50 Years of lifson-roig models: Application to molecular simulation data

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 363-373

  Vitalis, Andreas ^a   Caflisch, Amedeo ^a  

^a UNIVERSITY OF ZURICH   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84855716971     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200744s     Document Type: Article

References (63)

1. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95-118
2. Makhatadze, G. I. Adv. Protein Chem. 2006, 72, 199-226
3. Best, R. B.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 9004-9015
4. Song, K.; Stewart, J. M.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H.; Simmerling, C. Biopolymers 2008, 89, 747-760
5. Sorin, E. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2472-2493
6. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 99, 2782-2787
7. Ferrara, P.; Apostolakis, J.; Caflisch, A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5000-5010
8. Zimm, B. H.; Bragg, J. K. J. Chem. Phys. 1959, 31, 526-535
9. Gibbs, J. H.; DiMarzio, E. A. J. Chem. Phys. 1959, 30, 271-282
10. Lifson, S.; Roig, A. J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963-1974
11. Scholtz, J. M.; Hong, Q.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biopolymers 1991, 31, 1463-1470
12. Bixon, M.; Scheraga, H. A.; Lifson, S. Biopolymers 1963, 1, 419-423
13. Bixon, M.; Lifson, S. Biopolymers 1967, 5, 509-514
14. Doig, A. J.; Chakrabartty, A.; Klingler, T. M.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1994, 33, 3396-3403
15. Shalongo, W.; Stellwagen, E. Protein Sci. 1995, 4, 1161-1166
16. Kemp, D. S. Helv. Chim. Acta 2002, 85, 4392-4423
17. Rohl, C. A.; Scholtz, J. M.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1992, 31, 1263-1269
18. Rohl, C. A.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8435-8442
19. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200-9210
20. Lockhart, D. J.; Kim, P. S. Science 1992, 257, 947-951
21. Bierzynski, A.; Pawlowski, K. Acta. Biochim. Pol. 1997, 44, 423-432
22. Jacobs, D. J.; Wood, G. G. Biopolymers 2011, 95, 240-253
23. Pappu, R. V.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565-12570
24. Shalongo, W.; Dugad, L. B.; Stellwagen, E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2500-2507
25. Taylor, J. W.; Greenfield, N. J.; Wu, B.; Privalov, P. L. J. Mol. Biol. 1999, 291, 965-976
26. Ghosh, T.; Garde, S.; Garcia, A. E. Biophys. J. 2003, 85, 3187-3193
27. Zagrovic, B.; Jayachandran, G.; Millett, I. S.; Doniach, S.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2005, 353, 232-241
28. Zhang, W.; Lei, H.; Chowdhury, S.; Duan, Y. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 7479-7489
29. Kennedy, R. J.; Tsang, K. W.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 934-944
30. Miller, J. S.; Kennedy, R. J.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 945-962
31. Wang, T.; Zhu, Y. J.; Getahun, Z.; Du, D. G.; Huang, C. Y.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15301-15310
32. Rose, A.; Schraegle, S. J.; Stahlberg, E. J.; Meier, I. BMC Evol. Biol. 2005, 5, 66
33. Nymeyer, H.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13934-13939
34. Vitalis, A.; Pappu, R. V. J. Comput. Chem. 2009, 30, 673-699
35. Chen, J.; Im, W.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2005, 26, 1565-1578
36. Lazaridis, T.; Karplus, M. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 1999, 35, 133-152
37. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
38. Skeel, R. D.; Izaguirre, J. A. Mol. Phys. 2002, 100, 3885-3891
39. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141-151
40. Vitalis, A.; Steffen, A.; Lyle, N.; Mao, A. H.; Pappu, R. V. CAMPARI, v1.0; SourceForge/Geeknet, Inc.: Mountain View, CA, 2010; http://sourceforge. net/projects/campari (accessed December 13, 2011).
41. Ryckaert, J. P.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
42. Fixman, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 3050-3053
43. Perchak, D.; Skolnick, J.; Yaris, R. Macromolecules 1985, 18, 519-525
44. Patriciu, A.; Chirikjian, G. S.; Pappu, R. V. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12708-12720
45. Mülders, T.; Swegat, W. Mol. Phys. 1998, 94, 395-399
46. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637
47. Williams, S.; Causgrove, T. P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691-697
48. Gnanakaran, S.; Garcia, A. E. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 59, 773-782
49. Sikorski, A.; Romiszowski, P. Biopolymers 2003, 69, 391-398
50. Varshney, V.; Carri, G. A. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 168304
51. Nowak, C.; Rostiashvili, V. G.; Vilgis, T. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 34902
52. Lopez, M. M.; Chin, D. H.; Baldwin, R. L.; Makhatadze, G. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1298-1302
53. Scholtz, J. M.; Marqusee, S.; Baldwin, R. L.; York, E. J.; Stewart, J. M.; Santoro, M.; Bolen, D. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 2854-2858
54. Lucas, A.; Huang, L.; Joshi, A.; Dill, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4272-4281
55. Schellman, J. A. J. Phys. Chem. 1958, 62, 1485-1494
56. Ianoul, A.; Mikhonin, A.; Lednev, I. K.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3621-3624
57. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006, 65, 712-725
58. Mackerell, A. D., Jr.; Feig, M.; Brooks, C. L., III J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
59. Laage, D.; Stirnemann, G.; Sterpone, F.; Rey, R.; Hynes, J. T. Annu. Rev. Phys. Chem. 2011, 62, 395-416
60. Ghosh, K.; Dill, K. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 2306-2312
61. Feenstra, K. A.; Hess, B.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 786-798
62. Jacobs, D. J.; Dallakyan, S.; Wood, G. G.; Heckathorne, A. Phys. Rev. E 2003, 68, 061109
63. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38