Computational study of absorption spectra of the photoconvertible fluorescent protein EosFP in different protonation states

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4828-4836

  Imhof, Petra ^a  

^a UNIVERSITY OF HEIDELBERG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869059911     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300706r     Document Type: Article

References (50)

1. Lippincott-Schwartz, J.; Snapp, E.; Kenworthy, A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 444-456
2. Prendergast, F. G. Methods Cell Biol. 1999, 58, 1-18
3. Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-782
4. Subach, F. V.; Verkhusha, V. V. Chem. Rev. 2012, 112, 4308-4327
5. Sample, V.; Newman, R. H.; Zhang, J. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2852-2865
6. Rajput, J.; Andersen, L. H.; Rocha-Rinza, T.; Christiansen, O.; Bravaya, K. B.; Erokhin, A. V.; Bochenkova, A. V.; Solntsev, K. M.; Dong, J.; Kowalik, J.; Tolbert, L. M.; Petersen, M. A.; Nielsen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 9996-10002
7. Andersen, L. H.; Lapierre, A.; Nielsen, S. B.; Nielsen, I. B.; Pedersen, S. U.; Tomita, S. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 597-600
8. Baird, G. S.; Zacharias, D. A.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11984-11989
9. Gross, L. A.; Baird, G. S.; Hoffmann, R. C.; Baldridge, K. K.; Tsien, R. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 11990-11995
10. Anda, R.; Hama, H.; Yamamoto-Hino, M.; Mizuno, H.; Miyawaki, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12651-12656
11. Dittrich, P.; Scha, S. P.; Schwille, P. Biophys. J. 2005, 89, 3446-3455
12. Mizuno, H.; Mal, T. K.; Tong, K. I.; Anda, R.; Furuta, T.; Ikura, M.; Miyawaki, A. Mol. Cell 2003, 12, 1051-1058
13. Wiedenmann, J.; Ivanchenko, S.; Oswald, F.; Schmitt, F.; Röcker, C.; Salih, A.; Spindler, K.-D.; Nienhaus, G. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15905-15910
14. Nienhaus, K.; Nienhaus, G. U.; Wiedenmann, J.; Nar, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9156-9159
15. Adam, V.; Lelimousin, M.; Boehme, S.; Desfonds, G.; Nienhaus, K.; Field, M. J.; Wiedenmann, J.; McSweeney, S.; Nienhaus, G. U.; Bourgeois, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 18343-18348
16. Voityuk, A. A.; Michel-Beyerle, M.-E.; Rösch, N. Chem. Phys. Lett. 1997, 272, 162-167
17. Toniolo, A.; Olsen, S.; Manoha, L.; Martinez, T. Faraday Discuss. 2004, 127, 149-163
18. Olsen, S. The Electronic Excited States of Green Fluorescent Protein Chromophore Models. Ph.D. thesis, University of Illinois at Urbana-Champaign, Urbana, IL, 2004.
19. Epifanovsky, E.; Polyakov, I.; Grigorenko, B. L.; Nemukhin, A. V.; Krylov, A. I. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1895
20. List, N. H.; Olsen, J. M.; Rocha-Rinza, T.; Christiansen, O.; Kongsted, J. Int. J. Quantum Chem. 2012, 112, 789-800
21. Polyakov, I. V.; Grigorenko, B. L.; Epifanovsky, E. M.; Krylov, A. I.; Nemukhin, A. V. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2377-2387
22. Sinicropi, A.; Andruniow, T.; Ferre, N.; Basosi, R.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11534-11535
23. Helms, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2002, 12, 169-175
24. Lill, M. A.; Helms, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2778-2781
25. Altoe, P.; Bernardi, F.; Garavelli, M.; Orlandi, G.; Negri, F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3952-3963
26. Bravaya, K. B.; Khrenova, M. G.; Grigorenko, B. L.; Nemukhin, A. V.; Krylov, A. I. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8296-8303
27. Burgess, B. K.; Callis, P. R. Biophys. J. 1997, 72, A346 (abstract Th-AM-J3)
28. Lopez, X.; Marques, M. A.; Castro, A.; Rubio, A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12329-12337
29. Marques, M. A.; Lopez, X.; Varsano, D.; Castro, A.; Rubio, A. Phys. Rev. Lett. 2003, 90 258101
30. Martin, M. E.; Negri, F.; Olivucci, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5452-5464
31. Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Savitskii, A. P. Acta Nat. 2009, 2, 41
32. Weber, W.; Helms, V.; McCammon, J. A.; Langhoff, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6177-6182
33. Schäfer, L. V.; Groenhof, G.; Klingen, A. R.; Ullmann, G. M.; Boggio-Pasqua, M.; Robb, M. A.; Grubm üller, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 119, 536-542
34. Sanchez-Garcia, E.; Doerr, M.; Thiel, W. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1602-1612
35. Steindal, A. H.; Olsen, J. M. H.; Ruud, K.; Frediani, L.; Kongsted, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14, 5440-5451
36. Lelimousin, M.; Adam, V.; Nienhaus, G. U.; Bourgeois, D.; Field, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 16814-16823
37. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A., Jr. GAMESS, version 3 July 2003 (R2); Iowa State University, 2003.
38. Ahlrichs, R.; Bar, M.; Haser, M.; Horn, H.; Kolmel, C. Chem. Phys. Lett. 1989, 162, 165-169
39. v. Arnim, M.; Ahlrichs, R. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1746
40. Bauernschmitt, R.; Haser, M.; Treutler, O.; Ahlrichs, R. Chem. Phys. Lett. 1997, 264, 573
41. Thiel, W. MNDO, version 6.1; Max-Planck-Institut fuer Kohlenforschung, Mülheim an der Ruhr, Germany, 2004.
42. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
43. Reuter, N.; Lin, H.; Thiel, W. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6310-6321
44. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
45. Vaiana, A. C.; Cournia, Z.; Costescu, I. B.; Smith, J. C. Comput. Phys. Commun. 2005, 167, 34-42
46. Filippi, C.; Zaccheddu, M.; Buda, F. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2074-2087
47. Lammich, L.; Petersen, M. A.; Nielsen, M. B.; Andersen, L. H. Biophys. J. 2007, 92, 201-207
48. Filippi, C.; Buda, F.; Guidoni, L.; Sinicropi, A. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 112-124
49. Topol, I.; Collins, J.; Nemukhin, A. V. Biophys. Chem. 2010, 149, 78-82
50. Nienhaus, G. U.; Nienhaus, K.; Hölzle, A.; Ivanchenko, S.; Renzi, F.; Oswald, F.; Wolff, M.; Schmitt, F.; Röcker, C.; Vallone, B.; Heilker, W. W. R.; Nar, H.; Wiedenmann, J. Photochem. Photobiol. 2006, 351, 351-358