Mathematical modelling of miRNA mediated BCR.ABL protein regulation in chronic myeloid leukaemia vis-a-vis therapeutic strategies

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 5, Issue 3, 2013, Pages 543-554

  Verma, Malkhey ^a   Karimiani, Ehsan Ghayoor ^b,c   Byers, Richard J ^b,d   Rehman, Samrina ^a   Westerhoff, Hans V ^a,e,f   Day, Philip J R ^b  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^c MASHHAD UNIVERSITY OF MEDICAL SCIENCES   (Iran)

^d MANCHESTER ROYAL INFIRMARY   (United Kingdom)

^e UNIVERSITY OF AMSTERDAM   (Netherlands)

^f VU UNIVERSITY AMSTERDAM   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BCR ABL PROTEIN; MICRORNA; PROTEIN TYROSINE KINASE INHIBITOR;

ARTICLE; CELL POPULATION; CHRONIC MYELOID LEUKEMIA; CONTROLLED STUDY; HUMAN; HUMAN CELL; LEUKEMIA CELL; MATHEMATICAL MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PHOSPHORYLATION; REGULATORY MECHANISM; VALIDATION STUDY;

COMPUTER SIMULATION; FUSION PROTEINS, BCR-ABL; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, LEUKEMIC; HUMANS; K562 CELLS; LEUKEMIA, MYELOGENOUS, CHRONIC, BCR-ABL POSITIVE; MICRORNAS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, THEORETICAL; PHOSPHORYLATION; PROTEIN INTERACTION MAPPING; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; SIGNAL TRANSDUCTION;

EID: 84874812574     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c3ib20230e     Document Type: Article

References (59)

1. S. Fader M. Talpaz Z. Estrov H. M. Kantarjian Ann. Intern. Med. 1999 131 207 219
2. J. Groffen J. R. Stephenson N. Heisterkamp A. de Klein C. R. Bartram G. Grosveld Cell 1984 36 93 99
3. M. W. N. Deininger S. Vieira R. Mendiola Cancer Res. 2000 60 2049 2055
4. P. Vigneri J. Y. J. Wang Nat. Med. 2001 7 228 234
5. S. Salesse C. M. Verfaillie Oncogene 2002 21 8605 8611
6. J. R. McWhirter J. Y. Wang EMBO J. 1993 12 1533 1546
7. A. Gotoh K. Miyazawa K. Ohyashiki T. Tauchi H. S. Boswell H. E. Broxmeyer K. Toyama Exp. Hematol. 1995 23 1153 1159
8. Y. Le L. Xu J. Lu J. Fang V. Nardi L. Chai L. E. Silberstein Am. J. Hematol. 2009 84 273 278
9. J. S. Damiano L. A. Hazlehurst W. S. Dalton Leukemia 2001 15 1232 1239
10. I. R. Radford Curr. Opin. Invest. Drugs 2002 3 492 499
11. A. Hochhaus S. Kreil A. S. Corbin P. L. Rosée M. C. Müller T. Lahaye B. Hanfstein C. Schoch N. C. P. Cross U. Berger H. Gschaidmeier B. J. Druker R. Hehlmann Leukemia 2002 16 2190 2196
12. C. B. Gambacorti-Passerini R. H. Gunby R. Piazza A. Galietta R. Rostagno L. Scapozza Lancet Oncol. 2003 4 75 85
13. J. F. Apperley Lancet Oncol. 2007 8 1018 1029
14. T. O'Hare D. K. Walters E. P. Stoffregen T. Jia P. W. Manley J. Mestan S. W. Cowan-Jacob F. Y. Lee M. C. Heinrich M. W. N. Deininger B. J. Druker Cancer Res. 2005 65 4500 4505
15. J. Faber R. I. Gregory S. A. Armstrong Cancer Cell 2008 13 467 469
16. V. Ambros Nature 2004 431 350 355
17. Z. Duan R. E. Person H.-H. Lee S. Huang J. Donadieu R. Badolato H. L. Grimes T. Papayannopoulou M. S. Horwitz Mol. Cell. Biol. 2007 27 6889 6902
18. I. Bentwich A. Avniel Y. Karov R. Aharonov S. Gilad O. Barad A. Barzilai P. Einat U. Einav E. Meiri E. Sharon Y. Spector Z. Bentwich Nat. Genet. 2005 37 766 770
19. G. A. Calin R. Garzon A. Cimmino M. Fabbri C. M. Croce Leuk. Res. 2006 30 653 655
20. S. Volinia G. A. Calin C.-G. Liu S. Ambs A. Cimmino F. Petrocca R. Visone M. Iorio C. Roldo M. Ferracin R. L. Prueitt N. Yanaihara G. Lanza A. Scarpa A. Vecchione M. Negrini C. C. Harris C. M. Croce Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2257 2261
21. J. Lu G. Getz E. A. Miska E. Alvarez-Saavedra J. Lamb D. Peck A. Sweet-Cordero B. L. Ebert R. H. Mak A. A. Ferrando J. R. Downing T. Jacks H. R. Horvitz T. R. Golub Nature 2005 435 834 838
22. J. Lu G. Getz E. A. Miska E. Alvarez-Saavedra J. Lamb D. Peck A. Sweet-Cordero B. L. Ebert R. H. Mak A. A. Ferrando J. R. Downing T. Jacks H. R. Horvitz T. R. Golub Nature 2005 435 834 838
23. F. Fazi S. Racanicchi G. Zardo L. M. Starnes M. Mancini L. Travaglini D. Diverio E. Ammatuna G. Cimino F. Lo-Coco F. Grignani C. Nervi Cancer Cell 2007 12 457 466
24. L. Zhang J. Huang N. Yang J. Greshock M. S. Megraw A. Giannakakis S. Liang T. L. Naylor A. Barchetti M. R. Ward G. Yao A. Medina A. O'Brien-Jenkins D. Katsaros A. Hatzigeorgiou P. A. Gimotty B. L. Weber G. Coukos Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 9136 9141
25. J. Takamizawa H. Konishi K. Yanagisawa S. Tomida H. Osada H. Endoh T. Harano Y. Yatabe M. Nagino Y. Nimura T. Mitsudomi T. Takahashi Cancer Res. 2004 64 3753 3756
26. M. J. Bueno I. Pérez de Castro M. Gómez de Cedrón J. Santos G. A. Calin Juan C. Cigudosa C. M. Croce J. Fernández-Piqueras M. Malumbres Cancer Cell 2008 13 496 506
27. T. Lopotová M. Žáčková H. Klamová J. Moravcová Leuk. Res. 2011 35 974 977
28. N. Iraci E. Valli S. Gherardi Blood 2009 114 351
29. N. Felli L. Fontana E. Pelosi R. Botta D. Bonci F. Facchiano F. Liuzzi V. Lulli O. Morsilli S. Santoro M. Valtieri G. A. Calin C.-G. Liu A. Sorrentino C. M. Croce C. Peschle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 18081 18086
30. E. Pelosi C. Labbaye U. Testa Leuk. Res. 2009 33 1584 1593
31. T. Yoshihara A. Taguchi T. Matsuyama Y. Shimizu A. Kikuchi-Taura T. Soma D. M. Stern H. Yoshikawa Y. Kasahara H. Moriwaki K. Nagatsuka H. Naritomi J. Cereb. Blood Flow Metab. 2008 28 1086 1089
32. M. Scherr K. Battmer T. Winkler O. Heidenreich A. Ganser M. Eder Blood 2003 101 1566 1569
33. P. Mestdagh T. Feys N. Bernard S. Guenther C. Chen F. Speleman J. Vandesompele Nucleic Acids Res. 2008 36 e143
34. S. A. Bustin V. Benes J. A. Garson J. Hellemans J. Huggett M. Kubista R. Mueller T. Nolan M. W. Pfaffl G. L. Shipley J. Vandesompele C. T. Wittwer Clin. Chem. 2009 55 611 622
35. T. Schindler W. Bornmann P. Pellicena W. T. Miller B. Clarkson J. Kuriyan Science 2000 289 1938 1942
36. E. G. Karimiani, PhD thesis, The University of Manchester, UK, 2012
37. M. Verma P. J. Bhat K. V. Venkatesh Biochem. J. 2005 388 843 849
38. A. Goldbeter J. D. E. Koshland, Jr. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981 78 6840 6844
39. A. Goldbeter D. E. Koshland J. Biol. Chem. 1984 259 14441 14447
40. F. Ortega L. Acerenza H. V. Westerhoff F. Mas M. Cascante Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 1170 1175
41. M. Verma P. J. Bhat K. V. Venkatesh J. Biol. Chem. 2003 278 48764 48769
42. M. Copland A. Hamilton L. J. Elrick J. W. Baird E. K. Allan N. Jordanides M. Barow J. C. Mountford T. L. Holyoake Blood 2006 107 4532 4539
43. S. Suresh L. McCallum W. Lu N. Lazar B. Perbal A. Irvine J. Cell Commun. Signal. 2011 5 183 191
44. J. J. Hornberg F. J. Bruggeman B. Binder C. R. Geest A. J. M. B. de Vaate J. Lankelma R. Heinrich H. V. Westerhoff FEBS J. 2005 272 244 258
45. J. J. Hornberg F. J. Bruggeman H. V. Westerhoff J. Lankelma Biosystems 2006 83 81 90
46. B. Weigelt J. S. Reis-Filho Nat. Rev. Clin. Oncol. 2009 6 718 730
47. F. J. Bruggeman H. V. Westerhoff J. B. Hoek B. N. Kholodenko J. Theor. Biol. 2002 218 507 520
48. S. Rossell C. C. van der Weijden A. Lindenbergh A. van Tuijl C. Francke B. M. Bakker H. V. Westerhoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 2166 2171
49. S. Rehman R. Goodacre P. J. Day A. Bayat H. V. Westerhoff Arthritis Res. Ther. 2011 13 238
50. C. Miething C. Mugler R. Grundler J. Hoepfl R. Y. Bai C. Peschel J. Duyster Leukemia 2003 17 1695 1699
51. S. Rehman Y. Xu W. B. Dunn P. J. R. Day H. V. Westerhoff R. Goodacre A. Bayat Mol. BioSyst. 2012 8 2274 2288
52. K. van Eunen J. Bouwman P. Daran-Lapujade J. Postmus A. B. Canelas F. I. C. Mensonides R. Orij I. Tuzun J. van den Brink G. J. Smits W. M. van Gulik S. Brul J. J. Heijnen J. H. de Winde M. J. Teixeira de Mattos C. Kettner J. Nielsen H. V. Westerhoff B. M. Bakker FEBS J. 2010 277 749 760
53. E. Murabito K. Smallbone J. Swinton H. V. Westerhoff R. Steuer J. R. Soc. Interface 2011 8 880 895
54. H. Lehrach R. Subrak P. Boyle M. Pasterk K. Zatloukal H. Muller T. Hubbard A. Brand M. Girolami D. Jameson F. J. Bruggeman H. V. Westerhoff Proc. Comput. Sci. 2011 7 26 29
55. M. R. Parthun J. A. Jaehning J. Biol. Chem. 1990 256 209 213
56. M. Leist B. Single A. F. Castoldi S. Kühnle P. Nicotera J. Emerg. Med. 1997 185 1481 1486
57. P. Charusanti X. Hu L. Chen D. Neuhauser J. J. DiStefeno III Discrete and Continuous Dynamical Systems 2004 4 99 114
58. E. Ferret C. Evrard A. Foucal P. Gervais Biotechnol. Bioeng. 2000 67 520 528
59. D. Alvira R. Naughton L. Bhatt S. Tedesco W. D. Landry T. G. Cotter J. Biol. Chem. 2011 286 32313 32323