Theoretical investigation on DNA/RNA base pairs mediated by copper, silver, and gold cations

Dalton Transactions

Volumn 41, Issue 6, 2012, Pages 1816-1823

  Marino, Tiziana ^a   Russo, Nino ^a   Toscano, Marirosa ^a   Pavelka, Matej ^a  

^a UNIVERSITY OF CALABRIA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AS-LIGANDS; B3LYP DENSITY FUNCTIONAL; BASE PAIRS; DISPERSION CONTRIBUTION; GOLD CATIONS; NBO ANALYSIS; SILVER CATIONS; THEORETICAL INVESTIGATIONS;

BINDING ENERGY; COPPER; GOLD; GOLD COMPOUNDS; METAL IONS; POSITIVE IONS; RNA;

COPPER COMPOUNDS;

CATION; COPPER; DNA; GOLD; RNA; SILVER;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY;

BASE PAIRING; CATIONS; COPPER; DNA; GOLD; MODELS, MOLECULAR; RNA; SILVER;

EID: 84856756778     PISSN: 14779226     EISSN: 14779234     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1dt11028d     Document Type: Article

References (85)

1. G. L. Eichhorn Adv. Inorg. Biochem. 1981 3 1
2. Interactions of Metal Ions with Nucleotides, Nucleic Acids and their Constituents, Metal Ions in Biological Systems, A. Sigel, and, H. Sigel, ed. 32, Marcel Dekker, New York, 1996
3. Probing of Nucleic Acids by Metal Ion Complexes of Small Molecules, A. Sigel, and, H. Sigel, ed. 33, Metal Ions in Biological Systems, Marcel Dekker, New York, 1996
4. S. I. Nakano M. Fujimoto H. Hara N. Sugimoto Nucleic Acids Res. 1999 27 2957
5. J. V. Burda J. Ŝponer P. Hobza J. Phys. Chem. 1996 100 7250
6. A. Moussatova M. V. Vazquez A. Martinez O. Dolgounitcheva V. G. Zakrzewski J. V. Ortiz, D. B. Pedersen B. Simard J. Phys. Chem. A 2003 107 9415
7. N. Russo M. Toscano A. Grand J. Am. Chem. Soc. 2001 123 10272
8. N. Russo E. Sicilia M. Toscano A. Grand Int. J. Quantum Chem. 2002 90 903
9. N. Russo M. Toscano A. Grand J. Mass Spectrom. 2003 38 265
10. N. Russo M. Toscano A. Grand J. Phys. Chem. A 2003 107 11533
11. T. Marino N. Russo M. Toscano A. Grand Int. J. Quantum Chem. 2004 98 347
12. D. Mazzuca N. Russo M. Toscano A. Grand J. Phys. Chem. B 2006 110 8815
13. T. Marino D. Mazzuca N. Russo M. Toscano A. Grand Int. J. Quantum Chem. 2007 107 311
14. E. S. Kryachko F. Remacle Nano Lett. 2005 5 735
15. P. J. Mohan A. Datta S. S. Mallajosyula S. K. Pati J. Phys. Chem. B 2006 110 18661
16. J. Ŝponer M. Sabat J. V. Burda J. Leszcynski P. Hobza J. Phys. Chem. B 1999 113 2528
17. J. Ŝponer M. Sabat J. V. Burda J. Leszcynski P. Hobza J. Phys. Chem. A 1999 102 5951 5
18. J. V. Burda J. Ŝponer J. Leszcynski Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4404
19. A. Kumar P. C. Mishra S. Suhai J. Phys. Chem. A 2006 110 7719
20. J. V. Burda J. Ŝponer J. Leszcynski P. Hobza J. Phys. Chem. B 1997 101 9670
21. M. Shionoya K. Tanaka Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 592
22. T. Carell C. Behrens J. Gierlich Org. Biomol. Chem. 2003 1 2221
23. J. Müller Nature 2006 444 698
24. E. S. Shubina N. V. Belkova L. M. Epstein J. Organomet. Chem. 1997 17 536
25. G. Orlova S. Scheiner Organometallics 1998 17 4362
26. L. M. Epstein S. Shubina Coord. Chem. Rev. 2002 231 165
27. L. Brammer Dalton Trans. 2003 3145
28. Y. Miyake H. Togashi M. Tashiro H. Yamaguchi S. Oda M. Kudo Y. Tanaka Y. Kondo R. Sawa T. Fujimoto T. Machinami A. Ono J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2172
29. C. Switzer S. Sinha P. H. Kim B. D. Heuberger Angew. Chem. 2005 117 1553
30. C. Switzer S. Sinha P. H. Kim B. D. Heuberger Angew. Chem., Int. Ed. 2005 44 1529
31. H. A. Wagenknecht Angew. Chem., Int. Ed. 2003 42 3204
32. L. Boutreau E. Leon A. Luna P. Toulhoat J. Tortajada Chem. Phys. Lett. 2001 338 74
33. E. S. Kryachko A. Karpfen F. Remacle J. Phys. Chem. A 2005 109 7309
34. H. Nuss M. Jansen Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 4369
35. E. S. Kryachko F. Remacle Chem. Phys. Lett. 2005 404 142
36. S. Shafai S. Krishnamurty V. Shah D. G. Kanhere J. Chem. Phys. 2007 126 14704
37. A. H. Pakiari Z. Jamshidi J. Phys. Chem. A 2007 111 4391
38. F. A. Polonius J. Müller Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 5602
39. M. Schreiber L. González J. Comput. Chem. 2007 28 2299
40. E. S. Kryachko F. Remacle J. Phys. Chem. B 2005 109 22746
41. J. Ŝponer M. Sabat J. V. Burda J. Leszcynski P. Hobza B. Lippert JBIC, J. Biol. Inorg. Chem. 1999 4 537
42. G. H. Clever Y. Söltl H. Burks W. Spahl T. Carell Chem.-Eur. J. 2006 12 8708
43. G. H. Clever T. Carell Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 250
44. T. J. Kistenmacher M. Rossi L. G. Marzilli Inorg. Chem. 1979 18 240
45. S. Tyagi S. Gencaslan U. P. Singh J. Chem. Eng. Data 2003 48 925
46. G. A. Burley J. Gierlich M. R. Mofid H. Nir S. Tal Y. Eichen T. Carell J. Am. Chem. Soc. 2006 128 1398
47. H. Sigel Chem. Soc. 1993 22 255
48. S. Johannsen N. Megger D. Böhme R. K. O. Sigel J. Müller Nat. Chem. 2010 2 229
49. M. Ostblom B. Liedberg L. M. Demers C. A. Mirkin J. Phys. Chem. B 2005 109 15150
50. T. Yonezawa S. Y. Onoue N. Kimizuka Chem. Lett. 2002 1172
51. S. Grimme J. Comput Chem. 2004 25 1463
52. S. Grimme J. Antony S. Ehrlich H. Krieg J. Chem. Phys. 2010 132 154104
53. R. G. Parr and W. Yang, Density-functional theory of atoms and molecules, Oxford University Press, Oxford, 1989
54. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
55. M. J. Frisch, et al., Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003
56. M. Dolg H. Stoll H. Preuss R. M. Pitzer J. Phys. Chem. 1993 97 5852
57. M. Dolg U. Wedig H. Stoll H. Preuss J. Chem. Phys. 1987 86 866
58. J. V. Burda J. Sponer J. Leszczynski Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4404
59. G. Chung H. Oh D. Lee J. Mol. Struct. 2005 730 241
60. I. Dabkowska H. V. Gonzalez P. Jurecka P. Hobza J. Phys. Chem. A 2005 109 1131
61. P. Jurecka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608
62. J. Sponer M. Sabat J. V. Burda J. Leszczynski P. Hobza J. Phys. Chem. B 1999 103 2528
63. M. Pavelka M. K. Shukla J. Leszczynski J. V. Burda J. Phys. Chem. A 2008 112 2 256
64. M. Pavelka M. imánek J. poner J. V. Burda J. Phys. Chem. A 2006 110 4795
65. J. P. Foster F. Weinhold J. Am. Chem. Soc. 1980 102 7211
66. A. E. Reed F. Weinhold J. Chem. Phys. 1983 78 4066
67. A. E. Reed R. B. Weinstock F. Weinhold J. Chem. Phys. 1985 83 735
68. R. Ahlrichs TURBOMOLE (v. 5.6), Universitat Karlsruhe, 2003
69. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165 169
70. M. Schreiber L. González J. Comput. Chem. 2007 28 2299
71. F. Seela Y. He J. Org. Chem. 2003 68 367
72. A. T. Krueger E. T. Kool Chem. Biol. 2009 16 242
73. A. Okamoto K. Kanatani I. Saito J. Am. Chem. Soc. 2004 126 4820
74. J. G. Contreras S. T. Madariaga Bioorg. Chem. 2003 31 367
75. P. Hobza J. poner Chem. Rev. 1999 99 3247
76. D. Barsky E. Kool M. Colvin J. Mol. Struct. & Dyn. 1999 16 1119
77. J. Sponer I. Berger N. Spackova J. Leszczynski P. Hobza J. Biomol. Struct. & Dyn. 2000 17 383
78. A. Asensio N. Kobko J. J. Dannenberg J. Phys. Chem. A 2003 107 6441
79. Macromolecules containing metal and metal like elements, in Biomedical Application, Vol. 3, A. S. Abd-El-Aziz, C. E. Carraher Jr., C. U. Pittman Jr., J. E. Sheats, and, M. Zeldin, ed., John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey, 2004
80. S. Menzer M. Sabat B. Lippert J. Am. Chem. Soc. 1992 114 4644
81. H. Szatylowicz N. Sadley-Sosnowska J. Chem. Inf. Model. 2010 50 2151
82. E. N. Nikolova E. Kim A. A. Wise P. J. O'Brien I. Andricioaei H. M. Al-Hashimi Nature 2011 470 498
83. G. Varani W. H. McClain EMBO Rep. 2000 1 18
84. D. Xu T. Landon N. L. Greenbaum M. O. Fenley Nucleic Acids Res. 2007 35 3836
85. A. Bayler A. Schier G. A. Bowmaker H. Schmidbaur J. Am. Chem. Soc. 1996 118 7006