Assessing helical protein interfaces for inhibitor design

Journal of the American Chemical Society

Volumn 133, Issue 36, 2011, Pages 14220-14223

  Bullock, Brooke N ^a   Jochim, Andrea L ^a   Arora, Paramjit S ^a  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEX FORMATIONS; DATA SETS; HELICAL PROTEINS; INHIBITOR DESIGN; MIMETICS; MOLECULAR DESIGN; PROTEIN COMPLEXES; PROTEIN DATA BANK; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; STRUCTURE-BASED; SYNTHESIS STRATEGY; SYNTHETIC INHIBITORS; SYSTEMATIC DESIGNS;

COMPLEXATION; DESIGN; PROTEINS;

BIOSYNTHESIS;

PROTEIN DERIVATIVE; PROTEIN INHIBITOR;

ARTICLE; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR RECOGNITION; PROTEIN DATA BANK; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN SYNTHESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; DRUG DESIGN; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

EID: 80052566586     PISSN: 00027863     EISSN: 15205126     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja206074j     Document Type: Article

References (51)

1. Ryan, D. P.; Matthews, J. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 441
2. Arkin, M. R.; Wells, J. A. Nat. Rev. Drug Discovery 2004, 3, 301
3. Hajduk, P. J.; Greer, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2007, 6, 211
4. Lo Conte, L.; Chothia, C.; Janin, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 2177
5. Bogan, A. A.; Thorn, K. S. J. Mol. Biol. 1998, 280, 1
6. Moreira, I. S.; Fernandes, P. A.; Ramos, M. J. Proteins 2007, 68, 803
7. Clackson, T.; Wells, J. A. Science 1995, 267, 383
8. Keskin, Z.; Gursoy, A.; Ma, B.; Nussinov, R. Chem. Rev. 2008, 108, 1225
9. Guharoy, M.; Chakrabarti, P. Bioinformatics 2007, 23, 1909
10. Jones, S.; Thornton, J. M. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1995, 63, 31
11. Goodman, C. M.; Choi, S.; Shandler, S.; DeGrado, W. F. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 252
12. Horne, W. S.; Johnson, L. M.; Ketas, T. J.; Klasse, P. J.; Lu, M.; Moore, J. P.; Gellman, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 14751
13. Henchey, L. K.; Kushal, S.; Dubey, R.; Chapman, R. N.; Olenyuk, B. Z.; Arora, P. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 941
14. Patgiri, A.; Yadav, K. K.; Arora, P. S.; Bar-Sagi, D. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 585.
15. Wang, D.; Lu, M.; Arora, P. S. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 1879
16. Moellering, R. E.; Cornejo, M.; Davis, T. N.; Del Bianco, C.; Aster, J. C.; Blacklow, S. C.; Kung, A. L.; Gilliland, D. G.; Verdine, G. L.; Bradner, J. E. Nature 2009, 462, 182
17. Walensky, L. D.; Kung, A. L.; Escher, I.; Malia, T. J.; Barbuto, S.; Wright, R. D.; Wagner, G.; Verdine, G. L.; Korsmeyer, S. J. Science 2004, 305, 1466
18. Harrison, R. S.; Shepherd, N. E.; Hoang, H. N.; Ruiz-Gomez, G.; Hill, T. A.; Driver, R. W.; Desai, V. S.; Young, P. R.; Abbenante, G.; Fairlie, D. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 11686
19. Smith, B. A.; Daniels, D. S.; Coplin, A. E.; Jordan, G. E.; McGregor, L. M.; Schepartz, A. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2948
20. Harker, E. A.; Schepartz, A. ChemBioChem 2009, 10, 990
21. Cummings, C. G.; Hamilton, A. D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2010, 14, 341
22. Hammond, M. C.; Harris, B. Z.; Lim, W. A.; Bartlett, P. A. Chem. Biol. 2006, 13, 1247
23. Ko, E.; Liu, J.; Burgess, K. Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 4411
24. Jochim, A. L.; Arora, P. S. Mol. BioSyst. 2009, 5, 924
25. Jochim, A. L.; Arora, P. S. ACS Chem. Biol. 2010, 5, 919
26. Kortemme, T.; Kim, D. E.; Baker, D. Sci. STKE 2004, l2
27. Kortemme, T.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 14116
28. Cunningham, B. C.; Wells, J. A. Science 1989, 244, 1081
29. Henchey, L. K.; Jochim, A. L.; Arora, P. S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 692
30. Edwards, T. A.; Wilson, A. J. Amino Acids 2011, 41, 743
31. Schafmeister, C. E.; Po, J.; Verdine, G. L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5891
32. Patgiri, A.; Jochim, A. L.; Arora, P. S. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1289
33. Gellman, S. H. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 173
34. Cheng, R. P.; Gellman, S. H.; DeGrado, W. F. Chem. Rev. 2001, 101, 3219
35. Horne, W. S.; Gellman, S. H. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1399
36. Seebach, D.; Gardiner, J. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1366
37. Yoo, B.; Kirshenbaum, K. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 714
38. Marimganti, S.; Cheemala, M. N.; Ahn, J. M. Org. Lett. 2009, 11, 4418
39. Plante, J. P.; Burnley, T.; Malkova, B.; Webb, M. E.; Warriner, S. L.; Edwards, T. A.; Wilson, A. J. Chem. Commun. 2009, 5091
40. Shaginian, A.; Whitby, L. R.; Hong, S.; Hwang, I.; Farooqi, B.; Searcey, M.; Chen, J.; Vogt, P. K.; Boger, D. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5564
41. Restorp, P.; Rebek, J., Jr. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 5909
42. Tosovska, P.; Arora, P. S. Org. Lett. 2010, 12, 1588
43. Lee, J. H.; Zhang, Q.; Jo, S.; Chai, S. C.; Oh, M.; Im, W.; Lu, H.; Lim, H. S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 676
44. Buhrlage, S. J.; Bates, C. A.; Rowe, S. P.; Minter, A. R.; Brennan, B. B.; Majmudar, C. Y.; Wemmer, D. E.; Al-Hashimi, H.; Mapp, A. K. ACS Chem. Biol. 2009, 4, 335
45. Nelson, D. L.; Lehninger, A. L.; Cox, M. M. Principles of Biochemistry, 5 th ed.; W.H. Freeman: New York, 2008.
46. Kossiakoff, A. A.; Koide, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 499
47. Argos, P. Protein Eng. 1988, 2, 101
48. Ko, E.; Liu, J.; Perez, L. M.; Lu, G.; Schaefer, A.; Burgess, K. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 462
49. Campbell, F.; Plante, J. P.; Edwards, T. A.; Warriner, S. L.; Wilson, A. J. Org. Biomol. Chem. 2010, 8, 2344
50. Murray, J. K.; Farooqi, B.; Sadowsky, J. D.; Scalf, M.; Freund, W. A.; Smith, L. M.; Chen, J. D.; Gellman, S. H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 13271
51. Sheinerman, F. B.; Norel, R.; Honig, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 153