Hydrodynamic manipulation of DNA in nanopost arrays: Unhooking dynamics and size separation

Small

Volumn 7, Issue 24, 2011, Pages 3508-3518

  Viero, Yannick ^a,b   He, Qihao ^a,b   Bancaud, Aurélien ^a,b  

^a LAAS CNRS   (France)

^b UNIVERSITÉ PAUL SABATIER   (France)

Author keywords

DNA separation; DNA post interactions; hydrodynamic actuation; nanofluidics

Indexed keywords

BASE PAIRS; CONFIGURATIONAL SPACES; DNA FRAGMENT; DNA MOLECULES; DNA SEPARATION; EXPERIMENTAL CONDITIONS; HYDRODYNAMIC FLOW FIELDS; MIGRATION VELOCITY; MODEL MATRICES; OBSTACLE ARRAY; RELAXATION DYNAMICS; SINGLE MOLECULE LEVEL;

DNA; DYNAMICS; ELECTROPHORESIS; HYDRODYNAMICS; NANOFLUIDICS;

SIZE SEPARATION;

DNA; NANOPARTICLE;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMISTRY; ELECTRICITY; HYDRODYNAMICS; PARTICLE SIZE; ULTRASTRUCTURE;

BASE PAIRING; DNA; ELECTRICITY; HYDRODYNAMICS; NANOPARTICLES; PARTICLE SIZE;

EID: 83455257797     PISSN: 16136810     EISSN: 16136829     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/smll.201101345     Document Type: Article

References (48)

1. B. M. Olivera, P. Baine, N. Davidson, Biopolymers 1964, 2, 245-257.
2. L. Mitnik, L. Salomé, J. L. Viovy, C. Heller, J. Chromatog. A 1995, 710, 309-321.
3. A. T. Woolley, R. A. Mathies, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 11348.
4. W. D. Volkmuth, R. H. Austin, Nature 1992, 358, 600-602.
5. O. Bakajin, T. A. J. Duke, J. Tegenfeldt, C.-F. Chou, S. S. Chan, R. H. Austin, E. C. Cox, Anal. Chem. 2001, 73, 6053-6056.
6. W. D. Volkmuth, T. Duke, R. H. Austin, E. C. Cox, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 6887.
7. W. D. Volkmuth, T. Duke, M. C. Wu, R. Austin, A. Szabo, Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 2117-2120.
8. T. Duke, G. Monnelly, R. H. Austin, E. C. Cox, Electrophoresis 1997, 18, 17-22.
9. P. S. Doyle, J. Bibette, A. Bancaud, J. L. Viovy, Science 2002, 295, 2237.
10. R. Ogawa, H. Ogawa, A. Oki, S. Hashioka, Y. Horiike, Thin Solid Films 2007, 515, 5167-5171.
11. H. Cao, J. O. Tegenfeldt, R. H. Austin, S. Y. Chou, Appl. Phys. Lett. 2002, 81, 3058.
12. Y. C. Chan, Y.-K. Lee, Y. Zohar, J. Micromech. Microeng. 2006, 16, 699-707.
13. N. Kaji, Y. Tezuka, Y. Takamura, M. Ueda, T. Nishimoto, H. Nakanishi, Y. Horiike, Y. Baba, Anal. Chem. 2004, 76, 15-22.
14. J. Ou, M. N. Joswiak, S. J. Carpenter, K. D. Dorfman, J. Vac. Sci. Technol. A 2011, 29, 011025.
15. M. Kenward, G. W. Slater, Eur. Phys. J. E 2006, 20, 125-141.
16. N. P. Teclemariam, V. A. Beck, E. S. G. Shaqfeh, S. J. Muller, Macromolecules 2007, 40, 3848-3859.
17. M. Murat, G. S. Grest, Macromolecules 1989, 22, 4054-4059.
18. D. Long, J. L. Viovy, A. Ajdari, Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 3858-3861.
19. Y. Viero, Q. H. He, A. Bancaud, Microfluidics Nanofluidics 2011, DOI: 10.1007/s10404-011-0888-0.
20. K. Dorfman, Rev. Mod. Phys. 2010, 82, 2903-2947.
21. G. C. Randall, P. S. Doyle, Macromolecules 2006, 39, 7734-7745.
22. G. I. Nixon, G. W. Slater, Phys. Rev. E 1994, 50, 5033-5039.
23. E. M. Sevick, D. R. M. Williams, Phys. Rev. E 1994, 50, 3357-3360.
24. S. Popelka, Z. Kabatek, J. L. Viovy, B. Gas, J. Chromatog. A 1999, 838, 45-53.
25. D. E. Smith, T. T. Perkins, S. Chu, Macromolecules 1996, 29, 1372-1373.
26. F. Brochard, P. G. de Gennes, J. Chem. Phys. 1977, 67, 52-56.
27. J. L. Viovy, Rev. Modern Phys. 2000, 72, 813.
28. G. S. Manning, Biophys. J. 2006, 91, 3607-3616.
29. O. B. Bakajin, T. A. J. Duke, C. F. Chou, S. S. Chan, R. H. Austin, E. C. Cox, Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2737-2740.
30. C. U. Murade, V. Subramaniam, C. Otto, M. L. Bennink, Biophys. J. 2009, 97, 835-843.
31. K. Günther, M. Mertig, R. Seidel, Nucleic Acid Res. 2010, 38, 6526-6532.
32. N. Minc, J.-L. Viovy, K. Dorfman, Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 198105.
33. A. S. Panwar, S. Kumar, J. Chem. Phys. 2003, 118, 925.
34. D. E. Smith, H. P. Babcock, S. Chu, Science 1999, 283, 1724.
35. P. S. Doyle, E. S. G. Shaqfeh, A. P. Gast, J. Fluid Mech. 1997, 334, 251-291.
36. P. LeDuc, C. Haber, G. Bao, D. Wirtz, Nature 1999, 399, 564-566.
37. P. S. Doyle, B. Ladoux, J. L. Viovy, Phys. Rev. Lett. 2000, 84, 4769-4772.
38. F. Brochard-Wyart, Europhys. Lett. 1995, 30, 387.
39. N. Minc, P. Bokov, K. B. Zeldovich, C. Fütterer, J. L. Viovy, K. D. Dorfman, Electrophoresis 2005, 26, 362-375.
40. A. Mohan, P. S. Doyle, Macromolecules 2007, 40, 8794-8806.
41. S. P. Holleran, R. G. Larson, Macromolecules 2008, 41, 5042-5054.
42. W. Reisner, K. Morton, R. Riehn, Y. Wang, Z. Yu, M. Rosen, J. Sturm, S. Chou, E. Frey, R. Austin, Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 196101.
43. S. Burlatsky, J. Deutch, Science 1993, 260, 1782-1784.
44. D. W. Olson, J. Ou, M. Tian, K. D. Dorfman, Electrophoresis 2011, 32, 573-580.
45. G. Taylor, Proc. Royal Soc. London A. Math. Phys. Sci. 1953, 219, 186-203.
46. A. Ajdari, N. Bontoux, H. A. Stone, Anal. Chem. 2006, 78, 387-392.
47. A. Bancaud, G. Wagner, K. D. Dorfman, J.-L. Viovy, Anal. Chem. 2005, 77, 833-839.
48. J. Cho, S. Kumar, K. D. Dorfman, Electrophoresis 2010, 31, 860-867