Study on the effects of intermolecular interactions on firefly multicolor bioluminescence

ChemPhysChem

Volumn 12, Issue 16, 2011, Pages 3002-3008

  Pinto Da Silva, Luís ^a   Esteves Da Silva, Joaquim C G ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

density functional calculations; enzyme models; luciferase; luminescence; oxyluciferin

Indexed keywords

BIOLUMINESCENCE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN BONDS; LUMINESCENCE; OXYGEN;

ADENOSINE MONOPHOSPHATE; EMISSION WAVELENGTH; ENZYME MODELS; FIREFLY LUCIFERASE; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; LUCIFERASE; OXYLUCIFERIN; TD-DFT CALCULATIONS;

MOLECULES;

EID: 81255209257     PISSN: 14394235     EISSN: 14397641     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cphc.201100389     Document Type: Article

References (47)

1. S. M. Marques, J. C. G. Esteves da Silva, IUBMB Life 2009, 61, 6-17.
2. J. M. M. Leitão, J. C. G. Esteves da Silva, J. Photochem. Photobiol. B 2010, 101, 1-8.
3. C. Ribeiro, J. C. G. Esteves da Silva, Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 1085-1090.
4. J. C. G. Esteves da Silva, J. M. C. S. Magalhães, R. Fontes, Tetrahedron Lett. 2001, 42, 8173-8176.
5. L. Pinto da Silva, J. C. G. Esteves da Silva, Photochem. Photobiol. Sci. 2011, DOI:.
6. K. Niwa, Y. Ichino, S. Kumata, Y. Nakajima, Y. Hiraishi, D. Kato, V. R. Viviani, Y. Ohmiya, Photochem. Photobiol. 2010, 86, 1046-1049.
7. L. Pinto da Silva, J. C. G. Esteves da Silva, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 809-817.
8. S. Inouye, Cell. Mol. Life Sci. 2010, 67, 387-404.
9. N. N. Ugarova, Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 218-227.
10. G. Meroni, M. Rajabi, E. Santaniello, ARKIVOC 2009, 265-288.
11. K. E. Luker, G. D. Luker, Antiviral Res. 2008, 78, 179-187.
12. F. Fan, K. V. Wood, Assay Drug Dev. Technol. 2007, 5, 127-136.
13. V. R. Viviani, F. G. C. Arnoldi, A. J. S. Neto, T. L. Oehlmeyer, E. J. H. Bechara, Y. Ohmiya, Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 159-169.
14. E. H. White, E. Rapaport, H. H. Seliger, T. A. Hopkins, Bioorg. Chem. 1971, 1, 92-122.
15. F. McCapra, D. J. Gilfoyle, D. W. Young, N. J. Church, P. Spencer, in Bioluminescence and Chemiluminescence: Fundamental and Applied Aspects (Eds.:, A. K. Campbell, L. J. Kricka, P. E. Stanley,), Wiley, New York, 1994, pp. 387-391.
16. B. R. Branchini, T. L. Southworth, M. H. Murtiashow, R. A. Magyar, S. A. Gonzalez, M. C. Ruggiero, J. G. Stroh, Biochemistry 2004, 43, 7255-7262.
17. T. Nakatsu, Y. Ichiyama, J. Hiratake, A. Saldanha, N. Kobashi, K. Sakata, H. Kato, Nature 2006, 440, 372-376.
18. T. Hirano, Y. Hasumi, K. Ohtsuka, S. Maki, H. Niwa, M. Yamaji, D. Hashizume, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2385-2396.
19. B. R. Branchini, M. H. Murtiashaw, R. A. Magyar, N. C. Portier, M. C. Ruggiero, J. G. Stroh, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2112-2113.
20. G. Orlova, J. D. Goddard, L. Y. Brovko, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6962-6971.
21. N. Nakatani, J.-Y. Hasegawa, H. Nakatsuji, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 8756-8765.
22. L. Pinto da Silva, J. C. G. Esteves da Silva, ChemPhysChem 2011, 12, 951-960.
23. C.-G. Min, A.-M. Ren, J.-F. Guo, Z.-W. Li, L.-Y. Zou, J. D. Goddard, J.-K. Feng, ChemPhysChem 2010, 11, 251-259.
24. C.-G. Min, A.-M. Ren, J.-F. Guo, J. D. Goddard, C. C. Sun, ChemPhysChem 2010, 11, 2199-2204.
25. I. Navizet, Y.-J. Liu, H. Y. Xiao, W.H Fang, R. Lindh, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 706-712.
26. S.-F. Chen, Y.-J. Liu, I. Navizet, N. Ferré, W.-H. Fang, R. Lindh, J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 798-803.
27. L. Pinto da Silva, J. C. G. Esteves da Silva, J. Comput. Chem. 2011, Accepted.
28. B. R. Branchini, R. A. Magyar, M. H. Murtiahsaw, N. C. Portier, Biochemistry 2001, 40, 2410-2418.
29. N. Nakatani, J. Hasegawa, H. Nakatsuji, Chem. Phys. Lett. 2009, 469, 191-194.
30. B. F. Milne, N. A. Marques, F. Nogueira, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 14285-14293.
31. G. M. Morris, R. Huey, W. Lindstrom, M. F. Sanner, R. K. Belew, D. S. Goddsell, A. J. Olson, J. Comput. Chem. 2009, 30, 2785-2791.
32. C.-I. Song, Y. M. Rhee, J. Am. Chem. Soc. 2011, DOI:.
33. J. B. Foresman, M. Head-Gordon, J. A. Pople, M. J. Frisch, J. Phys. Chem. 1992, 96, 135-149.
34. H. Nakatsuji, Chem. Phys. Lett. 1978, 58, 356.
35. J. C. Phillips, R. Braun, W. Wang, J. Gumbart, E. Tajkhorshid, E. Villa, C. Chipot, R. D. Skeel, L. Kale, K. Schulten, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802.
36. C. Adamo, V. Barone, J. Chem. Phys. 1999, 110, 6158-6170.
37. V. Barone, M. Cossi, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995-2001.
38. G. A. A. Saracino, R. Improta, V. Barone, Chem. Phys. Lett. 2003, 373, 411-415.
39. C. Adamo, V. Barone, Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 152-157.
40. D. Jacquemin, E. A. Perpete, G. Scalmani, M. J. Frisch, I. Ciofini, C. Adamo, Chem. Phys. Lett. 2007, 448, 3-6.
41. D. Jacquemin, E. A. Perpete, G. Scalmani, M. J. Frisch, I. Ciofini, C. Adamo, Acc. Chem. Res. 2009, 42, 326-334.
42. T. Le Bahers, C. Adamo, I. Ciofini, Chem. Phys. Lett. 2009, 472, 30-34.
43. T. Le Bahers, C. Adamo, I. Ciofini, J. Phys. Chem. A 2010, 114, 5932-5939.
44. T. Yang, J. D. Goddard, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 4489-4497.
45. K. Fujimoto, S. Hayashi, J.-Y. Hasegawa, H. Nakatsuji, J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 605-618.
46. Z.-W. Li, A.-M. Ren, J.-F. Guo, T. Yang, J. D. Goddard, J.-K. Feng, J. Phys. Chem. A 2008, 112, 9796-9800.
47. Gaussian 03 (Revision C.02), M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.