A new tabu-search-based algorithm for solvation of proteins

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 1, 2013, Pages 814-821

  Grebner, Christoph ^a   Kästner, Johannes ^b   Thiel, Walter ^c   Engels, Bernd ^a  

^a UNIVERSITY OF WÜRZBURG   (Germany)

^b UNIVERSITY OF STUTTGART   (Germany)

^c MAX PLANCK INSTITUT FÜR KOHLENFORSCHUNG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84872158566     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300898d     Document Type: Article

References (84)

1. Schmidt, T. C.; Paasche, A.; Grebner, C.; Ansorg, K.; Becker, J.; Lee, W.; Engels, B. In Topics in Current Chemistry; Wong, C.-H., Houk, K. N., Hunter, C. A., Krische, M. J., Lehn, J.-M., Ley, S. V., Olivucci, M., Thiem, J., Venturi, M., Vogel, P., Wong, C.-H., Yamamoto, H., Eds.; Springer: Berlin/Heidelberg, 2012; pp 1-77.
2. Marcus, Y. J. Chem. Thermodyn. 2007, 39, 1338-1345
3. Cossi, M.; Rega, N.; Scalmani, G.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2003, 24, 669-681
4. Tomasi, J.; Mennucci, B.; Cammi, R. Chem. Rev. 2005, 105, 2999-3093
5. Klamt, A.; Schuurmann, G. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1993, 799-805
6. Lee, M. S.; Salsbury, F. R.; Olson, M. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1967-1978
7. Joshi, K.; Semrouni, D.; Ohanessian, G.; Clavaguéra, C. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 483-490
8. Hooft, R. W. W.; Sander, C.; Vriend, G. Proteins 1996, 26, 363-376
9. Ireta, J. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2630-2637
10. Lee, W.; Luckner, S. R.; Kisker, C.; Tonge, P. J.; Engels, B. Biochemistry 2011, 50, 5743-5756
11. Leavens, F. M. V.; Churchill, C. D. M.; Wang, S.; Wetmore, S. D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 10990-11003
12. Parac, M.; Doerr, M.; Marian, C. M.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 2009, 31, 90-106
13. Derbel, N.; Hernández, B.; Pflüger, F.; Liquier, J.; Geinguenaud, F.; Jaïdane, N.; Lakhdar, Z. B.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1470-1477
14. Guiffo-Soh, G.; Hernández, B.; Coïc, Y.-M.; Boukhalfa-Heniche, F.-Z.; Fadda, G.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1282-1289
15. Guiffo-Soh, G.; Hernández, B.; Coïc, Y.-M.; Boukhalfa-Heniche, F.-Z.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 12563-12572
16. Hernández, B.; Carelli, C.; Coïc, Y.-M.; De Coninck, J.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12796-12803
17. Hernández, B.; Pflüger, F.; Adenier, A.; Kruglik, S. G.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 15319-15330
18. Hernández, B.; Pflüger, F.; Adenier, A.; Nsangou, M.; Kruglik, S. G.; Ghomi, M. J. Chem. Phys. 2011, 135, 055101-055101
19. Hernández, B.; Pflüger, F.; Nsangou, M.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3169-3178
20. Hernández, B.; Pflüger, F.; Derbel, N.; De Coninck, J.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1077-1088
21. Pflüger, F.; Hernández, B.; Ghomi, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9072-9083
22. Zischang, J.; Lee, J. J.; Suhm, M. A. J. Chem. Phys. 2011, 135, 061102-061102
23. Leon, I.; Cocinero, E. J.; Millán, J.; Jaeqx, S.; Rijs, A. M.; Lesarri, A.; Castaño, F.; Fernández, J. A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 4398-4409
24. Altun, A.; Shaik, S.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1324-1337
25. Kumar, D.; Altun, A.; Shaik, S.; Thiel, W. Faraday Discuss. 2011, 148, 373-383
26. Zheng, J.; Altun, A.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2147-2158
27. Mladenovic, M.; Fink, R. F.; Thiel, W.; Schirmeister, T.; Engels, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8696-8705
28. Chan-Huot, M.; Sharif, S.; Tolstoy, P. M.; Toney, M. D.; Limbach, H.-H. Biochemistry 2010, 49, 10818-10830
29. Cao, J.; Bjornsson, R.; Bühl, M.; Thiel, W.; van Mourik, T. Chem.-Eur. J. 2012, 18, 184-195
30. Ufimtsev, I. S.; Luehr, N.; Martinez, T. J. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 1789-1793
31. Anisimov, V. M.; Bugaenko, V. L.; Cavasotto, C. N. ChemPhysChem 2009, 10, 3194-3196
32. Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13337-13346
33. Li, Y.; Sutch, B. T.; Bui, H.-H.; Gallaher, T. K.; Haworth, I. S. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 1347-1352
34. Rossato, G.; Ernst, B.; Vedani, A.; Smiesko, M. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 1867-1881
35. Wallnoefer, H. G.; Liedl, K. R.; Fox, T. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2860-2867
36. Sindhikara, D. J.; Yoshida, N.; Hirata, F. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1536-1543
37. Geerke, D. P.; Thiel, S.; Thiel, W.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2008, 10, 297-302
38. Kästner, J.; Sherwood, P. Mol. Phys. 2011, 108, 293-306
39. Rommel, J. B.; Kästner, J. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 10195-10203
40. Grebner, C.; Becker, J.; Engels, B.; Stepanenko, S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2245-2253
41. Glover, F. Comput. Oper. Res. 1986, 13, 533-549
42. Glover, F. INFORMS J. Comput. 1989, 1, 190-206
43. Glover, F. INFORMS J. Comput. 1990, 2, 4-32
44. Glover, F.; Laguna, M. Tabu Search; Kluwer Academic Publisher: Norwell, MA, 1997.
45. Cvijovic, D.; Klinowski, J. Science 1995, 267, 664-666
46. Stepanenko, S.; Engels, B. J. Comput. Chem. 2008, 29, 768-780
47. Li, Z.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987, 84, 6611-6615
48. Wales, D. J.; Doye, J. P. K. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 5111-5116
49. Honda, S.; Yamasaki, K.; Sawada, Y.; Morii, H. Structure 2004, 12, 1507-1518
50. Satoh, D.; Shimizu, K.; Nakamura, S.; Terada, T. FEBS Lett. 2006, 580, 3422-3426
51. Suenaga, A.; Narumi, T.; Futatsugi, N.; Yanai, R.; Ohno, Y.; Okimoto, N.; Taiji, M. Chem.-Asian J. 2007, 2, 591-598
52. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Merz, K. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 177, 5179-5197
53. Kusumaatmaja, H.; Whittleston, C. S.; Wales, D. J. J. Chem. Theory Comput. 2012, dx.doi.org/10.1021/ct3004589
54. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
55. Broyden, C. G. J. Inst. Math. Its Appl. 1970, 6, 76-90
56. Fletcher, R. Comp. J. 1970, 13, 317-322
57. Goldfarb, D. Math. Comput. 1970, 24, 23-26
58. Shanno, D. F. Math. Comput. 1970, 24, 647-656
59. Nocedal, J. Math. Comput. 1980, 35, 773-782
60. Grebner, C.; Becker, J.; Weber, D.; Engels, B. CAST: a new program for conformational search and global optimization; Universität Würzburg: Würzburg, Bavaria, Germany, 2012
61. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
62. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
63. MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
64. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
65. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. Abstr. Pap.-Am. Chem. Soc. 1998, 216, 43
66. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. Abstr. Pap.-Am. Chem. Soc. 1992, 204, 43
67. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666
68. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-340
69. Pedritti, A.; Vistoli, G. VegaZZ. http://www.vegazz.net/ (accessed February 20, 2012).
70. Eichkorn, K.; Htiser, M.; Ahlrichs, R.; Eichkorn, K.; Treutler, O.; Marco, H.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1995, 242, 652-660
71. Eichkorn, K.; Weigend, F.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Theor. Chem. Acc. 1997, 97, 119-124
72. Sierka, M.; Hogekamp, A.; Ahlrichs, R. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9136-9136
73. Grimme, S.; Antony, J.; Ehrlich, S.; Krieg, H. J. Chem. Phys. 2010, 132, 154104-154104
74. TURBOMOLE, V6.3.1; TURBOMOLE GmbH: Karlsruhe, Germany, 2011. http://www.turbomole.com (accessed Dec. 2012).
75. Schäfer, A.; Klamt, A.; Sattel, D.; Lohrenz, J. C. W.; Eckert, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2187-2193
76. Stepanenko, S.; Engels, B. J. Comput. Chem. 2007, 28, 601-611
77. Stepanenko, S.; Engels, B. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11699-11705
78. Henkelman, G.; Jónsson, H. J. Chem. Phys. 1999, 111, 7010-7022
79. Heyden, A.; Bell, A. T.; Keil, F. J. J. Chem. Phys. 2005, 123, 224101-224101
80. Kästner, J.; Sherwood, P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 014106-014106
81. Cerjan, C. J.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1981, 75, 2800-2806
82. Munro, L. J.; Wales, D. J. Phys. Rev. B 1999, 59, 3969-3980
83. Kumeda, Y.; Wales, D. J.; Munro, L. J. Chem. Phys. Lett. 2001, 341, 185-194
84. Echenique, P.; Alonso, J. L. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1076-1087