A hybrid elastic band string algorithm for studies of enzymatic reactions

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 36, 2012, Pages 12544-12553

  Aleksandrov, Alexey ^a   Field, Martin ^b  

^a LABORATOIRE DE BIOCHIMIE   (France)

^b INSTITUT DE BIOLOGIE STRUCTURALE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CITRATE SYNTHASE; GUANOSINE TRIPHOSPHATASE ACTIVATING PROTEIN; LACTATE DEHYDROGENASE;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS;

ALGORITHMS; CITRATE (SI)-SYNTHASE; HUMANS; L-LACTATE DEHYDROGENASE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; RAS GTPASE-ACTIVATING PROTEINS;

EID: 84865464995     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp40918f     Document Type: Article

References (55)

1. M. J. Field, A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Cambridge University Press, 2007
2. W. E E. Vanden-Eijnden Annu. Rev. Phys. Chem. 2010 61 391 420
3. M. L. McKee and M. Page, in Reviews in Computational Chemistry, ed., K. B. Lipkowitz, and, D. B. Boyd, VCH Publishers, Inc., New York, pp. 35-65
4. H. Jónsson, G. Mills and K. W. Jacobsen, in Classical and Quantum Dynamics in Condensed Phase Systems, ed., B. J. Berne, G. Cicotti, and, D. F. Coker, World Scientific, Singapore, 1998, pp. 35-65
5. E. Weinan W. Ren E. V. Eijnden J. Chem. Phys. 2007 126 164103
6. I. F. Galvan M. J. Field J. Comput. Chem. 2008 29 139 143
7. M. J. Field J. Chem. Theory Comput. 2008 4 1151 1161
8. J. Apostolakis P. Ferrara A. Caflisch J. Chem. Phys. 1999 110 2099 2108
9. P. G. Bolhuis C. Dellago D. Chandler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 5877 5882
10. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
11. M. Karpusas D. Holland S. Remington Biochemistry 1991 30 6024 6031
12. K. Usher S. Remington D. Martin D. Drueckhammer Biochemistry 1994 33 7753 7759
13. K. Scheffzek M. R. Ahmadian W. Kabsch L. Wiesmuller A. Lautwein F. Schmitz A. Wittinghofer Science 1997 277 333 338
14. E. F. Pai U. Krengel G. A. Petsko R. S. Goody W. Kabsch A. Wittinghofer EMBO J. 1990 9 2351 2359
15. N. Coquelle E. Fioravanti M. Weik F. Vellieux D. Madern J. Mol. Biol. 2007 374 547 562
16. H. Li A. D. Robertson J. H. Jensen Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 704 721
17. D. Beglov B. Roux J. Chem. Phys. 1994 100 9050 9063
18. T. Simonson J. Phys. Chem. B 2000 104 6509 6513
19. A. Warshel G. King Chem. Phys. Lett. 1985 121 124
20. G. King A. Warshel J. Chem. Phys. 1989 91 3647
21. A. Mackerell D. Bashford M. Bellott R. Dunbrack J. Evanseck M. Field S. Fischer J. Gao H. Guo S. Ha D. Joseph L. Kuchnir K. Kuczera F. Lau C. Mattos S. Michnick T. Ngo D. Nguyen B. Prodhom W. Reiher B. Roux J. Smith R. Stote J. Straub M. Watanabe J. Wiorkiewicz-Kuczera D. Yin M. Karplus J. Phys. Chem. B 1998 102 3586 3616
22. A. D. Mackerell M. Feig C. L. Brooks J. Comput. Chem. 2004 25 1400 1415
23. W. Jorgensen J. Chandrasekar J. Madura R. Impey M. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
24. A. Aleksandrov M. Field Phys. Chem. Chem. Phys. 2011 13 10503 10509
25. R. Stote D. States M. Karplus J. Chem. Phys. 1991 88 2419 2433
26. B. R. Brooks C. L. Brooks A. D. Mackerell L. Nilsson R. J. Petrella B. Roux Y. Won G. Archontis C. Bartels S. Boresch A. Caflisch L. Caves Q. Cui A. R. Dinner M. Feig S. Fischer J. Gao M. Hodoscek W. Im K. Kuczera T. Lazaridis J. Ma V. Ovchinnikov E. Paci R. W. Pastor C. B. Post J. Z. Pu M. Schaefer B. Tidor R. M. Venable H. L. Woodcock X. Wu W. Yang D. M. York M. Karplus J. Comput. Chem. 2009 30 1545 1614
27. J. Stewart J. Mol. Model. 2007 13 1173 1213
28. G. Henkelman H. Jónsson J. Chem. Phys. 2000 113 9978 9985
29. G. Henkelman B. P. Uberuaga H. Jónsson J. Chem. Phys. 2000 113 9901 9904
30. G. Wiegand S. Remington Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15 97 117
31. A. J. Mulholland W. G. Richards Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997 27 9 25
32. A. Mulholland P. Lyne M. Karplus J. Am. Chem. Soc. 2000 122 534 535
33. M. W. van der Kamp J. Ziurek F. R. Manby J. N. Harvey A. J. Mulholland J. Phys. Chem. B 2010 114 11303 11314
34. O. Donini T. Darden P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 2000 122 12270 12280
35. M. W. van der Kamp F. Perruccio A. J. Mulholland Chem. Commun. 2008 1874 1876
36. A. Shurki A. Warshel Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004 55 1 10
37. N. Futatsugi M. Hata T. Hoshino M. Tsuda Biophys. J. 1999 77 3287 3292
38. B. L. Grigorenko A. V. Nemukhin M. S. Shadrina I. A. Topol S. K. Burt Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 66 456 466
39. M. Klåhn E. Rosta A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 2006 128 15310 15323
40. A. D. Waldman K. W. Hart A. R. Clarke D. B. Wigley D. A. Barstow T. Atkinson W. N. Chia J. J. Holbrook Biochem. Biophys. Res. Commun. 1988 150 752 759
41. C. R. Dunn H. M. Wilks D. J. Halsall T. Atkinson A. R. Clarke H. Muirhead J. J. Holbrook Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1991 332 177 184
42. T. Atkinson D. Barstow W. Chia A. Clarke K. Hart A. Waldman D. Wigley H. Wilks J. Holbrook Biochem. Soc. Trans. 1987 15 991 993
43. M. Kotik H. Zuber Biochemistry 1992 31 7787 7795
44. S. Ferrer I. Tunon S. Marti V. Moliner M. Garcia-Viloca A. Gonzalez-Lafont J. Lluch J. Am. Chem. Soc. 2006 128 16851 16863
45. S. L. Quaytman S. D. Schwartz J. Phys. Chem. A 2009 113 1892 1897
46. S. Ranganathan J. Gready J. Phys. Chem. B 1997 101 5614 5618
47. A. Yadav R. Jackson J. Holbrook A. Warshel J. Am. Chem. Soc. 1991 113 4800 4805
48. V. Moliner I. H. Williams Chem. Commun. 2000 1843 1844
49. S. Ferrer E. Silla I. Tunon M. Oliva V. Moliner I. H. Williams Chem. Commun. 2005 5873 5875
50. S. L. Quaytman S. D. Schwartz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 12253 12258
51. M. Klåhn S. Braun-Sand E. Rosta A. Warshel J. Phys. Chem. B 2005 109 15645 15650
52. C. Bergonzo A. J. Campbell R. C. Walker C. Simmerling Int. J. Quantum Chem. 2009 109 3781
53. E. Rosta M. Klhn A. Warshel J. Phys. Chem. B 2006 110 2934 2941
54. S. C. L. Kamerlin M. Haranczyk A. Warshel J. Phys. Chem. B 2009 113 1253 1272
55. N. V. Plotnikov S. C. L. Kamerlin A. Warshel J. Phys. Chem. B 2011 115 7950 7962