Cloning, expression, purification and crystallization of dihydrodipicolinate synthase from the grapevine Vitis vinifera

Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications

Volumn 67, Issue 12, 2011, Pages 1537-1541

  Atkinson, Sarah C ^a   Dogovski, Con ^a   Newman, Janet ^b   Dobson, Renwick C J ^a,c   Perugini, Matthew A ^a,d  

^a UNIVERSITY OF MELBOURNE   (Australia)

^b CSIRO   (Australia)

^c UNIVERSITY OF CANTERBURY   (New Zealand)

^d LA TROBE UNIVERSITY   (Australia)

Author keywords

diaminopimelate; dihydrodipicolinate; grapes; herbicide; lysine; metabolism; quaternary structure; thrombin; wine

Indexed keywords

DIHYDRODIPICOLINATE SYNTHASE; HYDROLYASE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CRYSTALLIZATION; ENZYMOLOGY; GENE EXPRESSION; GENETICS; ISOLATION AND PURIFICATION; MOLECULAR CLONING; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; VITIS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CLONING, MOLECULAR; CRYSTALLIZATION; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; GENE EXPRESSION; HYDRO-LYASES; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; VITIS;

EID: 83055196688     PISSN: None     EISSN: 17443091     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S1744309111038395     Document Type: Article

References (59)

1. Androulakis, S., et al. (2008). Acta Cryst. D64, 810-814.
2. Atkinson, S. C., Dobson, R. C. J., Newman, J. M., Gorman, M. A., Dogovski, C., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2009). Acta Cryst. F65, 253-255.
3. Battye, T. G. G., Kontogiannis, L., Johnson, O., Powell, H. R. & Leslie, A. G.W. (2011). Acta Cryst. D67, 271-281.
4. Blagova, E., Levdikov, V., Milioti, N., Fogg,M. J., Kalliomaa, A. K., Brannigan, J. A., Wilson, K. S. & Wilkinson, A. J. (2006). Proteins, 62, 297-301.
5. Blickling, S., Beisel, H. G., Bozic, D., Knäblein, J., Laber, B. & Huber, R. (1997). J. Mol. Biol. 274, 608-621.
6. Blickling, S., Renner, C., Laber, B., Pohlenz, H. D., Holak, T. A. & Huber, R. (1997). Biochemistry, 36, 24-33.
7. Boughton, B. A., Dobson, R. C. J., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2008). Bioorg. Med. Chem. Lett. 18, 460-463.
8. Boughton, B. A., Griffin, M. D. W., O?Donnell, P. A., Dobson, R. C. J., Perugini, M. A., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2008). Bioorg. Med. Chem. 16, 9975-9983.
9. Bright, S. W. J. & Shewry, P. R. (1983). CRC Crit. Rev. Plant Sci. 1, 49-93.
10. Burgess, B. R., Dobson, R. C. J., Bailey,M. F., Atkinson, S. C., Griffin, M.D.W., Jameson, G. B., Parker, M. W., Gerrard, J. A. & Perugini, M. A. (2008). J. Biol. Chem. 283, 27598-27603.
11. Burgess, B. R., Dobson, R. C. J., Dogovski, C., Jameson, G. B., Parker, M.W. & Perugini, M. A. (2008). Acta Cryst. F64, 659-661.
12. Chatterjee, S. P., Singh, B. K. & Gilvarg, C. (1994). Plant Mol. Biol. 26, 285-290.
13. Devenish, S. R. A., Gerrard, J. A., Jameson, G. B. & Dobson, R. C. J. (2008). Acta Cryst. F64, 1092-1095.
14. Devenish, S. R. A., Huisman, F. H., Parker, E. J., Hadfield, A. T. & Gerrard, J. A. (2009). Biochim. Biophys. Acta, 1794, 1168-1174.
15. Dobson, R. C. J., Atkinson, S. C., Gorman, M. A., Newman, J. M., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2008). Acta Cryst. F64, 206-208.
16. Dobson, R. C. J., Devenish, S. R. A., Turner, L. A., Clifford, V. R., Pearce, F. G., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2005). Biochemistry, 44, 13007-13013.
17. Dobson, R. C. J., Gerrard, J. A. & Pearce, F. G. (2004). Biochem. J. 377, 757-762.
18. Dobson, R. C. J., Griffin, M. D. W., Devenish, S. R. A., Pearce, F. G., Hutton, C. A., Gerrard, J. A., Jameson, G. B. & Perugini, M. A. (2008). Protein Sci. 17, 2080-2090.
19. Dobson, R. C. J., Griffin, M. D. W., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2005). Acta Cryst. D61, 1116-1124.
20. Dobson, R. C. J., Perugini, M. A., Jameson, G. B. & Gerrard, J. A. (2009). Biochimie, 91, 1036-1044.
21. Dobson, R. C. J., Valegå rd, K. & Gerrard, J. A. (2004). J. Mol. Biol. 338, 329-339.
22. Dogovski, C., Atkinson, S. C., Dommaraju, S. R., Hor, L., Hutton, C. A., Gerrard, J. A. & Perugini, M. A. (2009). Encyclopedia of Life Support Systems (EOLSS), edited by H. Doelle, Vol. II, pp. 116-136. Oxford: Eolss Publishers.
23. Domigan, L. J., Scally, S. W., Fogg, M. J., Hutton, C. A., Perugini, M. A., Dobson, R. C. J.,Muscroft-Taylor, A. C., Gerrard, J. A. & Devenish, S. R. A. (2009). Biochim. Biophys. Acta, 1794, 1510-1516.
24. Dommaraju, S., Dogovski, C., Czabotar, P. E., Hor, L., Smith, B. J. & Perugini, M. A. (2011). Arch. Biochem. Biophys. 512, 167-174.
25. Dommaraju, S., Gorman, M. A., Dogovski, C., Pearce, F. G., Gerrard, J. A., Dobson, R. C. J., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 57-60.
26. Evans, G. & Pettifer, R. F. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 82-86.
27. Evans, G., Schuldt, L., Griffin, M. D. W., Devenish, S. R. A., Pearce, F. G., Perugini, M. A., Dobson, R. C. J., Jameson, G. B., Weiss, M. S. & Gerrard, J. A. (2011). Arch. Biochem. Biophys. 512, 154-159.
28. Evans, P. (2006). Acta Cryst. D62, 72-82.
29. Girish, T. S., Sharma, E. & Gopal, B. (2008). FEBS Lett. 582, 2923-2930.
30. Griffin, M. D. W., Dobson, R. C. J., Gerrard, J. A. & Perugini, M. A. (2010). Arch. Biochem. Biophys. 494, 58-63.
31. Griffin, M. D. W., Dobson, R. C. J., Pearce, F. G., Antonio, L., Whitten, A. E., Liew, C. K., Mackay, J. P., Trewhella, J., Jameson, G. B., Perugini, M. A. & Gerrard, J. A. (2008). J. Mol. Biol. 380, 691-703.
32. Hor, L., Dobson, R. C. J., Dogovski, C., Hutton, C. A. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 37-40.
33. Hutton, C. A., Perugini, M. A. & Gerrard, J. A. (2007). Mol. Biosyst. 3, 458-465.
34. Jaillon, O., et al. (2007). Nature (London), 449, 463-467.
35. Kang, B. S., Kim, Y.-G., Ahn, J.-W. & Kim, K.-J. (2010). Int. J. Biol. Macromol. 46, 512-516.
36. Kaur, N., Gautam, A., Kumar, S., Singh, A., Singh, N., Sharma, S., Sharma, R., Tewari, R. & Singh, T. P. (2011). Int. J. Biol. Macromol. 48, 779-787.
37. Kefala, G., Evans, G. L., Griffin, M. D. W., Devenish, S. R. A., Pearce, F. G., Perugini, M. A., Gerrard, J. A., Weiss, M. S. & Dobson, R. C. (2008). Biochem. J. 411, 351-360.
38. Kobayashi, K., et al. (2003). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 100, 4678-4683.
39. Kumpaisal, R., Hashimoto, T. & Yamada, Y. (1987). Plant Physiol. 85, 145-151.
40. McCoy, A. J., Grosse-Kunstleve, R. W., Adams, P. D., Winn, M. D., Storoni, L. C. & Read, R. J. (2007). J. Appl. Cryst. 40, 658-674.
41. McPhillips, T. M., McPhillips, S. E., Chiu, H.-J., Cohen, A. E., Deacon, A. M., Ellis, P. J., Garman, E., Gonzalez, A., Sauter, N. K., Phizackerley, R. P., Soltis, S. M. & Kuhn, P. (2002). J. Synchrotron Rad. 9, 401-406.
42. Mirwaldt, C., Korndörfer, I. & Huber, R. (1995). J. Mol. Biol. 246, 227-239.
43. Mitsakos, V., Dobson, R. C. J., Pearce, F. G., Devenish, S. R. A., Evans, G. L., Burgess, B. R., Perugini, M. A., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2008). Bioorg. Med. Chem. Lett. 18, 842-844.
44. Newman, J., Egan, D., Walter, T. S., Meged, R., Berry, I., Ben Jelloul, M., Sussman, J. L., Stuart, D. I. & Perrakis, A. (2005). Acta Cryst. D61, 1426-1431.
45. Padmanabhan, B., Strange, R. W., Antonyuk, S. V., Ellis, M. J., Hasnain, S. S., Iino, H., Agari, Y., Bessho, Y. & Yokoyama, S. (2009). Acta Cryst. F65, 1222-1226.
46. Pearce, F. G., Dobson, R. C. J., Weber, A., Lane, L. A., McCammon, M. G., Squire, M. A., Perugini, M. A., Jameson, G. B., Robinson, C. V. & Gerrard, J. A. (2008). Biochemistry, 47, 12108-12117.
47. Pearce, F. G., Perugini, M. A., McKerchar, H. J. & Gerrard, J. A. (2006). Biochem. J. 400, 359-366.
48. Perl, A., Shaul, O. & Galili, G. (1992). Plant Mol. Biol. 19, 815-823.
49. Perugini, M. A., Griffin, M. D. W., Smith, B. J., Webb, L. E., Davis, A. J., Handman, E. & Gerrard, J. A. (2005). Eur. Biophys. J. 34, 469-476.
50. Rice, E. A., Bannon, G. A., Glenn, K. C., Jeong, S. S., Sturman, E. J. & Rydel, T. J. (2008). Arch. Biochem. Biophys. 480, 111-121.
51. Shaul, O. & Galili, G. (1992). Plant J. 2, 203-209.
52. Sibarani, N. E., Gorman, M. A., Dogovski, C., Parker, M.W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 32-36.
53. Silk, G. W. & Matthews, B. F. (1997). Plant Mol. Biol. 33, 931-933.
54. Turner, J. J., Healy, J. P., Dobson, R. C. J., Gerrard, J. A. & Hutton, C. A. (2005). Bioorg. Med. Chem. Lett. 15, 995-998.
55. Voss, J. E., Scally, S. W., Taylor, N. L., Atkinson, S. C., Griffin, M. D. W., Hutton, C. A., Parker, M. W., Alderton, M. R., Gerrard, J. A., Dobson, R. C. J., Dogovski, C. & Perugini, M. A. (2010). J. Biol. Chem. 285, 5188-5195.
56. Voss, J. E., Scally, S. W., Taylor, N. L., Dogovski, C., Alderton, M. R., Hutton, C. A., Gerrard, J. A., Parker, M. W., Dobson, R. C. J. & Perugini, M. A. (2009). Acta Cryst. F65, 188-191.
57. Wernimont, A. & Edwards, A. (2009). PLoS One, 4, e5094.
58. Winn, M. D., et al. (2011). Acta Cryst. D67, 235-242.
59. Wubben, J. M., Dogovski, C., Dobson, R. C. J., Codd, R., Gerrard, J. A., Parker, M. W. & Perugini, M. A. (2010). Acta Cryst. F66, 1511-1516.