Gas-phase interaction between DNA and RNA bases and copper (II) ion: A density functional study

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 98, Issue 4, 2004, Pages 347-354

  Marino, T ^a   Toscano, M ^a   Russo, N ^a   Grand, A ^b  

^a UNIVERSITY OF CALABRIA   (Italy)

^b CEA GRENOBLE   (France)

Author keywords

Copper; Density functional computations; DNA and RNA bases; Metal ion affinity

Indexed keywords

COPPER; CORRELATION METHODS; DNA; GEOMETRY; PARAMETER ESTIMATION; POSITIVE IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; RNA;

MEMBRANE DAMAGE; METAL ION AFFINITY; MITOCHONDRIA; TAUTOMERS;

QUANTUM THEORY;

EID: 2442608794     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.20069     Document Type: Conference Paper

References (61)

1. Eichhorn, G. C. Nature 1962, 194, 474.
2. Forster, W.; Bauer, E.; Schutz, H.; Berg, H.; Akimenko, M.; Minchenkova, L. E.; Evdkimov, Y. M.; Varshavsky, Y. M. Biopolymer 1972, 18, 625.
3. Burkitt, M. J Meth Enzymol 1994, 234, 66.
4. Halliwell, B.; Gutteridge, J. M. C. Arch Biochem Biophys Acta 1986, 1271, 501.
5. Drouin, R.; Rodriguez, H., Gao, S. W.; Gebreyes, Z.; O'Connor, T. R.; Holmquist, G. P.; Akman, S. A. Free Radical Biol Med 1996, 21, 261.
6. Bal, W.; Kasprzak, K. S. Toxicol Lett 2002, 127, 55.
7. Halliwell, B.; Aruoma I. O. FEES Lett 1991, 281, 9.
8. Dizdaroglu, M. Mutat Res 1992, 275, 331.
9. Theophanides, T.; Anastassopoulou, J. Crit Rev Oncol Hematol 2002, 42, 57.
10. Kornilova, S. V.; Miskovsky, P.; Tomkova, A.; Kapinos, L. E.; Hackl, E. V. Andrushchenko, V. V.; Grigoriev, D. N.; Blagoi Y. P. J Mol Struct 1997, 408/409, 219.
11. Correia dos Santos, M. M.; Sousa, P. M. P.; Modesto, A. M.; Simoes, M.; Goncalves, M. L. Biochem Bioenergetics 1998, 45, 267.
12. Hettich R. H. Int J Mass Spectrom 2001, 204, 55.
13. Bianchi, E. M.; Ali, A. Sajadi, S.; Song, B.; Sigel, H. Chem Eur J 2003, 9, 881.
14. Deng, H.; Kebarle, P. J Am Chem Soc 1998, 120, 2925.
15. Chaparro, A. L.; Vachet, R. W. J Mass Spectrom 2003, 38, 333.
16. Fujii, T. Mass Spectrom Rev 2000, 19, 111.
17. Rodgers, M. T.; Armentrout, P B. Mass Spectrom Rev 2000, 19, 215.
18. Beck, J. L.; Colgrave, M. L.; Ralph, S. F.; Sheil, M. M. Mass Spectrom Rev 2001, 20, 61.
19. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J Mass Spectrom 2003, 38, 265.
20. Frisch, M. J., Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels; A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A.1; Gaussian: Pittsburgh, 1998.
21. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
22. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
23. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J Phys Chem B 2001, 105, 4735.
24. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J Am Chem Soc 2001, 123, 10272.
25. Russo, N.; Sicilia, E.; Toscano, M.; Grand, A. Int J Quantum Chem 2002, 90, 903.
26. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J Inorg Biochem 2000, 79, 179.
27. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. Inorg Chem 2001, 40, 6439.
28. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J Phys Chem B 2003, 107, 2588.
29. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J Mass Spectrom 2002, 37, 786.
30. Frisch, M. J.; Del Bene, J. E.; Binkley, J. S.; Schaefer, H. F., III. J Chem Phys 1986, 84, 2279,
31. Schwenke, D. W.; Truhlar, D. G. J Chem Phys 1985, 82, 2418.
32. Nishio, H.; Ono, A.; Matsuda, A.; Ueda, T. Nucleic Acids Res 1992, 20, 777.
33. Ogawa, A. K.; Abou-Zied, O. K.; Tsui, V.; Jimenez, R.; Case, D. A.; Romesberg, F. E. J Am Chem Soc 2000, 122, 9917 (and references therein).
34. McFail-Isom, L.; Shui, X.; Williams, L. D. Biochemistry 1998, 37, 8341.
35. Chachisvilis, M.; Fiebig, T.; Douhal, A.; Zewail, A. H. J Phys Chem A 1998, 102, 669.
36. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A.; Jolibois, F. J Comput Chem 1998, 19, 989.
37. Colominas, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J Am Chem Soc 1996, 118, 6811.
38. Paglieri, L.; Corongiu, G.; Estrin, D. A. Int J Quantum Chem 1995, 56, 615.
39. Roehrig, G. H.; Oyler, N. A.; Adamowicz, L. J Phys Chem 1995, 99, 14285.
40. Holmen, A.; Broo, A. Int J Quantum Chem (Quantum Biol Symp) 1995, 22, 113.
41. Gould, I. R.; Burton, N. A.; Hall, R. J.; Hillier, I. H. J Mol Struct (Theochem) 1995, 331, 147.
42. Katritzky, A. R.; Karelson, M. J Am Chem Soc 1991, 113, 1561.
43. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J Phys Chem A 2001, 105, 1288.
44. Fogarasi, G. J Mol Struct 1997, 271, 413.
45. Kobayashi, R. J Phys Chem 1998, 102, 10813.
46. Ha, T.-K.; Gunthard, H. H. J Mol Struct 1993, 300, 619.
47. Leszczynski, J. J Phys Chem 1998, 102, 2357.
48. Burda, J. V., Šponer, J.; Hobza, P. J Phys Chem 1996, 100, 7250.
49. Burda, J. V., Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J Phys Chem B 1997, 101, 9670.
50. Šponer, J.; Sabat, M.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B.; Hobza, P. J Phys Chem B 2000, 104, 7535.
51. Eichhorn, G. L. Adv Inorg Chem 1981, 3, 1.
52. Sabat, M.; Lippert, B. In Metal Ions in Biol Systems, Vol. 33; Sigel, A.; Sigel, H., Eds.; Marcel Dekker: New York, 1996, p 143.
53. Sorokin, V. A.; Valeev, V. A.; Gladchenko, G. O.; Sysa, I. V.; Blagoi, Y. P.; Volchok, I. V. J Inorg Biochem 1996, 63, 79.
54. Munoz, J.; Sponer, J.; Hobza, P.; Orozco, M.; Javier Luque, F. J Phys Chem B 2001, 105, 6051.
55. Šponer, J.; Sabat, M.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J Phys Chem B 1999, 103, 2528.
56. Ma, J.; Dougherty, D. Chem Rev 1997, 97, 1303.
57. Szczesniak, K.; Szczpaniak, K.; Kwaitkowski, J.; Kubulat, K.; Person, W. B. J Am Chem Soc 1988, 110, 8319.
58. Nowak, M. L.; Lapinski, L.; Fullara, J. Spectrochim Acta 1989, A45, 229.
59. Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; McNaughton, D.; Pierlot, A. P. J Am Chem Soc 1987, 111, 2308.
60. Dreyfus, M.; Bensaude, O.; Dodin, G.; Dubois, J. E. J Am Chem Soc 1976, 98, 2353.
61. Szczepaniak, K.; Szczepaniak, M.; Szajda, W.; Person, W. B.; Leszczynski, J. J Can Chem 1991, 69, 1718.