Nuclear inelastic scattering and Mössbauer spectroscopy as local probes for ligand binding modes and electronic properties in proteins: Vibrational behavior of a ferriheme center inside a β-barrel protein

Journal of the American Chemical Society

Volumn 134, Issue 9, 2012, Pages 4216-4228

  Moeser, Beate ^a   Janoschka, Adam ^a   Wolny, Juliusz A ^a   Paulsen, Hauke ^b   Filippov, Igor ^c   Berry, Robert E ^c   Zhang, Hongjun ^c   Chumakov, Aleksandr I ^d   Walker, F Ann ^c   Schünemann, Volker ^a  

^a Rheinland Pfälzische Technische Universität Kaiserslautern Landau   (Germany)

^b UNIVERSITY OF LÜBECK   (Germany)

^c University of Arizona   (United States)

^d EUROPEAN SYNCHROTRON RADIATION FACILITY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DENSITY FUNCTIONAL THEORIES (DFT); ELECTRONIC GROUND STATE; HEME IRON; LIGAND BINDING; LIGAND BINDING MODE; LOCAL PROBES; MOLECULAR MECHANICS METHOD; N-O COMPLEXES; NITROPHORIN; PH DEPENDENCE; PROTEIN MATRIX; PROTONATION STATE; QM/MM CALCULATIONS; QUANTUM MECHANICAL; SALIVARY GLANDS; SSBAUER SPECTROSCOPIES; STRUCTURE OPTIMIZATION; TRANSPORT PROTEINS; VIBRATIONAL BEHAVIOR; VIBRATIONAL SIGNATURE;

BINDING ENERGY; CYANIDES; ELECTRONIC PROPERTIES; GROUND STATE; INELASTIC SCATTERING; LIGANDS; MATRIX ALGEBRA; MOLYBDENUM COMPOUNDS; PORPHYRINS; QUANTUM THEORY; STRUCTURAL OPTIMIZATION;

PROTEINS;

CARRIER PROTEIN; CYANIDE; HEMATIN; HEME; HISTAMINE; NITRIC OXIDE; NITROPHORIN 2; UNCLASSIFIED DRUG;

ANALYTIC METHOD; ANIMAL EXPERIMENT; ARTICLE; BETA SHEET; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRICITY; LIGAND BINDING; MAGNETIC FIELD; MOLECULAR MECHANICS; MOSSBAUER SPECTROSCOPY; NONHUMAN; NUCLEAR INELASTIC SCATTERING; PH; PROTEIN BINDING; PROTEIN INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE; QUANTUM MECHANICS; RHODNIUS; SALIVARY GLAND; VIBRATION;

ANIMALS; BINDING SITES; CYANIDES; ELECTRONS; HEMEPROTEINS; HISTAMINE; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; NITRIC OXIDE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; QUANTUM THEORY; RHODNIUS; SALIVARY PROTEINS AND PEPTIDES; SPECTROSCOPY, MOSSBAUER; VIBRATION;

EID: 84863246378     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja210067t     Document Type: Article

References (146)

1. Moncada, S.; Palmer, R. M. J.; Higgs, E. A. Pharmacol. Rev. 1991, 43, 109-142.
2. Snyder, S. H. Science 1992, 257, 494-496.
3. Stamler, J. S.; Singel, D. J.; Loscalzo, J. Science 1992, 258, 1898-1902.
4. Lancaster, J. R. Jr. Am. Sci. 1992, 80, 248-259.
5. Butler, A. R.; Williams, D. L. H. Chem. Soc. Rev. 1993, 233-241.
6. Feldman, P. L.; Griffith, O. W.; Stuehr, D. J. Chem. Eng. News 1993, 71 (#51), 26-38.
7. Lancaster, J. R., Jr. In Encyclopedia of Inorganic Chemistry; King, R. B., Ed.; John Wiley & Sons, Ltd.: Chichester, 1994.
8. Walker, F. A. J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 216-236.
9. Walker, F. A. In The Smallest Biomolecules: Diatomics and Their Interactions with Heme Proteins; Ghosh, A., Ed.; Elsevier B. V: London, 2008; pp 378-428.
10. Drapier, J.-C.; Pellat, C.; Henry, Y. J. Biol. Chem. 1991, 266, 10162-10167.
11. Stadler, J.; Bergonia, H. A.; Di Silvio, M.; Sweetland, M. A.; Billiar, T. R.; Simmons, R. L.; Lancaster, J. R. Arch. Biochem. Biophys. 1993, 302, 4-11.
12. Terenzi, F.; Diaz-Guerra, M. J. M.; Casado, M.; Hortelano, S.; Leoni, S.; Boscá, L. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6017-6021.
13. Ribeiro, J. M. C.; Gonzales, R.; Marinotti, O. Br. J. Pharmacol. 1990, 101, 932-936.
14. Ribeiro, J. M. C.; Hazzard, J. M. H.; Nussenzveig, R. H.; Champagne, D. E.; Walker, F. A. Science 1993, 260, 539-541.
15. Moncada, S.; Martin, J. F. Lancet 1993, 341, 1511.
16. Champagne, D. E.; Nussenzveig, R.; Ribeiro, J. M. C. J. Biol. Chem. 1995, 270, 8691-8695.
17. Berry, R. E.; Ding, X. D.; Shokhireva, T. K.; Weichsel, A.; Montfort, W. R.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2004, 9, 135-144.
18. Andersen, J. F.; Weichsel, A.; Balfour, C.; Champagne, D. E.; Montfort, W. R. Structure 1998, 6, 1315-1327.
19. Champagne, D. E.; Ribeiro, J. M. C. 1996, http://www.ncbi. nlm.nih.gov/nucleotide/. Search Rhodnius prolixus nitrophorin. Fifteen entries are given, including Accession numbers U70582.1 (NP2), U70583.1 (NP3), U70584.1 (NP4), and additional partial sequences, plus the sequences of NP1 and NP7.
20. Andersen, J. F.; Ding, X. D.; Balfour, C.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2000, 39, 10118-10131.
21. Walker, F. A.; Montfort, W. R. In Advances in Inorganic Chemistry; Mauk, A. G.; Sykes, A. G., Eds.; Academic Press: San Diego, CA, 2001; Vol. 51, Ch. 5, pp 295-358.
22. Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 304-309.
23. Ding, X. D.; Weichsel, A.; Balfour, C.; Shokhireva, T. K.; Pierik, A.; Averill, B. A.; Montfort, W. R.; Walker, F. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 128-138.
24. Andersen, J. F.; Montfort, W. R. J. Biol. Chem. 2000, 275, 30496-30503.
25. Weichsel, A.; Berry, R. E.; Zhang, H.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. (1999-2002) PDB files available (http://www.rcsb.org/):1PEE, 1PM1, 1T68, 2A3F, 2ACP, 2AH7, 2AL0, 2ALL, 2AMM, 2ASN, 2EU7, 2HYS, 2GTF.
26. Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Roberts, S. A.; Montfort, W. R. Nat. Struc. Biol. 2000, 7, 551-554.
27. Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Qiu, Y.; Shelnutt, J. A.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2001, 40, 11327-11337.
28. Maes, E. M.; Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Shepley, D.; Montfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 6679-6690.
29. Maes, E. M.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2005, 44, 12690-12699.
30. He, C.; Neya, S.; Knipp, M. Biochemistry 2011, 50, 8559-8575.
31. Flower, D. R. Biochem. J. 1996, 318, 1-14.
32. Flower, D. R. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 44-56.
33. Marie, A. D.; Veggerby, C.; Robertson, D. H. L.; Gaskell, S. J.; Hubbard, S. J.; Martinsen, L.; Hurst, J. L.; Beynon, R. J. Protein Science 2001, 10, 411-417.
34. Spinelli, S.; Vincent, F.; Pelosi, P.; Tegoni, M.; Cambillau, C. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 2449-2456.
35. Lazar, J.; Greenwood, D. R.; Rasmussen, L. E. L.; Prestwich, G. D. Biochemistry 2002, 41, 11786-11794.
36. Newcomer, M. E.; Jones, T. A.; Aqvist, J.; Sundelin, J.; Eriksson, U.; Rask, L.; Peterson, P. A. EMBO J. 1984, 3, 1451-1454.
37. Newcomer, M. E.; Ong, D. E. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 57-64.
38. Nagata, A.; Suzuki, Y.; Igarashi, M.; Eguchi, N.; Ton, H.; Urade, Y.; Hayashi, O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 4020-4024.
39. Newcomer, M. E. Structure 1993, 1, 7-18.
40. Riley, C. T.; Barbeau, B. K.; Keim., P. S.; Kezdy, F. J.; Heinrikson, R. L.; Law, J. H. J. Biol. Chem. 1984, 259, 13159-13165.
41. Holden, H. M.; Rypniewski, W. R.; Law, J. H.; Rayment, I. EMBO J. 1987, 6, 1565-1570.
42. Huber, R.; Schneider, M.; Epp, O.; Mayr, I.; Messerschmidt, A.; Pflugrath, J.; Kayser, H. J. Mol. Biol. 1987, 195, 423-434.
43. Huber, R.; Schneider, M.; Mayr, I.; Muller, R.; Deutzmann, R.; Suter, F.; Zuber, H.; Falk, H.; Kayser, H. J. Mol. Biol. 1987, 198, 499-513.
44. Valenzuela, J. G.; Walker, F. A.; Ribeiro, J. M. C. J. Exp. Med. 1995, 198, 1519-1526.
45. Berry, R. E.; Shokhirev, M. N.; Ho, A. Y. W.; Yang, F.; Shokhireva, T. K.; Zhang, H.; Weichsel, A.; Montfort, W. R.; Walker, F. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2313-2327.
46. Enemark, J. H.; Feltham, R. D. Coord. Chem. Rev. 1974, 13, 339-406.
47. Traylor, T. G.; Sharma, V. S. Biochemistry 1992, 31, 2847-2849.
48. Ribeiro, J. M. C.; Walker, F. A. J. Exp. Med. 1994, 180, 2251-2257.
49. Andersen, J. F.; Ding, X. D.; Balfour, C.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2000, 39, 10118-10131.
50. Neva, F. A. In: Cecil Textbook of Medicine, 18th ed.; Wyngaarden, J. B.; Smith, L. H., Eds.; Saunders, Hartcourt Brace Jovanovich, Inc.: Philadelphia, PA, 1988; Section 383, pp 1865-1869.
51. Kirchhoff, L. V. In: Harrison's Principles of Internal Medicine, 12th ed.; Wilson, J. D.; Braunwald, E.; Isselbacher, K. J.; Petersdorf, R. G.; Martin, J. B.; Fauci, A. S.; Root, R. K., Eds.; McGraw-Hill: New York, 1991; pp 791-793.
52. Kirchhoff, L. V. N. Engl. J. Med. 1993, 329, 639.
53. CDC Home page. http://www.cdc.gov/ncidod/dpd/parasites/ chagasdisease/default.htm.
54. Dawson, J. H.; Andersson, L. A.; Sono, M. J. Biol. Chem. 1983, 258, 13637-13645.
55. Sono, M.; Eble, K. S.; Dawson, J. H.; Hager, L. P. J. Biol. Chem. 1985, 260, 15530-15535.
56. Maxwell, J. C.; Caughey, W. S. Biochemistry 1976, 15, 388-396.
57. Yoshimura, T. Bull. Chem. Soc. Jpn. 1983, 56, 2527-2528.
58. Sampath, V.; Zhao, X.-J.; Caughey, W. S. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 198, 281-286.
59. Miller, L. M.; Pedraza, A. J.; Chance, M. R. Biochemistry 1997, 36, 12199-12207.
60. Wang, Y.; Averill, B. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3972-3973.
61. Chottard, G.; Mansuy, D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1977, 77, 1333-1338.
62. Tsubaki, M.; Yu, N.-T. Biochemistry 1982, 21, 1140-1144.
63. Walters, M.; Spiro, T. G. Biochemistry 1982, 21, 6989-6995.
64. Benko, B.; Yu, N.-T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 7042-7046.
65. Lipscomb, L. A.; Lee, B.-S.; Yu, N.-T. Inorg. Chem. 1993, 32, 281-286.
66. Hu, S.; Kincaid, J. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 113, 2843-2850.
67. Maes, E. M.; Walker, F. A.; Montfort, W. R.; Czernuszewicz, R. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11664-11672.
68. Lang, G.; Marshall, W. Proc. Phys. Soc. 1966, 87, 3-34.
69. Oosterhuis, W. T.; Lang, G. J. Chem. Phys. 1969, 50, 4381-4387.
70. Christner, J. A.; Münck, E.; Nanick, P. A.; Siegel, L. M. J. Biol. Chem. 1983, 258, 11147-11156.
71. Liu, M.-C.; Huynh, B.-H.; Payne, W. J.; Peck, H. D. Jr.; Dervartanian, D. V.; LeGall, J. Eur. J. Biochem. 1987, 169, 253-258.
72. Pfannes, H. D.; Bemski, G.; Wajnberg, E.; Rocha, H.; Bill, E.; Winkler, H.; Trautwein, A. X. Hyperfine Interact. 1994, 91, 797-803.
73. Schünemann, V.; Benda, R.; Trautwein, A. X.; Walker, F. A. Isr. J. Chem 2000, 40, 9-14.
74. Wegner, P.; Benda, R.; Schünemann, V.; Trautwein, A. X.; Berry, R. E.; Balfour, C. A.; Wert, D.; Walker, F. A. Hyperfine Interact. C 2002, 5, 253-256.
75. Schmidt, M.; Achterhold, K.; Prusakov, V.; Parak, F. G. Eur. Biophys. J. 2009, 38, 687-700.
76. Hori, H.; Ikeda-Saito, M.; Lang, G.; Yonetani, T. J. Biol. Chem. 1990, 265, 15028-15033.
77. Kon, H. J. Biol. Chem. 1968, 243, 4350-4357.
78. Henry, Y.; Banerjee, R. J. Mol. Biol. 1973, 73, 469-482.
79. LoBrutto, R.; Wei, Y.-H.; Mascarenhas, R.; Scholes, C. P.; King, T. E. J. Biol. Chem. 1983, 258, 7437-7448.
80. Ebel, R. E.; O'Keeffe, D. H.; Peterson, J. A. FEBS Lett. 1975, 55, 198-201.
81. Henry, Y.; Lepoivre, M.; Drapier, J.-C.; Ducrocq, C.; Boucher, J.-L.; Guissani, A. FASEB J. 1993, 7, 1124-1134.
82. Wayland, B. B.; Olson, L. W. J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 6037-6041.
83. Rein, H.; Ristau, O.; Scheler, W. FEBS Lett. 1972, 24, 24-26.
84. Szabo, A.; Perutz, M. F. Biochemistry 1976, 15, 4427-4428.
85. Nagai, K.; Hori, H.; Morimoto, H.; Hayashi, A.; Taketa, F. Biochemistry 1979, 18, 1304-1308.
86. Magliozzo, R. S.; McCracken, J.; Peisach, J. Biochemistry 1987, 26, 7923-7931.
87. Yoshimura, T. J. Inorg. Biochem. 1983, 18, 263-277.
88. Brunori, M.; Falcioni, G.; Rotilio, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 2470-2472.
89. Karthein, R.; Nastainczyk, W.; Ruf, H. H. Eur. J. Biochem. 1987, 166, 173-180.
90. Stevens, T. H.; Chan, S. I. J. Biol. Chem. 1981, 256, 1069-1071.
91. Henry, Y.; Ishimura, Y.; Peisach, J. J. Biol. Chem. 1976, 251, 1578-1581.
92. Seto, M.; Yoda, Y.; Kikuta, S.; Zhang, X. W.; Ando, M. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 3828-3831.
93. Sturhahn, W.; Toellner, T. S.; Alp, E. E.; Zhang, S.; Ando, M.; Yoda, Y.; Kikuta, S.; Seto, M.; Kimball, C. W.; Dabrowski, B. Phys. Rev. Lett. 1995, 74, 3832-3835.
94. Achterhold, K.; Keppler, C.; van Bürck, U.; Potzel, W.; Schindelmann, P.; Knapp, E.-W.; Melchers, B.; Chumakov, A. I.; Baron, A. Q. R.; Rüffer, R.; Parak, F. Eur. Biophys. J. 1996, 25, 43-46.
95. Keppler, C.; Achterhold, K.; Ostermann, A.; van Bürck, U.; Potzel, W.; Chumakov, A. I.; Baron, A. Q. R.; Rüffer, R.; Parak, F. Eur. Biophys. J. 1997, 25, 221-224.
96. Achterhold, K.; Parak, F. G. J. Phys: Condens. Matter 2003, 15, S1683.
97. Sage, J. T.; Paxson, C.; Wyllie, G. R. A.; Sturhahn, W.; Durbin, S. M.; Champion, P. M.; Alp, E. E.; Scheidt, W. R. J. Phys.: Condens. Matter 2001, 13, 7707-7722.
98. Silvernail, N. J.; Barabanschikov, A.; Pavlik, J. W.; Noll, B. C.; Zhao, J.; Alp, E. E.; Sturhahn, W.; Sage, J. T.; Scheidt, W. R. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 2200-2201.
99. Paulat, F.; Berto, T. C.; DeBeer George, S.; Goodrich, L.; Praneeth, V. K. K.; Sulok, C. D.; Lehnert, N. Inorg. Chem. 2008, 47, 11449-11451.
100. Praneeth, V. K. K.; Paulat, F.; Berto, T. C.; DeBeer George, S.; Näher, C.; Sulok, C. D.; Lehnert, N. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 15288-15303.
101. Lehnert, N.; Sage, J. T.; Silvernail, N.; Scheidt, W. R.; Alp, E. E.; Sturhahn, W.; Zhao, J. Inorg. Chem. 2010, 49, 7197-7215.
102. Leu, B. M.; Zgierski, M. Z.; Wyllie, G. R. A.; Scheidt, W. R.; Sturhahn, W.; Alp, E. E.; Durbin, S. M.; Sage, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4211-4227.
103. Sage, J. T.; Durbin, S. M.; Sturhahn, W.; Wharton, D. C.; Champion, P. M.; Hession, P.; Sutter, J.; Alp, E. E. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4966-4969.
104. Zeng, W.; Silvernail, N. J.; Wharton, D. C.; Georgiev, G. Y.; Leu, B. M.; Scheidt, W. R.; Zhao, J.; Sturhahn, W.; Alp, E. E.; Sage, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 11200-11201.
105. Zeng, W.; Barabanschikov, A.; Zhang, Y.; Zhao, J.; Sturhahn, W.; Alp, E. E.; Sage, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 1816-1817.
106. Leu, B. M.; Zhang, Y.; Bu, L.; Straub, J. E.; Zhao, J.; Sturhahn, W.; Alp, E. E.; Sage, J. T. Biophys. J. 2008, 95, 5874-5889.
107. Maylis Orio, M; Pantazis, D. A.; Neese, F. Photosynth. Res. 2009, 102, 443-453.
108. Siegbahn, P. E. M.; Himo, F. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 643-651.
109. Senn, H. M.; Thiel, W. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 1198-1229.
110. Weichsel, A.; Maes, E. M.; Andersen, J. F.; Valenzuela, J. G.; Shokhireva, T. Kh.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 594-599.
111. Neidhardt, F. C.; Bloch, P. L.; Smith, D. F. J. Bacteriol. 1974, 119, 736-747.
112. Teale, F. W. Biochim. Biophys. Acta 1959, 35, 543.
113. Shokhireva, T. K.; Berry, R. E.; Uno, E.; Balfour, C. A.; Zhang, H.; Walker, F. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3778-3783.
114. Berry, R. E.; Shokhireva, T. K.; Filippov, I.; Shokhirev, M. N.; Zhang, H.; Walker, F. A. Biochemistry 2007, 46, 6830-6843.
115. Andersen, J. F.; Champagne, D. E.; Weichsel, A.; Ribeiro, J. M. C.; Balfour, C. A.; Dress, V.; Montfort, W. R. Biochemistry 1997, 36, 4423-4428.
116. Keefer, L. K.; Nims, R. W.; Davies, K. M.; Wink, D. A. Methods Enzymol. 1996, 268, 281-293.
117. Rüffer, R.; Chumakov, A. I. Hyperfine Interact. 1996, 97/98, 589-604.
118. Trautwein, A. X.; Bill, E.; Bominaar, E. L.; Winkler, H. Struct. Bonding (Berlin, Ger.) 1991, 78, 1-95.
119. Walker, F. A. Coord. Chem. Rev. 1999, 185-186, 471-534.
120. Walker, F. A. Chem. Rev. 2004, 104, 589-615.
121. Taylor, C. P. S Biochim. Biophys. Acta 1977, 491, 137-149.
122. Frisch, M. J.; et al. Gaussian 03, Revision E.01. Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
123. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
124. Stevens, W. J.; Basch, H.; Krauss, M. J. Chem. Phys. 1984, 81, 6026-6033.
125. Stevens, W. J.; Krauss, M.; Basch, H.; Jasien, P. G. Can. J. Chem. 1992, 70, 612-30.
126. Cundari, T. R.; Stevens, W. J. J. Chem. Phy. 1993, 98, 5555-5565.
127. Dapprich, S.; Komáromi, I.; Byun, S.; Morokuma, K.; Frisch, M. J. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1999, 461-462, 1-21.
128. Rappe, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024-10035.
129. Pavlik, J. W.; Barabanschikov, A.; Oliver, A. G.; Alp, E. E.; Sturhahn, W.; Zhao, J.; Sage, J. T.; Scheidt, W. R. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 4400-4404.
130. Cai, S.; Lichtenberger, D. L.; Walker, F. A. Inorg. Chem. 2005, 44, 1890-1903.
131. La Mar, G. N.; Satterlee, J. D.; de Ropp, J. S. In The Porphyrin Handbook; Kadish, K. M.; Smith, K. M.; Guilard, R., Eds.; Academic Press: New York, 2000; Chapter 37.
132. Shokhireva, T. K.; Shokhirev, N. V.; Berry, R. E.; Zhang, H.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2008, 13, 941-959.
133. Yang, F.; Knipp, M.; Berry, R. E.; Shokhireva, T. K.; Zhang, H.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2009, 14, 1077-1095.
134. Shokhireva, T. K.; Weichsel, A.; Smith, K. M.; Berry, R. E.; Shokhirev, N. V.; Balfour, C.; Zhang, H.; Montfort, W. R.; Walker, F. A. Inorg. Chem. 2007, 46, 2041-2056.
135. Kohn, V. G.; Chumakov, A. I. Hyperfine Interact. 2000, 125, 205-221.
136. Shvyd'ko, Y. V. Hyperfine Interact. 2000, 125, 173-188.
137. Thomson, A. J.; Gadsby, P. M. A. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 1990, 1921-1928.
138. Oosterhuis, W. T.; Lang, G. Phys. Rev. 1969, 178, 439-456.
139. Griffith, J. S. Mol. Phys. 1971, 21, 135-139.
140. Benda, R.; Schünemann, V.; Trautwein, A. X.; Cai, S.; Polam, J. R.; Watson, C. T.; Shokhireva, T. K.; Walker, F. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 787-801.
141. Astashkin, A. V.; Raitsimring, A. M.; Walker, F. A. Chem. Phys. Lett. 1999, 306, 9-17.
142. Jentzen, W.; Song, X.; Shelnutt, J. A. J. Phys. Chem. B. 1997, 101, 1684-1699.
143. Normal-Coordinate Structural Decomposition Engine. (Web version 3.0) by Lisong Sun and John A. Shelnutt. http://jasheln.unm. edu/jasheln/content/nsd/ NSDengine/start.htm (2010-03-30).
144. Liptak, M. D.; Wen, X.; Bren, K. L. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9753-9763.
145. Shokhireva, T. K.; Berry, R. E.; Zhang, H.; Shokhirev, N. V.; Walker, F. A. J. Inorg. Biochem. 2011, 105, 1238-1257.
146. Swails, J. M.; Meng, Y.; Walker, F. A.; Marti, M. A.; Estrin, D. A.; Roitberg, A. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1192-1201.