Force and stress along simulated dissociation pathways of cucurbituril-guest systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 3, 2012, Pages 966-976

  Velez Vega, Camilo ^a   Gilson, Michael K ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84858322633     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct2006902     Document Type: Article

References (53)

1. Freeman, W. A.; Mock, W. L.; Shih, N. Y. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 7367-7368
2. Hoffmann, R.; Knoche, W.; Fenn, C.; Buschmann, H. J. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1994, 90, 1507-1511
3. Liu, S.; Zavalij, P. Y.; Isaacs, L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16798-16799
4. Chen, Y.; Zhang, Y. M.; Liu, Y. Isr. J. Chem. 2011, 515-524
5. Montes-Navajas, P.; González-Béjar, M.; Scaiano, J. C.; García, H. Photochem. Photobiol. Sci. 2009, 8, 1743-1747
6. Jin Jeon, Y.; Kim, S. Y.; Ho, Ko, Y.; Sakamoto, S.; Yamaguchi, K.; Kim, K. Org. Biomol. Chem. 2005, 3, 2122-2125
7. Hettiarachchi, G.; Nguyen, D.; Wu, J.; Lucas, D.; Ma, D.; Isaacs, L.; Briken, V. PLoS One 2010, 5, e10514
8. Cong, H.; Tao, Z.; Xue, S. F.; Zhu, Q. J. Curr. Org. Chem. 2011, 15, 86-95
9. Wang, Y. H.; Cong, H.; Zhao, F. F.; Xue, S. F.; Tao, Z.; Zhu, Q. J.; Wei, G. Catal. Commun. 2011, 12, 1127-1130
10. Jon, S. Y.; Ko, Y. H.; Park, S. H.; Kim, H. J.; Kim, K. Chem. Commun. 2001, 1938-1939
11. Park, K. M.; Kim, S. Y.; Heo, J.; Whang, D.; Sakamoto, S.; Yamaguchi, K.; Kim, K. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2140-2147
12. Jiang, W.; Wang, Q.; Linder, I.; Klautzsch, F.; Schalley, C. A. Chem.-Eur. J. 2011, 2344-2348
13. Sinha, M. K.; Reany, O.; Parvari, G.; Karmakar, A.; Keinan, E. Chem.-Eur. J. 2010, 16, 9056-9067
14. Kosztin, D.; Izrailev, S.; Schulten, K. Biophys. J. 1999, 76, 188-197
15. Marszalek, P. E.; Lu, H.; Li, H.; Carrion-Vazquez, M.; Oberhauser, A. F.; Schulten, K.; Fernandez, J. M. Nature 1999, 402, 100-103
16. Lu, H.; Schulten, K. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1999, 35, 453-463
17. Park, S.; Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3559-3566
18. Parravicini, C.; Abbracchio, M. P.; Fantucci, P.; Ranghino, G. BMC Struct. Biol. 2010, 10, 8
19. Martínez, L.; Webb, P.; Polikarpov, I.; Skaf, M. S. J. Med. Chem. 2006, 49, 23-26
20. Grubmuller, H.; Heymann, B.; Tavan, P. Science 1996, 271, 997-999
21. Yang, K.; Liu, X.; Wang, X.; Jiang, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009, 379, 494-498
22. Colizzi, F.; Perozzo, R.; Scapozza, L.; Recanatini, M.; Cavalli, A. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7361-7371
23. Franco, I.; Schatz, G. C.; Ratner, M. A. J. Chem. Phys. 2009, 131, 124902
24. Torrie, G.; Valleau, J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
25. Schlick, T. In Computational methods for macromolecules: Challenges and applications. Proceedings of the 3rd International Workshop on Algorithms for Macromolecular Modeling, New York, NY, October 12-14, 2000; Springer: Berlin, Germany, 2002.
26. Borrero, E. E.; Escobedo, F. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 6434-6445
27. Dickson, A.; Dinner, A. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2010, 61, 441-459
28. Marsili, S.; Barducci, A.; Chelli, R.; Procacci, P.; Schettino, V. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 14011-14013
29. Zimmerman, J. A.; Webb, E. B., III; Hoyt, J. J.; Jones, R. E.; Klein, P. A.; Bammann, D. J. Modell. Simul. Mater. Sci. Eng. 2004, 12, S319-S332
30. Lutsko, J. F. J. Appl. Phys. 1988, 64, 1152-1154
31. Basinski, Z. S.; Duesbery, M. S.; Taylor, R. Can. J. Phys. 1971, 49, 2160-2180
32. Cheung, K. S.; Yip, S. J. Appl. Phys. 1991, 70, 5688-5690
33. Hardy, R. J. J. Chem. Phys. 1982, 76, 622
34. Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 637-646
35. Guex, N.; Peitsch, M. C. Electrophoresis 1997, 18, 2714-2723
36. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129
37. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665-9678
38. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
39. Nosé, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511-519
40. Hoover, W. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697
41. Parrinello, M.; Rahman, A. J. Appl. Phys. 1981, 52, 7182-7190
42. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
43. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
44. Moghaddam, S.; Inoue, Y.; Gilson, M. K. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4012-4021
45. Gilson, M. K.; Gilson, H. S. R.; Potter, M. J. J. Chem. Inf. Model. 2003, 43, 1982-1997
46. Jakalian, A.; Bush, B. L.; Jack, D.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2000, 21, 132-146
47. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P.; Case, D. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247-260
48. Kim, Y.; Kim, H.; Ko, Y. H.; Selvapalam, N.; Rekharsky, M. V.; Inoue, Y.; Kim, K. Chem.-Eur. J. 2009, 15, 6143-6151
49. Humphrey, W. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
50. Kim, J.; Kim, Y.; Baek, K.; Ko, Y.; Kim, D.; Kim, K. Tetrahedron 2008, 64, 8389-8393
51. Willemsen, O. Biophys. J. 2000, 79, 3267-3281
52. Zheng, L.; Chen, M.; Yang, W. Proc. Nat. Acad. Sci. 2008, 105, 20227-20232
53. Zheng, L.; Chen, M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2009, 130, 234105