Towards a robust description of intrinsic protein disorder using nuclear magnetic resonance spectroscopy

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 58-68

  Schneider, Robert ^a   Huang, Jie Rong ^a   Yao, Mingxi ^a   Communie, Guillaume ^a   Ozenne, Valéry ^a   Mollica, Luca ^a   Salmon, Loïc ^a   Ringkjøbing Jensen, Malene ^a   Blackledge, Martin ^a  

^a INSTITUT DE BIOLOGIE STRUCTURALE   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; REVIEW;

ANIMALS; HUMANS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEINS;

EID: 82655179700     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05291h     Document Type: Review

References (98)

1. V. N. Uversky Protein Sci. 2002 11 739 756
2. A. K. Dunker C. J. Brown J. D. Lawson L. M. Iakoucheva Z. Obradović Biochemistry 2002 41 6573 6582
3. P. Tompa Trends Biochem. Sci. 2002 27 527 533
4. H. J. Dyson P. E. Wright Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 54 60
5. A. K. Dunker V. N. Uversky Curr. Opin. Pharmacol. 2010 10 782 788
6. M. M. Babu R. van der Lee N. S. de Groot J. Gsponer Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 432 440
7. M. Vendruscolo C. M. Dobson Nature 2007 449 555
8. T. Mittag J. D. Forman-Kay Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 3 14
9. D. Eliezer Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 23 30
10. M. R. Jensen P. R. L. Markwick S. Meier C. Griesinger M. Zweckstetter S. Grzesiek P. Bernadó M. Blackledge Structure 2009 17 1169 1185
11. C. K. Fisher C. M. Stultz Curr. Opin. Struct. Biol 2011 21 426 431
12. H. J. Dyson P. E. Wright Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 197 208
13. M. D. Mukrasch S. Bibow J. Korukottu S. Jeganathan J. Biernat C. Griesinger E. Mandelkow M. Zweckstetter PLoS Biol. 2009 7 e34
14. K. Sugase H. J. Dyson P. E. Wright Nature 2007 447 1021 1025
15. V. N. Uversky Chem. Soc. Rev. 2011 40 1623 1634
16. B. A. Shoemaker J. J. Portman P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 8868 8873
17. S. Meier M. Blackledge S. Grzesiek J. Chem. Phys. 2008 128 052204
18. P. E. Wright H. J. Dyson Curr. Opin. Struct. Biol. 2009 19 31 38
19. P. Tompa Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 419 425
20. D. S. Wishart B. D. Sykes J. Biomol. NMR 1994 4 171 180
21. H. Zhang S. Neal D. S. Wishart J. Biomol. NMR 2003 25 173 195
22. J. A. Marsh V. K. Singh Z. Jia J. D. Forman-Kay Protein Sci. 2006 15 2795 2804
23. S. Schwarzinger G. J. Kroon T. R. Foss J. Chung P. E. Wright H. J. Dyson J. Am. Chem. Soc. 2001 123 2970 2978
24. Y. Wang O. Jardetzky J. Am. Chem. Soc. 2002 124 14075 14084
25. W. Peti L. J. Smith C. Redfield H. Schwalbe J. Biomol. NMR 2001 19 153 165
26. J. Yao J. Chung D. Eliezer P. E. Wright H. J. Dyson Biochemistry 2001 40 3561 3571
27. M. Kjaergaard K. Teilum F. M. Poulsen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 12535 12540
28. K. Modig V. W. Jürgensen K. Lindorff-Larsen W. Fieber H. G. Bohr F. M. Poulsen FEBS Lett. 2007 581 4965 4971
29. L. J. Smith K. A. Bolin H. Schwalbe M. W. MacArthur J. M. Thornton C. M. Dobson J. Mol. Biol. 1996 255 494 506
30. H. Schwalbe K. M. Fiebig M. Buck J. A. Jones S. B. Grimshaw A. Spencer S. J. Glaser L. J. Smith C. M. Dobson Biochemistry 1997 36 8977 8991
31. L. Serrano J. Mol. Biol. 1995 254 322 333
32. D. Shortle M. S. Ackerman Science 2001 293 487 489
33. R. Mohana-Borges N. K. Goto G. J. A. Kroon H. J. Dyson P. E. Wright J. Mol. Biol. 2004 340 1131 1142
34. W. Fieber S. Kristjansdottir F. M. Poulsen J. Mol. Biol. 2004 339 1191 1199
35. P. Bernadó L. Blanchard P. Timmins D. Marion R. W. H. Ruigrok M. Blackledge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17002 17007
36. A. K. Jha A. Colubri K. F. Freed T. R. Sosnick Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13099 13104
37. N. Tjandra A. Bax Science 1997 278 1111 1114
38. M. Blackledge Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2005 46 23 61
39. J. Tolman K. Ruan Chem. Rev. 2006 106 1720 1736
40. J. Meiler J. J. Prompers W. Peti C. Griesinger R. Brüschweiler J. Am. Chem. Soc. 2001 123 6098 6107
41. S. A. Showalter R. Brüschweiler J. Am. Chem. Soc. 2007 129 4158 4159
42. O. F. Lange N.-A. Lakomek C. Farès G. F. Schröder K. F. A. Walter S. Becker J. Meiler H. Grubmüller C. Griesinger B. L. de Groot Science 2008 320 1471 1475
43. L. Salmon G. Bouvignies P. Markwick N. Lakomek S. Showalter D.-W. Li K. Walter C. Griesinger R. Brüschweiler M. Blackledge Angew. Chem., Int. Ed. 2009 48 4154 4157
44. P. R. L. Markwick G. Bouvignies L. Salmon J. A. McCammon M. Nilges M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16968 16975
45. M. Louhivuori K. Pääkkönen K. Fredriksson P. Permi J. Lounila A. Annila J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15647 15650
46. K. Fredriksson M. Louhivuori P. Permi A. Annila J. Am. Chem. Soc. 2004 126 12646 12650
47. O. I. Obolensky K. Schlepckow H. Schwalbe A. V. Solov'yov J. Biomol. NMR 2007 39 1 16
48. J. L. Battiste G. Wagner Biochemistry 2000 39 5355 5365
49. J. R. Gillespie D. Shortle J. Mol. Biol. 1997 268 170 184
50. G. M. Clore C. Tang J. Iwahara Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 603 616
51. A. N. Volkov J. A. R. Worrall E. Holtzmann M. Ubbink Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18945 18950
52. C. Tang J. Iwahara G. M. Clore Nature 2006 444 383 386
53. G. M. Clore J. Iwahara Chem. Rev. 2009 109 4108 4139
54. J. Iwahara G. M. Clore Nature 2006 440 1227 1230
55. S. Kristjansdottir K. Lindorff-Larsen W. Fieber C. M. Dobson M. Vendruscolo F. M. Poulsen J. Mol. Biol. 2005 347 1053 1062
56. K. Lindorff-Larsen S. Kristjansdottir K. Teilum W. Fieber C. Dobson F. Poulsen M. Vendruscolo J. Am. Chem. Soc. 2004 126 3291 3299
57. C. W. Bertoncini Y.-S. Jung C. O. Fernandez W. Hoyer C. Griesinger T. M. Jovin M. Zweckstetter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1430 1435
58. D. K. Wilkins S. B. Grimshaw V. Receveur C. M. Dobson J. A. Jones L. J. Smith Biochemistry 1999 38 16424 16431
59. B. Brutscher R. Brüschweiler R. R. Ernst Biochemistry 1997 36 13043 13053
60. J. Klein-Seetharaman M. Oikawa S. B. Grimshaw J. Wirmer E. Duchardt T. Ueda T. Imoto L. J. Smith C. M. Dobson H. Schwalbe Science 2002 295 1719 1722
61. S. Schwarzinger P. E. Wright H. J. Dyson Biochemistry 2002 41 12681 12686
62. W.-Y. Choy F. A. A. Mulder K. A. Crowhurst D. R. Muhandiram I. S. Millett S. Doniach J. D. Forman-Kay L. E. Kay J. Mol. Biol. 2002 316 101 112
63. J. E. Kohn I. S. Millett J. Jacob B. Zagrovic T. M. Dillon N. Cingel R. S. Dothager S. Seifert P. Thiyagarajan T. R. Sosnick M. Z. Hasan V. S. Pande I. Ruczinski S. Doniach K. W. Plaxco Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 12491 12496
64. I. S. Millett S. Doniach K. W. Plaxco Adv. Protein Chem. 2002 62 241 262
65. P. Bernadó M. Blackledge Biophys. J. 2009 97 2839 2845
66. J. Lipfert S. Doniach Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2007 36 307 327
67. E. Mylonas A. Hascher P. Bernado M. Blackledge E. Mandelkow D. Svergun Biochemistry 2008 47 10345 10353
68. P. Bernadó E. Mylonas M. V. Petoukhov M. Blackledge D. I. Svergun J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5656 5664
69. A. M. Bonvin J. A. Rullmann R. M. Lamerichs R. Boelens R. Kaptein Proteins 1993 15 385 400
70. J. Gsponer H. Hopearuoho S. B.-M. Whittaker G. R. Spence G. R. Moore E. Paci S. E. Radford M. Vendruscolo Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 99 104
71. D. Ganguly J. Chen J. Mol. Biol. 2009 390 467 477
72. J. R. Allison P. Varnai C. M. Dobson M. Vendruscolo J. Am. Chem. Soc. 2009 131 18314 18326
73. K.-P. Wu D. S. Weinstock C. Narayanan R. M. Levy J. Baum J. Mol. Biol. 2009 391 784 796
74. S. Esteban-Martín R. B. Fenwick X. Salvatella J. Am. Chem. Soc. 2010 132 4626 4632
75. D. Hamelberg J. Mongan J. A. McCammon J. Chem. Phys. 2004 120 11919 11929
76. P. R. L. Markwick G. Bouvignies M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 4724 4730
77. N. C. Fitzkee P. J. Fleming G. D. Rose Proteins 2005 58 852 854
78. J. F. Leszczynski G. D. Rose Science 1986 234 849 855
79. A. K. Jha A. Colubri M. H. Zaman S. Koide T. R. Sosnick K. F. Freed Biochemistry 2005 44 9691 9702
80. S. C. Lovell I. W. Davis W. B. Arendall 3rd P. I. W. de Bakker J. M. Word M. G. Prisant J. S. Richardson D. C. Richardson Proteins 2003 50 437 450
81. M. Zweckstetter A. Bax J. Am. Chem. Soc. 2000 122 3791 3792
82. M. D. Mukrasch P. Markwick J. Biernat M. von Bergen P. Bernadó C. Griesinger E. Mandelkow M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 5235 5243
83. M. Wells H. Tidow T. Rutherford P. Markwick M. Jensen E. Mylonas D. Svergun M. Blackledge A. Fersht Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 5762 5767
84. M. R. Jensen M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2008 130 11266 11267
85. M. R. Jensen K. Houben E. Lescop L. Blanchard R. W. H. Ruigrok M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2008 130 8055 8061
86. M. R. Jensen G. Communie E. A. Ribeiro Jr N. Martinez A. Desfosses L. Salmon L. Mollica F. Gabel M. Jamin S. Longhi R. W. H. Ruigrok M. Blackledge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 9839 9844
87. S. Meier M. Strohmeier M. Blackledge S. Grzesiek J. Am. Chem. Soc. 2007 129 754 755
88. S. Meier S. Grzesiek M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2007 129 9799 9807
89. F. Gabel M. R. Jensen G. Zaccaï M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2009 131 8769 8771
90. J. A. Marsh J. D. Forman-Kay J. Mol. Biol. 2009 391 359 374
91. C. K. Fisher A. Huang C. M. Stultz J. Am. Chem. Soc. 2010 132 14919 14927
92. G. Nodet L. Salmon V. Ozenne S. Meier M. R. Jensen M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2009 131 17908 17918
93. L. Salmon G. Nodet V. Ozenne G. Yin M. R. Jensen M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8407 8418
94. M. R. Jensen P. Bernadó K. Houben L. Blanchard D. Marion R. W. H. Ruigrok M. Blackledge Protein Pept. Lett. 2010 17 952 960
95. J. A. Marsh J. M. R. Baker M. Tollinger J. D. Forman-Kay J. Am. Chem. Soc. 2008 130 7804 7805
96. P. Bernadó C. W. Bertoncini C. Griesinger M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17968 17969
97. M. R. Jensen L. Salmon G. Nodet M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2010 132 1270 1272
98. Y. Shen A. Bax J. Biomol. NMR 2007 38 289 302