Construction and analysis of Lifson - Roig models for the helical conformations of α-peptides

Helvetica Chimica Acta

Volumn 85, Issue 12, 2002, Pages 4392-4423

  Kemp, Daniel S ^a  

^a MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; MATRIX ALGEBRA;

HELICAL CONFORMATIONS;

POLYPEPTIDES;

PEPTIDE;

ALGORITHM; ALPHA HELIX; ARTICLE; COMPLEX FORMATION; CONFORMATIONAL TRANSITION; MOLECULAR MODEL; MOLECULAR STABILITY; PEPTIDE SYNTHESIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE;

EID: 0036959796     PISSN: 0018019X     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/hlca.200290019     Document Type: Article

References (62)

1. D. Seebach, J. L. Matthews, Chem. Commun. 1997, 21, 2015; D. Seebach, S. Abele. K. Gademann, G. Guichard, T. Hintermann, B. Jaun, J. L. Matthews, J. V. Schreiber, L. Oberer. U. Hommel, H. Widmer, Helv. Chim. Acta. 1998, 81, 932.
2. D. Seebach, J. L. Matthews, Chem. Commun. 1997, 21, 2015; D. Seebach, S. Abele. K. Gademann, G. Guichard, T. Hintermann, B. Jaun, J. L. Matthews, J. V. Schreiber, L. Oberer. U. Hommel, H. Widmer, Helv. Chim. Acta. 1998, 81, 932.
3. S. Lifson, A. Roig, J. Chem. Phys. 1961, 34, 1963.
4. K. A. Dill, D. Shortle, Annu. Rev. Biochem. 1995, 60, 795.
5. K. S. Thompson, C. R. Vinson, E. Freire. Biochemistry 1993, 32, 5491.
6. P. J. Flory, 'Principles of Polymer Chemistry', Cornell University Press, New York, 1953; H. S. Chan. K. A. Dill, Annu. Rev. Biophys. Chem. 1991, 20, 447; R. W. Woody, Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37.
7. P. J. Flory, 'Principles of Polymer Chemistry', Cornell University Press, New York, 1953; H. S. Chan. K. A. Dill, Annu. Rev. Biophys. Chem. 1991, 20, 447; R. W. Woody, Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37.
8. P. J. Flory, 'Principles of Polymer Chemistry', Cornell University Press, New York, 1953; H. S. Chan. K. A. Dill, Annu. Rev. Biophys. Chem. 1991, 20, 447; R. W. Woody, Adv. Biophys. Chem. 1992, 2, 37.
9. K. A. Dill, Biochemistry 1985, 24, 1501.
10. A. Chakrabartty, R. L. Baldwin, Adv. Protein Chem. 1995, 46, 141.
11. C. A. Rohl, R. L. Baldwin, Methods Enzymol. 1998, 295, 1: N. R. Kallenbach, E. J. Spek, Methods Enzymol. 1998, 295, 26.
12. C. A. Rohl, R. L. Baldwin, Methods Enzymol. 1998, 295, 1: N. R. Kallenbach, E. J. Spek, Methods Enzymol. 1998, 295, 26.
13. L. Serrano, Adv. Protein Chem. 2000, 53, 49;
14. V. Villegas, A. R., Vigurera, F. X. Aviles, L. Serrano, Fold. Des. 1996, 1, 29.
15. J. K. Sun, A. J. Doig, Protein Sci. 1998, 7, 2374; N. H. Andersen, H. Tong, Protein Sci. 1997, 6, 1920.
16. J. K. Sun, A. J. Doig, Protein Sci. 1998, 7, 2374; N. H. Andersen, H. Tong, Protein Sci. 1997, 6, 1920.
17. Z. I. Hodes, G. Nemethy,. H. A. Scheraga, Biopolymers 1979, 18, 1565; B. M. Petitt, M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 1985, 121, 194.
18. Z. I. Hodes, G. Nemethy,. H. A. Scheraga, Biopolymers 1979, 18, 1565; B. M. Petitt, M. Karplus, Chem. Phys. Lett. 1985, 121, 194.
19. C. A. Rohl. J. M. Scholtz, E. J. York, J. M. Stewart, R. L. Baldwin, Biochemistry 1992, 31, 1263.
20. M. Bixon, S. Lifson, Biopolymers 1967, 3, 509.
21. R. W. Woody, Methods Enzymol. 1995, 246, 34.
22. P. Wallimann, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1290; P. Wallimann, R. J. Kennedy, W. Shalongo, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc., in press.
23. P. Wallimann, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38, 1290; P. Wallimann, R. J. Kennedy, W. Shalongo, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc., in press.
24. D. S. Kemp, T. J. Allen, S. Oslick, J. G. Boyd, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 4240.
25. R. J. Kennedy, K.-W. Tsang, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 934.
26. P. J. Gans, P. C. Lyu, M. C. Manning, R. W. Woody, N. R. Kallenbach, Biopolymers 1991, 31, 1605.
27. N. A, Besley, J. D. Hirst, J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9636.
28. P. Luo, R. L. Baldwin, Biochemistry 1997, 36, 8413.
29. C. L. Perrin, T. J. Dwyer, J. Rebek Jr., R. J. Duff, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 3122.
30. Y. Bai, J. S. Milne, L. Mayne, S. W. Englander, Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 17, 75.
31. C. A. Rohl, R. L. Baldwin, Biochemistry 1997, 36, 8435.
32. H. X. Zhou, L. A. Hall, N. R. Kallenbach, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6482.
33. J. S. Miller, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 945.
34. W. Shalongo, D. Laxmichand, E. Stellwagen, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2500.
35. L. G. Presta, G. D. Rose, Science 1988, 240, 1632;
36. R. Aurora, G. D. Rose, Protein Sci. 1988, 7, 21.
37. W. G. H. Hol, P. T. van Duijnen, H. J. C. Berendsen, Nature 1978, 273, 443.
38. J. P. Schneider, W. F. DeGrado, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 2764:
39. G. Esposito, B. Danapal, P. Dumy, V. Varma, M. Mutter, G. Bodenhausen, Biopolymers 1997, 41, 27.
40. B. Forood, E. J. Feliciano, K. P. Nambiar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 838; B. Forood, H. K. Reddy, K. P. Nambiar, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6935; A. Chakrabartty, T. Kortemme, R. L. Baldwin, Protein Sci. 1994, 3, 843.
41. B. Forood, E. J. Feliciano, K. P. Nambiar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 838; B. Forood, H. K. Reddy, K. P. Nambiar, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6935; A. Chakrabartty, T. Kortemme, R. L. Baldwin, Protein Sci. 1994, 3, 843.
42. B. Forood, E. J. Feliciano, K. P. Nambiar, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 838; B. Forood, H. K. Reddy, K. P. Nambiar, J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6935; A. Chakrabartty, T. Kortemme, R. L. Baldwin, Protein Sci. 1994, 3, 843.
43. M. Petukhov, K. Uegaki, N. Yumoto, S. Yoshikawa, L. Serrano, Protein Sci. 1999, 8, 2144.
44. A. J. Doig, R. L. Baldwin, Protein Sci. 1995, 4, 1325.
45. J. S. Miller, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, Biochemistry 2001, 40, 305.
46. B. Tidor, Proteins: Struct., Funct., Genet. 1994, 19, 310.
47. M. Levitt, Biochemistry 1978, 17, 4277.
48. W. Maison, E. Arce, P. Renold, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10245; W. Maison, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, Tetrahedron Lett. 2001, 42, 4975.
49. W. Maison, E. Arce, P. Renold, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10245; W. Maison, R. J. Kennedy, D. S. Kemp, Tetrahedron Lett. 2001, 42, 4975.
50. A. J. Doig, A. Chakrabartty, T. M. Klingler, R. L. Baldwin, Biochemistry 1994, 33, 3396.
51. S. Deechongkit, R. J. Kennedy, K.-Y. Tsang, P. Renold, D. S. Kemp, Tetrahedron Lett. 2000, 41, 9679.
52. B. H. Zimm, J. K. Bragg, J. Chem. Phys, 1959, 31, 526.
53. H. Qian, J. A. Schellman, J. Phys. Chem. 1992, 96, 3987; D. Poland, H. A. Scheraga, 'Theory of Helix-Coil Transitions', Academic Press. New York, 1970; H. A. Saroff, J. E. Kiefer, Biopolymers 1999, 49, 425.
54. H. Qian, J. A. Schellman, J. Phys. Chem. 1992, 96, 3987; D. Poland, H. A. Scheraga, 'Theory of Helix-Coil Transitions', Academic Press, New York, 1970; H. A. Saroff, J. E. Kiefer, Biopolymers 1999, 49, 425.
55. H. Qian, J. A. Schellman, J. Phys. Chem. 1992, 96, 3987; D. Poland, H. A. Scheraga, 'Theory of Helix-Coil Transitions', Academic Press. New York, 1970; H. A. Saroff, J. E. Kiefer, Biopolymers 1999, 49, 425.
56. R. V. Pappu, R. Srinivasan, G. D. Rose, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12565.
57. M. Takano, K. Nagayama, A. Suyama, J. Chem. Phys. 2002, 116, 2210.
58. H. Guo, M. Karplus, J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
59. R. J. Kennedy, D. S. Kemp, unpublished results.
60. S. Penel, E. Hughes, A. J. Doig, J. Mol. Biol. 1999, 287, 127; I. A. Sun, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2000, 9, 730; D. A. E. Cochran, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2001. 10, 463.
61. S. Penel, E. Hughes, A. J. Doig, J. Mol. Biol. 1999, 287, 127; I. A. Sun, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2000, 9, 730; D. A. E. Cochran, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2001. 10, 463.
62. S. Penel, E. Hughes, A. J. Doig, J. Mol. Biol. 1999, 287, 127; I. A. Sun, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2000, 9, 730; D. A. E. Cochran, S. Penel, A. J. Doig, Protein Sci. 2001. 10, 463.