Spanish human proteome project: Dissection of chromosome 16

Journal of Proteome Research

Volumn 12, Issue 1, 2013, Pages 112-122

  Segura, V ^a   Medina Aunon, J A ^b   Guruceaga, E ^a   Gharbi, S I ^b   Gonzalez Tejedo C ^b   San Chez Del Pino, M M ^b   Canals, F ^b   Fuentes, M ^c   Ignacio Casal, J ^b   Martinez Bartolome S ^b   Elortza, F ^d   Mato, J M ^d   Arizmendi, J M ^e   Abian, J ^f   Oliveira, E ^g   Gil, C ^b   Vivanco, F ^b   Blanco, F ^a   Albar, J P ^b,h   Corrales, F J ^a,b,h  

^a UNIVERSITY OF NAVARRA   (Spain)

^b INSTITUTO DE SALUD CARLOS III   (Spain)

^c UNIVERSITY OF SALAMANCA   (Spain)

^d INSTITUTO DE SALUD CARLOS III   (Spain)

^e UNIVERSITY OF THE BASQUE COUNTRY UPV EHU   (Spain)

^f INSTITUT D INVESTIGACIONS BIOMÈDIQUES AUGUST PI I SUNYER IDIBAPS   (Spain)

^g UNIVERSITY OF BARCELONA   (Spain)

^h Osteoarticular and Aging Research Lab   (Spain)

Author keywords

Chromosome 16; Human Proteome Project; Proteomics; Transcriptomics

Indexed keywords

PROTEOME; TRANSCRIPTOME;

ARTICLE; CELL LINE; CHROMOSOME 16; EPITHELIUM CELL; FIBROBLAST; GENE; GENE EXPRESSION; GENETIC CODE; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN PROTEOME PROJECT; MICROARRAY ANALYSIS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; SPAIN; STANDARD; T LYMPHOCYTE;

CELL LINE; CHROMOSOMES, HUMAN, PAIR 16; DATABASES, PROTEIN; GENE EXPRESSION; GENOME, HUMAN; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; PROTEINS; PROTEOME; TRANSCRIPTOME;

EID: 84874043097     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr300898u     Document Type: Article

References (42)

1. Lander, E. S.; Linton, L. M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M. C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, J. P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C.; Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman, D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D.; Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R.; Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L.; Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A.; Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S.; Milne, S.; Mullikin, J. C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M.; Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R. H.; Wilson, R. K.; Hillier, L. W.; McPherson, J. D.; Marra, M. A.; Mardis, E. R.; Fulton, L. A.; Chinwalla, A. T.; Pepin, K. H.; Gish, W. R.; Chissoe, S. L.; Wendl, M. C.; Delehaunty, K. D.; Miner, T. L.; Delehaunty, A.; Kramer, J. B.; Cook, L. L.; Fulton, R. S.; Johnson, D. L.; Minx, P. J.; Clifton, S. W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P.; Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J. F.; Olsen, A.; Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R. A.; Muzny, D. M.; Scherer, S. E.; Bouck, J. B.; Sodergren, E. J.; Worley, K. C.; Rives, C. M.; Gorrell, J. H.; Metzker, M. L.; Naylor, S. L.; Kucherlapati, R. S.; Nelson, D. L.; Weinstock, G. M.; Sakaki, Y.; Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T.; Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach, J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T.; Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D. R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H. M.; Dubois, J.; Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A.; Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen, L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R. W.; Federspiel, N. A.; Abola, A. P.; Proctor, M. J.; Myers, R. M.; Schmutz, J.; Dickson, M.; Grimwood, J.; Cox, D. R.; Olson, M. V.; Kaul, R.; Raymond, C.; Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G. A.; Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B. A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser, J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W. R.; la Bastide, de, M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G.; Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J. A.; Bateman, A.; Batzoglou, S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D. G.; Burge, C. B.; Cerutti, L.; Chen, H. C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R. R.; Doerks, T.; Eddy, S. R.; Eichler, E. E.; Furey, T. S.; Galagan, J.; Gilbert, J. G.; Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H.; Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L. S.; Jones, T. A.; Kasif, S.; Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W. J.; Kitts, P.; Koonin, E. V.; Korf, I.; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T. M.; McLysaght, A.; Mikkelsen, T.; Moran, J. V.; Mulder, N.; Pollara, V. J.; Ponting, C. P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A. F.; Stupka, E.; Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L.; Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y. I.; Wolfe, K. H.; Yang, S. P.; Yeh, R. F.; Collins, F.; Guyer, M. S.; Peterson, J.; Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K. A.; Patrinos, A.; Morgan, M. J.; de Jong, P.; Catanese, J. J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S.; Chen, Y. J.; Szustakowki, J.; International Human Genome Sequencing Consortium. Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001, 409, 860-921.
2. Venter, J. C.; Adams, M. D.; Myers, E. W.; Li, P. W.; Mural, R. J.; Sutton, G. G.; Smith, H. O.; Yandell, M.; Evans, C. A.; Holt, R. A.; Gocayne, J. D.; Amanatides, P.; Ballew, R. M.; Huson, D. H.; Wortman, J. R.; Zhang, Q.; Kodira, C. D.; Zheng, X. H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P. D.; Zhang, J.; Gabor Miklos, G. L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A. G.; Nadeau, J.; McKusick, V. A.; Zinder, N.; Levine, A. J.; Roberts, R. J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A. E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T. J.; Higgins, M. E.; Ji, R. R.; Ke, Z.; Ketchum, K. A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G. V.; Milshina, N.; Moore, H. M.; Naik, A. K.; Narayan, V. A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D. B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M. L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C.; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y. H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N. N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J. F.; Guigo, R.; Campbell, M. J.; Sjolander, K. V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y. H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Glasser, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M.; Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C.; Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis, M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J.; Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M.; Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J.; Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R.; Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A.; Zandieh, A.; Zhu, X. The sequence of the human genome. Science 2001, 291, 1304-1351.
3. Perkel, J. M. The human proteome project takes shape down under. BioTechniques 2011, 50, 149-155.
4. Legrain, P.; Aebersold, R.; Archakov, A.; Bairoch, A.; Bala, K.; Beretta, L.; Bergeron, J.; Borchers, C. H.; Corthals, G. L.; Costello, C. E.; Deutsch, E. W.; Domon, B.; Hancock, W.; He, F.; Hochstrasser, D.; Marko-Varga, G.; Salekdeh, G. H.; Sechi, S.; Snyder, M.; Srivastava, S.; Uhlen, M.; Wu, C. H.; Yamamoto, T.; Paik, Y.-K.; Omenn, G. S. The Human Proteome Project: current state and future direction. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.009993.
5. Nilsson, T.; Mann, M.; Aebersold, R.; Yates, J. R.; Bairoch, A.; Bergeron, J. J. M. Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time. Nat. Methods 2010, 7, 681-685.
6. Orchard, S.; Hermjakob, H.; Taylor, C. F.; Potthast, F.; Jones, P.; Zhu, W.; Julian, R. K.; Apweiler, R. Second proteomics standards initiative spring workshop. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 287-289.
7. Omenn, G. S. Exploring the human plasma proteome. Proteomics 2005, 5, 3223-3225.
8. He, F. Human liver proteome project: plan, progress, and perspectives. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1841-1848.
9. Uhlen, M.; Bjorling, E.; Agaton, C.; Szigyarto, C. A.-K.; Amini, B.; Andersen, E.; Andersson, A.-C.; Angelidou, P.; Asplund, A.; Asplund, C.; Berglund, L.; Bergstrom, K.; Brumer, H.; Cerjan, D.; Ekstrom, M.; Elobeid, A.; Eriksson, C.; Fagerberg, L.; Falk, R.; Fall, J.; Forsberg, M.; Bjorklund, M. G.; Gumbel, K.; Halimi, A.; Hallin, I.; Hamsten, C.; Hansson, M.; Hedhammar, M.; Hercules, G.; Kampf, C.; Larsson, K.; Lindskog, M.; Lodewyckx, W.; Lund, J.; Lundeberg, J.; Magnusson, K.; Malm, E.; Nilsson, P.; Odling, J.; Oksvold, P.; Olsson, I.; Oster, E.; Ottosson, J.; Paavilainen, L.; Persson, A.; Rimini, R.; Rockberg, J.; Runeson, M.; Sivertsson, A.; Skollermo, A.; Steen, J.; Stenvall, M.; Sterky, F.; Stromberg, S.; Sundberg, M.; Tegel, H.; Tourle, S.; Wahlund, E.; Walden, A.; Wan, J.; Wernerus, H.; Westberg, J.; Wester, K.; Wrethagen, U.; Xu, L. L.; Hober, S.; Ponten, F. A human protein atlas for normal and cancer tissues based on antibody proteomics. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1920-1932.
10. Hamacher, M.; Marcus, K.; Stephan, C.; Klose, J.; Park, Y. M.; Meyer, H. E. HUPO Brain Proteome Project: toward a code of conduct. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 457.
11. Yamamoto, T.; Langham, R. G.; Ronco, P.; Knepper, M. A.; Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics: a report on the Human Kidney and Urine Proteome Project (HKUPP) symposium and workshop, 6 October 2007, Seoul, Korea and 1 November 2007, San Francisco, CA, USA. Proteomics 2008, 8, 2156-2159.
12. Paik, Y.-K.; Omenn, G. S.; Uhlen, M.; Hanash, S.; Marko-Varga, G.; Aebersold, R.; Bairoch, A.; Yamamoto, T.; Legrain, P.; Lee, H.-J.; Na, K.; Jeong, S.-K.; He, F.; Binz, P.-A.; Nishimura, T.; Keown, P.; Baker, M. S.; Yoo, J. S.; Garin, J.; Archakov, A.; Bergeron, J.; Salekdeh, G. H.; Hancock, W. S. Standard guidelines for the Chromosome-centric Human Proteome Project. J. Proteome Res. 2012, 11 (4), 2005-2013.
13. Paik, Y.-K.; Jeong, S.-K.; Omenn, G. S.; Uhlen, M.; Hanash, S.; Cho, S. Y.; Lee, H.-J.; Na, K.; Choi, E.-Y.; Yan, F.; Zhang, F.; Zhang, Y.; Snyder, M.; Cheng, Y.; Chen, R.; Marko-Varga, G.; Deutsch, E. W.; Kim, H.; Kwon, J.-Y.; Aebersold, R.; Bairoch, A.; Taylor, A. D.; Kim, K. Y.; Lee, E.-Y.; Hochstrasser, D.; Legrain, P.; Hancock, W. S. The Chromosome-centric Human Proteome Project for cataloging proteins encoded in the genome. Nat. Biotechnol. 2012, 30, 221-223.
14. Gentleman, R. C.; Carey, V. J.; Bates, D. M.; Bolstad, B.; Dettling, M.; Dudoit, S.; Ellis, B.; Gautier, L.; Ge, Y.; Gentry, J.; Hornik, K.; Hothorn, T.; Huber, W.; Iacus, S.; Irizarry, R.; Leisch, F.; Li, C.; Maechler, M.; Rossini, A. J.; Sawitzki, G.; Smith, C.; Smyth, G.; Tierney, L.; Yang, J. Y.; Zhang, J. Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics. Genome Biol. 2004, 5, R80.
15. Irizarry, R. A.; Bolstad, B. M.; Collin, F.; Cope, L. M.; Hobbs, B.; Speed, T. P. Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data. Nucleic Acids Res. 2003, 31, e15.
16. Storey, J. D.; Tibshirani, R. Statistical significance for genomewide studies. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 9440-9445.
17. Marcilla, M.; Alpizar, A.; Paradela, A.; Albar, J.-P. A systematic approach to assess amino acid conversions in SILAC experiments. Talanta 2011, 84, 430-436.
18. Elias, J. E.; Gygi, S. P. Target-decoy search strategy for increased confidence in large-scale protein identifications by mass spectrometry. Nat. Methods 2007, 4, 207-214.
19. Martínez-Bartolome, S.; Medina-Aunon, J. A.; Jones, A. R.; Albar, J. P. Semi-automatic tool to describe, store and compare proteomics experiments based on MIAPE compliant reports. Proteomics 2010, 10, 1256-1260.
20. Medina-Aunon, J. A.; Martínez-Bartolome, S.; Lopez-Garcia, M. A.; Salazar, E.; Navajas, R.; Jones, A. R.; Paradela, A.; Albar, J. P. The ProteoRed MIAPE web toolkit: a user-friendly framework to connect and share proteomics standards. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.008334.
21. Bech-Serra, J.-J.; Borthwick, A.; Colome, N.; ProteoRed Consortium; Albar, J.-P.; Wells, M.; Sanchez del Pino, M.; Canals, F. A multi-laboratory study assessing reproducibility of a 2D-DIGE differential proteomic experiment. J. Biomol. Tech. 2009, 20, 293-296.
22. Martínez-Bartolome, S.; Blanco, F.; Albar, J.-P. Relevance of proteomics standards for the ProteoRed Spanish organization. J. Proteomics 2010, 73, 1061-1066.
23. Babel, I.; Barderas, R.; Diaz-Uriarte, R.; Moreno, V.; Suarez, A.; Fernandez-Acenero, M. J.; Salazar, R.; Capella, G.; Casal, J. I. Identification of MST1/STK4 and SULF1 proteins as autoantibody targets for the diagnosis of colorectal cancer by using phage microarrays. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.001784.
24. Pitarch, A.; Nombela, C.; Gil, C. Prediction of the clinical outcome in invasive candidiasis patients based on molecular fingerprints of five anti-Candida antibodies in serum. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.004010.
25. Calamia, V.; Fernandez-Puente, P.; Mateos, J.; Lourido, L.; Rocha, B.; Montell, E.; Verges, J.; Ruiz-Romero, C.; Blanco, F. J. Pharmacoproteomic study of three different chondroitin sulfate compounds on intracellular and extracellular human chondrocyte proteomes. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013417.
26. la Cuesta, de, F.; Alvarez-Llamas, G.; Maroto, A. S.; Donado, A.; Zubiri, I.; Posada, M.; Padial, L. R.; Pinto, A. G.; Barderas, M. G.; Vivanco, F. A proteomic focus on the alterations occurring at the human atherosclerotic coronary intima. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.003517.
27. Sanchez-Quiles, V.; Mora, M. I.; Segura, V.; Greco, A.; Epstein, A. L.; Foschini, M. G.; Dayon, L.; Sanchez, J.-C.; Prieto, J.; Corrales, F. J.; Santamaria, E. HSV-1 Cgal+ infection promotes quaking RNA binding protein production and induces nuclear-cytoplasmic shuttling ofquaking I-5 isoform in human hepatoma cells. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M111.009126.
28. Ramachandran, N.; Raphael, J. V.; Hainsworth, E.; Demirkan, G.; Fuentes, M. G.; Rolfs, A.; Hu, Y.; LaBaer, J. Next-generation highdensity self-assembling functional protein arrays. Nat. Methods 2008, 5, 535-538.
29. Taylor, C. F.; Paton, N. W.; Lilley, K. S.; Binz, P.-A.; Julian, R. K.; Jones, A. R.; Zhu, W.; Apweiler, R.; Aebersold, R.; Deutsch, E. W.; Dunn, M. J.; Heck, A. J. R.; Leitner, A.; Macht, M.; Mann, M.; Martens, L.; Neubert, T. A.; Patterson, S. D.; Ping, P.; Seymour, S. L.; Souda, P.; Tsugita, A.; Vandekerckhove, J.; Vondriska, T. M.; Whitelegge, J. P.; Wilkins, M. R.; Xenarios, I.; Yates, J. R.; Hermjakob, H. The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). Nat. Biotechnol. 2007, 25, 887-893.
30. Martens, L.; Chambers, M.; Sturm, M.; Kessner, D.; Levander, F.; Shofstahl, J.; Tang, W. H.; Rompp, A.; Neumann, S.; Pizarro, A. D.; Montecchi-Palazzi, L.; Tasman, N.; Coleman, M.; Reisinger, F.; Souda, P.; Hermjakob, H.; Binz, P.-A.; Deutsch, E. W. mzML-a community standard for mass spectrometry data. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, R110.000133.
31. Jones, A. R.; Eisenacher, M.; Mayer, G.; Kohlbacher, O.; Siepen, J.; Hubbard, S. J.; Selley, J. N.; Searle, B. C.; Shofstahl, J.; Seymour, S. L.; Julian, R.; Binz, P.-A.; Deutsch, E. W.; Hermjakob, H.; Reisinger, F.; Griss, J.; Vizcaíno, J. A.; Chambers, M.; Pizarro, A.; Creasy, D. The mzIdentML Data Standard for Mass Spectrometry-Based Proteomics Results. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.014381.
32. Binz, P.-A.; Barkovich, R.; Beavis, R. C.; Creasy, D.; Horn, D. M.; Julian, R. K.; Seymour, S. L.; Taylor, C. F.; Vandenbrouck, Y. Guidelines for reporting the use of mass spectrometry informatics in proteomics. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 862.
33. Taylor, C. F.; Binz, P.-A.; Aebersold, R.; Affolter, M.; Barkovich, R.; Deutsch, E. W.; Horn, D. M.; Huhmer, A.; Kussmann, M.; Lilley, K.; Macht, M.; Mann, M.; Muller, D.; Neubert, T. A.; Nickson, J.; Patterson, S. D.; Raso, R.; Resing, K.; Seymour, S. L.; Tsugita, A.; Xenarios, I.; Zeng, R.; Julian, R. K. Guidelines for reporting the use of mass spectrometry in proteomics. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 860-861.
34. Martens, L.; Hermjakob, H.; Jones, P.; Adamski, M.; Taylor, C.; States, D.; Gevaert, K.; Vandekerckhove, J.; Apweiler, R. PRIDE: the proteomics identifications database. Proteomics 2005, 5, 3537-3545.
35. Hermjakob, H.; Apweiler, R. The Proteomics Identifications Database (PRIDE) and the ProteomExchange Consortium: making proteomics data accessible. Expert Rev. Proteomics 2006, 3, 1-3.
36. Moreno-Aliaga, M. J.; Perez-Echarri, N.; Marcos-Gomez, B.; Larequi, E.; Gil-Bea, F. J.; Viollet, B.; Gimenez, I.; Martínez, J. A.; Prieto, J.; Bustos, M. Cardiotrophin-1 is a key regulator of glucose and lipid metabolism. Cell Metab. 2011, 14, 242-253.
37. Bustos, M.; Beraza, N.; Lasarte, J.-J.; Baixeras, E.; Alzuguren, P.; Bordet, T.; Prieto, J. Protection against liver damage by cardiotrophin-1: a hepatocyte survival factor up-regulated in the regenerating liver in rats. Gastroenterology 2003, 125, 192-201.
38. Iniguez, M.; Berasain, C.; Martinez-Anso, E.; Bustos, M.; Fortes, P.; Pennica, D.; Avila, M. A.; Prieto, J. Cardiotrophin-1 defends the liver against ischemia-reperfusion injury and mediates the protective effect of ischemic preconditioning. J. Exp. Med. 2006, 203, 2809-2815.
39. Marques, J. M.; Belza, I.; Holtmann, B.; Pennica, D.; Prieto, J.; Bustos, M. Cardiotrophin-1 is an essential factor in the natural defense of the liver against apoptosis. Hepatology 2007, 45, 639-648.
40. Walters, R. G.; Jacquemont, S.; Valsesia, A.; de Smith, A. J.; Martinet, D.; Andersson, J.; Falchi, M.; Chen, F.; Andrieux, J.; Lobbens, S.; Delobel, B.; Stutzmann, F.; El-Sayed Moustafa, J. S.; Chevre, J.-C.; Lecoeur, C.; Vatin, V.; Bouquillon, S.; Buxton, J. L.; Boute, O.; Holder-Espinasse, M.; Cuisset, J.-M.; Lemaitre, M.-P.; Ambresin, A.-E.; Brioschi, A.; Gaillard, M.; Giusti, V.; Fellmann, F.; Ferrarini, A.; Hadjikhani, N.; Campion, D.; Guilmatre, A.; Goldenberg, A.; Calmels, N.; Mandel, J.-L.; Le Caignec, C.; David, A.; Isidor, B.; Cordier, M.-P.; Dupuis-Girod, S.; Labalme, A.; Sanlaville, D.; Beri-Dexheimer, M.; Jonveaux, P.; Leheup, B.; Ounap, K.; Bochukova, E. G.; Henning, E.; Keogh, J.; Ellis, R. J.; Macdermot, K. D.; van Haelst, M. M.; Vincent-Delorme, C.; Plessis, G.; Touraine, R.; Philippe, A.; Malan, V.; Mathieu-Dramard, M.; Chiesa, J.; Blaumeiser, B.; Kooy, R. F.; Caiazzo, R.; Pigeyre, M.; Balkau, B.; Sladek, R.; Bergmann, S.; Mooser, V.; Waterworth, D.; Reymond, A.; Vollenweider, P.; Waeber, G.; Kurg, A.; Palta, P.; Esko, T.; Metspalu, A.; Nelis, M.; Elliott, P.; Hartikainen, A.-L.; McCarthy, M. I.; Peltonen, L.; Carlsson, L.; Jacobson, P.; Sjostrom, L.; Huang, N.; Hurles, M. E.; O'Rahilly, S.; Farooqi, I. S.; Mannik, K.; Jarvelin, M.-R.; Pattou, F.; Meyre, D.; Walley, A. J.; Coin, L. J. M.; Blakemore, A. I. F.; Froguel, P.; Beckmann, J. S. A new highly penetrant form of obesity due to deletions on chromosome 16p11.2. Nature 2010, 463, 671-675.
41. Jacquemont, S.; Reymond, A.; Zufferey, F.; Harewood, L.; WaClters, R. G.; Kutalik, Z.; Martinet, D.; Shen, Y.; Valsesia, A.; Beckmann, N. D.; Thorleifsson, G.; Belfiore, M.; Bouquillon, S.; Campion, D.; de Leeuw, N.; de Vries, B. B. A.; Esko, T.; Fernandez, B. A.; Fernandez-Aranda, F.; Fernandez-Real, J. M.; Gratacos, M.; Guilmatre, A.; Hoyer, J.; Jarvelin, M.-R.; Kooy, R. F.; Kurg, A.; Le Caignec, C.; Mannik, K.; Platt, O. S.; Sanlaville, D.; Van Haelst, M. M.; Villatoro Gomez, S.; Walha, F.; Wu, B.-L.; Yu, Y.; Aboura, A.; Addor, M.-C.; Alembik, Y.; Antonarakis, S. E.; Arveiler, B.; Barth, M.; Bednarek, N.; Bena, F.; Bergmann, S.; Beri, M.; Bernardini, L.; Blaumeiser, B.; Bonneau, D.; Bottani, A.; Boute, O.; Brunner, H. G.; Cailley, D.; Callier, P.; Chiesa, J.; Chrast, J.; Coin, L.; Coutton, C.; Cuisset, J.-M.; Cuvellier, J.-C.; David, A.; de Freminville, B.; Delobel, B.; Delrue, M.-A.; Demeer, B.; Descamps, D.; Didelot, G.; Dieterich, K.; Disciglio, V.; Doco-Fenzy, M.; Drunat, S.; Duban-Bedu, B.; Dubourg, C.; El-Sayed Moustafa, J. S.; Elliott, P.; Faas, B. H. W.; Faivre, L.; Faudet, A.; Fellmann, F.; Ferrarini, A.; Fisher, R.; Flori, E.; Forer, L.; Gaillard, D.; Gerard, M.; Gieger, C.; Gimelli, S.; Gimelli, G.; Grabe, H. J.; Guichet, A.; Guillin, O.; Hartikainen, A.-L.; Heron, D.; Hippolyte, L.; Holder, M.; Homuth, G.; Isidor, B.; Jaillard, S.; Jaros, Z.; Jimenez-Murcia, S.; Helas, G. J.; Jonveaux, P.; Kaksonen, S.; Keren, B.; Kloss-Brandstatter, A.; Knoers, N. V. A. M.; Koolen, D. A.; Kroisel, P. M.; Kronenberg, F.; Labalme, A.; Landais, E.; Lapi, E.; Layet, V.; Legallic, S.; Leheup, B.; Leube, B.; Lewis, S.; Lucas, J.; MacDermot, K. D.; Magnusson, P.; Marshall, C.; Mathieu-Dramard, M.; McCarthy, M. I.; Meitinger, T.; Mencarelli, M. A.; Merla, G.; Moerman, A.; Mooser, V.; Morice-Picard, F.; Mucciolo, M.; Nauck, M.; Ndiaye, N. C.; Nordgren, A.; Pasquier, L.; Petit, F.; Pfundt, R.; Plessis, G.; Rajcan-Separovic, E.; Ramelli, G. P.; Rauch, A.; Ravazzolo, R.; Reis, A.; Renieri, A.; Richart, C.; Ried, J. S.; Rieubland, C.; Roberts, W.; Roetzer, K. M.; Rooryck, C.; Rossi, M.; Saemundsen, E.; Satre, V.; Schurmann, C.; Sigurdsson, E.; Stavropoulos, D. J.; Stefansson, H.; Tengstrom, C.; Thorsteinsdottir, U.; Tinahones, F. J.; Touraine, R.; Vallee, L.; van Binsbergen, E.; Van der Aa, N.; Vincent-Delorme, C.; Visvikis-Siest, S.; Vollenweider, P.; Volzke, H.; Vulto-van Silfhout, A. T.; Waeber, G.; Wallgren-Pettersson, C.; Witwicki, R. M.; Zwolinksi, S.; Andrieux, J.; Estivill, X.; Gusella, J. F.; Gustafsson, O.; Metspalu, A.; Scherer, S. W.; Stefansson, K.; Blakemore, A. I. F.; Beckmann, J. S.; Froguel, P. Mirror extreme BMI phenotypes associated with gene dosage at the chromosome 16p11.2 locus. Nature 2011, 478, 97-102.
42. Draghici, S. Data Analysis Tools for DNA Microarrays; Chapman & Hall/CRC: Boca Raton, FL, 2003.