Suitability of the MARTINI force field for use with gas-phase protein complexes

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 4, 2012, Pages 1304-1313

  Fegan, Sarah K ^a   Thachuk, Mark ^a  

^a UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84859618006     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200739s     Document Type: Article

References (42)

1. Schwartz, B. L.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Hofstadler, S. A.; Rockwood, A. L.; Smith, R. D.; Chilkoti, A.; Stayton, P. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 459-465
2. Felitsyn, N.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. Anal. Chem. 2001, 73, 4647-4661
3. Versluis, C.; van der Staaij, A.; Stokvis, E.; Heck, A. J. R.; de Craene, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 329-336
4. Felitsyn, N.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 1432-1442
5. Benesch, J. L. P.; Sobott, F.; Robinson, C. V. Anal. Chem. 2003, 75, 2208-2214
6. Jurchen, J. C.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2817-2826
7. Sobott, F.; McCammon, M. G.; Robinson, C. V. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 230, 193-200
8. Jones, C. M.; Beardsley, R. L.; Galhena, A. S.; Dagan, S.; Cheng, G.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15044-15045
9. Sinelnikov, I.; Kitova, E. N.; Klassen, J. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 617-631
10. Wysocki, V. H.; Jones, C. M.; Galhena, A. S.; Blackwell, A. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008, 19, 903-913
11. Benesch, J. L. P.; Ruotolo, B. T.; Simmons, D. A.; Robinson, C. V. Chem. Rev. 2007, 107, 3544-3567
12. Sciuto, S. V.; Liu, J.; Konermann, L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2011, 22, 1679-1689
13. Csiszar, S.; Thachuk, M. Can. J. Chem. 2004, 82, 1736-1744
14. Wanasundara, S. N.; Thachuk, M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 2242-2253
15. Wanasundara, S. N.; Thachuk, M. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 3814-3821
16. Wanasundara, S. N.; Thachuk, M. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 11646-11653
17. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144-150
18. Yang, L.; Tan, C.-h.; Hsieh, M.-J.; Wang, J.; Duan, Y.; Cieplak, P.; Caldwell, J.; Kollman, P. A.; Luo, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13166-13176
19. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666
20. Go, N. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1983, 12, 183-210
21. Sulkowska, J. I.; Cieplak, M. Biophys. J. 2008, 95, 3174-3191
22. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
23. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S.-J. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819-834
24. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
25. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718
26. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
27. Baron, R.; de Vries, A. H.; Hunenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8464-8473
28. Baron, R.; de Vries, A. H.; Hunenberger, P. H.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15602-15614
29. Baron, R.; Trzesniak, D.; de Vries, A. H.; Elsener, A.; Marrink, S. J.; van Gunsteren, W. F. ChemPhysChem 2007, 8, 452-461
30. Yefimov, S.; van der Giessen, E.; Onck, P. R.; Marrink, S. J. Biophys. J. 2008, 94, 2994-3002
31. Euston, S. R. Biomacromolecules 2010, 11, 2781-2787
32. Sengupta, D.; Marrink, S. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 12987-12996
33. Schfer, L. V.; de Jong, D. H.; Holt, A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Poolman, B.; Killian, J. A.; Marrink, S. J. Proc. Nat. Acad. Sci. 2011, 108, 1343-1348
34. Singh, G.; Tieleman, D. P. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2316-2324
35. Milani, A.; Casalegno, M.; Castiglioni, C.; Raos, G. Macromol. Theory Simul. 2011, 20, 305-319
36. Ren, Z.; Meyer, T.; McRee, D. E. J. Mol. Biol. 1993, 234, 433-445
37. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
38. Periole, X.; Cavalli, M.; Marrink, S.-J.; Ceruso, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531-2543
39. Kräutler, V.; van Gunsteren, W. F.; Hünenberger, P. H. J. Comput. Chem. 2001, 22, 501-508
40. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. Chem. Phys. Lett. 1974, 28, 578-581
41. Hub, J. S.; de Groot, B. L.; van der Spoel, D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3713-3720
42. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System; DeLano Scientific LLC: San Carlos, CA, 2010. http://www.pymol.org (accessed Mar. 2012).