Microsolvation effect on the twist of β-sheets

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 8, 2011, Pages 2630-2637

  Ireta, Joel ^a  

^a DEPARTAMENTO DE QUÍMICA   (Mexico)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80051617650     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct2002144     Document Type: Article

References (42)

1. Lehninger, A. L.; Nelson, D. L.; Cox, M. M. Principles of Biochemistry, 2nd ed.; Worth: New York, 1993; Chapter 4, pp 123.
2. Nelson, R.; Sawaya, M. R.; Balbirnie, M.; Madsen, A. O.; Riekel, C.; Grothe, R.; Eisenberg, D. Nature 2005, 435, 773-778
3. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J. W.; McFarlane, H. T.; Madsen, A. O.; Reikel, C.; Eisenberg, D. Nature 2007, 447, 453-457
4. Sunde, M.; Serpell, L. C.; Bartlam, M.; Fraser, P. E.; Pepys, M. B.; Blake, C. C. F. J. Mol. Biol. 1997, 273, 729-739
5. Nelson, R.; Eisenberg, D. Adv. Protein Chem. 2006, 73, 235-282
6. Dobson, C. M. Nature 2005, 435, 747-749
7. Maccallum, P. H.; Poet, R.; Milner-White, E. J. J. Mol. Biol. 1995, 248, 374-384
8. Yang, A. S.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1995, 252, 366-376
9. Weatherford, D. W.; Salemme, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 19-23
10. Chou, K. C.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 1983, 168, 389-407
11. Wang, L; O'Connell, T.; Tropsha, A.; Hermans, J. J. Mol. Biol. 1996, 262, 283-293
12. Shamovsky, I. L.; Ross, G. M.; Riopelle, R. J. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11296-11307
13. Rossmeisl, J.; Norskov, J. K.; Jacobsen, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13140-13143
14. Zhao, Y.-L.; Wu, Y.-D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1570-1571
15. Scheiner, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18670-18679
16. Perczel, A.; Gáspári, Z.; Csizmadia, I. G. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1155-1168
17. Viswanathan, R.; Asensio, A.; Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9205-9212
18. Chothia, C. J. Mol. Biol. 1973, 75, 295-302
19. Salemme, F. R. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1983, 42, 95-133
20. Ho, B. K.; Curmi, P. M. G. J. Mol. Biol. 2002, 317, 291-308
21. Periole, X.; Rampioni, A.; Vendruscolo, M.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1728-1737
22. Esposito, L.; Pedone, C.; Vitagliano, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11533-11538
23. Plumley, J. A.; Dannenberg, J. J. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1758-1759
24. Perdew, J.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868
25. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5692-5698
26. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993-2006
27. Fuchs, M.; Scheffler, M. Comput. Phys. Commun. 1999, 119, 67-98
28. Gonze, X.; Beuken, J. M.; Caracas, R.; Detraux, F.; Fuchs, M.; Rignanese, G. M.; Sindic, L.; Verstraete, M.; Zera, G.; Jollet, F.; Torrent, M.; Roy, A.; Ghosez, P.; Raty, J. Y.; Allan, D. C. Comput. Mater. Sci. 2002, 25, 478-492
29. Gonze, X.; Rignanese, G. M.; Verstraete, M.; Beuken, J. M.; Pouillon, Y.; Caracas, R.; Jollet, F.; Torrent, M.; Zerah, G.; Mikami, M.; Ghosez, P.; Veithen, M.; Raty, J. Y.; Olevano, V.; Bruneval, F.; Reining, L.; Godby, R.; Onida, G.; Hamann, D. R.; Allan, D. C. Z. Kristallogr. 2005, 220, 558-562
30. Torrent, M.; Jollet, F.; Bottin, F.; Zerah, G.; Gonze, X. Comput. Mater. Sci. 2008, 42, 337-351
31. Kearsley, S. K. Acta Cryst. A 1989, 45, 208-210
32. Quine, J. R. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1999, 460, 53-66
33. Kneller, G. R.; Calligari, P. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2006, 62, 302-311
34. Ireta, J.; Scheffler, M. J. Chem. Phys. 2009, 131, art-085104.
35. Penev, E.; Ireta, J.; Shea, J.-E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6872-6877
36. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M.; Rojo, A.; Galván, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 17241-17244
37. Calligari, P. A.; Kneller, G. R.; Giansanti, A.; Ascenzi, P.; Porrello, A.; Bocedi, A. Biophys. Chem. 2009, 141, 117-123
38. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242
39. Plumley, J. A.; Tsai, M. I-H.; Dannenbe g, J. J. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1562-1570
40. Hovmöller, S.; Zhou, T.; Ohlson, T Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2002, 58, 768-776
41. Rossmeisl, J.; Hinnemann, B.; Jacobsen, K. W.; Norskov, J. K. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9783-9794
42. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1984, 44, 97-179