Reactive dynamics simulation of monolayer and multilayer adsorption of glycine on Cu(110)

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 117, Issue 10, 2013, Pages 5221-5228

  Monti, Susanna ^a   Li, Cui ^a   Carravetta, Vincenzo ^a  

^a CNR   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DYNAMICS SIMULATION; GEOMETRY OPTIMIZATION; INTER-MOLECULAR FORCES; INTERMOLECULAR HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MONO- AND MULTILAYER; MULTILAYER ADSORPTION; OVERALL STABILITIES;

ADSORPTION; AMINO ACIDS; ATOMS; BINDING ENERGY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULES; MONOLAYERS; NITROGEN; OXYGEN;

COPPER;

EID: 84875197663     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp312828d     Document Type: Article

References (66)

1. Barone, V.; Casarin, M.; Forrer, D.; Monti, S.; Prampolini, G. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 18434-18444
2. Zaia, D. A. M. Int. J. Astrobiol. 2012, 11, 229-234
3. Fischer, S.; Papageorgiou, A. C.; Marschall, M.; Reichert, J.; Diller, K.; Klappenberger, F.; Allegretti, F.; Nefedov, A.; Woell, C.; Barth, J. V. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 20356-20362
4. Han, J. W. Top. Catal. 2012, 55, 243-259
5. Thomsen, L.; Tadich, A.; Riley, D. P.; Cowie, B. C. C.; Gladys, M. J. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 9472-9480
6. Feng, J.; Slocik, J. M.; Sarikaya, M.; Naikmand, R. R.; Farmer, B. L.; Heinz, H. Small 2012, 8, 1049-1059
7. Clegg, M. L.; de la Garza, L. M.; Karakatsani, S.; King, D. A.; Driver, S. M. Top. Catal. 2011, 54, 1429-1444
8. Yue, J.; Jiang, X.; Yu, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11693-11699
9. Iori, F.; Felice, R. D.; Molinari, E.; Corni, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1465-1476
10. Woodruffa, D. P.; McConville, C. F.; Kilcoyne, A. L. D.; Lindner, T.; Somers, J.; Surman, M.; Paolucci, G.; Bradshaw, A. M. Surf. Sci. 1988, 201, 228-244
11. Weiss, K.-U.; Dippel, R.; Schindler, K.-M.; Gardner, P.; Fritzsche, V.; Bradshaw, A. M.; Kilcoyne, A. L. D.; Woodruff, D. P. Phys. Rev. Lett. 1992, 69, 3196-3199
12. Booth, N. A.; Davis, R.; Toomes, R.; Woodruff, D. P.; Hirschmugl, C.; Schindler, K.-M.; Schaff, O.; Fernandez, V.; Theobald, A.; Hofmann, P.; Lindsay, R.; Gießel, T.; Baumgärtel, P.; Bradshaw, A. M. Surf. Sci. 1997, 387, 152-159
13. Feyer, V.; Plekan, O.; Tsud, N.; Lyamayev, V.; Chab, V.; Matolin, V.; Prince, K. C.; Carravetta, V. J. Phys. Chem. C 2010, 114, 10922-10931
14. Barlow, S. M.; Raval, R. Surf. Sci. Rep. 2003, 50, 201-342
15. Barlow, S. M.; Kitching, K. J.; Haq, S.; Richardson, N. V. Surf. Sci. 1998, 401, 322-335
16. G. Cooper, M. L. G.; Morin, C.; Araki, T.; Turci, C. C.; Kaznatcheev, K.; Hitchcock, A. P. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6144-6159
17. Cooper, G.; Gordon, M. L.; Tulumello, D.; Turci, C.; Kaznatcheev, K.; Hitchcock, A. P. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2004, 137-140, 795-799
18. Zubavichus, Y.; Zharnikov, M.; Schaporenko, A.; Grunze, M. J. Electron Spectrosc. Relat. Phenom. 2004, 134, 25-33
19. Zubavichus, Y.; Schaporenko, A.; Grunze, M.; Zharnikov, M. J. Phys. Chem. B 2006, 130, 3420-3427
20. Chatterjee, A.; Zhao, L.; Zhang, L.; Pradhan, D.; Zhou, X.; Leung, K. T. J. Chem. Phys. 2008, 129, 105104-105109
21. Richardson, N. V.; Barlow, S.; Kitching, K. J.; Haq, S. Surf. Sci. 1998, 401, 322-335
22. Booth, N. A.; Woodruff, D. P.; Schaff, O.; Gießel, T.; Lindsay, R.; Baumgärtel, P.; Bradshaw, A. M. Surf. Sci. 1998, 397, 258-269
23. Hasselström, J.; Karis, O.; Weinelt, M.; Wassdahl, N.; Nilsson, A.; Nyberg, M.; Pettersson, L. G. M.; Samant, M. G.; Stöhr, J. Surf. Sci. 1998, 407, 221-236
24. Nyberg, M.; Hasselström, J.; Karis, O.; Wassdahl, N.; Weinelt, M.; Nilsson, A.; Pettersson, L. G. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5420-5427
25. Chen, Q.; Frankel, D. J.; Richardson, N. V. Surf. Sci. 2002, 497, 37-46
26. Toomes, R. L.; Kang, J.-H.; Woodruff, D. P.; Polcik, M.; Kittel, M.; Hoeft, J.-T. Surf. Sci. 2003, 522, L9-L14
27. Rankin, R. B.; Sholl, D. S. Surf. Sci. 2004, 548, 301-308
28. Zheleva, Z. V.; Eralp, T.; Held, G. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 618-625
29. Monti, S.; van Duin, A. C. T.; Kim, S.-Y.; Barone, V. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 5141-5150
30. Li, C.; Monti, S.; Carravetta, V. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 18318-18326
31. van Duin, A. C. T.; Dasgupta, S.; Lorant, F.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9396-9409
32. Järvi, T. T.; van Duin, A. C. T.; Nordlund, K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 10315-10322
33. Chen, H. P.; Kalia, R. J.; Kaxiras, E.; Lu, G.; Nakano, A.; Nomura, K.; van Duin, A. C. T.; Vashishta, P.; Yuan, Z. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 155502-155505
34. van Duin, A. C. T.; Merinov, B. V.; Jang, S. S.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 3133-3140
35. Sanz-Navarro, C. F.; Åstrand, P. O.; Chen, D.; Rønning, M.; van Duin, A. C. T.; Jacob, T.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1392-1402
36. Raymand, D.; van Duin, A. C. T.; Goddard, W. A.; Hermansson, K.; SpaÌŠngberg, D. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 8573-8579
37. Aryanpour, M.; van Duin, A. C. T.; Kubicki, J. D. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 6298-6307
38. Qian, H.-J.; van Duin, A. C. T.; Morokuma, K.; Irle, S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2040-2048
39. Neyts, E. C.; Shibuta, Y.; van Duin, A. C. T.; Bogaerts, A. ACS Nano 2010, 4, 6665-6672
40. Neyts, E. C.; van Duin, A. C. T.; Bogaerts, A. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 17225-17231
41. Neyts, E. C.; Khalilov, U.; Pourtois, G.; van Duin, A. C. T. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 4818-4823
42. Khalilov, U.; Pourtois, G.; van Duin, A. C. T.; Neyts, E. C. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 8649-8656
43. Khalilov, U.; Neyts, E. C.; Pourtois, G.; van Duin, A. C. T. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 24839-24848
44. Khalilov, U.; Pourtois, G.; van Duin, A. C. T.; Neyts, E. C. J. Phys. Chem. C 2012, 116, 21856-21863
45. Pitman, M. C.; van Duin, A. C. T. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3042-3053
46. Jeon, B.; Sankaranarayanan, S. K.; van Duin, A. C. T.; Ramanathan, S. ACS Appl. Mater. Interfaces 2012, 4, 1225-1232
47. Khalilov, U.; Pourtois, G.; van Duin, A. C. T.; Neyts, E. C. Chem. Mater. 2012, 24, 2141-2147
48. Abolfath, R. M.; van Duin, A. C. T.; Brabec, T. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 11045-11049
49. Yusupov, M.; Neyts, E. C.; Khalilov, U.; Snoeckx, R.; van Duin, A. C. T.; Bogaerts, A. New J. Phys. 2012, 14, 093043
50. van Duin, A. C. T.; Bryantsev, V. S.; Diallo, M. S.; Goddard, W. A.; Rahaman, O.; Doren, D. J.; Raymand, D.; Hermansson, K. J. Phys. Chem. A 2010, 114, 9507-9514
51. Huang, L.; Joshi, K. L.; van Duin, A. C. T.; Bandosz, T. J.; Gubbins, K. E. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 11327-11332
52. Iijima, K.; Tanaka, K.; Onuma, S. J. Mol. Struct. 1991, 246, 257-266
53. Osted, A.; Kongsted, J.; Christiansen, O. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1430-1440
54. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Gunsteren, W. F. V.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
55. Chenoweth, K.; van Duin, A. C. T.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1040-1053
56. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, 1989.
57. Baerends, E. J.; ADF, 2012.01a. SCM, Theoretical Chemistry; Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com.
58. Locke, M. J.; McIver, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 4226-4232
59. Suenram, R. D.; Lovas, F. J. Mol. Spectrosc. 1980, 72, 372-382
60. Hoyau, S.; Ohanessian, G. Chem.-Eur. J. 1998, 4, 1561-1569
61. Jockusch, R. A.; Lemoff, A. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12255-12265
62. Yang, G.; Zu, Y.; Liu, C.; Fu, Y.; Zhou, L. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 7104-7110
63. Nyberg, M.; Odelius, M.; Nilsson, A.; Pettersson, L. G. M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12577-12585
64. Kang, J.-H.; Toomes, R. L.; Polcik, M.; Hoeft, J.-T.; Efstathiou, V.; Woodruff, D. P.; Bradshaw, A. M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6059-6071
65. Bowker, M.; Madix, R. J. Appl. Surf. Sci. 1981, 8, 299-309
66. Rankin, R. B.; Sholl, D. S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16764-16773