Cancer develops, progresses and responds to therapies through restricted perturbation of the protein-protein interaction network

Integrative Biology (United Kingdom)

Volumn 4, Issue 9, 2012, Pages 1038-1048

  Serra Musach, Jordi ^a,b   Aguilar, Helena ^a   Iorio, Francesco ^c,d   Comellas, Francesc ^e   Berenguer, Antoni ^f   Brunet, Joan ^b   Saez Rodriguez, Julio ^c   Pujana, Miguel Angel ^a  

^a CATALAN INSTITUTE OF ONCOLOGY   (Spain)

^b GIRONA BIOMEDICAL RESEARCH INSTITUTE IDIBGI   (Spain)

^c EUROPEAN BIOINFORMATICS INSTITUTE   (United Kingdom)

^d WELLCOME TRUST SANGER INSTITUTE   (United Kingdom)

^e UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^f HOSPITAL UNIVERSITARI DE BELLVITGE   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALPHA SYNUCLEIN; EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2; ESTROGEN RECEPTOR ALPHA; PROGESTERONE RECEPTOR;

ARTICLE; AUTOPHAGY; CANCER GROWTH; CANCER THERAPY; CARCINOGENESIS; CELL STRAIN MCF 7; CONTROLLED STUDY; GENE MUTATION; HUMAN; HUMAN CELL; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; TREATMENT RESPONSE;

EID: 84870944487     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ib20052j     Document Type: Article

References (55)

1. J. Quackenbush New Engl. J. Med. 2006 354 2463 2472
2. J. Massagué New Engl. J. Med. 2007 356 294 297
3. C. Fan D. S. Oh L. Wessels B. Weigelt D. S. Nuyten A. B. Nobel L. J. van't Veer C. M. Perou New Engl. J. Med. 2006 355 560 569
4. J. T. Chang J. R. Nevins Bioinformatics 2006 22 2926 2933
5. R. Shen A. M. Chinnaiyan D. Ghosh BMC Med. Genomics 2008 1 28
6. X. Solé N. Bonifaci N. López-Bigas A. Berenguer P. Hernández O. Reina C. A. Maxwell H. Aguilar A. Urruticoechea S. de Sanjosé F. Comellas G. Capellá V. Moreno M. A. Pujana PLoS One 2009 4 e4544
7. J. X. Yu A. M. Sieuwerts Y. Zhang J. W. Martens M. Smid J. G. Klijn Y. Wang J. A. Foekens BMC Cancer 2007 7 182
8. Z. Zhang D. Chen D. A. Fenstermacher BMC Genomics 2007 8 331
9. V. Vuaroqueaux P. Urban M. Labuhn M. Delorenzi P. Wirapati C. C. Benz R. Flury H. Dieterich F. Spyratos U. Eppenberger S. Eppenberger-Castori Breast Cancer Res. 2007 9 R33
10. M. Bessarabova O. Pustovalova W. Shi T. Serebriyskaya A. Ishkin K. Polyak V. E. Velculescu T. Nikolskaya Y. Nikolsky Cancer Res. 2011 71 3471 3481
11. H. Y. Chuang E. Lee Y. T. Liu D. Lee T. Ideker Mol. Syst. Biol. 2007 3 140
12. J. Ahn Y. Yoon C. Park E. Shin S. Park Bioinformatics 2011 27 1846 1853
13. I. W. Taylor R. Linding D. Warde-Farley Y. Liu C. Pesquita D. Faria S. Bull T. Pawson Q. Morris J. L. Wrana Nat. Biotechnol. 2009 27 199 204
14. J. Li A. E. Lenferink Y. Deng C. Collins Q. Cui E. O. Purisima M. D. O'Connor-McCourt E. Wang Nat. Commun. 2010 1 34
15. C. Greenman P. Stephens R. Smith G. L. Dalgliesh C. Hunter G. Bignell H. Davies J. Teague A. Butler C. Stevens S. Edkins S. O'Meara I. Vastrik E. E. Schmidt T. Avis S. Barthorpe G. Bhamra G. Buck B. Choudhury J. Clements J. Cole E. Dicks S. Forbes K. Gray K. Halliday R. Harrison K. Hills J. Hinton A. Jenkinson D. Jones A. Menzies T. Mironenko J. Perry K. Raine D. Richardson R. Shepherd A. Small C. Tofts J. Varian T. Webb S. West S. Widaa A. Yates D. P. Cahill D. N. Louis P. Goldstraw A. G. Nicholson F. Brasseur L. Looijenga B. L. Weber Y. E. Chiew A. DeFazio M. F. Greaves A. R. Green P. Campbell E. Birney D. F. Easton G. Chenevix-Trench M. H. Tan S. K. Khoo B. T. Teh S. T. Yuen S. Y. Leung R. Wooster P. A. Futreal M. R. Stratton Nature 2007 446 153 158
16. D. Hanahan R. A. Weinberg Cell 2011 144 646 674
17. A. E. Teschendorff S. Severini BMC Syst. Biol. 2010 4 104
18. W. N. van Wieringen A. W. van der Vaart Bioinformatics 2011 27 556 563
19. G. Schramm N. Kannabiran R. Konig BMC Syst. Biol. 2010 4 162
20. L.-L. Wang L.-L. Rong Saf. Sci. 2009 47 1332 1336
21. A. G. Smart L. A. Amaral J. M. Ottino Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 13223 13228
22. T. S. Keshava Prasad R. Goel K. Kandasamy S. Keerthikumar S. Kumar S. Mathivanan D. Telikicherla R. Raju B. Shafreen A. Venugopal L. Balakrishnan A. Marimuthu S. Banerjee D. S. Somanathan A. Sebastian S. Rani S. Ray C. J. Harrys Kishore S. Kanth M. Ahmed M. K. Kashyap R. Mohmood Y. L. Ramachandra V. Krishna B. A. Rahiman S. Mohan P. Ranganathan S. Ramabadran R. Chaerkady A. Pandey Nucleic Acids Res. 2009 37 D767 D772
23. B. Aranda P. Achuthan Y. Alam-Faruque I. Armean A. Bridge C. Derow M. Feuermann A. T. Ghanbarian S. Kerrien J. Khadake J. Kerssemakers C. Leroy M. Menden M. Michaut L. Montecchi-Palazzi S. N. Neuhauser S. Orchard V. Perreau B. Roechert K. van Eijk H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2009 38 D525 D531
24. L. A. Emery A. Tripathi C. King M. Kavanah J. Mendez M. D. Stone A. de las Morenas P. Sebastiani C. L. Rosenberg Am. J. Pathol. 2009 175 1292 1302
25. X. J. Ma S. Dahiya E. Richardson M. Erlander D. C. Sgroi Breast Cancer Res. 2009 11 R7
26. A. L. Richardson Z. C. Wang A. De Nicolo X. Lu M. Brown A. Miron X. Liao J. D. Iglehart D. M. Livingston S. Ganesan Cancer Cell 2006 9 121 132
27. C. S. Schuetz M. Bonin S. E. Clare K. Nieselt K. Sotlar M. Walter T. Fehm E. Solomayer O. Riess D. Wallwiener R. Kurek H. J. Neubauer Cancer Res. 2006 66 5278 5286
28. B. Weigelt Z. Hu X. He C. Livasy L. A. Carey M. G. Ewend A. M. Glas C. M. Perou L. J. Van't Veer Cancer Res. 2005 65 9155 9158
29. S. Massarweh C. K. Osborne C. J. Creighton L. Qin A. Tsimelzon S. Huang H. Weiss M. Rimawi R. Schiff Cancer Res. 2008 68 826 833
30. V. G. Tusher R. Tibshirani G. Chu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001 98 5116 5121
31. Y. Benjamini Y. Hochberg J. R. Stat. Soc. Ser. B (Methodological) 1995 57 289 300
32. O. Galamb S. Spisak F. Sipos K. Toth N. Solymosi B. Wichmann T. Krenacs G. Valcz Z. Tulassay B. Molnar Br. J. Cancer 2010 102 765 773
33. A. Subramanian P. Tamayo V. K. Mootha S. Mukherjee B. L. Ebert M. A. Gillette A. Paulovich S. L. Pomeroy T. R. Golub E. S. Lander J. P. Mesirov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15545 15550
34. J. F. Rual K. Venkatesan T. Hao T. Hirozane-Kishikawa A. Dricot N. Li G. F. Berriz F. D. Gibbons M. Dreze N. Ayivi-Guedehoussou N. Klitgord C. Simon M. Boxem S. Milstein J. Rosenberg D. S. Goldberg L. V. Zhang S. L. Wong G. Franklin S. Li J. S. Albala J. Lim C. Fraughton E. Llamosas S. Cevik C. Bex P. Lamesch R. S. Sikorski J. Vandenhaute H. Y. Zoghbi A. Smolyar S. Bosak R. Sequerra L. Doucette-Stamm M. E. Cusick D. E. Hill F. P. Roth M. Vidal Nature 2005 437 1173 1178
35. U. Stelzl U. Worm M. Lalowski C. Haenig F. H. Brembeck H. Goehler M. Stroedicke M. Zenkner A. Schoenherr S. Koeppen J. Timm S. Mintzlaff C. Abraham N. Bock S. Kietzman A. Goedde E. Toksoz A. Droege S. Krobitsch B. Korn W. Birchmeier H. Lehrach E. E. Wanker Cell 2005 122 957 968
36. P. Hernández J. Huerta-Cepas D. Montaner F. Al-Shahrour J. Valls L. Gómez G. Capellá J. Dopazo M. A. Pujana BMC Genomics 2007 8 185
37. S. Wachi K. Yoneda R. Wu Bioinformatics 2005 21 4205 4208
38. A. S. Syed M. D'Antonio F. D. Ciccarelli Nucleic Acids Res. 2010 38 D670 D675
39. H. Ogata S. Goto K. Sato W. Fujibuchi H. Bono M. Kanehisa Nucleic Acids Res. 1999 27 29 34
40. G. Bindea B. Mlecnik W. H. Fridman F. Pages J. Galon Curr. Opin. Immunol. 2010 22 215 222
41. J. Russo I. H. Russo Adv. Exp. Med. Biol. 2008 630 52 56
42. M. Dowsett E. Folkerd D. Doody B. Haynes Breast 2005 14 452 457
43. S. Paik S. Shak G. Tang C. Kim J. Baker M. Cronin F. L. Baehner M. G. Walker D. Watson T. Park W. Hiller E. R. Fisher D. L. Wickerham J. Bryant N. Wolmark N. Engl. J. Med. 2004 351 2817 2826
44. K. Chin S. DeVries J. Fridlyand P. T. Spellman R. Roydasgupta W. L. Kuo A. Lapuk R. M. Neve Z. Qian T. Ryder F. Chen H. Feiler T. Tokuyasu C. Kingsley S. Dairkee Z. Meng K. Chew D. Pinkel A. Jain B. M. Ljung L. Esserman D. G. Albertson F. M. Waldman J. W. Gray Cancer Cell 2006 10 529 541
45. R. M. Neve K. Chin J. Fridlyand J. Yeh F. L. Baehner T. Fevr L. Clark N. Bayani J. P. Coppe F. Tong T. Speed P. T. Spellman S. DeVries A. Lapuk N. J. Wang W. L. Kuo J. L. Stilwell D. Pinkel D. G. Albertson F. M. Waldman F. McCormick R. B. Dickson M. D. Johnson M. Lippman S. Ethier A. Gazdar J. W. Gray Cancer Cell 2006 10 515 527
46. M. L. Whitfield L. K. George G. D. Grant C. M. Perou Nat. Rev. Cancer 2006 6 99 106
47. P. F. Jonsson P. A. Bates Bioinformatics 2006 22 2291 2297
48. D. Rambaldi F. M. Giorgi F. Capuani A. Ciliberto F. D. Ciccarelli Trends Genet. 2008 24 427 430
49. Z. Dezso Y. Nikolsky T. Nikolskaya J. Miller D. Cherba C. Webb A. Bugrim BMC Syst. Biol. 2009 3 36
50. F. Janku D. J. McConkey D. S. Hong R. Kurzrock Nat. Rev. Clin. Oncol. 2011 8 528 539
51. S. Nishizuka L. Charboneau L. Young S. Major W. C. Reinhold M. Waltham H. Kouros-Mehr K. J. Bussey J. K. Lee V. Espina P. J. Munson E. Petricoin 3rd. L. A. Liotta J. N. Weinstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 14229 14234
52. Q. Tian S. B. Stepaniants M. Mao L. Weng M. C. Feetham M. J. Doyle E. C. Yi H. Dai V. Thorsson J. Eng D. Goodlett J. P. Berger B. Gunter P. S. Linseley R. B. Stoughton R. Aebersold S. J. Collins W. A. Hanlon L. E. Hood Mol. Cell. Proteomics 2004 3 960 969
53. A. L. Barabasi N. Gulbahce J. Loscalzo Nat. Rev. Genet. 2011 12 56 68
54. A. L. Barabasi Z. N. Oltvai Nat. Rev. Genet. 2004 5 101 113
55. M. E. Cusick H. Yu A. Smolyar K. Venkatesan A. R. Carvunis N. Simonis J. F. Rual H. Borick P. Braun M. Dreze J. Vandenhaute M. Galli J. Yazaki D. E. Hill J. R. Ecker F. P. Roth M. Vidal Nat. Methods 2009 6 39 46