Quantitative metabolomic and lipidomic profiling reveals aberrant amino acid metabolism in type 2 diabetes

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 307-317

  Kaur, Prabhjit ^a   Rizk, Nasser ^b   Ibrahim, Sereen ^b   Luo, Yue ^a   Younes, Noura ^c   Perry, Brian ^a   Dennis, Kevin ^a   Zirie, Mahmoud ^c   Luta, George ^a   Cheema, Amrita K ^a  

^a GEORGETOWN UNIVERSITY   (United States)

^b QATAR UNIVERSITY   (Qatar)

^c HAMAD MEDICAL CORPORATION   (Qatar)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID; BIOLOGICAL MARKER; PHOSPHOLIPID;

ADULT; ARTICLE; BLOOD; CASE CONTROL STUDY; CITRIC ACID CYCLE; DISCRIMINANT ANALYSIS; FEMALE; HUMAN; MALE; METABOLISM; METABOLOME; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; NON INSULIN DEPENDENT DIABETES MELLITUS; REPRODUCIBILITY; URINE;

ADULT; AMINO ACIDS; BIOLOGICAL MARKERS; CASE-CONTROL STUDIES; CITRIC ACID CYCLE; DIABETES MELLITUS, TYPE 2; DISCRIMINANT ANALYSIS; FEMALE; HUMANS; MALE; METABOLOME; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; PHOSPHOLIPIDS; REPRODUCIBILITY OF RESULTS;

EID: 84872084948     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25384d     Document Type: Article

References (73)

1. G. Roglic N. Unwin P. H. Bennett C. Mathers J. Tuomilehto S. Nag V. Connolly H. King Diabetes Care 2005 28 2130 2135
2. S. Wild G. Roglic A. Green R. Sicree H. King Diabetes Care 2004 27 1047 1053
3. P. R. Witek J. Witek E. Pankowska Med. Wieku Rozwoj. 2012 16 23 34
4. A. A. Onitilo J. M. Engel I. Glurich R. V. Stankowski G. M. Williams S. A. Doi Cancer Causes Control 2012 23 697 681
5. D. W. Cooke L. Plotnick Pediatr. Rev. 2008 29 374 384
6. C. M. Ripsin H. Kang R. J. Urban Am. Fam. Physician 2009 79 29 36
7. U. Riserus W. C. Willett F. B. Hu Prog. Lipid Res. 2009 48 44 51
8. J. Salmeron F. B. Hu J. E. Manson M. J. Stampfer G. A. Colditz E. B. Rimm W. C. Willett Am. J. Clin. Nutr. 2001 73 1019 1026
9. R. L. Hanson G. Imperatore P. H. Bennett W. C. Knowler Diabetes 2002 51 3120 3127
10. K. K. Yue W. S. Chung A. W. Leung C. H. Cheng Life Sci. 2003 73 2557 2570
11. K. K. Yue S. N. Leung P. M. Man W. F. Yeung W. S. Chung K. W. Lee A. W. Leung C. H. Cheng Life Sci. 2005 77 721 734
12. J. Adamski Genome Med. 2012 4 34
13. T. Dutta H. S. Chai L. E. Ward A. Ghosh X. M. Persson G. C. Ford Y. C. Kudva Z. Sun Y. W. Asmann J. P. Kocher K. S. Nair Diabetes 2012 61 1004 1016
14. F. M. van der Kloet F. W. Tempels N. Ismail R. van der Heijden P. T. Kasper M. Rojas-Cherto R. van Doorn G. Spijksma M. Koek J. van der Greef V. P. Makinen C. Forsblom H. Holthofer P. H. Groop T. H. Reijmers T. Hankemeier Metabolomics 2012 8 109 119
15. W. B. Dunn R. Goodacre L. Neyses M. Mamas Bioanalysis 2011 3 2205 2222
16. N. Malandrino R. J. Smith Clin. Chem. 2011 57 231 240
17. L. Hood M. Flores Nat. Biotechnol. 2012 29 613 624
18. G. W. Ewing H. S. Parvez Neuroendocrinol. Lett. 2011 32 371 379
19. A. Zhang H. Sun P. Wang Y. Han X. Wang Analyst 2012 137 293 300
20. B. Zhou J. F. Xiao L. Tuli H. W. Ressom Mol. Biosyst. 2012 8 470 481
21. G. J. Patti O. Yanes G. Siuzdak Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012 13 263 269
22. B. Guo B. Chen A. Liu W. Zhu S. Yao Curr. Drug Metab. 2012
23. H. Keshishian T. Addona M. Burgess D. R. Mani X. Shi E. Kuhn M. S. Sabatine R. E. Gerszten S. A. Carr Mol. Cell Proteomics 2009 8 2339 2349
24. C. B. Newgard J. An J. R. Bain M. J. Muehlbauer R. D. Stevens L. F. Lien A. M. Haqq S. H. Shah M. Arlotto C. A. Slentz J. Rochon D. Gallup O. Ilkayeva B. R. Wenner W. S. Yancy Jr. H. Eisenson G. Musante R. S. Surwit D. S. Millington M. D. Butler L. P. Svetkey Cell Metab. 2009 9 311 326
25. K. Suhre S. Y. Shin A. K. Petersen R. P. Mohney D. Meredith B. Wagele E. Altmaier P. Deloukas J. Erdmann E. Grundberg C. J. Hammond M. H. de Angelis G. Kastenmuller A. Kottgen F. Kronenberg M. Mangino C. Meisinger T. Meitinger H. W. Mewes M. V. Milburn C. Prehn J. Raffler J. S. Ried W. Romisch-Margl N. J. Samani K. S. Small H. E. Wichmann G. Zhai T. Illig T. D. Spector J. Adamski N. Soranzo C. Gieger Nature 2011 477 54 60
26. A. D. Patterson J. A. Bonzo F. Li K. W. Krausz G. S. Eichler S. Aslam X. Tigno J. N. Weinstein B. C. Hansen J. R. Idle F. J. Gonzalez J. Biol. Chem. 2011 286 19511 19522
27. O. Fiehn W. T. Garvey J. W. Newman K. H. Lok C. L. Hoppel S. H. Adams PLoS One 2010 5 e15234
28. X. Zhao J. Fritsche J. Wang J. Chen K. Rittig P. Schmitt-Kopplin A. Fritsche H. U. Haring E. D. Schleicher G. Xu R. Lehmann Metabolomics 2010 6 362 374
29. N. Friedrich J. Endocrinol. 2012 251 29 42
30. C. Zhu Q. L. Liang P. Hu Y. M. Wang G. A. Luo Talanta 2011 85 1711 1720
31. L. C. Zhao X. D. Zhang S. X. Liao H. C. Gao H. Y. Wang D. H. Lin J. Biomed. Biotechnol. 2010 2010 431894
32. K. Bando R. Kawahara T. Kunimatsu J. Sakai J. Kimura H. Funabashi T. Seki T. Bamba E. Fukusaki J. Biosci. Bioeng. 2010 110 491 499
33. W. T. Friedewald R. I. Levy D. S. Fredrickson Clin. Chem. 1972 18 499 502
34. J. B. Tyburski A. D. Patterson K. W. Krausz J. Slavik A. J. Fornace Jr. F. J. Gonzalez J. R. Idle Radiat. Res. 2009 172 42 57
35. A. D. Patterson O. Maurhofer D. Beyoglu C. Lanz K. W. Krausz T. Pabst F. J. Gonzalez J. F. Dufour J. R. Idle Cancer Res. 2011 71 6590 6600
36. F. Li A. D. Patterson K. W. Krausz N. Tanaka F. J. Gonzalez J. Lipid Res. 2012 53 1625 1635
37. J. B. Tyburski A. D. Patterson K. W. Krausz J. Slavik A. J. Fornace Jr. F. J. Gonzalez J. R. Idle Radiat. Res. 2008 170 1 14
38. Z. Zhao Y. Xu J. Lipid Res. 2010 51 652 659
39. P. D. Rainville C. L. Stumpf J. P. Shockcor R. S. Plumb J. K. Nicholson J. Proteome Res. 2007 6 552 558
40. C. A. Smith E. J. Want G. O'Maille R. Abagyan G. Siuzdak Anal. Chem. 2006 78 779 787
41. L. Breiman Mach. Learn. 2001 45 5 32
42. Q. Cui I. A. Lewis A. D. Hegeman M. E. Anderson J. Li C. F. Schulte W. M. Westler H. R. Eghbalnia M. R. Sussman J. L. Markley Nat. Biotechnol. 2008 26 162 164
43. I. J. Forsythe and D. S. Wishart, Curr. Protoc. Bioinformatics, 2009, ch. 14, unit 14 18
44. M. Sud E. Fahy D. Cotter A. Brown E. A. Dennis C. K. Glass A. H. Merrill Jr. R. C. Murphy C. R. Raetz D. W. Russell S. Subramaniam Nucleic Acids Res. 2007 35 D527 D532
45. R. M. Bylesjö B O. Cloarec J. K. Nicholson E. Holmes J. Trygg J. Chemometrics 2006 20 341 351
46. R. D. C. Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing, http://www.r-project.org
47. C. H. Johnson A. D. Patterson K. W. Krausz C. Lanz D. W. Kang H. Luecke F. J. Gonzalez J. R. Idle Radiat. Res. 2011 175 473 484
48. M. Sieber D. Hoffmann M. Adler V. S. Vaidya M. Clement J. V. Bonventre N. Zidek E. Rached A. Amberg J. J. Callanan W. Dekant A. Mally Toxicol. Sci. 2009 109 336 349
49. G. S. Eichler S. Huang D. E. Ingber Bioinformatics 2003 19 2321 2322
50. I. Priness O. Maimon I. Ben-Gal BMC Bioinf. 2007 8 111
51. A. D. Patterson H. Li G. S. Eichler K. W. Krausz J. N. Weinstein A. J. Fornace Jr. F. J. Gonzalez J. R. Idle Anal. Chem. 2008 80 665 674
52. H. Wei W. Pasman C. Rubingh S. Wopereis M. Tienstra J. Schroen M. Wang E. Verheij J. van der Greef Mol. Biosyst. 2012 8 1482 1491
53. J. L. Griffin H. J. Atherton C. Steinbeck R. M. Salek BMC Res. Notes 2011 4 272
54. J. Godzien M. Ciborowski S. Angulo F. J. Ruperez M. P. Martinez F. J. Senorans A. Cifuentes E. Ibanez C. Barbas J. Proteome Res. 2011 10 837 844
55. G. Muller Pharmacology 2010 85 168 187
56. S. Lin Z. Yang H. Liu L. Tang Z. Cai Mol. Biosyst. 2011 7 1537 1548
57. R. D. Leslie H. Beyan Diabetes 2011 60 2688 2690
58. S. H. Adams Adv. Nutr. 2011 2 445 456
59. H. Yanai Y. Hirowatari Int. J. Cardiol. 10.1016/j.ijcard.2012.11.079
60. M. Fukui E. Shiraishi M. Tanaka T. Senmaru K. Sakabe I. Harusato G. Hasegawa N. Nakamura Metabolism 2009 58 1076 1079
61. G. Rucker M. Schumacher Stat. Med. 2010 29 3069 3078
62. J. H. Wang J. Byun S. Pennathur Semin. Nephrol. 2010 30 500 511
63. M. W. Tsang ISRN Endocrinol. 2012 2012 478120
64. T. Takamura H. Misu N. Matsuzawa-Nagata M. Sakurai T. Ota A. Shimizu S. Kurita Y. Takeshita H. Ando M. Honda S. Kaneko Obesity 2008 16 2601 2609
65. D. Wang Z. Zhao A. Caperell-Grant G. Yang S. C. Mok J. Liu R. M. Bigsby Y. Xu Mol. Cancer Ther. 2008 7 1993 2002
66. B. Attner M. Landin-Olsson T. Lithman D. Noreen H. Olsson Cancer Causes Control 2012 23 769 777
67. M. N. Perkins T. W. Stone Brain Res. 1982 247 184 187
68. C. D. Weaver T. L. Yao A. C. Powers T. A. Verdoorn J. Biol. Chem. 1996 271 12977 12984
69. P. Bhargava C. H. Lee Biochem. J. 2012 442 253 262
70. S. Spiegel S. Milstien J. Biol. Chem. 2002 277 25851 25854
71. T. Baumruker A. Billich V. Brinkmann Expert Opin. Invest. Drugs 2007 16 283 289
72. K. Salim T. Fenton J. Bacha H. Urien-Rodriguez T. Bonnert H. A. Skynner E. Watts J. Kerby A. Heald M. Beer G. McAllister P. C. Guest J. Biol. Chem. 2002 277 15482 15485
73. J. C. Price D. E. Kelley C. M. Ryan C. C. Meltzer W. C. Drevets C. A. Mathis S. Mazumdar C. F. Reynolds 3rd Brain Res. 2002 927 97 103