Ratio analysis nuclear magnetic resonance spectroscopy for selective metabolite identification in complex samples

Analytical Chemistry

Volumn 83, Issue 20, 2011, Pages 7616-7623

  Wei, Siwei ^a   Zhang, Jian ^a   Liu, Lingyan ^b   Ye, Tao ^a   Gowda, G A Nagana ^a   Tayyari, Fariba ^a   Raftery, Daniel ^a  

^a PURDUE UNIVERSITY   (United States)

^b PURDUE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

2D NMR SPECTRA; BIOLOGICAL MIXTURES; BIOLOGICAL SAMPLES; BLOOD SERUM; COEFFICIENTS OF VARIATIONS; COMPLEX SAMPLES; FLUID METABOLITES; H NMR SPECTRA; METABOLITE IDENTIFICATION; METABOLITE SPECTRA; NMR DATA; NMR SPECTRUM; PEAK HEIGHT; PEAK RATIOS; RATIO ANALYSIS; SIGNAL TO NOISE; SPECTRAL OVERLAP; SPECTRAL SIMPLIFICATION; SYNTHETIC ANALOGUES;

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; METABOLISM; METABOLITES; RESONANCE; SPECTRUM ANALYSIS;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

ARTICLE; BODY FLUID; METABOLISM; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; SERUM; SIGNAL NOISE RATIO;

BODY FLUIDS; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; SERUM; SIGNAL-TO-NOISE RATIO;

EID: 80054710464     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac201625f     Document Type: Article

References (42)

1. Clayton, T. A.; Lindon, J. C.; Cloarec, O.; Antti, H.; Charuel, C.; Hanton, G.; Provost, J. P.; Le Net, J. L.; Baker, D.; Walley, R. J.; Everett, J. R.; Nicholson, J. K. Nature 2006, 440, 1073-1077
2. Viant, M. R.; Rosenblum, E. S.; Tjeerdema, R. S. Environ. Sci. Technol. 2003, 37, 4982-4989
3. Pears, M. R.; Cooper, J. D.; Mitchison, H. M.; Mortishire-Smith, R. J.; Pearce, D. A.; Griffin, J. L. J. Biol. Chem. 2005, 280, 42508-42514
4. Choi, Y. H.; Kim, H. K.; Linthorst, H. J. M.; Hollander, J. G.; Lefeber, A. W. M.; Erkelens, C.; Nuzillard, J. M.; Verpoorte, R. J. Nat. Prod. 2006, 69, 742-748
5. Soininen, P.; Kangas, A. J.; Wurtz, P.; Tukiainen, T.; Tynkkynen, T.; Laatikainen, R.; Jarvelin, M. R.; Kahonen, M.; Lehtimaki, T.; Viikari, J.; Raitakari, O. T.; Savolainen, M. J.; Ala-Korpela, M. Analyst 2009, 134, 1781-1785
6. Zhang, S.; Gowda, G. A. N.; Asiago, V.; Shanaiah, N.; Barbas, C.; Raftery, D. Anal. Biochem. 2008, 383, 76-84
7. Giskeodegard, G. F.; Grinde, M. T.; Sitter, B.; Axelson, D. E.; Lundgren, S.; Fjosne, H. E.; Dahl, S.; Gribbestad, I. S.; Bathen, T. F. J. Proteome Res. 2010, 9, 972-979
8. Asiago, V. M.; Alvarado, L. Z.; Shanaiah, N.; Gowda, G. A. N.; Owusu-Sarfo, K.; Ballas, R. A.; Raftery, D. Cancer Res. 2010, 70, 8309-8318
9. Slupsky, C. M.; Steed, H.; Wells, T. H.; Dabbs, K.; Schepansky, A.; Capstick, V.; Faught, W.; Sawyer, M. B. Clin. Cancer Res. 2010, 16, 5835-5841
10. Weljie, A. M.; Bondareva, A.; Zang, P.; Jirik, F. R. J. Biomol. NMR 2011, 49, 185-193
11. Nicholson, J. K.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Xenobiotica 1999, 29, 1181-1189
12. Nicholson, J. K.; Connelly, J.; Lindon, J. C.; Holmes, E. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 153-161
13. Griffin, J. L. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 648-654
14. Serkova, N. J.; Niemann, C. U. Expert Rev. Mol. Diagn. 2006, 6, 717-731
15. Gowda, G. A. N.; Zhang, S. C.; Gu, H. W.; Asiago, V.; Shanaiah, N.; Raftery, D. Expert Rev. Mol. Diagn. 2008, 8, 617-633
16. Zhang, S. C.; Gowda, G. A. N.; Ye, T.; Raftery, D. Analyst 2010, 135, 1490-1498
17. Viant, M. R. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2003, 310, 943-948
18. Fan, T. W. M.; Lane, A. N. J. Biomol. NMR 2011, 49, 267-280
19. Wishart, D. S.; Tzur, D.; Knox, C.; Eisner, R.; Guo, A. C.; Young, N.; Cheng, D.; Jewell, K.; Arndt, D.; Sawhney, S.; Fung, C.; Nikolai, L.; Lewis, M.; Coutouly, M. A.; Forsythe, I.; Tang, P.; Shrivastava, S.; Jeroncic, K.; Stothard, P.; Amegbey, G.; Block, D.; Hau, D. D.; Wagner, J.; Miniaci, J.; Clements, M.; Gebremedhin, M.; Guo, N.; Zhang, Y.; Duggan, G. E.; MacInnis, G. D.; Weljie, A. M.; Dowlatabadi, R.; Bamforth, F.; Clive, D.; Greiner, R.; Li, L.; Marrie, T.; Sykes, B. D.; Vogel, H. J.; Querengesser, L. Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521-D526
20. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z.; Nakatani, E.; Schulte, C. F.; Tolmie, D. E.; Wenger, R. K.; Yao, H. Y.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2008, 36, D402-D408
21. Weljie, A. M.; Newton, J.; Mercier, P.; Carlson, E.; Slupsky, C. M. Anal. Chem. 2006, 78, 4430-4442
22. Robinette, S. L.; Zhang, F. L.; Bruschweiler-Li, L.; Bruschweiler, R. Anal. Chem. 2008, 80, 3606-3611
23. Chikayama, E.; Sekiyama, Y.; Okamoto, M.; Nakanishi, Y.; Tsuboi, Y.; Akiyama, K.; Saito, K.; Shinozaki, K.; Kikuchi, J. Anal. Chem. 2010, 82, 1653-1658
24. Cloarec, O.; Dumas, M. E.; Craig, A.; Barton, R. H.; Trygg, J.; Hudson, J.; Blancher, C.; Gauguier, D.; Lindon, J. C.; Holmes, E.; Nicholson, J. Anal. Chem. 2005, 77, 1282-1289
25. Sandusky, P.; Raftery, D. Anal. Chem. 2005, 77, 2455-2463
26. Sandusky, P.; Raftery, D. Anal. Chem. 2005, 77, 7717-7723
27. Kikuchi, J.; Shinozaki, K.; Hirayama, T. Plant Cell Physiol. 2004, 45, 1099-1104
28. Shanaiah, N.; Desilva, M. A.; Gowda, G. A. N.; Raftery, M. A.; Hainline, B. E.; Raftery, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 11540-11544
29. Lane, A. N.; Fan, T. W. M. Metabolomics 2007, 3, 79-86
30. Ye, T.; Mo, H. P.; Shanaiah, N.; Gowda, G. A. N.; Zhang, S. C.; Raftery, D. Anal. Chem. 2009, 81, 4882-4888
31. DeSilva, M. A.; Shanaiah, N.; Gowda, G. A. N.; Rosa-Perez, K.; Hanson, B. A.; Raftery, D. Magn. Reson. Chem. 2009, 47, S74-S80
32. Ye, T.; Zhang, S. C.; Mo, H. P.; Tayyari, F.; Gowda, G. A. N.; Raftery, D. Anal. Chem. 2010, 82, 2303-2309
33. Zhang, F.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 13180-13181
34. Bruschweiler, R.; Zhang, F. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5253-5260
35. Zhang, F. L.; Bruschweiler-Li, L.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 16922-16927
36. Coen, M.; Hong, Y. S.; Cloarec, O.; Rhode, C. M.; Reily, M. D.; Robertson, D. G.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 8956-8966
37. Crockford, D. J.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Plumb, R. S.; Zirah, S.; Bruce, S. J.; Rainville, P.; Stumpf, C. L.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2006, 78, 363-371
38. Crockford, D. J.; Lindon, J. C.; Cloarec, O.; Plumb, R. S.; Bruce, S. J.; Zirah, S.; Rainville, P.; Stumpf, C. L.; Johnson, K.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2006, 78, 4398-4408
39. Cloarec, O.; Campbell, A.; Tseng, L. H.; Braumann, U.; Spraul, M.; Scarfe, G.; Weaver, R.; Nicholson, J. K. Anal. Chem. 2007, 79, 3304-3311
40. Blaise, B. J.; Shintu, L.; Elena, B.; Emsley, L.; Dumas, M. E.; Toulhoat, P. Anal. Chem. 2009, 81, 6242-6251
41. www.hmdb.ca.
42. Gowda, G. A. N.; Tayyari, F.; Ye, T.; Suryani, Y.; Wei, S. W.; Shanaiah, N.; Raftery, D. Anal. Chem. 2010, 82, 8983-8990