Dynamics of DNA polymers in post arrays: Comparison of single molecule experiments and simulations

Macromolecules

Volumn 40, Issue 10, 2007, Pages 3848-3859

  Teclemariam, Nerayo P ^a   Beck, Victor A ^b   Shaqfeh, Eric S G ^b   Muller, Susan J ^a  

^a University of California   (United States)

^b Stanford University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARRAY DESIGNS; DNA CONFORMATION; DNA TRANSPORT; LAB-ON-A-CHIP DEVICES;

ASPECT RATIO; CHIP SCALE PACKAGES; CONFORMATIONS; DNA; MOLECULAR DYNAMICS;

BIOPOLYMERS;

EID: 34249695888     PISSN: 00249297     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ma062892e     Document Type: Article

References (53)

1. Schroeder, C. M.; Teixeira, R. E.; Shaqfeh, E. S. G.; Chu, S. Macromolecules 2005, 38, 1967-1978.
2. Schroeder, C. M.; Shaqfeh, E. S. G.; Chu, S. Macromolecules 2004, 37, 9242-9256.
3. Schroeder, C. M.; Babcock, H. P.; Shaqfeh, E. S. G.; Chu, S. Science 2003, 301, 1515-1519.
4. Larson, R. G.; Hu, H.; Smith, D. E.; Chu, S. J. Rheol. 1999, 43, 267-304.
5. Smith, D. E.; Chu, S. Science 1998, 281, 1335-1340.
6. Perkins, T. T.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1997, 276, 2016-2021.
7. Bakajin, O. B.; Duke, T. A. J.; Chou, C. F.; Chan, S. S.; Austin, R. H.; Cox, E. C. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 2737-2740.
8. Jendrejack, R. M.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D. J. Chem. Phys. 2002, 116, 7752-7759.
9. Chen, Y. L.; Graham, M. D.; de Pablo, J. J.; Jo, K.; Schwanz, D. C. Macromolecules 2005, 38, 6680-6687.
10. Hernandez-Ortiz, J. P.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D. J. Chem. Phys. 2006, 125, 15.
11. Chen, Y. L.; Graham, M. D.; de Pablo, J. J.; Randall, G. C.; Gupta, M.; Doyle, P. S. Phys. Rev. E 2004, 70, 4.
12. Babcock, H. P.; Teixeira, R. E.; Hur, J. S.; Shaqfeh, E. S. G.; Chu, S. Macromolecules 2003, 36, 4544-4548.
13. Shaqfeh, E. S. G.; McKinley, G. H.; Woo, N.; Nguyen, D. A.; Sridhar, T. J. Rheol. 2004, 48, 209-221.
14. Doyle, P. S.; Shaqfeh, E. S. G.; McKinley, G. H.; Spiegelberg, S. H. J. Non-Newtonian Fluid Mech. 1998, 76, 79-110.
15. Hsieh, C. C.; Li, L.; Larson, R. G. J. Non-Newtonian Fluid Mech. 2003, 113, 147-191.
16. Jendrejack, R. M.; Schwartz, D. C.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6315-6315.
17. Jendrejack, R. M.; Schwartz, D. C.; de Pablo, J. J.; Graham, M. D. J. Chem. Phys. 2004, 120, 2513-2529.
18. Jendrejack, R. M.; Schwartz, D. C.; Graham, M. D.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2003, 119, 1165-1173.
19. Chan, E. Y.; Goncalves, N. M.; Haeusler, R. A.; Hatch, A. J.; Larson, J. W.; Maletta, A. M.; Yantz, G. R.; Carstea, E. D.; Fuchs, M.; Wong, G. G.; Gullans, S. R.; Gilmanshin, R. Genome Res. 2004, 14, 1137-1146.
20. Saville, P. M.; Sevick, E. M. Macromolecules 1999, 32, 892-899.
21. Sevick, E. M.; Williams, D. R. M. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 2595-2598.
22. Sevick, E. M.; Williams, D. R. M. Phys. Rev. E 1994, 50, R3357-R3360.
23. Patel, P. D.; Shaqfeh, E. S. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 2941-2951.
24. Andre, P.; Long, D.; Ajdari, A. Eur. Phys. J. B 1998, 4, 307-312.
25. Randall, G. C.; Doyle, P. S. Phys. Rev. Lett. 2004, 93.
26. Randall, G. C.; Doyle, P. S. Macromolecules 2005, 38, 2410-2418.
27. Randall, G. C.; Doyle, P. S. Macromolecules 2006, 39, 7734-7745.
28. Kenward, M.; Slater, G. W. Eur. Phys. J. E 2006, 20, 125-141.
29. Deutsch, J. M. Science 1988, 240, 922-924.
30. Deutsch, J. M.; Madden, T. L. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2476-2485.
31. Volkmuth, W. D.; Austin, R. H. Nature (London) 1992, 358, 600-602.
32. Volkmuth, W. D.; Duke, T.; Wu, M. C.; Austin, R. H.; Szabo, A. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 2117-2120.
33. Kaji, N.; Tezuka, Y.; Takamura, Y.; Ueda, M.; Nishimoto, T.; Nakanishi, H.; Horiike, Y.; Baba, Y. Anal. Chem. 2004, 76, 15-22.
34. Doyle, P. S.; Bibette, J.; Bancaud, A.; Viovy, J. L. Science 2002, 295, 2237-2237.
35. Mine, N.; Bokov, P.; Zeldovich, K. B.; Futterer, C.; Viovy, J. L.; Dorfman, K. D. Electrophoresis 2005, 26, 362-375.
36. Mine, N.; Futterer, C.; Dorfman, K.; Bancaud, A.; Gosse, C.; Goubault, C.; Viovy, J. L. Anal. Chem. 2004, 76, 3770-3776.
37. Long, D.; Ajdari, A. Eur. Phys. J. E 2001, 4, 29-32.
38. Olson, D. J.; Johnson, J. M.; Patel, P. D.; Shaqfeh, E. S. G.; Boxer, S. G.; Fuller, G. G. Langmuir 2001, 17, 7396-7401.
39. Beck, V. A. Polymer Dynamics in Nonlinear and Microfluidic Flows; Stanford University, Stanford, 2006.
40. Smith, D. E.; Perkins, T. T.; Chu, S. Macromolecules 1996, 29, 1372-1373.
41. Bustamante, C.; Marko, J. F.; Siggia. E. D.; Smith, S. Science 1994, 265, 1599-1600.
42. Perkins, T. T.; Quake, S. R.; Smith, D. E.; Chu, S. Science 1994, 264, 822-826.
43. Xia, Y. N.; Whitesides, G. M. Annu. Rev. Mater. Sci. 1998, 28, 153-184.
44. Randall, G. C.; Doyle, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 10813-10818.
45. Liu, T. W. J. Chem. Phys. 1989, 90, 5826-5842.
46. Ottinger, H. C. Stochastic Processes in Polymeric Fluids; Springer: New York, 1996.
47. Hur, J. S.; Shaqfeh, E. S. G.; Larson, R. G. J. Rheol. 2000, 44, 713-742.
48. Shaqfeh, E. S. G. J. Non-Newtonian Fluid Mech. 2005, 130, 1-28.
49. Vologodskii, A. Macromolecules 1994, 27, 5623-5625.
50. Doyle, P. S.; Shaqfeh, E. S. G.; Gast, A. P. J. Fluid Mech. 1997, 334, 251-291.
51. Russel, W. B.; Saville, D. A.; Schowalter, W. R. Collodial Dispersions; Cambridge University Press: New York, 1989.
52. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
53. Song, L.; Maestre, M. F. J. Biomol. Struct. Dyn. 1991, 9, 87-99.