Charybdotoxin and margatoxin acting on the human voltage-gated potassium channel h Kv1.3 and its H399N mutant: An experimental and computational comparison

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 17, 2012, Pages 5132-5140

  Nikouee, Azadeh ^a   Khabiri, Morteza ^b   Grissmer, Stephan ^a   Ettrich, Rüdiger ^b  

^a UNIVERSITY OF ULM   (Germany)

^b INSTITUTE OF MATHEMATICS   (Czech Republic)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; ELECTROPHYSIOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; POTASSIUM; RIGIDITY; TOXIC MATERIALS;

COMPUTATIONAL COMPARISONS; CURRENT DECAY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ON CURRENTS; PATCH CLAMP TECHNIQUE; POTASSIUM CHANNELS; SELECTIVITY FILTER; STRUCTURAL REARRANGEMENT; TOXIN-CHANNEL INTERACTIONS; VOLTAGE-GATED POTASSIUM CHANNELS; WHOLE CELL; WILD TYPES;

METABOLITES;

EID: 84860521762     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2102463     Document Type: Article

References (63)

1. Chandy, K. G. Nature 1991, 352, 26
2. Wulff, H.; Knaus, H. G.; Pennington, M.; Chandy, K. G. J. Immunol. 2004, 173, 776-786
3. Mackenzie, A. B.; Chirakkal, H.; North, R. A. Am. J. Physiol. Lung Cell Mol. Physiol. 2003, 285, 862-868
4. Vicente, R.; Escalada, A.; Coma, M.; Fuster, G.; Sanchez-Tillo, E.; Lopez- Iglesias, C.; Soler, C.; Solsona, C.; Celada, A.; Felipe, A. J. Biol. Chem. 2003, 278, 46307-46320
5. Schlichter, L. C.; Sakellaropoulos, G.; Ballyk, B.; Pennefather, P. S.; Phipps., D. J. Glia 1996, 17, 225-236
6. Khanna, R.; Roy, L.; Zhu, X.; Schlichter, L. C. Am. J. Physiol. Cell Physiol. 2001, 280, C796-806
7. Arkett, S. A.; Dixon, J.; Yang, J. N.; Sakai, D. D.; Minkin, C.; Sims, S. M. Recept. Channels 1994, 2, 281-293
8. Maruyama, Y. J. Physiol. 1987, 391, 467-485
9. Schmidt, K.; Eulitz, D.; Veh, R. W.; Kettenmann, H.; Kirchhoff., F. Brain Res. 1999, 843, 145-160
10. Fadool, D. A.; Levitan, I. B. J. Neurosci. 1998, 18, 6126-6137
11. Jiang, Y; Lee, A.; Chen, J.; Ruta, V. M.; Cadene, B.; Chait, T.; MacKinnon, R. Nature 2003, 423, 33-41
12. Doyle, D. A.; Morais Cabral, J.; Pfuetzner, R. A.; Kuo, A.; Gulbis, J. M.; Cohen, S. L.; Chait, B. T.; MacKinnon, R. Science 1998, 280, 69-77
13. MacKinnon, R. Nature 1991, 350, 232-235
14. Yellen, G. Nature 2002, 419, 35-42
15. Bezanilla, F. Physiol. Rev. 2000, 80, 555-592
16. Lee, S. Y.; Banerjee, A.; MacKinnon, R. PLoS. Biol. 2009, 7, 0676-0686
17. Hamill, O. P.; Marty, A.; Neher, E.; Sakmann, B.; Sigworth, F. J. Pflügers Archiv.î - ̧Eur. J. Physiol. 1981, 391, 85-100
18. Gutman, G. A.; Chandy, K. G.; Grissmer, S.; Lazdunski, M.; McKinnon, D.; Pardo, L. A.; Robertson, G. A.; Rudy, B.; Sanguinetti, M. C.; Stühmer, W.; Wang, X. Pharmacol. Rev. 2005, 57, 473-508
19. Liu, Y.; Jurman, M. E.; Yellen, G. Neuron 1996, 16, 859-867
20. Bernèche, S.; Roux, B. Structure 2005, 13, 591-600
21. Aiyar, J.; Withka, J. M.; Rizzi, J. P.; Singleton, D. H.; Andrews, G. C.; Lin, W.; Boyd, J.; Hanson, D. C.; Simon, M.; Dethlefs, B. Neuron 1995, 15, 1169-1181
22. MacKinnon, R.; Miller, C. J. Gen. Physiol. 1988, 91, 335-349
23. Cornet, B.; Bonmatin, J. M.; Hetru, C.; Hoffmann, J. A.; Ptak, M.; Vovelle, F. Structure 1995, 3, 435
24. Goldstein, S. A. N.; Pheasant, D. J.; Miller, C. Neuron 1994, 12, 1377-88
25. Yu, K.; Fu, W.; Liu, H.; Luo, X.; Chen, K. X.; Ding, J.; Shen, J.; Jiang, H. Biophys. J. 2004, 86, 3542-55
26. Park, C. S.; Miller, C. Biochemistry 1992b, 31, 7749-7755
27. Goldstein, S. A. N.; Miller, C. Biophys. J. 1993, 63, 1613-15
28. Stampe, P.; Kolmakova-Partensky, L.; Miller, C. Biophys. J. 1992, 62, 8-9
29. Stampe, P.; Kolmakova-Partensky, L.; Miller, C. Biochemistry 1994, 33, 443-50
30. Dauplais, M.; Lecoq, A.; Song, J.; Cotton, J.; Jamin, N.; Gilquin, B.; Roumestand, C.; Vita, C.; de Medeiros, C. L. J. Biol. Chem. 1997, 272, 4302-4309
31. Bednarek, M. A.; Bugianesi, R. M.; Leonard, R. J.; Felix, J. P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 198, 619-625
32. Hidalgo, P.; MacKinnon, R. Science 1995, 268, 307-310
33. Naranjo, D.; Miller, C. Neuron 1996, 16, 123-130
34. Schreiber, G.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1995, 248, 478-486
35. Stocker, M.; Miller, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 9509-9513
36. Khabiri, M.; Nikouee, A.; Cwiklik, L.; Grissmer, S.; Ettrich, R. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11490-11500
37. Jäger, H.; Rauer, H.; Nguyen, A. N.; Aiyar, J.; Chandy, K. G.; Grissmer, S. J. Physiol. 1998, 506, 291-301
38. Krieger, E.; Darden, T.; Nabuurs, S. B.; Finkelstein, A.; Vriend, G. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 57, 678-683
39. Kandt, C.; Ash, W. L.; Tieleman, D. P. Methods 2007, 41, 475-488
40. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662
41. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
42. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Modell. 2001, 7, 306-317
43. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
44. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
45. Marrink, S. J.; Berger, O.; Tieleman, D. P.; Jahnig, F. Biophys. J. 1998, 74, 931-943
46. Essmann, U.; Perera., L.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592
47. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
48. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
49. NosÌe, S.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1983, 50, 1055-1076
50. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys 1997, 23, 327-341
51. Capener, C. E.; Proks, P; Ashcroft, F. M.; Sansom, M. S. Biophys. J. 2003, 84, 2345-2356
52. Zhou, Y.; Morais-Cabral, J. H.; Kaufman, A.; MacKinnon, R. Nature 2001, 414, 43-48
53. Bernèche, S.; Roux, B. Biophys. J. 2000, 78, 2900-2917
54. Hellgren, M.; Sandberg, L.; Edholm, O. Biophys. Chem. 2006, 120, 1-9
55. Jensen, M. Ã.; Borhani, D. W.; Lindorff-Larsen, K.; Maragakis, P.; Jogini, V.; Eastwood, M. P.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2010, 107, 5833-5838
56. Cordero-Morales, J. F.; Jogini, V.; Chakrapani, S.; Perozo, E. Biophys. J. 2011, 100, 2387-2393
57. Cordero-Morales, J. F.; Jogini, V.; Lewis, A.; Vásquez, V.; Cortes, D. M.; Roux, B.; Perozo, E. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 1062-1069
58. Cuello, L. G.; Jogini, V.; Perozo, E. Nature 2010, 466, 203-208
59. Aiyar, J.; Rizzi, J. P.; Gutman, G. A.; Chandy, K. G. J. Biol. Chem. 1996, 271, 31013-31016
60. Perozo, E.; MacKinnon, R.; Bezanilla, F.; Stefani, E. Neuron 1993, 11, 353-358
61. Wang, Z.; Fedida, D. Biophys. J. 2001, 81, 2614-2627
62. Xu, Y.; Ramu, Y.; Lu, Z. Nature 2008, 451, 826-829
63. Tikhonov, D. B.; Zhorov, B. S. J. Biol. Chem. 2011, 4, 2998-3006