An orthogonal comparison of the proteome of human embryonic stem cells with that of human induced pluripotent stem cells of different genetic background

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 6, 2012, Pages 1833-1840

  Faradonbeh, Mojtaba Zamani ^a,b   Gharechahi, Javad ^a   Mollamohammadi, Sepideh ^a   Pakzad, Mohammad ^a   Taei, Adeleh ^a   Rassouli, Hassan ^a   Baharvand, Hossein ^a,c   Salekdeh, Ghasem Hosseini ^a,b  

^a ROYAN INSTITUTE FOR REPRODUCTIVE BIOMEDICINE   (Iran)

^b Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran   (Iran)

^c UNIVERSITY OF SCIENCE AND CULTURE   (Iran)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOME;

ARTICLE; BLOOD GROUP ABO SYSTEM; CELL CULTURE; CELL LINE; CHEMISTRY; CLASSIFICATION; CLUSTER ANALYSIS; COMPARATIVE STUDY; DOWN REGULATION; EMBRYONIC STEM CELL; GENETICS; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; PHENOTYPE; PLURIPOTENT STEM CELL; PROTEOMICS; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS; TYROSINEMIA;

ABO BLOOD-GROUP SYSTEM; CELL LINE; CELLS, CULTURED; CLUSTER ANALYSIS; DOWN-REGULATION; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; EMBRYONIC STEM CELLS; HUMANS; INDUCED PLURIPOTENT STEM CELLS; MASS SPECTROMETRY; PHENOTYPE; PROTEOME; PROTEOMICS; TYROSINEMIAS;

EID: 84861141347     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25018g     Document Type: Article

References (51)

1. K. Takahashi S. Yamanaka Cell (Cambridge, Mass.) 2006 126 663 676
2. A. Meissner M. Wernig R. Jaenisch Nat. Biotechnol. 2007 25 1177 1181
3. M. Wernig A. Meissner R. Foreman T. Brambrink M. Ku K. Hochedlinger B. E. Bernstein R. Jaenisch Nature 2007 448 318 324
4. K. Okita T. Ichisaka S. Yamanaka Nature 2007 448 313 317
5. I. H. Park R. Zhao J. A. West A. Yabuuchi H. Huo T. A. Ince P. H. Lerou M. W. Lensch G. Q. Daley Nature 2008 451 141 146
6. K. Takahashi K. Tanabe M. Ohnuki M. Narita T. Ichisaka K. Tomoda S. Yamanaka Cell (Cambridge, Mass.) 2007 131 861 872
7. J. Yu M. A. Vodyanik K. Smuga-Otto J. Antosiewicz-Bourget J. L. Frane S. Tian J. Nie G. A. Jonsdottir V. Ruotti R. Stewart I. I. Slukvin J. A. Thomson Science 2007 318 1917 1920
8. M. H. Chin M. J. Mason W. Xie S. Volinia M. Singer C. Peterson G. Ambartsumyan O. Aimiuwu L. Richter J. Zhang I. Khvorostov V. Ott M. Grunstein N. Lavon N. Benvenisty C. M. Croce A. T. Clark T. Baxter A. D. Pyle M. A. Teitell M. Pelegrini K. Plath W. E. Lowry Cell Stem Cell 2009 5 111 123
9. F. Soldner D. Hockemeyer C. Beard Q. Gao G. W. Bell E. G. Cook G. Hargus A. Blak O. Cooper M. Mitalipova O. Isacson R. Jaenisch Cell (Cambridge, Mass.) 2009 136 964 977
10. H. Baharvand A. Fathi D. van Hoof G. H. Salekdeh Stem Cells 2007 25 1888 1903
11. S. Reiland G. H. Salekdeh J. Krijgsveld Expert Rev. Proteomics 2011 8 29 42
12. S. Y. Kim M. J. Kim H. Jung W. K. Kim S. O. Kwon M. J. Son I. S. Jang J. S. Choi S. G. Park B. C. Park Stem Cells Dev. 2011 20 243 250
13. H. Baharvand S. K. Ashtiani A. Taee M. Massumi M. R. Valojerdi P. E. Yazdi S. Z. Moradi A. Farrokhi Dev., Growth Differ. 2006 48 117 128
14. M. Totonchi A. Taei A. Seifinejad M. Tabebordbar H. Rassouli A. Farrokhi H. Gourabi N. Aghdami G. Hosseini-Salekdeh H. Baharvand Int. J. Dev. Biol. 2010 54 877 886
15. A. Seifinejad A. Taei M. Totonchi H. Vazirinasab S. N. Hassani N. Aghdami E. Shahbazi R. S. Yazdi G. H. Salekdeh H. Baharvand Biochem. Biophys. Res. Commun. 2010 391 329 334
16. A. Ghodsizadeh A. Taei M. Totonchi A. Seifinejad H. Gourabi B. Pournasr N. Aghdami R. Malekzadeh N. Almadani G. H. Salekdeh H. Baharvand Stem Cell Rev. 2010 6 622 632
17. A. Fathi M. Pakzad A. Taei T. C. Brink L. Pirhaji G. Ruiz M. Sharif Tabe Bordbar H. Gourabi J. Adjaye H. Baharvand G. H. Salekdeh Proteomics 2009 9 4859 4870
18. H. Blum H. Beier H. J. Gross Electrophoresis 1987 8 93 99
19. V. Neuhoff N. Arnold D. Taube W. Ehrhardt Electrophoresis 1988 9 255 262
20. A. S. Fazeli D. Nasrabadi M. H. Sanati A. Pouya S. M. Ibrahim H. Baharvand G. H. Salekdeh Proteomics 2010 10 2822 2832
21. O. Adewumi B. Aflatoonian L. Ahrlund-Richter M. Amit P. W. Andrews G. Beighton P. A. Bello N. Benvenisty L. S. Berry S. Bevan B. Blum J. Brooking K. G. Chen A. B. Choo G. A. Churchill M. Corbel I. Damjanov J. S. Draper P. Dvorak K. Emanuelsson R. A. Fleck A. Ford K. Gertow M. Gertsenstein P. J. Gokhale R. S. Hamilton A. Hampl L. E. Healy O. Hovatta J. Hyllner M. P. Imreh J. Itskovitz-Eldor J. Jackson J. L. Johnson M. Jones K. Kee B. L. King B. B. Knowles M. Lako F. Lebrin B. S. Mallon D. Manning Y. Mayshar R. D. McKay A. E. Michalska M. Mikkola M. Mileikovsky S. L. Minger H. D. Moore C. L. Mummery A. Nagy N. Nakatsuji C. M. O'Brien S. K. Oh C. Olsson T. Otonkoski K. Y. Park R. Passier H. Patel M. Patel R. Pedersen M. F. Pera M. S. Piekarczyk R. A. Pera B. E. Reubinoff A. J. Robins J. Rossant P. Rugg-Gunn T. C. Schulz H. Semb E. S. Sherrer H. Siemen G. N. Stacey M. Stojkovic H. Suemori J. Szatkiewicz T. Turetsky T. Tuuri S. van den Brink K. Vintersten S. Vuoristo D. Ward T. A. Weaver L. A. Young W. Zhang Nat. Biotechnol. 2007 25 803 816
22. J. Munoz T. Y. Low Y. J. Kok A. Chin C. K. Frese V. Ding A. Choo A. J. R. Heck Mol. Syst. Biol. 2011 7 1 13
23. M. A. Leissring M. P. Murphy T. R. Mead Y. Akbari M. C. Sugarman M. Jannatipour B. Anliker U. Muller P. Saftig B. De Strooper M. S. Wolfe T. E. Golde F. M. LaFerla Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 4697 4702
24. G. W. Porter F. R. Khuri H. Fu Semin. Cancer Biol. 2006 16 193 202
25. J. Janne L. Alhonen P. Leinonen Ann. Med. 1991 23 241 259
26. V. P. Korhonen K. Niiranen M. Halmekyto M. Pietila P. Diegelman J. J. Parkkinen T. Eloranta C. W. Porter L. Alhonen J. Janne Mol. Pharmacol. 2001 59 231 238
27. C. S. Chen M. Mrksich S. Huang G. M. Whitesides D. E. Ingber Science 1997 276 1425
28. F. M. Watt P. W. Jordan C. H. O'Neill Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988 85 5576 5580
29. C. D. Roskelley P. Y. Desprez M. J. Bissell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 12378 12382
30. R. McBeath D. M. Pirone C. M. Nelson K. Bhadriraju C. S. Chen Dev. Cell 2004 6 483 495
31. S. Zhu M.-L. Si H. Wu Y.-Y. Mo J. Biol. Chem. 2007 282 14328 14336
32. A. E. Varga N. V. Stourman Q. Zheng A. F. Safina L. Quan X. Li K. Sossey-Alaoui A. V. Bakin Oncogene 2005 24 5043 5052
33. S. Bharadwaj G. L. Prasad Cancer Lett. (Shannon, Irel.) 2002 183 205 213
34. M. G. Guenther G. M. Frampton F. Soldner D. Hockemeyer M. Mitalipova R. Jaenisch R. A. Young Cell Stem Cell 2010 7 249 257
35. C. Bock E. Kiskinis G. Verstappen H. Gu G. Boulting Z. D. Smith M. Ziller G. F. Croft M. W. Amoroso D. H. Oakley A. Gnirke K. Eggan A. Meissner Cell (Cambridge, Mass.) 2011 144 439 452
36. C. Le Clainche M. F. Carlier Physiol. Rev. 2008 88 489 513
37. Z. Ghosh K. D. Wilson Y. Wu S. Hu T. Quertermous J. C. Wu PLoS One 2010 5 e8975
38. M. C. Marchetto G. W. Yeo O. Kainohana M. Marsala F. H. Gage A. R. Muotri PLoS One 2009 4 e7076
39. B. Schwanhausser D. Busse N. Li G. Dittmar J. Schuchhardt J. Wolf W. Chen M. Selbach Nature 2011 473 337 342
40. S. Karumbayaram B. G. Novitch M. Patterson J. A. Umbach L. Richter A. Lindgren A. E. Conway A. T. Clark S. A. Goldman K. Plath M. Wiedau-Pazos H. I. Kornblum W. E. Lowry Stem Cells 2009 27 806 811
41. K. D. Choi J. Yu K. Smuga-Otto G. Salvagiotto W. Rehrauer M. Vodyanik J. Thomson I. Slukvin Stem Cells 2009 27 559 567
42. K. Osafune L. Caron M. Borowiak R. J. Martinez C. S. Fitz-Gerald Y. Sato C. A. Cowan K. R. Chien D. A. Melton Nat. Biotechnol. 2008 26 313 315
43. Q. Feng S. J. Lu I. Klimanskaya I. Gomes D. Kim Y. Chung G. R. Honig K. S. Kim R. Lanza Stem Cells 2010 28 704 712
44. B. Y. Hu J. P. Weick J. Yu L. X. Ma X. Q. Zhang J. A. Thomson S. C. Zhang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 4335 4340
45. W. E. Lowry L. Richter R. Yachechko A. D. Pyle J. Tchieu R. Sridharan A. T. Clark K. Plath Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 2883 2888
46. D. P. Bartel Cell (Cambridge, Mass.) 2009 136 215 233
47. J. Liu Curr. Opin. Cell Biol. 2008 20 214 221
48. V. K. Gangaraju H. Lin Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2009 10 116 125
49. H. B. Houbaviy M. F. Murray P. A. Sharp Dev. Cell 2003 5 351 358
50. A. Marson S. S. Levine M. F. Cole G. M. Frampton T. Brambrink S. Johnstone M. G. Guenther W. K. Johnston M. Wernig J. Newman Cell (Cambridge, Mass.) 2008 134 521 533
51. K. D. Wilson S. Venkatasubrahmanyam F. Jia N. Sun A. J. Butte J. C. Wu Stem Cells Dev. 2009 18 749 757