Multi-scale simulation of the simian immunodeficiency virus fusion peptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 46, 2012, Pages 13713-13721

  Crowet, Jean Marc ^a   Parton, Daniel L ^b,c   Hall, Benjamin A ^b,d   Steinhauer, Sven ^a   Brasseur, Robert ^a   Lins, Laurence ^a   Sansom, Mark S P ^b  

^a UNIVERSITY OF LIÈGE   (Belgium)

^b UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF CHICAGO   (United States)

^d UNIVERSITY COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS; VIRUSES;

COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS; HELICAL CONFORMATION; INTERFACIAL ORIENTATION; MEMBRANE CURVATURE; MEMBRANE PEPTIDES; MULTI-SCALE SIMULATION; SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS; STRUCTURAL ELEMENTS;

PEPTIDES;

EID: 84870024819     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3027385     Document Type: Article

References (67)

1. Earp, L. J.; Delos, S. E.; Park, H. E.; White, J. M. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2005, 285, 25-66
2. Kowalski, M.; Potz, J.; Basiripour, L.; Dorfman, T.; Goh, W. C.; Terwilliger, E.; Dayton, A.; Rosen, C.; Haseltine, W.; Sodroski, J. Science 1987, 237, 1351-1355
3. Lasky, L. A.; Nakamura, G.; Smith, D. H.; Fennie, C.; Shimasaki, C.; Patzer, E.; Berman, P.; Gregory, T.; Capon, D. J. Cell 1987, 50, 975-985
4. Epand, R. M. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1614, 116-121
5. Charloteaux, B.; Lorin, A.; Brasseur, R.; Lins, L. Protein Pept. Lett. 2009, 16, 718-725
6. Martin, I. I.; Ruysschaert, J.; Epand, R. M. Adv. Drug Delivery Rev. 1999, 38, 233-255
7. Chernomordik, L. V.; Kozlov, M. M. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 675-683
8. Horth, M.; Lambrecht, B.; Khim, M. C.; Bex, F.; Thiriart, C.; Ruysschaert, J. M.; Burny, A.; Brasseur, R. EMBO J. 1991, 10, 2747-2755
9. Luneberg, J.; Martin, I.; Nussler, F.; Ruysschaert, J. M.; Herrmann, A. J. Biol. Chem. 1995, 270, 27606-27614
10. Brasseur, R.; Lorge, P.; Goormaghtigh, E.; Ruysschaert, J. M.; Espion, D.; Burny, A. Virus Genes 1988, 1, 325-332
11. Brasseur, R.; Vandenbranden, M.; Cornet, B.; Burny, A.; Ruysschaert, J. M. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1029, 267-273
12. Brasseur, R. J. Biol. Chem. 1991, 266, 16120-16127
13. Efremov, R. G.; Nolde, D. E.; Volynsky, P. E.; Chernyavsky, A. A.; Dubovskii, P. V.; Arseniev, A. S. FEBS Lett. 1999, 462, 205-210
14. Lins, L.; Charloteaux, B.; Thomas, A.; Brasseur, R. Proteins 2001, 44, 435-447
15. Voneche, V.; Portetelle, D.; Kettmann, R.; Willems, L.; Limbach, K.; Paoletti, E.; Ruysschaert, J. M.; Burny, A.; Brasseur, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 3810-3814
16. Pillot, T.; Goethals, M.; Vanloo, B.; Talussot, C.; Brasseur, R.; Vandekerckhove, J.; Rosseneu, M.; Lins, L. J. Biol. Chem. 1996, 271, 28757-28765
17. Pillot, T.; Lins, L.; Goethals, M.; Vanloo, B.; Baert, J.; Vandekerckhove, J.; Rosseneu, M.; Brasseur, R. J. Mol. Biol. 1997, 274, 381-393
18. Brasseur, R. Mol. Membr. Biol. 2000, 17, 31-40
19. Colotto, A.; Martin, I.; Ruysschaert, J. M.; Sen, A.; Hui, S. W.; Epand, R. M. Biochemistry 1996, 35, 980-989
20. Korazim, O.; Sackett, K.; Shai, Y. J. Mol. Biol. 2006, 364, 1103-1117
21. Pereira, F. B.; Goni, F. M.; Muga, A.; Nieva, J. L. Biophys. J. 1997, 73, 1977-1986
22. Yang, J.; Gabrys, C. M.; Weliky, D. P. Biochemistry 2001, 40, 8126-8137
23. Li, Y.; Tamm, L. K. Biophys. J. 2007, 93, 876-885
24. Reichert, J.; Grasnick, D.; Afonin, S.; Buerck, J.; Wadhwani, P.; Ulrich, A. S. Eur. Biophys. J. 2007, 36, 405-413
25. White, J. M.; Delos, S. E.; Brecher, M.; Schornberg, K. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2008, 43, 189-219
26. Decout, A.; Labeur, C.; Vanloo, B.; Goethals, M.; Vandekerckhove, J.; Brasseur, R.; Rosseneu, M. Mol. Membr. Biol. 1999, 16, 237-246
27. Lins, L.; Flore, C.; Chapelle, L.; Talmud, P. J.; Thomas, A.; Brasseur, R. Protein Eng. 2002, 15, 513-520
28. Castano, S.; Desbat, B. Biochim. Biophys. Acta 2005, 1715, 81-95
29. Martin, I.; Dubois, M. C.; Defrise-Quertain, F.; Saermark, T.; Burny, A.; Brasseur, R.; Ruysschaert, J. M. J. Virol. 1994, 68, 1139-1148
30. Martin, I.; Schaal, H.; Scheid, A.; Ruysschaert, J. M. J. Virol. 1996, 70, 298-304
31. Perez-Mendez, O.; Vanloo, B.; Decout, A.; Goethals, M.; Peelman, F.; Vandekerckhove, J.; Brasseur, R.; Rosseneu, M. Eur. J. Biochem. 1998, 256, 570-579
32. Kamath, S.; Wong, T. C. Biophys. J. 2002, 83, 135-143
33. Peuvot, J.; Schanck, A.; Lins, L.; Brasseur, R. J. Theor. Biol. 1999, 198, 173-181
34. Taylor, A.; Sansom, M. S. Eur. Biophys. J. 2010, 39, 1537-1545
35. Bradshaw, J. P.; Darkes, M. J.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Epand, R. M. Biochemistry 2000, 39, 6581-6585
36. Han, X.; Bushweller, J. H.; Cafiso, D. S.; Tamm, L. K. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 715-720
37. Huang, Q.; Chen, C. L.; Herrmann, A. Biophys. J. 2004, 87, 14-22
38. Volynsky, P. E.; Polyansky, A. A.; Simakov, N. A.; Arseniev, A. S.; Efremov, R. G. Biochemistry 2005, 44, 14626-14637
39. Lague, P.; Roux, B.; Pastor, R. W. J. Mol. Biol. 2005, 354, 1129-1141
40. Vaccaro, L.; Cross, K. J.; Kleinjung, J.; Straus, S. K.; Thomas, D. J.; Wharton, S. A.; Skehel, J. J.; Fraternali, F. Biophys. J. 2005, 88, 25-36
41. Vaidya, N. K.; Huang, H.; Takagi, S. Adv. Appl. Math. Mech. 2010, 2, 430-450
42. Wong, T. C. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1609, 45-54
43. Li, J.; Das, P.; Zhou, R. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8799-8806
44. Kasson, P. M.; Lindahl, E.; Pande, V. S. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000829
45. Gkeka, P.; Sarkisov, L. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 826-839
46. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
47. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
48. Bond, P. J.; Sansom, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697-2704
49. Vostrikov, V. V.; Hall, B. A.; Greathouse, D. V.; Koeppe, R. E.; Sansom, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5803-5811
50. Hall, B. A.; Chetwynd, A. P.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 2011, 100, 1940-1948
51. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
52. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
53. Allen, W. J.; Lemkul, J. A.; Bevan, D. R. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1952-1958
54. Stansfeld, P. J.; Hopkinson, R.; Ashcroft, F. M.; Sansom, M. S. Biochemistry 2009, 48, 10926-10933
55. Rotkiewicz, P.; Skolnick, J. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1460-1465
56. Scott, W. R. P.; Hunenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Kruger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596-3607
57. Hermans, J.; Berendsen, H. J. C.; Van Gunsteren, W. F.; Postma, J. P. M. Biopolymers 1984, 23, 1513-1518
58. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
59. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
60. The PyMOL Molecular Graphics System, version 1.3; Schrödinger, LLC.
61. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. 1996, 14 (33-8) 27-8
62. Brasseur, R. In Molecular description of biological membrane components by computer aided conformational analysis, Brasseur, R., Ed.; CRC Press Inc.: Boca Raton, 1990; pp 95-105.
63. Epand, R. Biochim. Biophys. Acta 1998, 1376, 353-368
64. Siegel, D. Biophys. J. 1999, 76, 291-313
65. Longo, M.; Waring, A.; Hammer, D. Biophys. J. 1997, 73, 1430-1439
66. Fuhrmans, M.; Knecht, V.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9166-9167
67. Siegel, D.; Epand, R. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1468, 87-98