Photoabsorption studies of neutral green fluorescent protein model chromophores in vacuo

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 11, Issue 43, 2009, Pages 9996-10002

  Rajput, J ^a   Rahbek, D B ^a   Andersen, L H ^a   Rocha Rinza, T ^a   Christiansen, O ^a   Bravaya, K B ^b   Erokhin, A V ^b   Bochenkova, A V ^b   Solntsev, K M ^c   Dong, J ^c   Kowalik, J ^c   Tolbert, L M ^c   Axman Petersen M ^d   Brondsted Nielsen M ^d  

^a AARHUS UNIVERSITY   (Denmark)

^b MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^c GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^d UNIVERSITY OF COPENHAGEN   (Denmark)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FLUORESCENT DYE; GREEN FLUORESCENT PROTEIN; GREEN FLUORESCENT PROTEIN, AEQUOREA VICTORIA;

ABSORPTION; ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; PHOTOCHEMISTRY; VACUUM;

ABSORPTION; FLUORESCENT DYES; GREEN FLUORESCENT PROTEINS; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; PHOTOCHEMICAL PROCESSES; VACUUM;

EID: 71049193953     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b914276b     Document Type: Article

References (65)

1. O. Shimomura F. H. Johnson Y. Saiga J. Cell. Comp. Physiol. 1962 59 223 239
2. B. A. Griffin S. R. Adams R. Y. Tsien Science 1998 281 269 272
3. X. Shu P. Leiderman R. Gepshtein N. R. Smith K. Kallio D. Huppert S. J. Remington Protein Sci. 2007 16 2703 2710
4. X. Shu K. Kallio X. Shi P. Abbyad P. Kanchanawong W. Childs S. Boxer S. Remington Biochemistry 2007 46 12005 12013
5. T. Laino R. Nifosì V. Tozzini Chem. Phys. 2004 298 17 28
6. M.-A. Elsliger R. Wachter G. Hanson K. Kallio S. Remington Biochemistry 1999 38 5296 5301
7. S. Nowotschin G. S. Eakin A.-K. Hadjantonakis Trends Biotechnol. 2009 27 266 276
8. M. Heilemann P. Dedecker J. Hofkens M. Sauer Laser Photonics Rev. 2009 3 180 202
9. R. N. Day F. Schaufele J. Biomed. Opt. 2008 13 031202
10. O. V. Stepanenko V. V. Verkhusha I. M. Kuznetsova V. N. Uversky K. K. Turoverov Curr. Protein Pept. Sci. 2008 9 338 369
11. R. M. Hoffman Methods Cell Biol. 2008 85 485 495
12. R. Y. Tsien Annu. Rev. Biochem. 1998 67 509 544
13. A. A. Pakhomov V. I. Martynov Chem. Biol. 2008 15 755 764
14. S. J. Remington Curr. Opin. Struct. Biol. 2006 16 714 721
15. J. Dong K. M. Solntsev L. M. Tolbert J. Am. Chem. Soc. 2006 128 12038 12039
16. X. He A. F. Bell P. J. Tonge FEBS Lett. 2003 549 35 38
17. L. H. Andersen A. Lapierre S. B. Nielsen I. B. Nielsen S. Pedersen U. V. Pedersen S. Tomita Eur. Phys. J. D 2002 20 597 600
18. A. Bell X. He R. Wachter P. Tonge Biochemistry 2000 39 4423 4431
19. S. B. Nielsen A. Lapierre J. U. Andersen U. V. Pedersen S. Tomita L. H. Andersen Phys. Rev. Lett. 2001 87 228102
20. J. Dong F. Abulwerdi A. Baldridge J. Kowalik K. M. Solntsev L. M. Tolbert J. Am. Chem. Soc. 2008 130 14096 14098
21. S. S. Stavrov K. M. Solntsev L. M. Tolbert D. Huppert J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1540 1546
22. A. Usman O. F. Mohammed E. T. J. Nibbering J. Dong K. M. Solntsev L. M. Tolbert J. Am. Chem. Soc. 2005 127 11214 11215
23. P. Leiderman D. Huppert S. J. Remington L. M. Tolbert K. M. Solntsev Chem. Phys. Lett. 2008 455 303 306
24. K. M. Solntsev O. Poizat J. Dong J. Rehault Y. Lou C. Burda L. M. Tolbert J. Phys. Chem. B 2008 112 2700 2711
25. X. He A. F. Bell P. J. Tonge J. Phys. Chem. B 2002 106 6056 6066
26. D. Mandal T. Tahara S. R. Meech J. Phys. Chem. B 2004 108 1102 1108
27. R. Gepshtein D. Huppert N. Agmon J. Phys. Chem. B 2006 110 4434 4442
28. A. D. Kummer C. Kompa H. Niwa T. Hirano S. Kojima M. E. Michel-Beyerle J. Phys. Chem. B 2002 106 7554 7559
29. K. L. Litvinenko N. M. Webber S. R. Meech J. Phys. Chem. A 2003 107 2616 2623
30. T. Andruniów J. Mol. Model. 2007 13 775 783
31. S. Wan S. Liu G. Zhao M. Chen K. Han M. Sun Biophys. Chem. 2007 129 218 223
32. A. V. Nemukhin B. L. Grigorenko A. V. Bochenkova K. B. Bravaya A. P. Savitsky Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 2008 6868 686804
33. W. W. Ward H. J. Prentice A. F. Roth C. W. Cody S. C. Reeves Photochem. Photobiol. 1982 35 803 808
34. H. Niwa S. Inouye T. Hirano T. Matsuno S. Kojima M. Kubota M. Ohashi F. Tsuji Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 13617 13622
35. W. Weber V. Helms J. A. McCammon P. W. Langhoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999 96 6177 6182
36. J. El Yazal F. G. Prendergast D. E. Shaw Y.-P. Pang J. Am. Chem. Soc. 2000 122 11411 11415
37. K. Brejc T. K. Sixma P. A. Kitts S. R. Kain R. Y. Tsien M. Ormö S. J. Remington Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 2306 2311
38. G. Jung J. Wiehler A. Zumbusch Biophys. J. 2005 88 1932 1947
39. D. Stoner-Ma A. A. Jaye K. L. Ronayne J. Nappa P. J. Tonge S. R. Meech Chem. Phys. 2008 350 193 200
40. P. Leiderman L. Genosar D. Huppert X. Shu S. J. Remington K. M. Solntsev L. M. Tolbert Biochemistry 2007 46 12026 12036
41. I. B. Nielsen S. Boyé-Peronne M. O. A. El Ghazaly M. B. Kristensen S. Brøndsted Nielsen L. H. Andersen Biophys. J. 2005 89 2597 2604
42. L. Lammich M. Å. Petersen M. B. Nielsen L. H. Andersen Biophys. J. 2007 92 201 207
43. M.. Petersen P. Riber L. H. Andersen M. B. Nielsen Synthesis 2007 3635 3638
44. S. P. Møller Nucl. Instrum. Methods Phys. Res., Sect. A 1997 394 281 286
45. L. H. Andersen H. Bluhme S. Boyé T. J. D. Jørgensen H. Krogh I. B. Nielsen S. B. Nielsen A. Svendsen Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2617 2627
46. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.2), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
47. T. Yanai D. P. Tew N. C. Handy Chem. Phys. Lett. 2004 393 51 57
48. T. H. Dunning J. Chem. Phys. 1989 90 1007
49. T. Helgaker, H. J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, J. Olsen, K. Ruud, H. Ågren, A. A. Auer, K. L. Bak, V. Bakken, O. Christiansen, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, T. Enevoldsen, B. Fernandez, C. Hättig, K. Hald, A. Halkier, H. Heiberg, H. Hettema, D. Jonsson, S. Kirpekar, R. Kobayashi, H. Koch, K. V. Mikkelsen, P. Norman, M. J. Packer, T. B. Pedersen, T. A. Ruden, P. Salek, A. Sanchez, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor and O. Vahtras, DALTON, a molecular electronic structure program, Release 2.0, 2005, see http://www.kjemi.uio.no/software/ dalton/dalton.html
50. A. Dreuw M. Head-Gordon Chem. Rev. 2005 105 4009
51. O. Christiansen H. Koch P. Jørgensen Chem. Phys. Lett. 1995 243 409 418
52. L. H. Andersen A. V. Bochenkova Eur. Phys. J. D 2009 51 5 14
53. K. Bravaya A. Bochenkova A. Granovsky A. Nemukhin J. Am. Chem. Soc. 2007 129 13035 13042
54. C. Hättig F. Weigend J. Chem. Phys. 2000 113 5154 5161
55. C. Hättig A. Köhn J. Chem. Phys. 2002 117 6939 6951
56. O. Treutler R. Ahlrichs J. Chem. Phys. 1995 102 346 354
57. M. V. Arnim R. Ahlrichs J. Comput. Chem. 1998 19 1746 1757
58. H. Nakano J. Chem. Phys. 1993 99 7983 7992
59. A. A. Granovsky, PC GAMESS/Firefly version 7.1.F, http://classic.chem. msu.su/gran/gamess/index.html
60. H. Taeli Int. J. Quantum Chem. 1996 60 641 648
61. I. B. Nielsen M.. Petersen L. Lammich M. B. Nielsen L. H. Andersen J. Phys. Chem. A 2006 110 12592 12596
62. T. I. Wood D. P. Barondeau C. Hitomi C. J. Kassmann J. A. Tainer E. D. Getzoff Biochemistry 2005 44 16211 16220
63. J. A. Sniegowski M. E. Phail R. M. Wachter Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005 332 657 663
64. R. W. Rocha R. J. Pliego, Jr. S. M. Resende F. H. Dos Santos M. A. De Oliveira W. B. De Almeida J. Comput. Chem. 1998 19 524 534
65. F. Freeman J. H. Hwang E. H. Junge P. D. Parmar Z. Renz J. Trinh Int. J. Quantum Chem. 2008 108 339 350