TD-DFT/molecular mechanics study of the photinus pyralis bioluminescence system

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 6, 2012, Pages 2008-2013

  Pinto Da Silva, Luís ^a   Esteves Da Silva, Joaquim C G ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHORESCENCE;

ACTIVE SITE; COMPUTATIONAL STUDIES; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; IONIC INTERACTION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; TIME-DEPENDENT;

BIOLUMINESCENCE;

EID: 84857278966     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2120059     Document Type: Article

References (50)

1. Marques, S. M.; Esteves da Silva, J. C. G. IUBMB Life 2009, 61, 6-17
2. Esteves da Silva, J. C. G.; Magalhães, J. M. C. S.; Fontes, R. Tetrahedron Lett. 2001, 42, 8173-8176
3. Ribeiro, C.; Esteves da Silva, J. C. G. Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 1085-1090
4. Leitão, J. M.; Esteves da Silva, J. C. G. J. Photochem. Photobiol. 2010, 101, 1-8
5. Pinto da Silva, L.; Esteves da Silva, J. C. G. Photochem. Photobiol. Sci. 2011, 10, 1039-1045
6. Roda, A.; Pasini, P.; Mirasoli, M.; Michelini, E.; Guardigli, M. Trends Biotechnol. 2004, 22, 295-303
7. Luker, K. E.; Luker, G. D. Antiviral Res. 2008, 78, 179-187
8. Fan, F.; Wood, K. V. Assay Drug Dev. Technol. 2007, 5, 127-136
9. Branchini, B. R.; Southworth, T. R.; Khattak, N. F.; Michelini, E.; Roda, A. Anal. Biochem. 2005, 345, 140-148
10. Doyle, T. C.; Burns, S. M.; Contag, C. H. Cell Microbiol. 2004, 6, 303-317
11. Pinto da Silva, L.; Esteves da Silva, J. C. G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 809-817
12. Viviani, V. R.; Arnoldi, F. G. C.; Neto, A. J. S.; Oehlmeyer, T. L.; Bechara, E. J. H.; Ohmiya, Y. Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 159-169
13. Hosseinkhani, S. Cell. Mol. Life Sci. 2011, 68, 1167-1182
14. Hasegawa, J. Y.; Fujimoto, K. J.; Nakatsuji, H. ChemPhysChem 2011, 12, 3106-3115
15. Navizet, I.; Liu, Y. J.; Ferré, N.; Roca-Sanjuá, D.; Lindh, R. ChemPhysChem 2011, 12, 3064-3076
16. Pinto da Silva, L.; Esteves da Silva, J. C. G. ChemPhysChem 2011, 12, 951-960
17. Chen, S.-F.; Liu, Y.-J.; Navizet, I.; Ferré, N.; Fang, W.-H.; Lindh, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 798-803
18. Song, C.-I.; Rhee, Y. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 12040-12049
19. Nakatsu, T.; Ichiyama, Y.; Hiratake, J.; Saldanha, A.; Kobashi, N.; Sakata, K.; Kato, H. Nature 2006, 440, 372-376
20. Pinto da Silva, L.; Esteves da Silva, J. C. G. J. Comput. Chem. 2011, 32, 2654-2663
21. Min, C. G.; Ren, A. M.; Guo, J. F.; Li, Z. W.; Zou, L. Y.; Goddard, J. D.; Feng, J. K. ChemPhysChem 2010, 11, 251-259
22. Min, C. G.; Ren, A. M.; Guo, J. F.; Zou, L. Y.; Goddard, J. D.; Sun, C. C. ChemPhysChem 2011, 11, 2199-2204
23. Liu, Y. J.; De Vico, L.; Lindh, R. J. Photochem. Photobiol., A 2008, 194, 261-267
24. Chen, S. F.; Yue, L.; Liu, Y. J.; Lindh, R. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 3371
25. Pinto da Silva, L.; Esteves da Silva, J. C. G. ChemPhysChem 2011, 12, 3002-3008
26. Navizet, I.; Liu, Y. J.; Ferré, N.; Fang, W. H.; Lindh, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 706-712
27. Milne, B. F.; Marques, M. A.; Nogueira, F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 14285-14293
28. Naumov, P.; Ozawa, Y.; Ohkubo, K.; Fukuzumi, S. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11590-11605
29. Cai, D.; Marques, M. A.; Nogueira, F. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 329
30. Nakatani, N.; Hasegawa, J.-Y.; Nakatsuji, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8756-8765
31. Song, C. I.; Rhee, Y. M. Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 4091-4105
32. Auld, D. S.; Lovell, S.; Thorne, N.; Lea, W. A.; Maloney, D. J.; Shen, M.; Rai, G.; Battaile, K. P.; Thomas, C. J.; Simeonov, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 4878-4883
33. Naumov, P.; Kochunnoonny, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 11566-11579
34. Case, D. A.; Cheatham, T. E.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A.; Simmelring, C.; Wang, B.; Wodds, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
35. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
36. Cramer, C. J. Essentials of Computational Chemistry; Wiley: New York, 2002; p 153.
37. Foresman, J. B.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 135-149
38. Wang, J. M.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
39. Morris, G. M.; Huey, R.; Lindstrom, W.; Sanner, M. F.; Belew, R. K.; Goddsell, D. S.; Olsen, A. J. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2785-2791
40. Philips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skell, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
41. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
42. Gross, E. K. U.; Kohn, W. Adv. Quantum Chem. 1990, 21, 255-291
43. Casida, M. E. Recent Advances in Density Functional Methods; World Scientific: Singapore, 1995.
44. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158-6170
45. Yang, T.; Goddard, J. D. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4489-4497
46. Fujimoto, K.; Hayashi, S.; Hasegawa, J.-Y.; Nakatsuji, H. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 605-618
47. Li, Z.-W.; Ren, A.-M.; Guo, J.-F.; Yang, T.; Goddard, J. D.; Feng, J.-K. J. Phys Chem. A 2008, 9796-9800
48. Barone, V.; Cossi, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995-2001
49. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; et al. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
50. Roca-Sanjuán, D.; Delcey, M.; Navizet, I.; Ferré, N.; Liu, Y. J.; Lindh, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 4060-4069