennett, W. F. D.; MacCallum, J. L.; Hinner, M. J.; Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12714-12720
48. Bennett, W. F. D.; MacCallum, J. L.; Tieleman, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 1972-1978
49. Rog, T.; Pasenkiewicz-Gierula, M.; Vattulainen, I.; Karttunen, M. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009, 1788, 97-121
50. Jo, S.; Rui, H.; Lim, J. B.; Klauda, J. B.; Im, W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13342-13348
51. Fernandez, M. L.; Marshall, G.; Sagues, F.; Reigada, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 6855-6865
52. Silva, C.; Aranda, F. J.; Ortiz, A.; Martinez, V.; Carvajal, M.; Teruel, J. A. J. Colloid Interface Sci. 2011, 358, 192-201
53. Lyubartsev, A. P.; Rabinovich, A. L. Soft Matter 2011, 7, 25-39
54. Pinisetty, D.; Moldovan, D.; Devireddy, R. Ann. Biomed. Eng. 2006, 34, 1442-1451
55. Schmid, N.; Eichenberger, A. P.; Choutko, A.; Riniker, S.; Winger, M.; Mark, A. E.; van Gunsteren, W. F. Eur. Biophys. J. 2011, 40, 843-856
56. Poger, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1117-1125
57. Poger, D.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 325-336
58. Poger, D.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4807-4817
59. Piggot, T. J.; Pineiro, A.; Khalid, S. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4593-4609
60. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Intermolecular Forces; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; pp 331-342.
61. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
62. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: New York, 1989.
63. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
64. Malde, A. K.; Zuo, L.; Breeze, M.; Stroet, M.; Poger, D.; Nair, P. C.; Oostenbrink, C.; Mark, A. E. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 4026-4037
65. Sengwa, R. J.; Chaudhary, R.; Mehrotra, S. C. Mol. Phys. 2001, 99, 1805-1812
66. Mancera, R. L.; Chalaris, M.; Refson, K.; Samios, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 94-102
67. Mancera, R. L.; Chalaris, M.; Samios, J. J. Mol. Liq. 2004, 110, 147-153
68. Lin, J.; Novak, B.; Moldovan, D. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 1299-1308