Cloning, expression, purification and crystallization of dihydrodipicolinate synthase from Agrobacterium tumefaciens

Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications

Volumn 68, Issue 9, 2012, Pages 1040-1047

  Atkinson, Sarah C ^a,b   Dogovski, Con ^a   Dobson, Renwick C J ^b,c   Perugini, Matthew A ^a,b  

^a LA TROBE UNIVERSITY   (Australia)

^b UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^c UNIVERSITY OF CANTERBURY   (New Zealand)

Author keywords

crown gall disease; herbicides; lysine metabolism; quaternary structure

Indexed keywords

DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE; HYDROLYASE; ISOENZYME; LIGAND;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CRYSTALLIZATION; ENZYMOLOGY; GENE EXPRESSION; GENETICS; ISOLATION AND PURIFICATION; MOLECULAR CLONING; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; RHIZOBIUM RADIOBACTER; SEQUENCE ALIGNMENT;

AGROBACTERIUM TUMEFACIENS; AMINO ACID SEQUENCE; CLONING, MOLECULAR; CRYSTALLIZATION; GENE EXPRESSION; HYDRO-LYASES; ISOENZYMES; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; SEQUENCE ALIGNMENT;

AGROBACTERIUM TUMEFACIENS; FUNGI;

EID: 84865746469     PISSN: None     EISSN: 17443091     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S1744309112033052     Document Type: Article

References (61)

1. Agrios, N. (2004). Plant Pathology, 5th ed., pp. 251-262. San Diego: Academic Press.
2. Anand, A., Uppalapati, S. R., Ryu, C. M., Allen, S. N., Kang, L., Tang, Y. & Mysore, K. S. (2008). Plant Physiol. 146, 703-715.
3. Androulakis, S. et al. (2008). Acta Cryst. D64, 810-814.
4. Atkinson, S. C., Dogovski, C., Downton, M. T., Pearce, F. G., Reboul, C. F., Buckle, A. M., Gerrard, J. A., Dobson, R. C. J.,Wagner, J. & Perugini, M. A. (2012). PLoS One, 7, e38318.
5. Atkinson, S. C., Dogovski, C., Newman, J., Dobson, R. C. J. & Perugini, M. A. (2011). Acta Cryst. F67, 1537-1541.
6. Blagova, E., Levdikov, V., Milioti, N., Fogg,M. J., Kalliomaa, A. K., Brannigan, J. A., Wilson, K. S. & Wilkinson, A. J. (2006). Proteins, 62, 297-301.
7. Blickling, S., Beisel, H. G., Bozic, D., Knablein, J., Laber, B. & Huber, R. (1997). J. Mol. Biol. 274, 608-621.
8. Blickling, S., Renner, C., Laber, B., Pohlenz, H. D., Holak, T. A. & Huber, R. (1997). Biochemistry, 36, 24-33.
9. Burgess, B. R., Dobson, R. C. J., Bailey,M. F., Atkinson, S. C., Griffin, M. D.W., Jameson, G. B., Parker, M. W., Gerrard, J. A. & Perugini, M. A. (2008). J. Biol. Chem. 283, 27598-27603.
10. Burr, T. J., Bazzi, C., Sule, S. & Otten, L. (1998). Plant Dis. 82, 1288-1297.
11. Burr, T. J. & Otten, L. (1999). Annu. Rev. Phytopathol. 37, 53-80.
12. De Cleene, M. & De Ley, J. (1976). Bot. Rev. 42, 389-466.
13. Devenish, S. R. A., Gerrard, J. A., Jameson, G. B. & Dobson, R. C. J. (2008). Acta Cryst. F64, 1092-1095.
14. Devenish, S. R. A., Huisman, F. H., Parker, E. J., Hadfield, A. T. & Gerrard, J. A. (2009). Biochim. Biophys. Acta, 1794, 1168-1174.
15. Dobson, R. C. J., Atkinson, S. C., Gorman, M. A., Newman, J. M., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2008). Acta Cryst. F64, 206-208.
16. Dobson, R. C. J., Devenish, S. R. A., Turner, L. A., Clifford, V. R., Pearce, F. G., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2005). Biochemistry, 44, 13007-13013.
17. Dobson, R. C. J., Gerrard, J. A. & Pearce, F. G. (2004). Biochem. J. 377, 757-762.
18. Dobson, R. C. J., Griffin, M. D. W., Devenish, S. R. A., Pearce, F. G., Hutton, C. A., Gerrard, J. A., Jameson, G. B. & Perugini, M. A. (2008). Protein Sci. 17, 2080-2090.
19. Dobson, R. C. J., Griffin, M. D. W., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2005). Acta Cryst. D61, 1116-1124.
20. Dobson, R. C. J., Perugini, M. A., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2009). Biochimie, 91, 1036-1044.
21. Dobson, R. C. J., Valegard, K. & Gerrard, J. A. (2004). J. Mol. Biol. 338, 329-339.
22. Dogovski, C., Atkinson, S. C., Dommaraju, S. R., Downton, M., Hor, L., Moore, S., Paxman, J. J., Peverelli, M. G., Qiu, T.W., Reumann, M., Siddiqui, T., Taylor, N. L., Wagner, J., Wubben, J. M. & Perugini, M. A. (2012). Biochemistry, edited by D. Ekinci, pp. 225-262. Rijeka, Croatia: InTech.
23. Dogovski, C., Atkinson, S. C., Dommaraju, S. R., Hor, L., Hutton, C. A., Gerrard, J. A. & Perugini, M. A. (2009). Encyclopedia of Life Support Systems (EOLSS), edited by H. Doelle, pp. 116-136. Oxford: EOLSS.
24. Dommaraju, S., Gorman, M. A., Dogovski, C., Pearce, F. G., Gerrard, J. A., Dobson, R. C. J., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 57-60.
25. Escobar, M. A., Civerolo, E. L., Summerfelt, K. R. & Dandekar, A. M. (2001). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 98, 13437-13442.
26. Evans, G. & Pettifer, R. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 82-86.
27. Evans, P. (2006). Acta Cryst. D62, 72-82.
28. Giribaldi, M. & Giuffrida, M. G. (2010). J. Proteomics, 73, 1647-1655.
29. Girish, T. S., Sharma, E. & Gopal, B. (2008). FEBS Lett. 582, 2923-2930.
30. Goodner, B. et al. (2001). Science, 294, 2323-2328.
31. Goujon, M., McWilliam, H., Li, W., Valentin, F., Squizzato, S., Paern, J. & Lopez, R. (2010). Nucleic Acids Res. 38, W695-W699.
32. Griffin, M. D. W., Billakanti, J. M., Wason, A., Keller, S., Mertens, H. D. T., Atkinson, S. C., Dobson, R. C. J., Perugini, M. A., Gerrard, J. A. & Pearce, F. G. (2012). PLoS One, 7, e40318.
33. Hor, L., Dobson, R. C. J., Dogovski, C., Hutton, C. A. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 37-40.
34. Hutton, C. A., Perugini, M. A. & Gerrard, J. A. (2007). Mol. Biosyst. 3, 458-465.
35. Hutton, C. A., Southwood, T. J. & Turner, J. J. (2003). Mini Rev. Med. Chem. 3, 115-127.
36. Kang, B. S., Kim, Y.-G., Ahn, J.-W. & Kim, K.-J. (2010). Int. J. Biol. Macromol. 46, 512-516.
37. Kantardjieff, K. A. & Rupp, B. (2003). Protein Sci. 12, 1865-1871.
38. Kaur, N., Gautam, A., Kumar, S., Singh, A., Singh, N., Sharma, S., Sharma, R., Tewari, R. & Singh, T. P. (2011). Int. J. Biol. Macromol. 48, 779-787.
39. Kefala, G., Evans, G. L., Griffin, M. D. W., Devenish, S. R. A., Pearce, F. G., Perugini, M. A., Gerrard, J. A., Weiss, M. S. & Dobson, R. C. J. (2008). Biochem. J. 411, 351-360.
40. Kerr, A. (1969). Aust. J. Biol. Sci. 22, 111-116.
41. Kobayashi, K. et al. (2003). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 100, 4678-4683.
42. Larkin, M. A., Blackshields, G., Brown, N. P., Chenna, R., McGettigan, P. A., McWilliam, H., Valentin, F., Wallace, I. M.,Wilm, A., Lopez, R., Thompson, J. D., Gibson, T. J. & Higgins, D. G. (2007). Bioinformatics, 23, 2947-2948.
43. Lee, H., Humann, J. L., Pitrak, J. S., Cuperus, J. T., Parks, T. D., Whistler, C. A., Mok, M. C. & Ream, L. W. (2003). Plant Physiol. 133, 966-977.
44. Leslie, A. G.W. & Powell, H. R. (2007). Evolving Methods for Macromolecular Crystallography, edited by R. J. Read & J. L. Sussman, pp. 41-51. Dordrecht: Springer
45. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658-674.
46. McPhillips, T. M., McPhillips, S. E., Chiu, H.-J., Cohen, A. E., Deacon, A. M., Ellis, P. J., Garman, E., Gonzalez, A., Sauter, N. K., Phizackerley, R. P., Soltis, S. M. & Kuhn, P. (2002). J. Synchrotron Rad. 9, 401-406.
47. Mirwaldt, C., Korndorfer, I. & Huber, R. (1995). J. Mol. Biol. 246, 227-239.
48. Mitsakos, V., Devenish, S. R. A., O'Donnell, P. A., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2011). Bioorg. Med. Chem. 19, 1535-1540.
49. Mitsakos, V., Dobson, R. C. J., Pearce, F. G., Devenish, S. R. A., Evans, G. L., Burgess, B. R., Perugini, M. A., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2008). Bioorg. Med. Chem. Lett. 18, 842-844.
50. Newman, J., Egan, D., Walter, T. S., Meged, R., Berry, I., Ben Jelloul, M., Sussman, J. L., Stuart, D. I. & Perrakis, A. (2005). Acta Cryst. D61, 1426-1431.
51. Padmanabhan, B., Strange, R. W., Antonyuk, S. V., Ellis, M. J., Hasnain, S. S., Iino, H., Agari, Y., Bessho, Y. & Yokoyama, S. (2009). Acta Cryst. F65, 1222-1226.
52. Pearce, F. G., Perugini, M. A., McKerchar, H. J. & Gerrard, J. A. (2006). Biochem. J. 400, 359-366.
53. Perugini, M. A., Griffin, M. D., Smith, B. J., Webb, L. E., Davis, A. J., Handman, E. & Gerrard, J. A. (2005). Eur. Biophys. J. 34, 469-476.
54. Rice, E. A., Bannon, G. A., Glenn, K. C., Jeong, S. S., Sturman, E. J. & Rydel, T. J. (2008). Arch. Biochem. Biophys. 480, 111-121.
55. Sibarani, N. E., Gorman, M. A., Dogovski, C., Parker, M.W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 32-36.
56. Viss,W. J., Pitrak, J., Humann, J., Cook, M., Driver, J. & Ream,W. (2003). Mol. Breed. 12, 283-295.
57. Voss, J. E., Scally, S. W., Taylor, N. L., Atkinson, S. C., Griffin, M. D. W., Hutton, C. A., Parker, M. W., Alderton, M. R., Gerrard, J. A., Dobson, R. C. J., Dogovski, C. & Perugini, M. A. (2010). J. Biol. Chem. 285, 5188-5195.
58. Winn, M. D. et al. (2011). Acta Cryst. D67, 235-242.
59. Wood, D. W. et al. (2001). Science, 294, 2317-2323.
60. Wubben, J. M., Dogovski, C., Dobson, R. C. J., Codd, R., Gerrard, J. A., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 1511-1516.
61. Yugari, Y. & Gilvarg, C. (1965). J. Biol. Chem. 240, 4710-4716.