A study of the α-helical intermediate preceding the aggregation of the amino-terminal fragment of the β amyloid peptide (Aβ 1-28)

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 115, Issue 44, 2011, Pages 12978-12983

  Rojas, Ana V ^a,b,c   Liwo, Adam ^a,d   Scheraga, Harold A ^a  

^a Department of Molecular Biology and Genetics   (United States)

^b LOUISIANA STATE UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF ROCHESTER   (United States)

^d UNIVERSITY OF GDA SK   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; DIMERS; MOLECULAR DYNAMICS; OLIGOMERIZATION; PEPTIDES;

ALZHEIMER'S DISEASE; AMINO-TERMINAL REGION; AMYLOID PEPTIDES; COARSE-GRAINED FORCE FIELDS; HELICAL CONFORMATION; MOLECULAR LEVELS; N-TERMINALS; RICH STRUCTURE;

GLYCOPROTEINS;

EID: 80455127313     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp2050993     Document Type: Article

References (44)

1. Lorenzo, A.; Yuan, M.; Zhang, Z.; Paganetti, P. A.; Sturchler-Pierrat, C.; Staufenbiel, M.; Mautino, J.; Vigo, F. S.; Sommer, B.; Yankner, B. A. Nat. Neurosci. 2000, 3, 460-464
2. Walsh, D. M.; Klyubin, I.; Fadeeva, J. V.; Cullen, W. K.; Anwyl, R.; Wolfe, M. S.; Rowan, M. J.; Selkoe, D. J. Nature 2002, 416, 535-539
3. Barrow, C. J.; Yasuda, A.; Kenny, P. T. M.; Zagorski, M. G. J. Mol. Biol. 1992, 225, 1075-1093
4. Zagorski, M. G.; Barrow, C. J. Biochemistry 1992, 31, 5621-5631
5. Sticht, H.; Bayer, P.; Willbold, D.; Dames, S.; Hilbich, C.; Beyreuther, K.; Frank, R. W.; Rösch, P. Eur. J. Biochem. 1995, 233, 293-298
6. Crescenzi, O.; Tomaselli, S.; Guerrini, R.; Salvadori, S.; D'Ursi, A. M.; Temussi, P. A.; Picone, D. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 5642-5648
7. Tomaselli, S.; Esposito, V.; Vangone, P.; van Nuland, N. A. J.; Bonvin, A. M.; Guerrini, R.; Tancredi, T.; Temussi, P. A.; Picone, D. ChemBioChem 2006, 7, 257-267
8. Coles, M.; Bicknell, W.; Watson, A. A.; Fairlie, D. P.; Craik, D. J. Biochemistry 1998, 37, 11064-11077
9. Shao, H.; Jao, S.; Ma, K.; Zagorski, M. G. J. Mol. Biol. 1999, 285, 755-773
10. Kirkitadze, M. D.; Condron, M. M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2001, 312, 1103-1119
11. Kirshenbaum, K.; Daggett, V. Biochemistry 1995, 34, 7629-7639
12. Khandogin, J.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 16880-16885
13. Fawzi, N. L.; Okabe, Y.; Yap, E. H.; Head-Gordon, T. J. Mol. Biol. 2007, 365, 535-550
14. Raffa, D. F.; Rauk, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 3789-3799
15. O'Brien, E. P.; Okamoto, Y.; Straub, J. E.; Brooks, B. R.; Thirumalai, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14421-14430
16. Reddy, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1162-1172
17. Reddy, G.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 11948-11953
18. Rojas, A.; Liwo, A.; Browne, D.; Scheraga, H. A. J. Mol. Biol. 2010, 404, 537-552
19. Lee, C.; Ham, S. J. Comput. Chem. 2011, 32, 349-355
20. Ball, K. A.; Phillips, A. H.; Nerenberg, P. S.; Fawzi, N. L.; Wemmer, D. E.; Head-Gordon, T. Biochemistry 2011, 50, 7612-7628
21. Klimov, D. K.; Thirumalai, D. Structure 2003, 11, 295-307
22. Liwo, A.; Ołdziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849-873
23. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347
24. Ołdziej, S.; Łagiewka, J.; Liwo, A.; Czaplewski, C.; Chinchio, M.; Nanias, M.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 16950-16959
25. Liwo, A.; Khalili, M.; Czaplewski, C.; Kalinowski, S.; Ołdziej, S.; Wachucik, K.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 260-285
26. Rojas, A. V.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 293-309
27. Liwo, A.; Czaplewski, C.; Ołdziej, S.; Rojas, A. V.; Kazmierkiewicz, R.; Makowski, M.; Murarka, R. K.; Scheraga, H. A. In Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems; Voth, G., Ed.; Taylor & Francis: New York, 2008; pp 107-122.
28. He, Y.; Xiao, Y.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2127-2135
29. Mikros, E.; Benaki, D.; Humpfer, E.; Spraul, M.; Loukas, S.; Stassinopoulou, C. I.; Pelecanou, M. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2001, 40, 3603-3605
30. Talafous, J.; Marcinowski, K. J.; Klopman, G.; Zagorski, M. G. Biochemistry 1994, 33, 7788-7796
31. Kapurniotu, A.; Buck, A.; Weber, M.; Schmauder, A.; Hirsch, T.; Bernhagen, J.; Tatarek-Nossol, M. Chem. Biol. 2003, 10, 149-159
32. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
33. Fezoui, Y.; Teplow, D. B. J. Biol. Chem. 2002, 277, 36948-36954
34. Li, J.; Liu, R.; Lam, K. S.; Jin, L.-W.; Duan, Y. Biophys. J. 2011, 100, 1076-1082
35. Dong, X.; Chen, W.; Mousseau, N.; Derreumaux, P. J. Chem. Phys. 2008, 128, 125108
36. Lührs, T.; Ritter, C.; Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.; Döbeli, H.; Schubert, D.; Riek, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17342-17347
37. Petkova, A. T.; Yau, W.-M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 498-512
38. Eker, F.; Griebenow, K.; Schweitzer-Stenner, R. Biochemistry 2004, 43, 6893-6898
39. Bernstein, F. C.; Koetzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F. J.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. Mol. Biol. 1977, 112, 535-542
40. Makowski, M.; Liwo, A.; Sobolewski, E.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6119-6129
41. Makowski, M.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 6130-6137
42. Nerenberg, P. S.; Head-Gordon, T. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 1220-1230
43. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Roberts, B.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G. AMBER 11; University of California: San Francisco, 2010.
44. Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950-1958