Invited review: Studying and polishing the PDB's macromolecules

Biopolymers

Volumn 99, Issue 3, 2013, Pages 170-182

  Richardson, Jane S ^a   Richardson, David C ^a  

^a DUKE UNIVERSITY SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

Author keywords

History of science; Molecular graphics; Protein Data Bank; Structure validation; X ray crystallography

Indexed keywords

ACID MOLECULES; END-USERS; GRAPHICAL REPRESENTATIONS; HISTORY OF SCIENCE; LOW LEVEL; MACROMOLECULAR CRYSTALS; PROTEIN DATA BANK; SCIENTIFIC DATA; SUBTLE INTERACTION;

DATABASE SYSTEMS; MOLECULAR GRAPHICS; MOLECULES; NUCLEIC ACIDS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

PROTEINS;

NUCLEIC ACID; POLYMER; PROTEIN; TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE; MACROMOLECULE; MICROCOCCAL NUCLEASE;

CRYSTALLOGRAPHY; PROTEIN DATA BANK; PROTEIN STRUCTURE; REVIEW; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; MACROMOLECULE; PROTEIN DATABASE; STAPHYLOCOCCACEAE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DATABASES, PROTEIN; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; MICROCOCCAL NUCLEASE; MODELS, MOLECULAR; PROTEINS; STAPHYLOCOCCACEAE;

EID: 84872815236     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.22108     Document Type: Review

References (82)

1. Cotton, F. A.; Hazen, E. E. J. R.; Richardson. D. C. J Biol Chem 1966, 241, 4389-4390.
2. Richards, F. M. J Mol Biol 1968, 37, 225-230.
3. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J Mol Biol 1977, 112, 535-542.
4. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res 2000, 28, 235-242.
5. Collins, D. M.; Cotton, F. A.; Hazen, E. E., Jr.; Legg, M. J. Proc 4th Ann Harry Steenbock Symp 1975, 317.
6. Dickerson, R. E.; Takano, T.; Eisenberg, D.; Kallai, O. B.; Samson, L.; Cooper, A.; Margoliash, E. J Biol Chem 1971, 246, 1511-1535.
7. Kendrew, J. C.; Dickerson, R. E.; Strandberg, B. E.; Hart, R. G.; Davies, D. R.; Phillips, D. C.; Shore, V. C. Nature 1960, 185, 422-427.
8. Perutz, M. F.; Rossmann M. G.; Cullis, A. F.; Muirhead H.; Will, G.; North, A. C. T. Nature 1960, 185, 416-422.
9. Blake, C. C. F.; Koenig, D. F.; Mair, G. A.; North, A. C. T.; Phillips, D. C.; Sarma, V. R. Nature 1965, 206, 757-761.
10. Kartha G.; Bello, J.; Harker D. Nature 1967, 213, 862-865.
11. Wyckoff, H. W.; Hardman, K. D.; Allewell, N. M.; Inagami, T.; Johnson, L. N.; Richards, F. M. J Biol Chem 1967, 242, 3984-3988.
12. Matthews, B. W.; Sigler, P. B.; Henderson, R.; Blow, D. M. Nature 1967, 214, 652-656.
13. Drenth, J.; Jansonius, J. N.; Koekoek, R.; Swen, H. M.; Wolthers, B. G. Nature 1968, 218, 929-932.
14. Lipscomb, W. N.; Hartsuck, J. A.; Reeke, G. N.; Quiocho, F. A.; Bethge, P. A.; Ludwig, M. L.; Steitz, T. A.; Muirhead, H.; Coppola, J. C. Brookhaven Symp Biol 1968, 21, 24-90.
15. Wright, C. S.; Alden, R. A.; Kraut, J. Nature 1969, 221, 235-242.
16. Adams, M. J.; Ford, G. C.; Koekoek, R.; Lentz, P. J., Jr.; McPherson, A., Jr.; Rossmann, M. G.; Smiley, I. E.; Schevitz, R. W.; Wonacott, A. J. Nature 1970, 227, 1098-1103.
17. Huber, R.; Kukla, D.; Ruehlman, A.; Epp, O.; Formanek, H. Naturwiss 1970, 57, 389-392.
18. Herriott, J. R.; Sieker, L. C.; Jensen, L. H. J Mol Biol 1970, 50, 391-406.
19. Arnone, A.; Bier, C. J.; Cotton, F. A.; Day, V. W.; Hazen, E. E., Jr.; Richardson, D. C.; Richardson, J. S.; Yonath, A. J Biol Chem 1971, 246, 2302-2316.
20. Cotton, F. A.; Bier, C. J.; Day, V. W.; Hazen, E. E., Jr.; Larsen, S. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1972, 71, 243-248.
21. Anfinsen, C. B.; Schechter, A. N.; Taniuchi, H. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1972, 71, 249-255.
22. Jardetsky, O.; Thielmann, H.; Arata, Y.; Markley, J. L.; Williams, M. N. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1972, 71, 257-261.
23. McCord, J. M.; Fridovich, I. J Biol Chem 1969, 244, 6049-6055.
24. Steinman, H. M.; Hill, R. L. Proc Nat Acad Sci USA 1973, 70, 3725-3729.
25. Richardson, J. S.: Thomas, K. A.; Rubin, B. H.; Richardson, D. C. Proc Nat Acad Sci USA 1975, 72, 1349-1352.
26. Richardson, J. S.; Thomas, K. A.; Richardson, D. C. Biochem Biophys Res Commun 1975, 63, 986-992.
27. Feldman, R. J. Tracor-Jitco Inc, Rockville MD 1976, ISBN 0-917984-01-6.
28. Rubin, B. H.; Richardson, J. S. Biopolymers 1972, 11, 2381-2385.
29. Brooks, F. P. Jr. Proc IFIP 1977, 625-634.
30. Britton, E. G.; Lipscomb, J. L.; Pique, M. E. Comput Graphics 1978, 12, 222-227.
31. Richardson, D. C. In Superoxide and Superoxide Dismutase; Michelson, A. M; McCord, J. M.; Fridovich, I., Eds.; Academic Press: NY, 1977.
32. Tsernoglou, D.; Petsko, G. A. Proc Nat Acad Sci USA 1977, 74, 971-974.
33. Jones, T. A. J Appl Crystallogr 1978, 11, 268-272.
34. Hendrickson, W. A.; Konnert, J. H. Biomolecular Struc Conf Func Evol 1979, 1, 43-57.
35. Tainer, J. A.; Getzoff, E. D.; Beem, K. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J Mol Biol 1982, 160: 181-217.
36. Richardson, J. S. Proc Nat Acad Sci USA 1976, 73, 2619-2623.
37. Sternberg, M. J. E.; Thornton, J. M. J Mol Biol 1976, 105, 367-382.
38. Richardson, J. S.; Richardson, D. C.; Thomas, K. A.; Silverton, E. W.; Davies, D. R. J Mol Biol 1976, 102, 221-235.
39. Richardson, J. S. Nature 1977, 268, 495-500.
40. Richardson, J. S.; Getzoff, E. D.; Richardson, D. C. Proc Nat Acad Sci USA 1978, 75, 2574-2578.
41. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Science 1988, 240, 1648-1652.
42. Hemmingsen, J. M.; Gernert, K. M.; J.S. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Protein Sci 1994, 3, 1927-1937.
43. Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proc Nat Acad Sci USA 2002, 99, 2754-2759.
44. Richardson, J. S.; Schneider, B.; Murray, L. W.; Kapral, G. J.; Immormino, R. M.; Headd, J. J.; Richardson, D. C.; Ham, D.; Hershkovits, E.; Williams, L. D.; Keating, K. S.; Pyle, A. M.; Micallef, D.; Westbrook, J.; Berman, H. M. RNA 2008, 14, 465-481.
45. Richardson, J. S. In Diffraction Methods for Biological Macromolecules; Wyckoff, H. T., Ed.; Methods in Enzymology; Elsevier: Amsterdam, 1985, 115, 359-380.
46. Richardson, J. S. Nature Struct Biol 1985, 7, 624-625.
47. Richardson, J. S. Adv Protein Chem 1981, 34, 167-339.
48. Carson, M.; Bugg, C. E. J Molec Graphics 1986, 4, 121-122.
49. Richardson, D. C.; Richardson, J. S. Protein Sci 1992, 1, 3-9.
50. Davis, I. W.; Murray, L. W.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Nucleic Acid Res 2004, 32, W615-619.
51. Chen, V. B.; Davis, I. W.; Richardson, D. C. Protein Science 2009, 18, 2403-2409.
52. Willighagen, E.; Howard, M. Nature Preceedings 2007, doi:10.1038/npre. 2007.50.1
53. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J Comput Chem 2004, 25, 1605-1612.
54. Richardson, D. C.; Richardson, J. S. Biochem Mol Biol Educ 2002, 30, 21-26.
55. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J Mol Biol 1987, 193, 775-791.
56. Laskowski, R. A.; MacArthur, M. W.; Moss D. S.; Thornton, J. M. J Appl Crystallogr 1993, 26, 283-291.
57. Hooft, R. W. W.; Vriend, G.; Sander, C.; Abola, E. E. Nature 1996, 381, 272.
58. Brunger, A. T. Nature 1992, 355, 472-475.
59. Erickson, B. W.; Daniels, S. B.; Reddy, P. A.; Unson, C. G., Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Computer Graphics and Molecular Modeling 1986, Cold Spring Harbor Press, 53-57.
60. Hecht, M. H.; Ogden, R. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Science 1990, 249, 884-891.
61. Richardson, J. S.; Richardson, D. C.; Tweedy, N. B.; Gernert, K. M.; Quinn, T. P.; Hecht, M. H.; Erickson, B. W.; Yan, Y.; McClain, R. D.; Donlan, M. E.; Surles, M. C. Biophys J 1992, 63, 1186-1209.
62. Word, J. M.; Lovell, S. C.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J Mol Biol 1999, 285, 1735-1747.
63. Word, J. M.; Lovell S. C.; LaBean, T. H.; Zalis, M. E.; Presley, B. K.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J Mol Biol 1999, 285, 1711-1733.
64. Chen, V. B.; Arendall, W. B., III; Headd, J. J.; Keedy, D. A.; Immormino, R. M.; Kapral, G. J.; Murray, L. W.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Acta Crystallogr 2010, D 66, 12-21.
65. Emsley, P.; Lohkamp, B.; Scott, W. G.; Cowtan, K. Acta Crystallogr D 2010, 66, 486-501.
66. Lovell, S. C.; Word, J. M.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins: Struct Funct Genet 2000, 40, 389-408.
67. Lovell, S. C.; Davis, I. W.; Arendall, W. B., III; de Bakker, P. I. W.; Word, J. M.; Prisant, M. G.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. Proteins: Struct Funct Genet 2003, 50, 437-450.
68. Murray, L. J. W.; Arendall, W. B., III; Richardson, D. C.; Richardson, J. S. Proc Nat Acad Sci USA 2003, 100, 13904-13909.
69. Adams, P. D.; Afonine, P. V.; Bunkoczi, G.; Chen, V. B.; Davis, I. W.; Echols, N.; Headd, J. J.; Hung, L.-W.; Kapral, G. J.; Grosse-Kunstleve, R. W.; McCoy, A. J.; Moriarty, N. W.; Oeffner, R.; Read, R. J.; Richardson, D. C.; Richardson, J. S.; Terwilliger, T. C. Acta Crystallogr D 2010, 66, 213-221.
70. Read, R. J.; Adams, P. D.; Arendall, W. B., III; Brunger, A. T.; Emsley, P.; Joosten, R. P.; Kleywegt, G. J.; Krissinel, E. B.; Luetteke, T.; Otwinowski, Z.; Perrakis, A.; Richardson, J. S.; Scheffler, W. H.; Smith, J. L.; Tickle, I. J.; Vriend, G.; Zwart, P. H. Structure 2011, 19, 1395-1412.
71. Henderson, R.; Sali, A.; Baker, M. L.; Carragher, B.; Devkota, B.; Downing, K. H.; Egelman, E. H.; Feng, Z.; Frank, J.; Grigorieff, N.; Jiang, W.; Ludtke, S. J.; Medalia, O.; Penczek, P. A.; Rosenthal, P. B.; Rossmann, M. G.; Schmid, M. F.; Schroeder, G. F.; Steven, A. C.; Stokes, DL, Westbrook, J. D.; Wriggers, W.; Yang, H.; Young, J.; Berman, H. M.; Chiu, W.; Kleywegt, G. J. Lawson, C. L. Structure 2012, 20, 205-214.
72. Liu, Z.J, Tempel, W,; Ng, J. D.; Lin, D.; Shah, A. K.; Chen, L.; Horanyi, P. S.; Habel, J. E.; Kataeva, I. A.; Xu, H.; Yang, H.; Chang, J. C.; Huang, L.; Chang, S. H.; Zhou, W.; Lee, D.; Praissman, J. L.; Zhang, H.; Newton, M. G.; Rose, J. P.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C.; Wang, B.-C. Acta Crystallogr D 2005, 61, 679-684
73. Arendall, W. B., III; Tempel, W.; Richardson, J. S.; Zhou, W.; Wang, S.; Davis, I. W.; Liu, Z.-J.; Rose, J. P.; Carson, W. M.; Luo, M.; Richardson, D. C.; Wang, B.-C. J Struct Func Genomics 2005, 6, 1-11.
74. Dunkle, J. A.; Wang, L.; Feldman, M. B.; Pulk, A.; Kapral, G. J.; Noeske, J.; Richardson, J. S.; Blanchard, S. C.; Cate, J. H. D. Science 2011, 332, 981-984.
75. Wang, X.; Kapral, G. J.; Murray, L. W.; Richardson, D. C.; Richardson, J. S. J Math Biol 2008, 56, 253-278.
76. Bhattacharya, A.; Tejero, R.; Montelione, G. T. Proteins: Struc Func Bioinf 2005, 66, 778-795.
77. Banner, D. W.; Bloomer, A.; Petsko, G. A.; Phillips, D. C.; Wilson, I. A. Biochem Biophys Res Commun 1976, 72, 146-155.
78. Tempel, W.; Chen, L.; Liu, Z.-J.; Lee, D.; Shah, A.; Dailey, T. A.; Mayer, M. R.; Arendall, W. B., III; Rose, J. P.; Dailey, H. A.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C.; Wang, B.-C. deposited but unpublished, SECSG.
79. Park, S.-Y.; Yokoyama, T.; Shibayama, N.; Shiro, Y.; Tame, J. R. J Mol Biol 2006, 360, 690-701.
80. Charles, P.; Sundaresan, S.; Palani, K.; Neeelagandan, K.; Ponnuswamy, M.N. deposited but unpublished.
81. Ferre-D'Amare, A. R.; Zhou, K.; Doudna, J. A. Nature 1998, 395, 567-574.
82. Klein, D. J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. J Mol Biol 2004, 340, 141-177.