Implicit solvent models and the energy landscape for aggregation of the amyloidogenic KFFE peptide

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 4, 2008, Pages 657-672

  Strodel, Birgit ^a   Wales, David J ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 50549095455     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct700305w     Document Type: Article

References (88)

1. Chen, J.; Brooks, C. L., III Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 471-481.
2. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
3. Hawkins, G. D.; Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Chem. Phys. Lett. 1995, 246, 122-129.
4. Qiu, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005-3014.
5. Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 479-499.
6. Tjong, H.; Zhou, H.-X. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3055-3061.
7. Schaefer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1578-1599.
8. Ghosh, A.; Rapp, C. S.; Friesner, R. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10983-10990.
9. Scarsi, M.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8098-8106.
10. Lee, M. S.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606-10614.
11. Im, W.; Lee, M. S.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691-1702.
12. Lee, M. S.; Feig, M.; Salsbury, F. R.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1348-1356.
13. Grycuk, T. J. Chem. Phys. 2003, 119, 4817-4826.
14. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
15. Dominy, B. N.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3765-3773.
16. Dominy, B. N.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2001, 23, 147-160.
17. Feig, M.; Brooks, C. L. Proteins 2002, 49, 232-245.
18. Felts, A. K.; Gallicchio, E.; Wallqvist, A.; Levy, R. M. Proteins 2002, 48, 404-422.
19. Zhu, J.; Zhu, Q.; Shi, Y.; Liu, H. Proteins 2003, 52, 598-608.
20. Fiser, A.; Feig, M.; Brooks, C. L.; Sali, A. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 413-421.
21. Steinbach, P. J. Prot. Struct Func. Bioinf. 2004, 57, 665-677.
22. Bursulaya, B. D.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 12378-12383.
23. Karanicolas, J.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 3432-3437.
24. Ohkubo, Y. Z.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 13916-13921.
25. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. Proteins: Struct., Func., Gen. 2002, 46, 24-33.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
27. Stultz, C. M. J. Chem. Phys B 2004, 108, 16525-16532.
28. Huang, A.; Stultz, C. M. Biophys. J. 2007, 92, 34-45.
29. Sun, Y.; Latour, R. A. J. Comput Chem. 2006, 27, 1908-1922.
30. Tjernberg, L.; Hosia, W.; Bark, N.; Thyberg, J.; Johansson, J. J. Biol. Chem. 2002, 277, 43243-43246.
31. Baumketner, A.; Shea, J.-E. Biophys. J. 2005, 89, 1493-1503.
32. Wei, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Phys. Cond. Mat. 2004, 16, 5047-5054.
33. Wei, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Biophys. J. 2004, 87, 3648-3656.
34. Melquiond, A.; Boucher, G.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 174904.
35. Melquiond, A.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. Prot Struct. Func. Bioinf. 2006, 65, 180-191.
36. Meinke, J. H.; Hansmann, U. H. E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 014706.
37. Gsponer, J.; Haberthür, U.; Caflisch, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 5154-5159.
38. Cecchini, M.; Curcio, R.; Pappalardo, M. M.; Melki, R.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2006, 357, 1306-1321.
39. Strodel, B.; Whittleston, C. S.; Wales, D. J. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 16005-16014.
40. Wales, D. J.; Doye, J. P. K. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5111-5116.
41. Doye, J. P. K.; Wales, D. J. Phys. Rev. Lett 1998, 80, 1357-1360.
42. Wales, D. J.; Scheraga, H. A. Science 1999, 285, 1368-1372.
43. Wales, D. J. Energy Landscapes; Cambridge University Press: Cambridge, 2003.
44. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151.
45. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Func., Gen. 1999, 35, 133-152.
46. Neria, E.; Fischer, S.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1902-1921.
47. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewiez-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
48. Mackerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput Chem. 2004, 25, 1400-1415.
49. MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 698-699.
50. Feig, M.; MacKerell, A. D.; Brooks, C. L. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2831-2836.
51. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 6611-6615.
52. Mezey, P. G. Potential Energy Hypersurfaces; Elsevier: Amsterdam, 1987.
53. Wales, D. J. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1992, 88, 653-657.
54. Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5260-5270.
55. Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 1997, 107, 1941-1947.
56. Miller, M. A.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 1999, 111, 6610-6616.
57. Mortenson, P. N.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6443-6454.
58. Mortenson, P. N.; Evans, D. A.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1363-1376.
59. Carr, J. M.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 234901.
60. Verma, A.; Schug, A.; Lee, K. H.; Wenzel, W. J. Chem. Phys. 2006, 124, 044515.
61. Mortenson, P. N.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6443-6454.
62. Feig, M.; Karanicolas, J.; Brooks, C. L. J. Mol. Graph. Mod. 2004, 22, 377-395.
63. Swendsen, R. H.; Wang, J.-S. Phys. Rev. Lett. 1986, 57, 2607-2609.
64. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comp. Phys. 1977, 23, 327-341.
65. Andersen, H. C. J. Comp. Phys. 1983, 52, 24-34.
66. Chocholoušová, J.; Feig, M. J. Comput Chem. 2006, 27, 719-729.
67. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
68. Klimov, D. K.; Newfield, D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 8019-8024.
69. Pellarin, R.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2006, 360, 882-892.
70. Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Protein Sci. 1994, 3, 2207-2216.
71. Dang, L. X.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 5531-5532.
72. Friedman, G. L. Faraday Discuss. Chem. Soc. 1988, 85, 1-11.
73. Masunov, A.; Lazaridis, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1722-1730.
74. Cecchini, M.; Rao, F.; Seeber, M.; Caflisch, A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 10748.
75. Paci, E.; Gsponer, J.; Salvatella, X.; Vendruscolo, M. J. Mol. Biol. 2004, 340, 555-569.
76. Feig, M.; Onufriev, A.; Lee, M. S.; Im, W.; Case, D. A.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 265-284.
77. Chen, J.; Im, W.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728-3736.
78. Gazit, E. FASEB J. 2002, 16, 77-83.
79. Schaefer, M.; Bartels, C.; Leclerc, F.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1857-1879.
80. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes in FORTRAN, 2 ed.; Cambridge University Press: Cambridge, 1992.
81. Lebedev, V. I.; Laikov, D. N. Doklady Math. 1999, 59, 477-481.
82. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98-103.
83. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 165, 201-214.
84. Evans, D. J.; Holian, B. L. J. Chem. Phys. 1985, 83, 4069-4074.
85. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput Chem. 1994, 15, 667-683.
86. Bogusz, S.; Cheatham, T.; Brooks, B. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7070-7084.
87. Wales, D. J. Mol. Phys. 2002, 100, 3285-3306.
88. Wales, D. J. Int. Rev. Phys. Chem. 2006, 25, 237-282.