Molecular dynamics study of the role of the spine of hydration in DNA A-tracts in determining nucleosome occupancy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 46, 2012, Pages 13672-13681

  Zhu, Xiao ^a,b   Schatz, George C ^b  

^a Texas Advanced Computing Center   (United States)

^b NORTHWESTERN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMBER; DNA; HYDRATION; MOLECULAR DYNAMICS; STRUCTURAL PROPERTIES;

BENT STRUCTURE; FORCE FIELDS; MEASURED PROPERTIES; MINOR GROOVES; MOLECULAR DYNAMICS METHODS; NUCLEOSOME FORMATION; NUCLEOSOMES; STRUCTURAL WATER;

DNA SEQUENCES;

EID: 84870013758     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3084887     Document Type: Article

References (58)

1. Segal, E.; Widom, J. Trends Genet. 2009, 25, 335-343
2. Segal, E.; Fondufe-Mittendorf, Y.; Chen, L. Y.; Thastrom, A.; Field, Y.; Moore, I. K.; Wang, J. P. Z.; Widom, J. Nature 2006, 442, 772-778
3. Anderson, J. D.; Widom, J. Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 3830-3839
4. Raveh-Sadka, T.; Levo, M.; Shabi, U.; Shany, B.; Keren, L.; Lotan-Pompan, M.; Zeevi, D.; Sharon, E.; Weinberger, A.; Segal, E. Nat. Genet. 2012, 44, 743-750
5. Yuan, G. C.; Liu, J. S. PLoS Comput. Biol. 2008, 4, 164-174
6. Sekinger, E. A.; Moqtaderi, Z.; Struhl, K. Mol. Cell 2005, 18, 735-748
7. Peckham, H. E.; Thurman, R. E.; Fu, Y. T.; Stamatoyannopoulos, J. A.; Noble, W. S.; Struhl, K.; Weng, Z. P. Genome Res. 2007, 17, 1170-1177
8. Iyer, V.; Struhl, K. EMBO J. 1995, 14, 2570-2579
9. Kaplan, N.; Moore, I. K.; Fondufe-Mittendorf, Y.; Gossett, A. J.; Tillo, D.; Field, Y.; LeProust, E. M.; Hughes, T. R.; Lieb, J. D.; Widom, J. Nature 2009, 458, 362-366
10. Morozov, A. V.; Fortney, K.; Gaykalova, D. A.; Studitsky, V. M.; Widom, J.; Siggia, E. D. Nucleic Acids Res. 2009, 37, 4707-4722
11. Battistini, F.; Hunter, C. A.; Moore, I. K.; Widom, J. J. Mol. Biol. 2012, 420, 8-16
12. Prytkova, T.; Zhu, X.; Widom, J.; Schatz, G. C. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8638-8644
13. Tillo, D.; Hughes, T. R. BMC Bioinf. 2009, 10, 442
14. Locke, G.; Tolkunov, D.; Moqtaderi, Z.; Struhl, K.; Morozov, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 20998-21003
15. Koo, H. S.; Crothers, D. M. Biochemistry 1987, 26, 3745-3748
16. Nadeau, J. G.; Crothers, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 2622-2626
17. Sanghani, S. R.; Zakrzewska, K.; Harvey, S. C.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 1632-1637
18. Drew, H. R.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1981, 151, 535-556
19. Woods, K. K.; Maehigashi, T.; Howerton, S. B.; Sines, C. C.; Tannenbaum, S.; Williams, L. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15330-15331
20. Young, M. A.; Jayaram, B.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 59-69
21. Hamelberg, D.; McFail-Isom, L.; Williams, L. D.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10513-10520
22. McConnell, K. J.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 2000, 304, 803-820
23. Madhumalar, A.; Bansal, M. Biophys. J. 2003, 85, 1805-1816
24. Ababneh, A. M.; Ababneh, Z. Q.; Large, C. C. J. Theor. Biol. 2008, 252, 742-749
25. MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1584-1604
26. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
27. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829
28. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
29. Langley, D. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 487-509
30. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
31. Sanchez, M. I.; Vazquez, O.; Vazquez, M. E.; Mascarenas, J. L. Chem. Commun. 2011, 47, 11107-11109
32. Andac, C. A.; Miandji, A. M.; Hornemann, U.; Noyanalpan, N. Int. J. Biol. Macromol. 2011, 48, 531-539
33. Banerjee, D.; Makhal, A.; Pal, S. K. J. Fluoresc. 2009, 19, 1111-1118
34. Majid, A.; Smythe, G.; Denny, W. A.; Wakelin, L. P. G. Chem. Res. Toxicol. 2009, 22, 146-157
35. Mitra, R. K.; Sinha, S. S.; Maiti, S.; Pal, S. K. J. Fluoresc. 2009, 19, 353-361
36. Sarkar, R.; Pal, S. K. Biopolymers 2006, 83, 675-686
37. Shaikh, S. A.; Ahmed, S. R.; Jayaram, B. Arch. Biochem. Biophys. 2004, 429, 81-99
38. Furse, K. E.; Corcelli, S. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9934-9945
39. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
40. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
41. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1977, 23, 327-341
42. Steinbach, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 15, 667-683
43. Petersen, H. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 3668-3679
44. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
45. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
46. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
47. El Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J. Mol. Biol. 1998, 282, 331-343
48. Yonetani, Y.; Kono, H. Biophys. J. 2009, 97, 1138-1147
49. Cheatham, T. E.; Young, M. A. Biopolymers 2000, 56, 232-256
50. Ricci, C. G.; de Andrade, A. S. C.; Mottin, M.; Netz, P. A. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 9882-9893
51. Lankas, F.; Sponer, J.; Hobza, P.; Langowski, J. J. Mol. Biol. 2000, 299, 695-709
52. Lankas, F.; Sponer, J.; Langowski, J.; Cheatham, T. E. Biophys. J. 2003, 85, 2872-2883
53. Perez, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 2379-2394
54. Lavery, R.; Zakrzewska, K.; Beveridge, D.; Bishop, T. C.; Case, D. A.; Cheatham, T.; Dixit, S.; Jayaram, B.; Lankas, F.; Laughton, C. Nucleic Acids Res. 2010, 38, 299-313
55. Jana, B.; Pal, S.; Bagchi, B. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 3633-3638
56. Tolstorukov, M. Y.; Colasanti, A. V.; McCandlish, D. M.; Olson, W. K.; Zhurkin, V. B. J. Mol. Biol. 2007, 371, 725-738
57. Priyakumar, U. D.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 187-200
58. Hart, K.; Foloppe, N.; Baker, C. M.; Denning, E. J.; Nilsson, L.; MacKerell, A. D. J. Chem. Theory Comput. 2011, 8, 348-362