Computational analysis on the binding of epitope peptide to human leukocyte antigen class I molecule A*2402 subtype

Chemical and Pharmaceutical Bulletin

Volumn 59, Issue 10, 2011, Pages 1254-1262

  Mahmood, Iqbal ^a   Matsuo, Yuri ^a   Neya, Saburo ^a   Hoshino, Tyuji ^a  

^a CHIBA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

Anchor residue; Binding affinity; Epitope peptide; Human leukocyte antigen; Molecular dynamics simulation

Indexed keywords

HLA A2402 ANTIGEN; HLA ANTIGEN CLASS 1; HLA BETA2 MICROGLOBULIN; PEPTIDE; UNCLASSIFIED DRUG; WT1 PROTEIN;

AMINO ACID SUBSTITUTION; ARTICLE; BINDING AFFINITY; DRUG PROTEIN BINDING; ENTHALPY; ENTROPY; MOLECULAR DYNAMICS;

ANIMALS; EPITOPES; HISTOCOMPATIBILITY ANTIGENS CLASS II; HLA-A ANTIGENS; HUMANS; IMMUNOTHERAPY; LEUKOCYTES; MICE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MOLECULAR STRUCTURE; NEOPLASMS; PEPTIDE FRAGMENTS; PEPTIDES; PROTEIN BINDING; SOFTWARE;

EID: 80053423392     PISSN: 00092363     EISSN: 13475223     Source Type: Journal    
DOI: 10.1248/cpb.59.1254     Document Type: Article

References (61)

1. Rock K. L., Goldberg A. L., Annu. Rev. Immunol., 17, 739-779 (1999).
2. Townsend A., Bodmer H., Annu. Rev. Immunol., 7, 601-624 (1989).
3. Kageyama S., Nagata Y., Miyahara Y., Hiasa A., Naota H., Okumura S., Imai H., Shiraishi T., Masuya M., Nishikawa M., Sunamoto J., Akiyoshi K., Kanematsu T., Scott A. M., Murphy R., Hoffman E. W., Old L. J., Shiku H., Clin. Cancer Res., 12, 7397-7405 (2006).
4. Oka Y., Udaka K., Tsuboi A., Elisseeva O. A., Ogawa H., Aozasa K., Kishimoto T., Sugiyama H., J. Immunol., 164, 1873-1880 (2000).
5. Oka Y., Tsuboi A., Kawakami M., Elisseeva O. A., Nakajima H., Udaka K., Kawase I., Oji Y., Sugiyama H., Curr. Med. Chem., 13, 2345-2352 (2006).
6. Oka Y., Tsuboi A., Taguchi T., Osaki T., Kyo T., Nakajima H., Elisseeva O. A., Oji Y., Kawakami M., Ikegame K., Hosen N., Yoshihara S., Wu F., Fujiki F., Murakami M., Masuda T., Nishida S., Shirakata T., Nakatsuka S., Sasaki A., Udaka K., Dohy H., Aozasa K., Noguchi S., Kawase I., Sugiyama H., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 101, 13885-13890 (2004).
7. Tsuboi A., Oka Y., Udaka K., Murakami M., Masuda T., Nakano A., Nakajima H., Yasukawa M., Hiraki A., Oji Y., Kawakami M., Hosen N., Fujioka T., Wu F., Taniguchi Y., Nishida S., Asada M., Ogawa H., Kawase I., Sugiyama H., Cancer Immunol. Immunother., 51, 614-620 (2002).
8. Zhang H., Wang P., Papangelopoulos N., Xu Y., Sette A., Bourne P. E., Lund O., Ponomarenko J., Nielsen M., Peters B., PLoS ONE, 5, e9272 (2010).
9. Morikis D., Lambris J. D., Trends Immunol., 25, 700-707 (2004).
10. Guan P., Doytchinova I., Zygouri C., Flower D., Nucleic Acids Res., 31, 3621-3624 (2003).
11. Tomer Hertz C. Y., BMC Bioinformatics, 7, S3 (2006).
12. Brooks B., Karplus M., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 80, 6571-6575 (1983).
13. Berman H. M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T. N., Weissig H., Shindyalov I. N., Bourne P. E., Nucleic Acids Res., 28, 235-242 (2000).
14. Cole D. K., Rizkallah P. J., Gao F., Watson N. I., Boulter J. M., Bell J. I., Sami M., Gao G. F., Jakobsen B. K., Eur. J. Immunol., 36, 170-179 (2006).
15. Sali A., Blundell T. L., J. Mol. Biol., 234, 779-815 (1993).
16. Martí-Renom M. A., Stuart A. C., Fiser A., Sánchez R., Melo F., Sali A., Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct., 29, 291-325 (2000).
17. Fiser A., Do R. K., Sali A., Protein Sci., 9, 1753-1773 (2000).
18. Jorgensen W. L., Chandrasekhar J., Madura J. D., Impey R. W., Klein M. L., J. Chem. Phys., 79, 926-935 (1983).
19. Case D. A., Cheatham T. E. 3rd, Darden T., Gohlke H., Luo R., Merz K. M. Jr., Onufriev A., Simmerling C., Wang B., Woods R. J., J. Comput. Chem., 26, 1668-1688 (2005).
20. Pearlman D. A., Case D. A., Caldwell J. W., Ross W. S., Cheatham T. E., Debolt S., Ferguson D., Seible G., Kollman P., Comput. Phys. Commun., 91, 1-41 (1995).
21. Brooks B. R., Brooks C. L. III, Mackerell A. D., Nilsson L., Petrella R. J., Roux B., Won Y., Archontis G., Bartels C., Boresch S., Caflisch A., Caves L., Cui Q., Dinner A. R., Feig M., Fischer S., Gao J., Hodoscek M., Im W., Kuczera K., Lazaridis T., Ma J., Ovchinnikov V., Paci E., Pastor R. W., Post C. B., Pu J. Z., Schaefer M., Tidor B., Venable R. M., Woodcock H. L., Wu X., Yang W., York D. M., Karplus M., J. Comput. Chem., 4, 187-217 (1983).
22. Pastor R. W., Brooks B. R., Szabo A., Mol. Phys., 65, 1409-1419 (1988).
23. Loncharich R. J., Brooks B. R., Pastor R. W., Biopolymers, 32, 523-535 (1992).
24. Izaguirre J. A., Catarello D. P., Wozniak J. M., Skeel R. D., J. Chem. Phys., 114, 2090-2098 (2001).
25. Ryckaert J. P., Ciccotti G., Berendsen H. J. C., J. Comput. Phys., 23, 327-341 (1977).
26. Kollman P., Chem. Rev., 93, 2395-2417 (1993).
27. Golhke H., Case D. A., J. Comput. Chem., 25, 238-250 (2004).
28. Manning T. C., Schlueter C. J., Brodnicki T. C., Parke E. A., Speir J. A., Garcia K. C., Teyton L., Wilson I. A., Kranz D. M., Immunity, 8, 413-425 (1998).
29. Zoete V., Michielin O., Proteins, 67, 1026-1047 (2007).
30. Chelvanayagam G., Immunogenetics, 45, 15-26 (1996).
31. Rammensee H., Bachmann J., Emmerich N. P., Bachor O. A., Stevanovic S., Immunogenetics, 50, 213-219 (1999).
32. Teeter M. M., Case D. A., J. Phys. Chem., 94, 8091-8097 (1990).
33. Kitao A., Go N., Curr. Opin. Struct. Biol., 9, 164-169 (1999).
34. Zeh H. J. III, Leder G. H., Lotze M. T., Salter R. D., Tector M., Stuber G., Modrow S., Storkus W. J., Hum. Immunol., 39, 79-86 (1994).
35. DeLano W. L., The DeLano Scientific, San Carlos, CA, U.S.A., 2002.
36. Madden D., Garboczi D., Wiley D., Cell, 75, 693-708 (1993).
37. Fujiwara M., Tanuma J., Koizumi M., Kawashima Y., Honda K., Matsuoka-Aizawa S., Dohki S., Oka S., Takiguchi M., J. Virol., 82, 138-147 (2008).
38. Tsurui H., Takahashi T., J. Pharmacol. Sci., 105, 299-316 (2007).
39. Antes I., Siu S. W., Lengauer T., Bioinformatics, 22, e16-e24 (2006).
40. Flower D. R., Phadwal K., Macdonald I. K., Coveney P. V., Davies M. N., Wan S., Immunome Res., 6 (Suppl. 2), S4 (2010).
41. Lim J. S., Kim S., Lee H. G., Lee K. Y., Kwon T. J., Kim K., Mol. Immunol., 33, 221-230 (1996).
42. Pöhlmann T., Böckmann R. A., Grubmüller H., Uchanska-Ziegler B., Ziegler A., Alexiev U., J. Biol. Chem., 279, 28197-28201 (2004).
43. Starikov E. B., Nilsson L., Hülsmeyer M., Eur. Biophys. J., 33, 651-655 (2004).
44. Stavrakoudis A., Tsoulos I. G., Uray K., Hudecz F., Apostolopoulos V., J. Mol. Model., 17, 1817-1829 (2011).
45. Knapp B., Omasits U., Schreiner W., Epstein M. M., PLoS ONE, 5, e11653 (2010).
46. Painter C. A., Cruz A., López G. E., Stern L. J., Zavala-Ruiz Z., PLoS ONE, 3, e2403 (2008).
47. Nojima H., Takeda-Shitaka M., Kurihara Y., Adachi M., Yoneda S., Kamiya K., Umeyama H., Chem. Pharm. Bull., 50, 1209-1214 (2002).
48. Nojima H., Takeda-Shitaka M., Kurihara Y., Kamiya K., Umeyama H., Chem. Pharm. Bull., 51, 923-928 (2003).
49. Nojima H., Takeda-Shitaka M., Kanou K., Kamiya K., Umeyama H., Chem. Pharm. Bull., 56, 635-641 (2008).
50. Nojima H., Kanou K., Kamiya K., Atsuda K., Umeyama H., Takeda- Shitaka M., Chem. Pharm. Bull., 57, 1193-1199 (2009).
51. Tang Y., Lin Z., Ni B., Wei J., Han J., Wang H., Wu Y., Cancer Immunol. Immunother., 56, 319-329 (2007).
52. Joseph M. A., Mitchell M. L., Evanseck J. D., Kovacs J. R., Jia L., Shen H., Meng W. S., Mol. Immunol., 44, 322-331 (2007).
53. Toh H., Savoie C. J., Kamikawaji N., Muta S., Sasazuki T., Kuhara S., Biopolymers, 54, 318-327 (2000).
54. Toh H., Kamikawaji N., Tana T., Sasazuki T., Kuhara S., Protein Eng., 11, 1027-1032 (1998).
55. Fabian H., Huser H., Narzi D., Misselwitz R., Loll B. Zieglerv, Böckmann RA., Uchanska-Ziegler B., Naumann D., J. Mol. Biol., 376, 798-810 (2008).
56. Sieker F., Straatsma T. P., Springer S., Zacharias M., Mol. Immunol., 45, 3714-3722 (2008).
57. Sieker F., Springer S., Zacharias M., Protein Sci., 16, 299-308 (2007).
58. Todman S. J., Halling-Brown M. D., Davies M. N., Flower D. R., Kayikci M., Moss D. S., J. Mol. Graph. Model., 26, 957-961 (2008).
59. Fagerberg T., Cerottini J. C., Michielin O., J. Mol. Biol., 356, 521-546 (2006).
60. Cárdenas C., Bidon-Chanal A., Conejeros P., Arenas G., Marshall S., Luque F. J., J. Comput. Aided Mol. Des., 24, 1035-1051 (2010).
61. Wan S., Coveney P. V., Flower D. R., J. Immunol., 175, 1715-1723 (2005).