EMMA: A software package for markov model building and analysis

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 7, 2012, Pages 2223-2238

  Senne, Martin ^a   Trendelkamp Schroer, Benjamin ^a   Mey, Antonia S J S ^a   Schütte, Christof ^a   Noé, Frank ^a  

^a FREIE UNIVERSITÄT BERLIN   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84863672816     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300274u     Document Type: Article

References (96)

1. Hummer, G.; Rasaiah, J. C.; Noworyta, J. P. Nature 2001, 414, 188-190
2. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Chem. Phys. 2004, 307, 251-258
3. Dill, K. A.; Chan, H. S. Nat. Struct. Mol. Biol. 1997, 4, 10-19
4. Wolynes, P. G.; Onuchic, J. N.; Thirumalai, D. Science 1995, 267, 1619-6616
5. Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Boxer, G.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124101
6. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19011-19016
7. Kremer, K.; Grest, G. S. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5057-5086
8. Held, M.; Metzner, P.; Noé, F. Biophys. J. 2011, 100, 701-710
9. Buch, I.; Giorgino, T.; De Fabritiis, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 10184-10189
10. Spaar, A.; Dammer, C.; Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C.; Helms, V. Biophys. J. 2006, 90, 1913-1924
11. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1139-1155
12. Fischer, S.; Windshuegel, B.; Horak, D.; Holmes, K. C.; Smith, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6873-6878
13. Noé, F.; Krachtus, D.; Smith, J. C.; Fischer, S. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 840-857
14. Pan, A. C.; Roux, B. J. Chem. Phys. 2008, 129, 064107
15. Krivov, S. V.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 14766-14770
16. Noé, F.; Fischer, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 154-162
17. Muff, S.; Caflisch, A. Proteins 2007, 70, 1185-1195
18. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
19. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
20. Mei, C.; Sun, Y.; Zheng, G.; Bohm, E. J.; Kale, L. V.; Phillips, J. C.; Harrison, C. Proceedings of 2011 International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis; SC 11; ACM: New York, 2011; pp 61:1-61:11
21. Stone, J. E.; Phillips, J. C.; Freddolino, P. L.; Hardy, D. J.; Trabuco, L. G.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2618-2640
22. van Meel, J. A.; Arnold, A.; Frenkel, D.; Portegies; Belleman, R. G. Mol. Simul. 2008, 34, 259-266
23. Eastman, P.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1268-1272
24. Harvey, M. J.; De Fabritiis, G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2371-2377
25. Shirts, M. R.; Pande, V. S. Science 2000, 290, 1903-1904
26. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341-346
27. Pronk, S.; Larsson, P.; Pouya, I.; Bowman, G. R.; Haque, I. S.; Beauchamp, K.; Hess, B.; Pande, V. S.; Kasson, P. M.; Lindahl, E. Proceedings of 2011 International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis; SC 11; ACM: New York, 2011; pp 60:1-60:10
28. Wales, D. J. Energy Landscapes; Cambridge University Press: Cambridge, U. K., 2003
29. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L. Biochemistry 1993, 32, 412-420
30. Hubner, I. A.; Deeds, E. J.; Shakhnovich, E. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 17747-17752
31. Weber, M. Improved Perron Cluster Analysis; ZIB Report 2003/4, ZIB: Berlin, Germany, 2003
32. Buchete, N. V.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6057-6069
33. Rao, F.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2004, 342, 299-306
34. de Groot, B.; Daura, X.; Mark, A.; Grubmüller, H. J. Mol. Biol. 2001, 301, 299-313
35. Schultheis, V.; Hirschberger, T.; Carstens, H.; Tavan, P. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 515-526
36. Prinz, J.-H.; Wu, H.; Sarich, M.; Keller, B.; Fischbach, M.; Held, M.; Chodera, J. D.; Schütte, C.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2011, 134, 174105
37. Noé, F.; Horenko, I.; Schütte, C.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155102
38. Schütte, C.; Fischer, A.; Huisinga, W.; Deuflhard, P. J. Comput. Phys. 1999, 151, 146-168
39. Noé, F.; Doose, S.; Daidone, I.; Löllmann, M.; ChoderaJ, J. D.; Sauer, M.; Smith, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011, 108, 4822-4827
40. Voelz, V. A.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1526-1528
41. Noé, F.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 19011-19016
42. Sezer, D.; Freed, J. H.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11014-11027
43. Bowman, G. R.; Voelz, V. A.; Pande, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 664-667
44. Zhuang, W.; Cui, R. Z.; Silva, D.-A.; Huang, X. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 5415-5424
45. Beauchamp, K.; Bowman, G.; Lane, T.; Maibaum, L.; Haque, I.; Pande, V. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3412
46. Theobald, D. L. Acta Crystallogr. 2005, A61, 478-480
47. Chodera, J. D.; Singhal, N.; Pande, V. S.; Dill, K. A.; Swope, W. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155101
48. Altis, A.; Nguyen, P. H.; Hegger, R.; Stock, G. J. Chem. Phys. 2007, 126, 244111
49. Dasgupta, S.; Long, P. J. Comput. Syst. Sci. 2005, 70, 555-569
50. Tarjan, R. E. SIAM J. Comput. 1972, 1, 146-160
51. Sarich, M.; Noé, F.; Schütte, C. SIAM Multiscale Model. Simul. 2010, 8, 1154-1177
52. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F.; Pitman, M.; Eleftheriou, M.; Fitch, B. G.; Germain, R. S.; Rayshubskiy, A.; Ward, T. C.; Zhestkov, Y. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6582-6594
53. Noé, F. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244103
54. Prinz, J.-H.; Held, M.; Smith, J. C.; Noé, F. Multiscale Model. Simul. 2011, 9, 545
55. Huang, D.; Caflisch, A. PLoS Comput Biol 2011, 7, e1002002
56. Bowman, G. R.; Ensign, D. L.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 787-794
57. Röblitz, S.; Weber, M. J. Chem. Phys. 2007, 126, 024103
58. Deuflhard, P.; Weber, M. ZIB Report 2003, 03-09
59. Park, S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2006, 124, 054118
60. Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Suits, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6571-6581
61. Buchete, N.-V.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6057-6069
62. Singhal, N.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 123, 204909
63. Hinrichs, N. S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2007, 126, 244101
64. Noé, F. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244103
65. Chodera, J. D.; Noé, F. J. Chem. Phys. 2010, 133, 105102
66. Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Boxer, G.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124101
67. Jäger, M.; Nguyen, H.; Crane, J. C.; Kelly, J. W.; Gruebele, M. J. Mol. Biol. 2001, 311, 373-393
68. Keller, B.; Prinz, J.-H.; Noé, F. Chem. Phys. 2012, 396, 92-107
69. Vanden-Eijnden, E. In Computer Simulations in Condensed Matter: From Materials to Chemical Biology, 1st ed.; Ferrario, M.; Binder, K.; Ciccotti, G., Eds.; Springer: Berlin/Heidelberg, 2006; Vol. 1 (Lecture Notes in Physics), pp 453-493
70. Metzner, P.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2006, 125, 084110
71. Metzner, P.; Schütte, C.; Vanden-Eijnden, E. Multiscale Model. Simul. 2009, 7, 1192-1219
72. E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2005, 413, 242-247
73. Dellago, C.; Bolhuis, P. G.; Geissler, P. L. Adv. Chem. Phys. 2002, 123, 1
74. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291
75. Maragliano, L.; Fischer, A.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 24106
76. Best, R. B.; Hummer, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6732-6737
77. Du, R.; Pande, V. S.; Grosberg, A. Y.; Tanaka, T.; Shakhnovich, E. I. J. Chem. Phys. 1998, 108, 334
78. Hummer, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 516-523
79. Ma, A.; Dinner, A. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6769-6779
80. Pande, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 68-79
81. Berezhkovskii, A.; Hummer, G.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 2009, 130
82. Jäger, M.; Zhang, Y.; Bieschke, J.; Nguyen, H.; Dendle, M.; Bowman, M. E.; Noel, J. P.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 10648-10653
83. Sadqi, M.; Lapidus, L. J.; Munoz, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 12117-12122
84. Dumont, C.; Emilsson, T.; Gruebele, M. Nat. Methods 2009, 6, 515-519
85. Chan, C.-K.; Hu, Y.; Takahashi, S.; Rousseau, D. L.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997, 94, 1779-1784
86. Volkmer, A. Biophys. J. 2000, 78, 1589-1598
87. Schlichting, I.; Almo, S. C.; Rapp, G.; Wilson, K.; Petratos, K.; Lentfer, A.; Wittinghofer, A.; Kabsch, W.; Pai, E. F.; Petsko, G. A.; Goody, R. S. Nature 1990, 345, 309-315
88. Buck, J.; Fürtig, B.; Noeske, J.; Wöhnert, J.; Schwalbe, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 15699-15704
89. Doster, W.; Cusack, S.; Petry, W. Nature 1989, 337, 754-756
90. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 7220-7225
91. Neuweiler, H.; Löllmann, M.; Doose, S.; Sauer, M. J. Mol. Biol. 2007, 365, 856-869
92. Michalet, X.; Weiss, S.; Jäger, M. Chem. Rev. 2006, 106, 1785-1813
93. Tinnefeld, P.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2642-2671
94. Hudgins, R. R.; Huang, F.; Gramlich, G.; Nau, W. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 556-564
95. Kim, H. D.; Nienhaus, G. U.; Ha, T.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 4284-4289
96. Nettels, D.; Hoffmann, A.; Schuler, B. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6137-6146